过表达小鼠ERA蛋白对细胞系的影响

为了研究鼠ERA蛋白对细胞生长状态的影响,构建了可调控诱导表达载体pEGSH-mera,并与受体表达载体pERV3稳定共转染鼠成纤维细胞L-929。应用PonA进行诱导表达后,Western Blot检测其表达水平发现,细胞中鼠ERA蛋白明显增多;用MTT法测定其生长曲线发现,细胞生长加快;应用流式细胞仪检测其细胞周期发现,G2/M期细胞数量明显减少。所以,鼠ERA蛋白在细胞周期中发挥重要作用。     

不同剪接形式鼠era在细胞内的定位

为分析两种剪接形式鼠era在细胞内的定位,构建了era—EGFP融合表达载体pSMEGFP—meraW和pSMEGFP-meraS,然后用其转染鼠细胞系NIH3T3。荧光显微镜观察发现,两种剪接形式鼠era—EGFP融合蛋白均定位于细胞浆中的核周围。同时,应用免疫荧光细胞化学法分析了自然情况下,鼠细胞系野生型era蛋白在细胞内的分布,结果显示细胞核与细胞浆中均有分布。推测鼠era蛋白在细胞浆中合成修饰后,才转移至细胞核发挥作用。由于era—EGFP融合蛋白难以进入核内或需要较长时间,所以导致era—EGFP与野生型鼠era在细胞内定位不尽相同。     

用基因芯片的方法对人酪蛋白激酶CK1γ1基因进行表达谱和聚类分析

将人酪蛋白激酶基因CK1γ1的cDNA与4096个胎脑cDNA一起点在玻璃介质的基因芯片上,用16种不同组织或细胞系的mRNA分别杂交该基因芯片,以正常人混合组织mRNA作共同对照,检测CK1γ1基因的表达谱变化,结果显示人CK1γ1基因在15种组织表达没有变化,但在肝癌组织中的表达却显著下调.采集的7例肝癌标本的cDNA与正常肝组织的cDNA重复7次芯片杂交,结果肯定了CK1γ1基因在肝癌组织中表达下调.同时,对芯片杂交结果通过聚类分析,按基因表达谱特征将CK1γ1基因与其他7种基因聚类在一起,提示CK1γ1基因可能在生物学作用方面与这7种基因有某种相关性.     

浅论基因芯片的研究

基因芯片是将大量核酸片段探针以预先设计的方式固定在载体上组成密集的探针集群,能1次检测大量的样品靶DNA(RNA)分子的存在和量,在研究基因表达、基因测序、发现新基因、疾病诊断和治疗等方面有广泛的应用.     

PTTG基因对人垂体瘤细胞侵袭能力的影响

目的：本研究的目的在于PITG基因过表达及沉默对人垂体瘤细胞侵袭力的影响,探讨其与垂体瘤细胞侵袭性的关系及调控机制。方法：用脂质体转染携带PTTG基因的表达质粒,构建过表达PTTG基因的垂体细胞株,观察细胞形态。另外我们运用脂质体转染PITGsiRNA对垂体瘤中的PITG基因进行干扰;利用Western blot技术检测其基沉默效应;通过Transwell小室法测定垂体瘤细胞侵袭能力的改变。结果：转染PITG siRNA后,垂体瘤细胞中PTIG的mRNA转录和蛋白表达受抑,显著低于未经处理的垂体瘤细胞（P〈0.01）。利用PTTGsiRNA对PTTG进行RNA干扰后,垂体瘤细胞的侵袭能力下降。结论：（1）在正常垂体细胞中过表达PTTG基因也可以引起细胞癌变,增强侵袭能力。（2）设计的PTTG siRNA能有效抑制体外培养垂体瘤细胞中PTTG的mRNA转录和蛋白表达水平,实现其基因沉默效应。PTTG与人垂体瘤的侵袭能力密切相关,其表达水平下降导致细侵袭能力降低。     

利用pGenesil-1.0构建人Dna2真核表达干扰载体

目的:构建人基因Dna2干扰(RNAi)的真核表达载体.方法:根据GenBank上人Dna2的cDNA序列设计并合成两条单链寡核苷酸,退火以后,插入质粒pGenesil-1.0多克隆位点的BamH I和Hind III之间进行重组,构建重组干扰载体,转化DH5α后测序鉴定出阳性菌株.重组质粒以脂质体法转染HeLa细胞,提取Dna2蛋白以免疫印迹法检验干扰效果.结果:设计的目的干扰序列5’-catagccagtagtattcgatg-3’可明显抑制Dna2在HeLa细胞的表达.结论:利用pGenesil-1.0构建的人Dna2干扰载体适用于该基因功能研究.     

