四川乐山大佛地衣与苔藓群落中的微生物多样性

为了探究生物侵蚀微生物的种类,通过高通量测序手段对乐山大佛地衣(lichen,LI)和苔藓样本进行了微生物(细菌、古菌和真菌)多样性分析.结果发现:地衣、活苔藓(living moss,LM)和苔藓残体(dead moss residue,DM)样本中的细菌和真菌组成在组内样本之间能进行聚类,组间差异也能良好区分;在细菌群落中,地衣与活苔藓样本中的细菌组成较为相似,两个样本的优势细菌均为蓝细菌(Cyanobacteria)和醋酸菌(Acetobacteraceae);在真菌群落中,地衣样本的优势真菌是煤炱目(Capnodiales),但其在活苔藓样本中含量较少,活苔藓样本的优势真菌是子囊菌门(Ascomycota),且其在地衣和苔藓残体样本中也有一定含量(7.47%～52.6%);古菌群落的组内差异较大,其中与氮转化相关的泉古菌(soil Crenarchaeotic group,SCG)总体丰度占比较高,并发现了较多未归类古菌(unclassified-k-norank).     

通过PCR-DGGE技术分析鄱阳湖不同河口底泥中微生物多样性

通过PCR-DGGE技术分析了鄱阳湖不同河口底泥中微生物的组成和多样性。共回收28条DGGE条带,其中赣江底泥样本条带数最多,抚河样本条带数最少。Blast比对结果指出,这28条条带来源于放线菌门、变形菌门、醋杆菌门、绿弯菌门以及不可培养未知细菌。UPGMA聚类分析表明,不同河口底泥中微生物组成存在差异,赣江底泥样本中微生物组成与其他河口微生物组成差异最大。利用SPSS软件对环境因子和微生物的多样性进行相关性分析,结果表明,亚硝态氮与微生物的多样性(DGGE条带数)之间存在显著的正相关性,该研究结果证明了生境中环境因子会显著影响该生境中微生物种类组成和多样性,同时也进一步表明可以通过检测特定功能性微生物的组成和多样性从而间接的反映生境的环境变化。     

氮输入和盐渍化对天津滨海湿地土壤可培养细菌和真菌群落组成及土壤酶活性的影响

为了探究滨海湿地土壤微生物和土壤酶活性对氮输入和盐渍化的生态响应,在天津滨海湿地采集土壤,进行不同氮输入水平和盐度的交互实验.氮输入水平分别为0、20和40 g/(m~2·a),盐度分别为0.1%和1.0%,研究不同处理下土壤可培养细菌和真菌的群落组成、数量、群落多样性和土壤酶活性.从天津滨海湿地土壤中分离到可培养细菌和真菌各10个属:在不同氮输入水平和盐度处理组合中均有分布的细菌有农杆菌属、微杆菌属、溶杆菌属和芽孢杆菌属,真菌有曲霉属、拟青霉属、镰刀菌属、青霉属和多环孢霉属.总体上,随着氮输入水平的增加,土壤细菌数量增加,而真菌数量降低,且细菌与真菌群落的多样性均呈降低趋势.随土壤盐度的增加,土壤细菌和真菌数量及多样性均有所降低.氮输入的增加显著促进了土壤蔗糖酶、β-葡萄糖苷酶和脲酶的活性,而土壤蛋白酶活性随氮输入增加先升高再降低;盐度增加对土壤酶活性没有显著影响.     

汉江浮游细菌稀有群落的分布与构建机制

基于Illumina高通量测序,调查汉江浮游细菌整体及稀有、丰富物种的组成、分布与构建机制,得到细菌22门55纲93目132科164属,Proteobacteria,Actinobacteria和Bacteroidetes等为优势菌门。将4035个ASV (80.2%)定义为稀有物种。汉江浮游细菌群落α多样性季节差异显著,而稀有物种受季节的影响更显著。非度量多维尺度分析结果显示,汉江浮游细菌群落季节分布与沿程分布差异不显著。Mantel分析结果表明,溶解氧和氨氮为秋季群落的主要影响因素。方差分解分析结果表明,环境因子对群落的影响大于空间因子。确定性过程为群落总体的主导构建机制,而稀有及丰富物种主要受随机过程影响。与丰富物种相比,稀有物种受环境选择过程的影响更大。     

不同盐度对Halomonas aquamarina外膜蛋白表达的影响

革兰氏阴性细菌的外膜蛋白(Omp)在维持细菌的生理状态和抵抗外界极端环境中起重要的作用.为研究革兰氏阴性细菌外膜蛋白的抗盐机制,通过比较深海中度嗜盐菌Halomonasaquamarina在正常盐度浓度(0.56mol/LNaCl)、较高(1mol/LNaCl)和高盐度(2mol/LNaCl)下外膜蛋白的双向电泳图谱,获得11个差异点.对这11个差异点进行肽质量指纹图谱及其生物信息分析,鉴定出其中的6个蛋白,并对中度嗜盐细菌外膜蛋白的抗盐机理做了初步的探讨.     

