基于18S rRNA基因序列的毛茛科及近缘植物的分子进化关系研究

基于18S rRNA基因序列以近缘植物Paeonia suffruticosa和Mahonia bealei为外类群,采用邻接法（Neighbor-joining methods,NJ)和最大简约法（Maximum parsimony,MP）对毛茛科Ranunculaceae 6属12种植物的系统发育关系进行了分析．结果表明,18S rRNA基因序列长度范围在1807~1810bp之间,系统树显示耧斗菜属Aquilegia与唐松草属Thalictrum,升麻属Cimicifuga与乌头属Aconitu     

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的（鱼尝）科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头（鱼危）科的鳗尾（鱼央）和伦氏（鱼央）以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了（鱼尝）科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示（鱼尝）科构成一单系类群;（鱼艹）属为较为特化的属,拟（鱼尝）属为一明显的类群,而黄颡鱼属与（鱼危）属关系较为混乱;(3)东亚（鱼尝）科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%～0.30%.本文是中国鲇形目（鱼尝）科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.     

基于trnL-F基因序列的铁兰属植物亲缘关系分析

以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806～835 bp之间,变异位点22个,信息位点14个,平均遗传距离0.007,且在301～322 bp和826～830 bp处分别出现了插入和polyT序列。利用ML法建立的系统树显示,31个铁兰属植物分为3组。序列分析结果与形态学结果基本一致,表明trnL-F序列可用于铁兰属植物的亲缘关系分析,并可作为某些特定种的鉴定依据。     

中国主要红树科植物的分子系统发育

测定和分析了红树科（Ｒｈｉｚｏｐｈｏｒａｃｅａｅ）５属６种植物的ｒＤＮＡＩＴＳ区序列，所构建的ＩＴＳ区分子系统树图表明：红树科植物可形成１个单系的类群．但在部分属种ＩＴＳ序列分析的结果与红树科传统的分类系统有所不同，陆生红树科植物竹节树属（Ｃａｒａｌｉａ）的竹节树（Ｃｂｒａｃｈｉａｔａ）和旁杞木（Ｃｐｅｃｔｉｎｉｆｏｌｉａ）之间的分子差异很大，呈复系演化的特征．旁杞木与红树林主要植物秋茄属（Ｋａｎｄｅｌｉａ）的秋茄（Ｋｃａｎｄｅｌ）和红树属（Ｒｈｉｚｏｐｈｏｒａ）的红海榄（Ｒｓｔｙｌｏｓａ）的关系较近，竹节树则与另一红树林的主要种类角果木属（Ｃｅｒｉｏｐｓ）的角果木（Ｃｔａｇａｌ）呈姐妹群关系．     

细胞色素b基因序列变异与东亚 科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列，所得序列与GenBank中分布于日本，韩国和俄罗斯的 科2属9种鱼类同一基因序列排序，并选用鲇形目鲇科的大口鲇，钝头Wei科的鳗尾 以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群，分析了细胞色素b基因序列，计算了Kimura双因子遗传距离和 科鱼类线粒体DNA的进化速率，用最是约法和邻接法构建了 科鱼类分子系统树，得出如下结论：（1）线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中，存在3bp的缺失。（2）系统发育分析示 科构成一单系类群； 属为较为特化的属，拟 属为一明显的类群，而黄颡鱼属与Wei属关系较为混乱；（3）东亚 科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18%-0.30%,本文是中国鲇形目 科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术，测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp），探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高，为70．2％，而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高，为85．4％．多态住点数为180个，占总位点数的31．25％，显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生，分析结果支持灰蜻属是较进化的类群，宽腹蜻属次之，蜻属是相对分化较早、较古老的类群，这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

壳菜果亚科(金缕梅科)与相关亚科的核糖体DNAITS区序列分析及系统发育关系(英文)

