东海野生灰鲳mtDNA D-loop序列遗传变异分析

以东海区野生灰鲳背部肌肉的线粒体DNA为模板,采用PCR技术对7个个体的D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了471 bp的核苷酸片断(除去两端部分序列)。用DNAMAN6.0软件进行了排序比较发现,东海野生灰鲳的D-loop序列同源性高达99.48%;用DNASP4.0软件分析得知,7个序列共有6个单倍型(在GenBank登录号:GU970085-GU970087,GU970089-GU970091),在7个个体中,共检测到14个变异位点,包括13个转换和1个颠换位点。运用MEGA4.0软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了MP和NJ系统树。用DNASP4.0软件计算出的多态位点数为14,核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.009 71和4.571。研究结果表明,东海野生灰鲳的D-loop序列个体变异程度并不丰富。     

新疆河狸mtDNA D-loop HV-Ⅰ区的遗传多样性研究

通过测定和分析我国新疆乌伦古河流域16只河狸的mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列,对新疆河狸的遗传多样性进行了研究。结果表明,新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列长度为569 bp,A、T、G和C四种核苷酸的平均比例分别为27.0%、32.7%、24.0%和16.2%,新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区A+T含量高于G+C含量,表现出碱基组成的偏倚性。与蒙古国河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区(AY623632)比对后,发现我国新疆河狸mt DNA D-loop HV-Ⅰ区10个变异位点,占分析位点总数的2.03%,其中转换位点4个,颠换位点5个,缺失位点1个,无插入位点。依据Gen Bank上已公布的不同地区河狸种群mt DNA D-loop HV-Ⅰ区序列,构建系统树后发现我国新疆河狸和蒙古国河狸位于一个分支,说明两者属于欧亚河狸种下的同一个亚种-蒙新亚种(Castor fiber birulai)。在16只新疆河狸个体中鉴定出2种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.233 00±0.015 78,核苷酸多样性(Pi)为0.001 23±0.015 90,平均核苷酸差异数(K)为0.700,与其他河狸亚种种群比较后发现新疆河狸遗传多样性较低,基因丰富度低,这与新疆河狸局限的生活环境和人为因素的影响是密切相关的。     

青海省曲麻莱牦牛的母系遗传多样性及遗传背景探究

为从分子水平上揭示青海省曲麻莱牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对34头曲麻莱牦牛线粒体D-loop区的部分序列进行测定,确定多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度及单倍型多样度,并进行系统发育分析。结果表明:在获得的618 bp D-loop序列中,排除1处插入/缺失后,共检测到36处多态位点,其中单一多态位点4处,简约多态位点32处;根据序列间的核苷酸变异共确定了20种单倍型,其中优势单倍型为H1,单倍型多样度(h)为0.952±0.021,核苷酸多样度(π)为0.018±0.009,将测得结果与中国牦牛进行对比,曲麻莱牦牛具有非常丰富的母系遗传多样性。使用NJ法构建的系统发育树结果显示,20种单倍型可以分为2个支系,表明曲麻莱牦牛有2个母系起源。     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究

为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.     

梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540～560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602～604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且(A+T)含量高于(G+C)含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。     

赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区（D-loop）和细胞色素b（Cyt b）基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和F_ST值,D-loop和Cyt b都一致表明：长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出“小则越小,大则越大”的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。     

基于mtDNAcyt b基因变异的中国黄牛品种间遗传关系分析

18个品种136个个体的mtDNA cyt b基因全序列不存在长度差异(1140 bp),均以ATG为起始密码子,中间无插入、缺失或终止密码子,以终止密码子AGA结束;一共检测到了105个替代突变位点,约占核苷酸总数(1140 bp)的9.2％.核苷酸多样性(Pi)为0.00923,一共定义了47个cytb基因单倍型,单倍型多样性为0.848.105个突变位点中有65个转换和39个颠换,参考序列V00654的15615位点为中国黄牛cytb基因变异的转换与颠换共存位点.北方黄牛(0.00550±0.00088)和南方品种(0.00655±0.00128)的平均遗传距离相对较小,但是两者之间的平均遗传距离(0.01271±0.00262)差异较大;中原牛种群和北方种群之间的遗传分化程度(0.01002±0.00193)要大于和南方种群之间的遗传分化程度(0.00891±0.00178),所以中原牛种群受南方瘤牛的遗传影响较大.中原牛种群内的晋南牛和秦川牛受北方普通的影响相对瘤牛要大;而鲁西牛、郏县红牛和南阳牛受南方瘤牛的影响较大.     