用基因芯片的方法对人酪蛋白激酶CK1γ1基因

将人酪蛋白激酶基因CK1γ1的cDNA与4096个胎脑cDNA一起点在玻璃介质的基因芯片上,用16种不同组织或细胞系的mRNA分别杂交该基因芯片,以正常人混合组织mRNA作共同对照,检测CK1γ1基因的表达谱变化,结果显示人CK1γ1基因在15种组织表达没有变化,但在肝癌组织中的表达却显著下调,采集的7例肝癌标本的cDNA与正常肝组织的cDNA重复7次芯片杂交,结果肯定了CK1γ1基因在肝癌组织中表达下调,同时,对芯片杂交结果通过聚类分析,按基因表达谱特征将CK11基因与其他7种基因聚类在一起,提示CK1r1基因可能在生物学作用方面与这7种基因有某种相关性。     

重组腺病毒介导RNA干扰人DLK1基因表达的研究

构建抑制人DLK1基因表达的重组腺病毒载体,利用腺病毒载体介导的RNA干扰技术评价其在肝癌细胞株中的基因沉默效应.将针对人DLK1基因的RNAi寡核苷酸序列,连接到腺病毒穿梭质粒中,在含有腺病毒骨架质粒pAdEasy-1的大肠杆菌BJ5183内进行同源重组.重组腺病毒载体在HEK-293细胞中包装扩增,得到高滴度的重组腺病毒.通过绿色荧光蛋白示踪腺病毒的感染效果,并通过荧光实时RT-PCR,western blot的方法证实重组腺病毒能够显著抑制DLK1基因在肝癌细胞株中的表达.     

用基因芯片技术分析干旱胁迫下生殖生长期大麦的基因表达

耐旱性是干旱地区稳定和增加大麦产量的一个关键因素。鉴定出与耐旱性相关的功能基因,一方面可了解大麦的耐旱机理,同时还可以促进利用生物技术来改良大麦的耐旱性。在研究中,2个在耐旱性上具有明显差异的大麦品种Tadmor(耐旱)和WI2291(干旱敏感)被选作材料,采用22000个ESTs(基因表达序列标签)的Affymetrix大麦基因芯片Barley1来分析生殖生长期干旱胁迫下2个大麦材料的差异表达基因。研究结果表明,干旱胁迫下2个大麦材料中有77个共调节基因,其中部分基因已被报道过可能与抗旱性相关。这些基因中已有功能注释的基因按其生物学功能被分为14组,猜测它们是干旱胁迫的响应基因,在抗旱性上可能不起重要作用,或者是必需的但单独不足以提高大麦的抗旱性。进一步比较2个材料差异表达的基因,发现二材料之间有372个受干旱调节基因的差异。这些基因中有功能注释基因的生物学功能中可分为15组,其中一些已被认为与抗旱性相关;而对那些未知功能的基因,推测可能亦在大麦的抗旱性上扮演一定的角色。研究所得结果可为阐述生殖生长期大麦的耐旱性机理提供新的认识。     

基于基因芯片的水稻胚乳发育相关基因生物信息学分析

水稻(Oryza sativa L.)胚乳的发育状况直接影响着水稻的产量和品质,而胚乳发育过程中复杂的分子机制尚不明确.为揭示水稻胚乳发育过程基因的表达模式,挖掘胚乳发育过程不同时期可能的关键基因,以水稻日本晴开花后(0day after flower,0DAF)籽粒中的子房和开花后第3天、第9天、第16天(3DAF、9DAF、16DAF)籽粒中的胚乳细胞基因芯片表达谱数据为研究对象,筛选并分析了不同时期表达量存在显著差异的基因.结果表明:同处于乳熟期的胚乳细胞(开花后第3天和第9天)基因表达模式最相似,间隔的天数越多,基因表达模式的差异程度越大;开花后第0～3天胚乳细胞消耗大量的能量,且在第3天达到峰值;胚乳中营养物质的积累从开花后第3天开始,第9天时积累最盛,到第16天时物质积累基本完成.加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,不同时期可能的关键基因具有不同的功能,涉及的生物过程包括叶绿素合成、活性氧清除、激素调控和脂质代谢.旨在揭示水稻籽粒开花时到胚乳大体完成增长时胚乳发育相关基因的表达模式,为培育产量高、品质优的水稻品种奠定分子基础.     

