日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究：Ⅰ.12SrRNA

参考果民蚤状序列进行了日本绒螯蟹线粒体ＤＮＡ的１２ＳｒＲＮＡ基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到４５７ｂｐ的碱基序列,其中Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ｂＰ（３４．７９％）、１７８ｂｐ（３８．９５％）、５０ｂｐ（１０．９４％）、７０ｂｐ（１５．３２％）。     

中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因（COI）片段,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,得到709bp的碱基序列,其A,T,G,C含量分别为34．41％,27．93％,20．03％和17．63％。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹COI序列和日本绒螯蟹COI序列的差异,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江 流域中华绒螯蟹COI序列完全相同,而与日本绒螯蟹差异非常明显,709或658（不计引物）位点中核苷酸差异数为32,核苷酸差异率为4．51％或4．86％（不计引物）,其中25个位点为转换,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹,或它们为同一种的两个地理亚种的观点。     

日本绒螯线粒体DNA序列研究Ⅱ.1.16rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体ＤＮＡ １６ＳｒＲＮＡ基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到５６７ｂｐ的咸基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１９４ｂｐ（３４．２２％）、２１６ｂｐ（３８．１０％）、９８ｂｐ（１７．２８％）５９ｂｐ（１０．４１％）,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的１６ＳｒＲＮＡ基因片序列含量相似。     

中华绒螯蟹基因组研究概述

概述了近年来中华绒螯蟹基因组研究的进展情况，现已对13种基因的核苷酸序列进行了分析，并通过概念性翻译获得了8种蛋白质(或其亚基)的氨基酸序列，还对中华绒螯蟹的微卫星序列和序列表达标签开展了初步研究，总体上，中华绒螯蟹基因组研究较薄弱，处于起步阶段．今后应加强中华绒螯蟹基因组的广泛深入研究，重点突破一些重要功能基因的结构与功能的分析，为中华绒螯蟹的遗传改良提供理论基础。     

中华绒螯蟹卵巢新基因EJO6的全长cDNA克隆和序列分析

利用RACE技术从中华绒螫蟹卵巢获得了新基因EJO6(Eriocheir japonica ovary gene 6,EJO6)的全长cDNA序列(GenBarnk 检索号：AYl85922)。该cDNA序列长度为1250bp,开放阅读框为690bp,编码229个氨基酸。根据氨基酸序列计算的相对分子质量和等电点分别为24270和11．9。同时用生物信息学的方法对该基因的结构和功能进行了初步分析。     

中华绒螯蟹呼吸系统的组织学和组织化学

采用组织学和Ｆｅｕｌｇｅｎ、Ｕｎｎａ－Ｂｒａｃｈｅｔ等９种组化方法，分析了鳃中部分物质的分布状况。结果表明Ｆｅｕｌｇｅｎ阳性反应只限于各类细胞核中，质中普通含有ＲＮＡ；整个系统ＨｇＢＰＢ反应呈阳性；ＰＡＳ反应示Ｒ细胞含糖元，其余呈ＰＡＳ阳性的均为中性或酸性粘多糖，且多与蛋白质形成结合物。本文还对鳃的多种功能进行了探讨。     

中华绒螯蟹当年养成及其配套技术研究

该课题在亲蟹越冬、规模化繁早苗、大棚控温培育幼蟹和当年养成商品蟹等配套技术方面均有创新,对河蟹养殖产业化的稳定发展具有现实意义.1996～1998年累计推广面积86.8万亩,产量17931t,创利9.821亿元,取得显著的社会效益和经济效益.该技术总体水平处于国内领先地位.     

中国大陆绒螯蟹线粒体16SrDNA序列变异与分子鉴定标记

选取了中国大陆东部6个水系合计110个绒螯蟹个体,通过DNA序列测定和PCR/RFLP分析,对线粒体16S rDNA部分片段的序列变异进行研究.结果表明,在401bp的16S rDNA片段中,合浦绒螯蟹(Eriocheir japonica hepuensis)与中华绒螯蟹(E.j.sinensis)之间存在3～4个固定的碱基替代;合浦绒螯蟹的闽江、九龙江和南流江种群之间未发现碱基变异,表现为1种单元型(C型);中华绒螯蟹长江和辽河的种群中,有1个固定的碱基替代,表现为A,B两种单元型.单元型之间的碱基变异反映了绒螯蟹地理种群之间的遗传歧异.经Dra I酶切形成的16S rDNA酶切片段差异,为2个亚种的鉴定提供了一种准确、简捷的DNA分子标记.对长江水系部分水域绒螯蟹的分子鉴定提示,长江下游至长江口以中华绒螯蟹的2个单元型为主,但已混有合浦绒螯蟹的单元型.在江苏、安徽渔场中的饲养种群分别属于单元型A型和B型.16S rDNA的PCR/RFLP差异可作为正确鉴定中华绒螯蟹和合浦绒螯蟹的分子鉴定标记;16S rDNA片段中1个固定位点的碱基替代可作为区分中华绒螯蟹两种单元型的分子鉴定标记.     