测定和分析了金缕梅科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄａｃｅａｅ）壳菜果亚科等各亚科代表属的核糖体ＤＮＡＩＴＳ区和５８Ｓ编码区序列．应用最大简约法构建的分子系统树表明：壳菜果亚科（Ｍｙｔｉｌａｒｉｏｉｄｅａｅ）植物形成１个单系类群［含壳菜果属（Ｍｙｔｉｌａｒｉａ）和山桐材属（Ｃｈｕｎｉａ）］,支持壳菜果亚科作为１个独立的亚科．本研究所得到的ＩＴＳ数据表明马蹄荷亚科（Ｅｘｂｕｃｋｌａｎｄｉｏｉｄｅａｅ）与红花荷亚科（Ｒｈｏｄｏｌｅｉｏｉｄｅａｅ）,金缕梅亚科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄｉｏｉｄｅａｅ）与双花木亚科（Ｄｉｓａｎｔｈｏｉｄｅａｅ）分别为姐妹群关系（其自展数据支持率各为９５％和５８％）．分子系统树还表明,测得的所有金缕梅科植物形成一单系类群（其自展数据支持率为９９％）,枫香亚科（Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒｏｉｄｅａｅ）为该科最基础的１个分支．这结果与１９９７年所得到的结论相一致．     

鸡油菌,喇叭菌和钉菇的25SrDNA部分序列及其系统学关系

从分子系统学角度出发,对鸡油菌属（Ｃａｎｔｈａｒｅｌｕｓ）、喇叭菌属（Ｃｒａｔｅｒｅｌｕｓ）和钉菇属（Ｇｏｍｐｈｕｓ）的模式种的２５ＳｒＤＮＡ部分序列进行了测定,并与另外１０目的１３个担子菌和１个接合菌的２５ＳｒＤＮＡ序列进行比较分析,以接合菌总状毛霉（Ｍｕｃｏｒｒａｃｅｍｏｓｕｓ）为外类群构建出这些担子菌的部分２５ＳｒＤＮＡ序列的系统树图,探讨它们３属之间及它们与其他担子菌的关系及其系统学上的意义．认为鸡油菌与同科的喇叭菌关系最为亲近,而钉菇属看来也应该归入鸡油菌目Ｃａｎｔｈａｒｅｌａｌｅｓ中,这与传统方法的分析结果较为一致;虽然鸡油菌类真菌又与各肉质的伞菌类群的关系相对较密切,但它应该有其相对独立的进化路线,将这一类真菌上升至目一级的分类阶元是比较恰当的;但钉菇目Ｇｏｍｐｈａｌｅｓ上升到目的水平是否恰当则有待更多的数据去证明．     

木兰叶绿体atpB和rbcL基因的系统进化分析

木兰科植物作为古老的类群,其杂交和形态多样以及趋同进化等特点导致传统分类出现很多不同结论。对生物类群进行种群的系统进化分析可以在一定程度上弥补传统分类方法的局限。叶绿体的母系遗传相对保守、分子水平差异明显,是绿色植物的标志性细胞器,因此叶绿体基因组常被用来进行植物的系统进化探究。本项研究利用phylip软件将NCBI核酸序列数据库中下载的21种木兰科植物叶绿体的atpB和rbcL基因序列760bp进行序列比对处理之后,进一步应用邻接法进行分子进化系统发生分析,构建系统发育进化树,从而得出木兰属中白玉兰、星花玉兰、锐叶木兰、北美大叶木兰、夜香木兰等在系统进化中的亲缘关系,为进一步对木兰属植物进行系统发生研究奠定基础。     

木兰叶绿体atpB和rbcL基因的系统进化分析

木兰科植物作为古老的类群,其杂交和形态多样以及趋同进化等特点导致传统分类出现很多不同结论。对生物类群进行种群的系统进化分析可以在一定程度上弥补传统分类方法的局限。叶绿体的母系遗传相对保守、分子水平差异明显,是绿色植物的标志性细胞器,因此叶绿体基因组常被用来进行植物的系统进化探究。本项研究利用phylip软件将NCBI核酸序列数据库中下载的21种木兰科植物叶绿体的atp B和rbc L基因序列760bp进行序列比对处理之后,进一步应用邻接法进行分子进化系统发生分析,构建系统发育进化树,从而得出木兰属中白玉兰、星花玉兰、锐叶木兰、北美大叶木兰、夜香木兰等在系统进化中的亲缘关系,为进一步对木兰属植物进行系统发生研究奠定基础。     

Characteristics of rDNA intergenic spacer region from a waterbloom cyanobacteria species Oscillatoria sp.

Sequence of rDNA intergenic spacer region (ISR) from a waterbloom cyanobacterial species Oscilla-toria sp. was determined and analyzed. The results of sequence comparison showed that the spacer had a high level sequence divergence, suggesting the sequence may be a target sequence for developing cyanobacteria genus- and species-specific oligonucleotide probes. In addition, a 20bp sequence of rDNA ISR was found highly conserved in all species of cyanobacteria, which was not found in other eubacteria. This conserved sequence within a variable region indicates that it might be a functional oligonucleotide in the processing of the rRNA precursor.     

湘西宏成制药公司不同基地泡桐的分子鉴定

根据核rRNA基因ITS序列、叶绿体trnL-trnF和psbA-trnH序列对湘西宏成制药公司不同基地泡桐进行分子鉴定.用PCR从泡桐基因组DNA中分别扩增出大小约为500bp的ITS序列、540bp的psbA-trnH序列和900bp的trnL-trnF序列.相似性分析结果表明,毛泡桐ITS序列与1号和2号基地泡桐...     

江垭水库淹没区古大树内部构造及生长状况

描述了江垭水库淹没区的银杏、柏本、马尾松、板栗和木５种树木的木材解剖特征,根据观察比较可以了解这些树木生长发育良好,当地自然生态环境优越稳定,文章附有照片及说明。     

铅笔柏梢枯病研究初报

<正>铅笔柏梢枯病是近年来在江苏省新发现的一种危险性苗期病害。主要为害1～3年生苗木,引起嫩梢枯萎直至幼苗死亡。 经分离培养和接种证实铅笔柏梢枯病是由桧柏拟茎点菌(Phomopsis juniperovora)引起。伤口是重要的侵染途径,一年生苗上无伤也能侵染。     

甲胎蛋白分子演化的生物信息学分析

甲胎蛋白（AFP）是类白蛋白家族成员蛋白之一，在生物个体发育以及肝癌发生发展中起重要作用. 为了研究AFP的系统发生，并以此探讨系统发育与个体发育的关系，运用生物信息学手段，分析了不同物种中类白蛋白家族成员的进化关系，并对各分子的白蛋白结构域进行了进化归类.同时，对不同物种的白蛋白（ALB）和AFP之间包含启动子、抑制子和增强子在内的约14?kb的核苷酸序列进行了比较分析. 研究从系统发育的角度阐释了AFP分子及其基因调控机制的演化方式，为更好的认识AFP在机体生理和病理状态的作用建立了理论分析的基础.     

川中丘陵区4种乡土阔叶树细根性状对比研究

【目的】川中丘陵区的主要防护林分为柏木(Cupressus funebris)人工林,由于密度过大、树种单一,严重影响其综合效益的发挥。加上该区域土壤类型大多为紫色土,土层瘠薄、肥力低下,能够适应的树种不多。探明川中丘陵区带状补植的4种乡土阔叶树种[桤木(Alnus cremastogyne)、喜树(Camptotheca acuminata)、香樟(Cinnamomum camphora)、香椿(Toona sinensis)]的细根性状特征,了解它们对地下资源利用策略的种间差异,为该区域防护林树种的选择和经营提供依据。【方法】选择川中丘陵区“带状采伐+补阔”改造的人工柏木林分作为研究对象,对补植的林龄为7 a的4种乡土阔叶树——桤木、喜树、香樟、香椿,各选取5株长势均匀、良好的植株,采用“全株挖掘法”挖取其根系,研究其细根(直径<2 mm)的生物量、形态以及分支结构等性状特征。【结果】①桤木细根的生物量密度为(0.156±0.030) kg/m³,分别是喜树、香樟和香椿的15.67、11.72和4.61倍。桤木、喜树、香樟、香椿的细根表面积密度分别是0.99、0.45、0.68和1.13 m²/m³;根长密度分别是110.33、10.58、26.64和97.56 m/m³。②4种阔叶树细根的平均直径大小依次为喜树(1.67 mm)>香樟(1.06 mm)>香椿(0.77 mm) > 桤木(0.73 mm)。桤木、喜树、香樟、香椿的比根长和比表面积分别是62.54、49.31、81.53、287.50 cm/g和13.58、25.61、27.35、83.15 cm²/g。桤木的根组织密度显著高于其他3个树种(df=3, F=360.726, P<0.05)。③桤木的比根尖数、根尖密度、分枝密度分别为1 056个/g、2.37个/cm、2.65个/cm,均明显高于喜树、香樟、香椿3个阔叶树种(df=3,F=391.659,P<0.01;df=3,F=103.857, P<0.05;df=3,F=104.617, P<0.05)。④桤木细根中全氮含量分别比喜树、香樟、香椿高33.27%、88.65%、21.93%。香椿的全碳、全磷、全钾储量在4种树种中均最高。【结论】在带状采伐的前几年,由于采伐带内阳光充足,作为阳性树种的桤木和香椿,表现出强劲的竞争力,细根生物量密度较大。另一方面,改造初期,由于土层瘠薄,土壤水分含量较低,作为浅根性树种的桤木和香椿,通过增加水平根系的分支来获取更多的土壤空间从而吸收更多的营养,而香樟和喜树则通过增加细根直径和垂直深度来获取土壤空间,提高获取营养的能力。由此可见,川中丘陵区的4种阔叶树的细根性状具有明显差异,反映了不同的资源获取策略。     

Phylogeny and divergence of Chinese Angiopteridaceae based on chloroplast DNA sequence data （rbcL and trnL-F）

Marattioid ferns are an ancient lineage of primitive vascular plants that first appeared in the middle Carboniferous. Extant members are almost exclusively restricted to tropical regions, and the spe- cies-rich family Angiopteridaceae are limited in their distribution to the eastern hemisphere; relation- ships within the group are currently vague. Here the phylogenetic relationship between Angiopteris Hoffm. and Archangiopteris Christ et Gies. was evaluated based on the sequence analysis of chloro- plast rbcL gene and trnL-F intergenic spacer with MEGA2 and MrBayes v3.0b4. On the basis of the phy- logenetic pattern and fossil record, we further estimated the divergence time for the two genera. The phy- logenetic trees revealed that all species of Angiopteris and Archangiopteris in this study formed a monophyletic group with strong statistical support, but the relationship between the two genera re- mained unresolved based on individual sequence analysis. On the other hand, the sequence analyses of combined data set revealed that Archangiopteris species diverged first, indicating that Archangiop- teris may not be a direct derivative as traditionally assumed. The clade of Angiopteris and Archan- giopteris appears to have diversified in the late Oligocene (≈26 Ma) based on the molecular estimate. Thus, the evolutionary history of extant Angiopteris and Archangiopteris has been characterized by ancient origin and recent diversification, and these groups are not relic and endangered lineages as traditionally considered.     

雀科9种鸟类11个线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究

利用PCR方法对雀科9种鸟类11个线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇,即IQM(tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet),WANCY(tRNATrp-tlRNAAla-tRNAsn-tRNACyB-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN))进行扩增和序列测定,这些tRNA基因序列中可变核苷酸位点占15%,其中59%出现在环区,且存在插入核苷酸;茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变,G-u配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要.利用11个线粒体tRNA基因全序列,以鹌鹑为外群构建了雀科9种鸟类的系统发育树,结果表明:黄雀与其它物种关系较远;鹀亚科中灰头鹀与雀亚科关系最近,而小鹀与三道眉草鹀比较特化,这与根据二级结构特征得出的结论相吻合.利用茎区序列构建的NJ树在鹀亚科物种的分类地位上存在分歧,可能是由于核苷酸数目较少,信息量小,在解决近缘物种间的分类地位时受到限制.结合线粒体tRNA基因二级结构特征比较和系统发育分析,初步认为线粒体tRNA基因二级结构特征对于推断雀科属间的分类地位具有较高的置信度.     

滇西二高温温泉中Thermus高温菌的16S rRNA

 通过对滇西二温泉纯培养和免培养法获得的Thermus菌株序列进行16SrDNA系统发育及16SrRNA二级结构比较,发现二温泉中至少存在Thermus属的2个潜在新种,它们在系统发育树上形成1个独立的地理簇群分支,它们的16SrRNAhelix10二级结构也与其它地区的Thermus属菌株不同,形成明显的地域进化特征.