用基因芯片研究苦丁茶甙对K562细胞基因表达的影响

以人红白血病K562细胞株为材料，应用基因芯片技术研究苦丁茶甙对人红白血病K562细胞作用前后基因表达的差异，以诱导分化药物羟基脲处理作为正对照，分别提取药物处理前后细胞RNA进行逆转录cDNA，使获得的cDNA分别标记上Cy3和Cy5两种荧光物质；然后与由1632条cDNA片段制作的基因表达谱芯片杂交，经扫描及对获得的数据用相关软件分析，确定K562细胞经苦丁茶甙处理前后差异表达基因48条，有41条与羧基脲处理相同，其中上调表达的基因有32条，下调表达的基因有16条，这将为进一步建立基因芯片技术药物筛选模型奠定基础。     

The Gene Expression Profile of D-galactose Induced Aging Model Rat Using cDNA Microarray

In order to study the molecular mechanism of D-galactose induced aging model, cDNA microarray is used to analyze gene expression profiles of both normal and D-galactose induced aging model rats. Dgalactose induced aging model rats are injected with D-galactose, while normal rats are injected with physiological saline as control. After 7 weeks, the two groups of rats are killed simultaneously. Their livers are harvested for genome-wide expression analysis. D-galactose treated rats showed changes in gene expression associated with increase or decrease in xenobiotic metabolism, protein metabolism and energy metabolism.     

cDNA芯片应用在急性白血病研究中的初步探索

基因芯片技术对肿瘤基因组学的研究提供了一种高效的手段．采用基因芯片技术观察了14例初发急性髓系白血病患者12800条基因的表达谱,找到了一些和白血病发生有密切关系的基因．用表达谱的聚类方法分析难治性白血病的基因表达特征,发现一些与耐药相关的基因在难治性白血病人和易治性白血病人中表达有明显不同,证明难治性白血病与耐药有一定关系。     

基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法

针对cDNA基因芯片数据分析中划格对提取杂交荧光样点杂交强度信息的重要作用，提出了一种基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法，采用NCBI上GEO数据库中cDNA基因芯片图像进行划格实验，验证了该算法的有效性。     

多阶段的微阵列数据特征基因集选取

为解决微阵列数据中因样本量少且每个样本的维度高而带有大量干扰信息和冗余信息的问题, 通过分阶段的步骤对特征基因集进行全方位的选取和优化。考虑到单个基因在不同环境中的差异性, 从中选择出只在特定条件下差异较大的基因构成候选特征集; 剔除候选特征集中相关性较小的基因; 采用遗传算法对所得特征集的任意子集的整体分类性能进行考查, 选出较优的子集。实验结果表明, 该算法对逐步选取特征基因具有可行性和有效性, 而特征基因集在分类适应度（分类能力度量）和分类准确率均比原始数据更好。     

基于加权极限学习机的肿瘤基因表达谱数据分类

基因表达谱数据一般来源于临床试验,而在临床试验中,试验样本的类分布情况是不确定的,这就使得表达谱数据往往具有比较明显的不平衡性.采用加权极限学习机来对不平衡基因表达谱数据进行分类,为了减少因为不平衡数据引起的分类误差,一个临时的权重被分配给每一个样本以增强少样本类的影响,同时减少多样本类的影响,进而提高肿瘤分类的准确率.实验结果表明,所提方法能够提高少样本类的识别率,从而提高分类器的总体性能.     