微山湖河蟹养殖水域可培养好氧异养细菌多样性调查

为丰富微山湖河蟹养殖水域生态系统健康评价体系,对其水体和底泥中可培养异养细菌群落结构及多样性进行了采样调查.调查显示,该水域优势菌的优势度高,多样性指数低.在出现的25种菌落中,优势菌为芽孢杆菌、链球菌属和气单胞菌属.水体中优势菌的优势度为43.75%,多样性指数H为1.542;底泥中优势菌的优势度为55.56%,多样性指数H为0.9949.参照沈韫芳多样性指数标准,微山湖河蟹养殖水域受中到重度污染,水体富营养化严重,须加强保护治理措施.     

外伶仃海域龙须菜栽培对水质及浮游细菌数量的影响

目的:研究龙须菜栽培对水质及浮游细菌数量的影响.方法:2013年3~4月对珠海外伶仃岛龙须菜栽培区及邻近海域(对照区)进行了6次周际调查.结果:龙须菜栽培区浮游细菌数量平均值为(1.49±0.08)×10~6ind./m L,对照区为(2.19±0.15)×106ind./m L,栽培区浮游细菌数量显著低于对照区(P0.01);同时,龙须菜栽培区表层水体TN、DTN和DTP浓度显著低于对照区(P0.05).相关性分析显示,浮游细菌数量与TN、DTN、DTP浓度显著正相关,与溶解氧和龙须菜栽培生物量显著负相关,与温度、盐度、TP浓度的相关性均不显著.结论:龙须菜栽培降低了表层水体氮、磷浓度,并使得栽培区浮游细菌数量低于对照区.     

珠江口伶仃水道浮游生物及底栖动物群落特征分析

对珠江口伶仃水道进行浮游藻类、浮游动物、底栖动物群落特征诸方面的调查,得出珠江口伶仃水道共有93种浮游藻类、30种浮游动物、27种底栖动物出现.藻类总数量分布最高为105个/L级别,浮游动物最高数量为606个/m3,底栖动物栖息密度最高为110个/m2.绝对优势种有硅藻门的中肋骨条藻(Skeletonemacostatum);桡足类的中华异水蚤(Acartilasinensis);软体动物类的红肉河蓝蛤(Potamocorbularubromuslula)等等.珠江口伶仃水道盐度较低,浮游藻类群落结构主要以淡水性群落为主,而在盐度较高样点,以咸水性藻类占优势.浮游动物、底栖动物为沿岸性水系种群及咸、淡水交汇水系的低盐群落.多样性指数为浮游藻类＞浮游动物.     

含铀凋落物腐解前后微生物群落结构特征及多样性分析

采集含铀凋落物腐解前后土壤样本,通过Illumina Miseq高通量测序技术研究腐解前后土壤微生物的多样性及群落结构,解析含铀凋落物腐解前后土壤微生物群落结构特征及其变化规律,为发掘潜在含铀生物质降解菌种提供理论基础。通过高通量测序,分别获得158 781条细菌和242 198条真菌的有效序列,菌群Alpha分析显示,腐解后细菌的多样性和丰富度增加,真菌的多样性和丰富度减少。通过微生物群落结构解析,发现腐解前后门水平上始终存在的优势菌群,细菌中为绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);真菌中为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、unclassified_Fungi和被孢囊门(Mortierellomycota)。结果表明,含铀凋落物腐解后,凋落物内的铀被释放到土壤中,改变了土壤微生物群落结构。腐解后土壤中可识别的优势菌群功能主要集中在对纤维素、半纤维素、木质素的降解和铀的浸出。热酸菌属(Acidothermus)和软盘菌属(Mollisia)可能是降解凋落物和浸出铀较好的微生物组合。     

大亚湾南澳海域浮游细菌丰度对营养盐添加的响应

2011年9月于大亚湾南澳东山码头附近海域设置生态围隔,通过人为对围隔水体中N、P营养元素的加富试验,进一步分析营养盐添加对浮游细菌的丰度影响。结果表明：营养盐添加能促进生态围隔中浮游细菌丰度的增加;并且N、P同时添加于围隔中的效果要比单独添加的效果好,即能更快促进浮游细菌对营养盐的吸收和利用;浮游细菌对氨氮的吸收利用效率最高,其次是硝酸盐;N、P营养盐的添加影响生态围隔中叶绿素a以及溶解氧浓度的变化,从而间接影响浮游细菌的丰度。     

不同马铃薯基因型对根际细菌群落结构的影响

本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16SrRNA基因进行操作分类单位(OTU)聚类,分析样品间细菌群落的多样性特征,并通过OTU丰度差异分析揭示引起基因型效应的根际细菌类型.测序结果经质量控制,共获得3 097 269条高质量序列(Clean tags)并依据97%的序列相似性聚类到1 565个有效OTUs,品种间OTU种类相差不大.群落多样性反映高山地方种乌洋芋和牛角洋芋根际细菌群落较其他基因型存在着显著差异.乌洋芋和主栽品种米拉间OTU丰度分析表明乌洋芋中55个OTU丰度上调,143个丰度下调,差异显著.本研究表明,马铃薯根际细菌群落多样性受马铃薯基因型因素的影响,高山地方种相较于自育种和主栽种其根际细菌群落结构表现出显著的差异.     

鲟鱼发酵过程中微生物的演替变化分析

为了解鲟鱼发酵中细菌群落多样性及动态演替规律,为发酵鲟鱼的品质提供理论数据,利用Illumina HiSeq测序平台,采集鲟鱼发酵过程中的7个阶段的样品,对样品中的细菌16S rDNA V4~V5区进行测序和系统发育分析。结果表明,样品获得序列数平均为46463条,各个发酵阶段的操作分类单元数目分别为新鲜鱼样1064,腌制鱼样952;发酵5d 454,发酵10d 442,发酵20d 327,发酵25d 372和发酵35d 356。7组样品中总体细菌组成较为复杂,含有38个门、196个科,在新鲜鱼样中,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)占主要优势;在腌制阶段,蓝藻门(Cyanobacteria)占主要优势;从发酵开始至结束,厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势。在科水平上,新鲜鱼样中的主要优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae),腌制样品中的主要优势菌科为肠球菌科(Enterococcaceae);从发酵开始至结束,主要的优势菌科为明串珠菌科(Leuconostocaceae),其次是乳杆菌科(Lactobacillaceae)和链球菌科(Streptococceae)。通过HiSeq测序能够更全面解析鲟鱼发酵过程中的细菌多样性;从测序平台提供的微生物多样性信息中发现,各样品间的菌属丰度存在一定的差异性,说明菌群组成与发酵环境密切相关,这为传统腌鱼发酵提供了理论依据和数据支撑。     

室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析

[目的]了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考.[方法]分别提取室内饲养的松墨天牛4龄幼虫前、中、后肠各3组样本(每组5个前肠、5个中肠、5个后肠...     

武进港浮游微生物群落研究

通过 T-RFLP 分析和构建 16S rRNA小型基因文库相结合的方法, 研究了江苏省常州市武进港塘桥段微生物群落结构特点。T-RFLP 分析结果表明, 该群落的多样性较高,但均匀度较低。基于 Ribosomal Database Project Ⅱ的分析结果表明, 该处水样的浮游微生物群落种类较多, 还含有尚未分出门的微生物种群, 而变形菌门为最优势的类群。通过与 GenBank 中已知序列对比(BLAST)发现, 具有较高相似性的克隆数较多, 但也存在很多未知种类的新细菌。此外,还探讨了一些已知属的微生物的环境意义。     

Diversity of Plant Species of Alpine Grassland in Nakchu of Tibet, China

0Introduction Biologicaldiversityconcernedwiththesumofvariouslivingbeingsandtheirprocesses,aswellasthebasisofharmonious coexistencebetweenmanandnatureplaysanimportantroleinecology,economy,esthetics,ethics,etc.Duetodeteriorationofglobal environment,acceler…     

四种蔬菜土壤真菌群落组成与多样性

土壤真菌群落多样性是评价耕作土壤环境质量与健康的重要指标。以山东四种重要的蔬菜作物大葱、姜、草莓、黄瓜种植土壤为研究对象，采用qPCR和基于扩增子测序的高通量测序技术，结合土壤理化性质分析，研究了不同作物土壤真菌的群落组成及其多样性差异。结果表明：大葱土壤中以真菌ITS拷贝数为指标的总真菌丰度最低，且与草莓、黄瓜和姜土壤总真菌丰度具有显著差异(P<0.05);大葱和姜土壤真菌群落香农指数和操作分类单元指数高，多样性较丰富；黄瓜和草莓土壤真菌香农指数和操作分类单元指数低，多样性较差；土壤中子囊菌、担子菌、被孢菌门等相对丰度占比较高，其中在发病土壤中子囊菌门真菌相对丰度更高；土壤真菌类群受环境因子的影响，其中pH和有效磷对真菌群落构成的影响最大。这些结果为厘清不同真菌群落多样性与蔬菜土壤环境质量关系，为蔬菜土壤环境质量改善提供了理论依据。     

呼伦贝尔沙地樟子松根内真菌群落结构与功能群特征

为揭示呼伦贝尔沙地樟子松根内真菌群落结构和功能群特征, 以呼伦贝尔沙地樟子松天然林和不同林龄人工林为研究对象, 采用野外调查和分子生物学相结合的方法, 鉴定并分析沙地樟子松根内真菌群落结构和功能群特征。在呼伦贝尔沙地樟子松根尖样品中共获得520个真菌 OTUs, 隶属于5门87科197属, 其中担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度较高, 分别为54.98%和39.27%。天然林优势菌属 为 双 子 担 子 菌 属 (Geminibasidium) 、 红 菇 属 (Russula) 和 Phialocephala, 人 工 林 优 势 菌 属 为 乳 牛 肝 菌 属(Suillus)、Phialocephala 和口蘑属(Tricholoma), 其余菌属的相对丰度随林龄的变化波动较大。沙地樟子松人工林根内真菌α多样性指数随林龄增长均呈降低趋势, 成熟林根内真菌α多样性指数显著低于沙地樟子松近熟林、中龄林和天然林(P<0.05)。沙地樟子松天然林与人工林根内真菌群落结构变异性较小。其中, 天然林与成熟林根内真菌群落结构差异较大, 与近熟林根内真菌群落结构最接近。共生营养型真菌比例随林龄增长而逐渐增大, 腐生营养型和病理营养型真菌比例随林龄增长逐渐减小; 天然林与近熟林共生营养型真菌的占比较为接近, 腐生营养型真菌在天然林中占比较大。沙地樟子松根内真菌群落结构复杂, 物种丰富多样, 外生菌根真菌和未定义腐生菌为主要功能类群, 部分真菌在不同林分的生态策略存在差异。     

双峰山国家森林公园人工林群落物种多样性特征

以乔木层树种重要值为指标,Pearson相关系数为测度距离,运用SPSS软件对双峰山国家森林公园人工林类型进行聚类划分,并分析了各群落物种多样性特征.根据聚类结果,按优势种命名原则,将双峰山森林群落划分为马尾松群落、杉木群落和柳杉 杉木群落,其中杉木群落物种多样性水平相对较高;乔木层、灌木层和草本层3个层次的物种多样性水平呈现出灌木层较高,草本层次之,乔木层较低的变化规律.但总体上,这些群落植物种类较少,物种多样性水平尤其是乔木层物种多样性水平低,应采用人工间伐、引入观赏价值高的乡土花卉及树种等方式促进群落物种多样性水平的提高,同时丰富森林景观.     

Fine-scale phylogenetic architecture of a complex bacterial community

Although molecular data have revealed the vast scope of microbial diversity, two fundamental questions remain unanswered even for well-defined natural microbial communities: how many bacterial types co-exist, and are such types naturally organized into phylogenetically discrete units of potential ecological significance? It has been argued that without such information, the environmental function, population biology and biogeography of microorganisms cannot be rigorously explored. Here we address these questions by comprehensive sampling of two large 16S ribosomal RNA clone libraries from a coastal bacterioplankton community. We show that compensation for artefacts generated by common library construction techniques reveals fine-scale patterns of community composition. At least 516 ribotypes (unique rRNA sequences) were detected in the sample and, by statistical extrapolation, at least 1,633 co-existing ribotypes in the sampled population. More than 50% of the ribotypes fall into discrete clusters containing less than 1% sequence divergence. This pattern cannot be accounted for by interoperon variation, indicating a large predominance of closely related taxa in this community. We propose that such microdiverse clusters arise by selective sweeps and persist because competitive mechanisms are too weak to purge diversity from within them.     

利用着生生物群落动态变化监测水质的研究

探讨了苏州河8个断面着生生物在不同季节的种类组成、优势种密度、群落结构与水质的关系.研究结果显示,着生生物种类数以夏季最多,优势种密度以夏、秋季最大,多样性指数、均匀度指数的变化趋势与水质指标的监测结果基本一致;经相关性分析表明：水体中氮、磷含量分别与生物多样性指数、均匀度指数、藻类密度和总生物量四项指标呈显著负相关, COD_cr、BOD₅与四项生物指标均无相关性.各断面污染程度为上游赵屯、黄渡断面污染最轻,武宁路桥、北新泾断面污染最重,反映在群落结构上是上游以自养性藻类为主,中、下游以异养性动物为主.以上结果表明着生生物群落结构的变化能反映水环境质量的变化.