东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析

采用聚合酶链反应(PCR)技术对浙江近海水域带鱼群体(n=15)的mtDNA CO Ⅰ基因序列进行扩增,获得了大小约为650 bp的扩增产物.对PCR产物进行双向测序,得到了609 bp的基因片段(除去两端的部分序列),获得了带鱼的DNA条形编码.用DNAMAN软件进行了排序比较发现,东海带鱼的CO Ⅰ基因序列同源性高达99.69％;用DNASP软件分析得知,15个序列共有10个单倍型(在GenBank登录号:GU970070-GU970075,GU970079-GU970082),在15个个体中,共检测到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换位点.运用MEGA软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数为13、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.005 13和3.124.研究结果表明,东海带鱼的COI基因个体变异程度比较小,对研究带鱼的种群结构和不同地理种群的遗传分化具有一定的应用价值.     

基于线粒体控制区D-loop序列的洪泽湖翘嘴鲌遗传多样性分析

为掌握洪泽湖翘嘴鲌(Culter alburnus)种质资源遗传多样性状况，采集洪泽湖6个群体共233尾翘嘴鲌，采用线粒体控制区D-loop全序列进行遗传多样性分析.结果显示，翘嘴鲌线粒体D-loop序列长度为934 bp～936 bp,碱基(A+T)含量(66.0%)明显高于(G+C)含量(34.0%). 243条D-loop序列检出23个变异位点，其中有9个单一信息位点，14个简约信息位点. 6个群体发现22个单倍型，全部群体的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为(0.794±0.019)和(0.002 51±0.000 14),呈现出高H_d和低P_i的遗传多样性模式. 6个群体中洪泽湖群体的遗传多样性最高(H_d:0.873±0.038,P_i:0.002 95±0.000 35),顾勒河群体的遗传多样性最低(H_d:0.709±0.064,P_i:0.002 03±0.000 31).分子方差分析表明，...     

基于mtDNA CO I基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法（NJ）和最大似然法（UPGMA）构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明：①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG（ATG）,终止密码子为UAA（TAA）,共编码514个氨基酸.T、C、A和G4种碱基的平均含量分别为29.5％（29.3％ ～ 29.8％）、25.5％（25.2％ ～ 25.6％）、28.7％（28.6％ ～ 28.9％）和16.3％（16.2％ ～ 16.5％）; A＋T的平均含量为58.2％,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0～0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA CO Ⅰ中亮氨酸平均含量最多（11.496％）,半胱氨酸平均含量最少（0.1946％）.碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171％、4.8627％;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39％、42.61％.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐（LWQ）牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

基于mtDNA COⅠ基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法(NJ)和最大似然法(UPGMA)构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明:①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG(ATG),终止密码子为UAA(TAA),共编码514个氨基酸.T、C、A和G 4种碱基的平均含量分别为29.5%(29.3%~29.8%)、25.5%(25.2%~25.6%)、28.7%(28.6%~28.9%)和16.3%(16.2%~16.5%);A+T的平均含量为58.2%,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0~0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA COⅠ中亮氨酸平均含量最多(11.496%),半胱氨酸平均含量最少(0.1946%).碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171%、4.8627%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39%、42.61%.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐(LWQ)牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性

以海南陵水、西沙、南沙以及马来西亚4个地理区域的101尾波纹唇鱼作为研究对象,利用mtDNA控制区序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析,并通过扩增、克隆与序列测定技术,获得了mtDNA控制区905 bp的序列,其多态性遗传参数的统计显示,在101尾个体中存在110个变异位点和71个单倍型;总群体的单倍型多样性(Hd)为0.981,核苷酸的多样性指数(Pi)为0.005 79,表明其遗传多样性处于较低水平.Tajima’s D中性检测均为负值,Fst值属于较低水平,仅为0.031 95,分子方差分析(AMOVA)和Kimuar 2参数模型的分析表明,这4个不同地理群体的波纹唇鱼是由一个小而高效的种群迅速发展而来的,且其遗传多样性和遗传分化水平较低.     