基于BTLBOGSA与CNN的基因微阵列数据分类模型

针对现有基因微阵列数据分类中存在的数据维度高、容易发生过拟合的问题,提出了基于BTLBOGSA(Binary TLBOGSA)与卷积神经网络(Convolutional Neural Network, CNN)的基因微阵列数据分类模型(BTLBOGSA-CNN)。该模型首先针对基因微阵列数据分类时存在的数据维度高的问题,利用新的编码策略,将连续搜索空间转换为二元搜索空间,结合教与学优化(Teaching-Learning-Based Optimization, TLBO)算法的二元变体与引力搜索算法(Gravitational Search Algorithm, GSA)的各自特点,基于BTLBOGSA方法从基因微阵列数据集中选择具有高鉴别性的基因;然后针对基因微阵列数据分类易发生过拟合问题的现象,利用卷积神经网络进行基因微阵列数据的分类。利用公开的基因微阵列数据集进行仿真实验,从TLBO算法与GSA结合的有效性、BTLBOGSA与CNN结合的有效性、BTLBOGSA-CNN与其他已有分类模型相比的有效性3个方面进行对比分析,结果表明,BTLBOGSA-CNN模型可以在较少的特征基因下...     

太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因初探

将搭载于“神舟四号”飞船飞行返地后的宫颈癌Caski细胞进行单克隆化,筛选出生长速度快于对照组、编号为44F10的细胞克隆,G1期细胞减少,S期细胞增多,成瘤能力增强;编号为48A9的细胞克隆细胞学行为与之相反,与对照组差异均有显著性(P<0.05)。为了解太空诱变肿瘤细胞生物学行为改变的机制,从分子水平入手研究经太空诱变的宫颈癌细胞和地面对照细胞的差异表达基因。应用含2747个人类肿瘤相关基因的Oligo双通道芯片研究差异表达基因。分别抽提44F10、48A9组和地面对照细胞的总RNA,逆转录cDNA并标记探针。将实验组和对照组cDNA探针混合,分别与同一张芯片杂交后,用不同的波长扫描荧光强度,从而筛选出差异基因。44F10组有16个基因呈现差异表达,48A9组有36个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及细胞凋亡、细胞增殖、细胞周期调控和信号转导的基因。促进细胞增殖的基因在44F10组中表达上调,而在48A9组中限制细胞增殖的基因表达上调。研究表明,太空诱变宫颈癌细胞的差异表达基因导致了细胞生物学行为的改变。     

砷代谢相关的全长新cDNA的克隆和功能初步研究

从人胎脑中获得mRNA建立cDNA文库,通过大规模测序克隆出一人类新基因cDNA,全长2255bp,开放阅读框（ORF）1532bp,用4umol/砷刺激L－02细胞2周,与未用砷刺激的L－02细胞作表达谱基因芯片杂交,发现该基因在胂刺激L－02细胞中表达量上调3倍,用不同浓度砷染毒L－02细胞2周,与未用砷染毒辣的L－02细胞抽RNA转膜作Northern杂交,结果显示文艺基因在未染毒L－02名几乎不表达;而在砷染毒细胞中该基因的表达量明显增加,且有随剂量增加表达量亦增加的趋势;同时Northern结果显示在2,3kb处有单一条带,用不同浓度砷染毒L－02细胞2周,作细胞原位杂交,结果显示该基因在未染毒细胞中几乎不表达,在各染毒组细胞中均有表达,据此,认为这可能是一条新的全长砷代谢相关基因,经HUGO／GDB人类基因命名委员会的同意,命名为ARGI（arsenite related gene 1)。     

RT-PCR法检测大鼠组织中GLUT8基因表达特异性

采用半定量RT_PCR技术检测青春前期和成年大鼠的主要组织中GLUT8基因mRNA表达水平.实验结果显示,葡萄糖转运蛋白GLUT8基因在成年和青春前期大鼠的睾丸组织中都有高度表达,在心脏和肾脏组织中有少量表达,在肝、脾等组织中的表达是微量的;在成年大鼠睾丸组织中,Leydig细胞、睾丸生精细胞以及附睾的精子细胞中GLUT8基因都有大量的表达,其中以在Leydig细胞中的表达最丰富,而且GLUT8基因在睾丸生精细胞中的表达水平高于附睾的精子细胞.结果说明GLUT8蛋白主要分布在大鼠睾丸组织中,并且主要在Leydig细胞和精子细胞中参与葡萄糖转运和能量代谢与供应.