人类P53下游基因一致性序列研究

人类P53蛋白是一种通用转录因子，通过调控一系列下游基因的转录来影响许多细胞功能。p53下游基因含有P53蛋白结合序列，收集已报道的63条人类P53蛋白结合序列并与E1-Deiry等定义的一致性序列进行比较，发现这些P53蛋白结合序列与一致性序列特征并不严格一致，对这些偏差规律的分析有利于建立p53下游基因预测模型，进而利用计算机方法预测p53下游基因，研究其基因互作网络。     

用计算机对人类TSPYl基因P53结合位点的鉴定

根据p53下游基因在其调节区域（启动子或内含子）含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’-RRRCWWGYYYN（0-13）RRRCWWGYYY-3’，R—G或A，W—T或A，Y—C或T，N—A，C，T，G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究，发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’-GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT-3’，意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。     

用计算机对人类TSPY1基因P53结合位点的鉴定

根据p53下游基因在其调节区域（启动子或内含子）含有与P53蛋白特异性结合的一致性序列5’ –RRRCWWGYYYN（013) RRRCWWGYYY3’,R=G或A,W=T或A,Y=C或T,N=A,C,T,G。用计算机对人类基因组中P53结合位点进行了研究,发现Y染色体上的TSPY1基因内含子中含有这样的一致性序列5’GGGCTAGTTTtgGAGCTAGCCT3’,意味着TSPY1基因有可能是一个p53下游基因。     

p53振子的形成机制及microRNA对p53目标基因表达的精细调控

肿瘤抑制因子p53调控着大量的基因,在肿瘤抑制中起着关键作用.实验结果表明,当DNA受损后,p53的表达呈现周期性振荡.已有的一些p53振子的理论模型,其振子产生机制通常依赖于p53和Mdm2之间相互作用的时滞因素.考虑基因表达的转录和翻译过程,运用动力学方程建模的方法,给出一种新模型,并利用Hopf分叉理论,给出p53振子产生的条件.数值模拟结果表明,与已有的时滞模型相比,该模型对参数具有更好的鲁棒性,较好地解释了p53振子的产生机制.最近的许多实验表明,p53调控着miR-34家族中大量microRNA的表达,这些microRNA又在后转录水平上对p53的下游目标基因起着调控作用.在这一模型基础上,研究microRNA加入p53调控网络后所起的调控作用,数值模拟结果初步表明,microRNA对p53下游目标基因表达起到了精细调控作用.     

p53基因调控网络研究进展

肿瘤抑制基因p53表达的p53蛋白是一个通用转录因子,与其上、下游功能相关基因组成了一个复杂的基因调控网络,在这个基因网络中p53基因起着关键作用;DNA损伤、缺氧、原癌基因的激活等均能刺激p53基因表达;p53表达升高后,可通过p53-MDM2反馈环路与泛素系统等对p53表达水平进行精确调节;p53通过调控多种下游/靶基因表达完成多种生物学功能,主要包括阻滞细胞周期、促进细胞凋亡、维持基因组稳定性等;认识p53基因调控网络的功能有助于理解p53及其下游/靶基因间的具体作用机制。     

p53抗体与恶性肿瘤

p53基因是人类肿瘤中突变频率最高的抑癌基因,几乎发生于所有的恶性肿瘤.突变基因编码的p53蛋白释放入血,可诱发机体自身免疫应答,产生p53自身抗体.在肿瘤病人和高危人群中检测血清p53抗体可以反映早期p53基因突变,作为一种新的肿瘤生物学指标,p53抗体有望在恶性肿瘤的早期诊断、治疗、预后、监测、复发等方面发挥重要作用.     

p53突变蛋白下调调控人肺腺癌细胞中E-cadherin的表达并促进细胞迁移

摘要：p53 是最重要的抑癌基因之一。在肿瘤发生发展过程中,超过50% 的人类肿瘤组织和细胞中存在 p53 基因发生突变,而且大多数为点突变,其中包括 R273H,由此产生的点突变蛋白会失去 p53 的DNA结合和特异的转录活性。最近的研究表明p53突变蛋白还可能获得一些野生型p53蛋白不具有的新的生物学活性。在本研究中,我们在人肺肿瘤细胞 H1299 中稳定表达含R273H 点突变的p53 蛋白（p53-R273H）,观察到细胞中 E-cadherin mRNA 和蛋白水平下调,同时细胞迁移能力增强。免疫荧光方法检测发现 p53-R273H 显著降低 E-cadherin 在肿瘤细胞间的表达。这些结果表明p53-R273H 突变蛋白具有下调 E-cadherin 基因的表达和促使肿瘤细胞迁移的新功能。     

GCK2软件在p53基因克隆过程中的应用

p53基因是迄今发现与人类肿瘤相关性最高的抑癌基因,通过克隆p53基因对其表达调控进行研究。利用 分子生物学软件GCK2.0对整个克隆过程进行分析,制定克隆策略,通过测序鉴定结果,得到了含目的基因 p53cDNA全序列的pTRE-p53重组质粒,通过GCK2.0分析,减少了基因克隆的盲目性,提高了工作效率。     