灵空山褐马鸡种群遗传多样性研究

山西灵空山国家级自然保护区位于太岳山脉中段,近二百年来没有褐马鸡分布的记载和报道,2005年首次发现褐马鸡在此栖息。灵空山褐马鸡地理种群的来源和遗传背景的研究尚属空白。文章采用线粒体DNA分子标记技术,对灵空山褐马鸡种群的遗传多样性、遗传结构、系统发育进行了分析。结果显示:4只个体均获得长度为1 238 bp的mtDNA D-loop全序列以及1 458 bp Cyt b的全序列,分别定义了3个和2个单倍型。两条序列D-loop和Cyt b单倍型多样性(h)平均值分别为0. 833和0.5,核苷酸多样性平均值(π)分别为0.002 83和0.002 06,平均遗传距离分别为0.003和0.002。反映了灵空山自然保护区褐马鸡种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群遗传多样性较低。这与该地区褐马鸡的资源现状、分布范围相适应。     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

基于线粒体ND2基因的龙头鱼群体遗传多样性分析

以海口、南通、青岛、泉州、湛江5个地理群体98尾龙头鱼为研究对象,通过PCR扩增获得序列长度为1 046bp的线粒体ND2基因全序列,共检测到变异位点19个,其中18个单一变异位点,1个简约信息位点。98条序列共定义了19个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.366±0.063 8,平均核苷酸多样性(Pi)为0.000 427±0.000 424。群体间平均遗传距离在0.000 228～0.000 607之间,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有显著的遗传分化。AMOVA结果显示,龙头鱼遗传变异主要来自于种群内(99.68%)。单倍型系统发育树显示,19个单倍型之间不存在明显的亚种分化。整体的中性检验结果均为负值且显著偏离中性,表明5个地理群体龙头鱼历史上曾经历过种群扩张。参考ND2基因2.5%～3.6%每百万年的变异速率,估算出群体分化扩张时间大致为(1.87～1.30)万年前的第四纪更新世晚期。     

淮河乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列分析淮河淮滨段、凤台段、蚌埠段、洪泽湖的野生乌鳢(Ophicephalus argus)种群遗传结构及种群历史.结果表明,在790bp的同源序列中,4个种群共检测到变异位点22个,占全部序列的2.78%,84个个体共检测到33种单倍型;4个种群的平均单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(Pi)分别为0.956 8、0.0038,表明淮河野生乌鳢种群的遗传多样性水平较高.4个种群间的遗传分化指数Fst为0.046 0,仅3.10%的变异来自种群间(AMOVA分析),基因交流值为10.3696,种群间K2-P遗传距离为0.003～0.005,从而显示乌鳢种群间没有发生明显的地理分化.NJ树揭示4个种群的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关.中性检验、错配分析和Network网络亲缘关系分析皆表明乌鳢鱼种群有过种群扩张,扩张时间约在末次冰期早期,距今51.8ka BP～74.6ka BP.     

锈斑蟳的COI基因序列的扩增和分析

本研究通过扩增了广东南海汕尾海域锈斑蟳COI基因的部分序列,初步分析了该海域锈斑蟳的种群遗传多样性。614bp的COI序列共检测到11个多态性位点数（polymorphic sites）,其中包含9个单变异位点（singleton variable sites）,2个简约信息位点（parsimony informative sites）,平均核苷酸变异位点（K）为2．778,核苷酸多样性指数（Pi）为0．00455。所检测的9个锈斑蟳个体中共定义了7个单倍型（Haplotype）,单倍型多样性指数为（Haplotype diversity）0．787。总体分析表明,广东汕尾海域锈斑蟳遗传多样性程度比较均匀,种质资源总体丰度相对可观。     

不同区域日本稻蝗Cyt b基因序列及相互关系

对中国 7个不同地理区域的日本稻蝗共 19个个体的线粒体 DNA细胞色素 b基因中间部分序列进行测定 ,比较其同源性 ,计算碱基组成 ,并用中华稻蝗和景泰突颜蝗为外群构建不同单倍型的 NJ分子系统树。在获得的432 bp的序列中 ,A T约占 70 .5 % ,其中 13个核苷酸位点存在变异 (约占 3.0 % ) ,4个位点引起了氨基酸的变异。就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的 A T含量较高 ,达 87.4%。由系统树显示 ,6个单倍型共形成 3个聚类簇 ,其分枝与地理分布没有直接的关系     

长江流域3个群体草鱼mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP分析

对采自长江流域湖北省监利县、江西省九江市以及江苏省扬州市邗江区3个群体的141尾草鱼线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切.结果显示,扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop区段长度约为1.6 kbp,监利群体中的1尾约为1.8 kbp,个体间存在长度变异现象;6种限制酶具有酶切位点,共检测到两种单倍型,其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型,另外140尾为另一种单倍型.依据单倍型频率的组成情况计算出九江和邗江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0,监利群体内的分别为0.046 6、0.001 80;监利群体与邗江(或九江)群体间的Rogers遗传距离为0.040 3;x2检验结果显示3个群体间的遗传差异不显著(P＞0.05).这些结果表明草鱼mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低.