中华绒螯蟹3个育种基础群体遗传特征的微卫星分析

为进行长江水系中华绒螯蟹优良品系的选育,本研究利用16对微卫星引物对长江水系中华绒螯蟹3个育种基础群体(第一群体采自长江口崇明团结沙,第二群体采自长江扬中江段,第三群体采自长江靖江、六合、江浦江段)共计89个个体的遗传特征进行分析.结果表明:3个中华绒螯蟹基础群体均具有较高的遗传多样性(其总体平均期望杂合度He为0.701 4).各群体在16个微卫星位点上的观察杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),第一群体、第二群体和第三群体的平均观察杂合度分别为0.775 0、0.745 7、0.791 7,平均期望杂合度分别为0.705 0、0.702 9、0.696 4.第一群体的平均期望杂合度最高,第三群体最低,各群体间无显著性差异(P>0.05).3个基础群体在16个微卫星位点上的固定指数Fis多为负值,其中第三群体的Fis最小(-0.156 1),第二群体的Fis最大(-0.079 6),提示本研究中各群体内部存在着较为明显的远缘繁殖现象.3个群体的Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)在-0.379 4～0.966 6,每个群体均有5个微卫星位点存在杂合子缺失现象.本研究中各群体间遗传距离介于0.032 1～0.038 4,其中第一群体与第二群体间的遗传距离最小(0.032 1),第二群体与第三群体间的遗传距离最大(0.038 4).总体而言,本次研究所选的3个基础群体遗传多样性指数均较高,适合作为选育的材料.     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

中华绒螯蟹Eriocheir sinensis两个地理种群的微卫星DNA多态性分析

为了获取中华绒螯蟹群体遗传多态性的基本数据，寻找合适的遗传标记区分不同种类及不同水系的河蟹种群，采用微卫星DNA分型技术，对江苏地区两个地理种群（本地种与荷兰种）的中华绒螯蟹共计140个样本，通过DNA提取、PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染检测的方法，进行了两个微卫星基因座（Esin 67和Esin 87）的遗传多态性分析．结果表明：中华绒螯蟹本地种与荷兰种的两个微卫星基因座均有较好的多态性；在Esin 67基因座中，本地种和荷兰种绒螯蟹均有8个等位基因，两组的最高频率等位基因均为8重复序列；在Esin 87基因座中，本地种绒螯蟹有9个等位基因，荷兰种有7个等位基因，两组的最高频率等位基因均为9重复序列．同时中华绒螯蟹荷兰种这两个基因座的杂合度和多态性信息含量均高于本地种．这些结果提示了江苏本地的绒螯蟹可能受到其它地区河蟹的种质污染，基因多态性下降，因此需要加强对种质资源遗传变异的深入研究，以便采取措施对河蟹资源进行合理的管理、保护和开发利用．     

基于形态特征及线粒体12S和16S rRNA基因序列的察隅棘蛙贡山种群的系统地位

察隅棘蛙贡山种群的分类地位一直存在争议．本文用线粒体12S,16S rRNA部分基因序列对察隅棘蛙（Paa chayuensis）地模标本以及贡山种群共5号棘蛙标本进行的分子系统发育分析表明,它们间平均遗传距离仅为0．002,而且镶嵌相聚,应为同一个物种,即察隅棘蛙．检视察隅棘蛙32号地模标本及贡山种群8号标本的外部形态以及29项量度性状,发现他们彼此在形态上差异较大,建议可分为2个不同亚种．     

重要海水养殖鱼斜带髭鲷和花尾胡椒鲷16S rRNA遗传变异研究

应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.     