MdmX在Axin-p53信号通路中的调控机制

鼠双微体基因X(MdmX)是肿瘤抑制因子p53信号通路中重要的负调控蛋白,它能与p53直接结合,抑制p53的转录活性.体轴发育抑制因子Axin作为构架蛋白与p53及同源结构域互作蛋白激酶2(HIPK2)等相互作用形成复合物,诱导p53的转录活化,共同促进细胞的凋亡.本研究将MdmX引入Axin-p53信号通路的调控中,发现MdmX通过竞争Axin与p53的结合,抑制Axin诱导p53的转录激活.p53结合区域缺失的MdmX突变体MdmXΔp53则不能抑制Axin对p53的激活.这些实验结果为进一步深入研究Axin-p53信号通路在细胞凋亡及肿瘤发生发展中的作用提供了重要的理论依据.     

GCK2软件在p53基因克隆过程中的应用

p53基因是迄今发现与人类肿瘤相关性最高的押癌基因，通过克隆p53基因对其表达调控进行研究。利用分子生物学软件GCK2．0对整个克隆过程进行分析，制定克隆策略，通过测序鉴定结果，得到了舍目的基因p53cDNA全序列的pTRE—p53重组质粒。通过GCK2．0分析，减少了基因克隆的盲目性，提高了工作效率。     

利用文本数据挖掘研究p53基因表达调控网络

为了研究p53基因与其下游/靶基因的关联性,以了解p53基因表达调控网络,采用文本数据挖取方法,利用自编的Perl 5.10程序,对PubMed文献数据库中p53基因相关文献及人类基因本体数据库进行数据挖掘,并利用连锁聚类法构建p53基因表达调控网络图.结果发现,目标基因的频率分布同文本中所有基因本体的频率分布存在一定的关联性,低频基因的文本挖掘比例明显低于高频基因的文本挖掘比例.从而说明,p53基因表达调控网络中各基因的分布情况与基因频率有较大关系,而文本数据量对文本数据挖掘的准确率也有重要影响.     

Interaction of hepatitis B virus with tumor suppressor gene p53: its significance and biological function

The mechanism of the interaction of hepatitis B virus (HBV) with tumor suppressor p53 and its role in the hepatocar-cinogenesis have been studied by PCR-directed sequencing, gel shift assays and in situ ultraviolet cross-linking assay. The biological function of the interaction of HBV with p53 gene was investigated by co-transfection of chloramphenicol acetyltransferase ( CAT) reporter gene. p53 and HBV DNA. and quantitative PCR. Among the 16 primary hepatocellular carcinoma (PHC) samples. 13 were HBV-DNA positive. 10 HBxAg positive and 9 p53 protein positive. The p53 gene point mutation was found in 5 samples, one of which had a G to T substitution located at codon 249. After analyzing the HBV genome by a computer program, a p53 response element binding sequence was found in HBV genome at upstream of enhancer I. from 1047 to 1059 nucleotides. This sequence could specifically bind to p53 protein, increase p53 protein accumulation in the PHC cells and stimulate the transactivating activity of p53 and HBV replication . The results also revealed that HBxAg could combine with p53 protein to form a complex in the cells and enhance CAT expression. Immunocytochemical staining showed that p53 protein complex was located in the cytoplasm and the process of p53 entry to nuclei was. in part, blocked. From our results, we conclude that the mutation of p53 gene at codon 249 is infrequent in HBV-associated PHC. the DNA-protein binding between HBV and p53. and the protein-protein binding between HBxAg and p53 might lead to the reduction or inactivation of p53 protein, which in turn resulting in HBV-associated hepatocarcinogenesis.     

p53蛋白与肝细胞癌临床病理特征及预后的关系

目的 探讨p53蛋白表达与肝细胞癌的临床病理特征及预后的关系,为术后综合治疗及判断预后提供依据。方法 采用免疫组织化学方法检测88例肝细胞癌组织中p53蛋白的表达,比较阳性患者和阴性患者的临床病理因素和术后累积复发率、术后累积生存率的差异。结果 p53蛋白表达阳性组1、2、3累积生存率分别为75．0％、54.4%、24．2％,阴性组相应的分别为84．3％、77．8％、56．1％。与阴性组相比,p53蛋白阳性组有较高的术前AFP浓度（P=0．005）、有较大的肿瘤最大直径（P=0．042）、肿瘤包膜不完整或无包膜者多见（P=0．023）。结论 p53蛋白是评价肝细胞癌恶性程度及预后的一个有价值的生物学指标。     

一种新HDM2剪接变异体的cDNA克隆与序列分析

利用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)分析癌基因HDM2在人宫颈癌Hela细胞中的表达.对克隆到的HDM2基因片段进行测序分析,从中筛选到一种新的HDM2剪接变异体.该剪接变异体阅读框由1 401 bp组成,预测编码466个氨基酸.与野生型HDM2相比,该变异体氨基酸序列的29-53位缺失,395住丝氨酸突变为苯丙氨酸,407位丝氨酸突变为半胱氨酸,其中缺失段29-53位于HDM2与p53相结合区域的上游部分.这可能影响HDM2与p53的相互作用,与p53的失活及癌细胞的转移相关.