利用12S rRNA基因标记鉴定鱼翅真伪

为检测鱼翅样本真伪及鲨鱼种属,通过提取送检鱼翅、鱼翅羹样本DNA,扩增其线粒体DNA上的用于动物种属鉴定的12S rRNA基因片段,并进行DNA测序和序列分析,测序结果在GenBank上进行BLAST搜索,与数据库中相关物种序列进行同源性分析。结果表明,在送检的23份样本中,18份鱼翅羹样本、2份粉丝状鱼翅、1份翅状鱼翅中均未成功提取到DNA,未扩增出目的基因片段,而从2份鱼翅样本中成功地提取到了基因组总DNA,并成功扩增出了12S rRNA基因片段,这2份样本的12S rRNA基因片段的碱基序列分别与黑边鳍真鲨(Carcharhinus limbatus)、斜锯牙鲨(Rhizoprionodon terraenovae)的同源性达到99%。对鉴定出含有鲨鱼成分的2份样本进行高温泡发处理,高温泡发实验表明,1份样本(22号)有明胶析出。研究证实,12SrRNA基因序列测定技术能准确、快速鉴定待检样本中是否含有鲨鱼成分,结合高温泡发时是否有明胶析出可综合判定鱼翅真伪。     

Genetic Diversity in Populations of Sepiella maindroni Using 16S rRNA Gene Sequence Analysis

Part of the 16S rRNA gene is amplified with PCR and sequenced for 5 populations of common Chinese cuttlefish Sepiella maindroni:three from the South China Sea,one from East China Sea and one from Japan.The result shows that a total of 5 nucleotide positions are found to have gaps or insertions of base pairs among these individuals,and 13 positions are examined to be variable in all the sequences,which range from 494 to 509 base pairs.All of the individuals are grouped into 7 haplotypes (h1-h7).No marked genetic difference is osberved among those populations.All of the individuals from Nagasaki belong to h1 and the h3 haplotype is found only in the coastal waters of China.A→←G transition in Nucleotide 255 is suggested to be taken as a kind of genetic marker to identify the populations distributed in East-South China Sea and the Nagasaki waters of Japan.     

中华绒螯蟹（Eriocheir japonica sinensis）内转录间隔区1（ITS1）大小变异的研究

在对中华绒螯蟹（Eriocheir japonica sinensis）（又称河蟹）核糖体DNA内转录间隔区1（ITS1）进行研究时，由于在软甲亚纲中还没有已知序列和5.8SrDNA 序列的报道，所以在设计引物时，主要参考了其它节肢动物的序列。用此引物对河蟹的ITS1 进行扩增，发现其个体内的ITS1如同其它一些无脊椎动物一样，存在大小变异。为了进一步确证这发现，首先将得到的所有扩增产物进行测序，然后再扩增出河蟹的整个ITS区并测序。通过所得序列的比较，发现河蟹个体内ITS1的大小变异是有引物错配而引起的赝相。为了检验这一理论的可靠性，该文在测出河蟹5.8SrDNA 序列的基础上，重新设计了引物，并再次扩增了河蟹的ITS1，然后对产物进行测序，最后再同上述结果进行比较；同事在改变扩增条件的情况下用原引物重新扩增ITS1，并检验其结果。最终证实河蟹个体内ITS1的大小变异是由引物错配而引起的赝相。该文同时还报道了中华绒螯蟹ITS1的序列。     

中华绒鳌蟹卵巢发育相关的新基因EJO3的克隆和特征分析

运用了抑制性差减杂交和cDNA芯片技术鉴定中华绒鳌蟹卵巢发育相关基因,并用5'和3'RACE的方法克隆了一个与Ⅱ期相比在卵巢发育的Ⅲ期高表达的新基因EJO3(GenBank登录号:AY185919).EJO3基因的开放阅读框(ORF)长1 368 bp,编码455个氨基酸.从氨基酸序列推算的EJO3的等电点和相对分子质量分别为5.79和50 000.生物信息学分析表明,EJO3可能是一个含有VWD结构域的分泌蛋白.EJO3在Ⅱ期和Ⅲ期卵巢的差异表达用Northern blot进行了进一步验证.组织表达谱分析表明EJO3在卵巢高表达,在肠、心脏、肌肉和肝胰腺中弱表达或不表达.本研究结果为进一步深入研究中华绒鳌蟹卵巢发育的分子机制奠定了重要的前期工作基础.     

淡水豚类mtDNA 16S rRNA基因的系统发生

ｍｔＤＮＡ １６Ｓ ｒＲＮＡ基因我分析支持将现生淡水豚４个属归入不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、亚河豚科（Ｉｎｉｉｄａｅ）和弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）。基于邻接法的系统发生分析显示淡水豚类由白暨豚＋恒河豚和弗西豚＋亚河豚两个单系组成,但两个单系之间并无姊妹关系。淡水豚类是并系的。１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的系统发生树与ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ基