基于Markov模型的基因组合调控模块预测

研究了Markov模型在预测基因组合调控模式中的应用.首先基于基因序列特点构造Markov模型,并发展了预测基因组合调控模块的概率模型.然后结合目前基因组合调控模式数据库的特征,提出了比较模型优劣的新指标:丰度.最后利用提出的模型预测分析酵母核糖体蛋白基因中的转录调控模块,并与其它方法进行比较,结果表明Markov模型在预测基因组合调控模式时的有效性和优越性.     

优势重组预测系统

不同预测模型在同一时刻都存在不同的预测误差, 最优组合预测的预测精度要比其他模型高,但并不是所有时刻误差都最小,有的时刻可能比单项预测误差还大,因此,在预测时就存在较大的风险.再组合预测可以降低预测风险,但方法比较复杂难以推广.针对这些问题,根据生物遗传原理,设计了一种优势重组系统,子代的基因由父代的最优基因重组得到,有着优良基因的子代预测的结果误差最小或不是最大.实证结果表明,优势重组模型预测性能高于所有父代模型.     

评价单元对地质灾害易发性评价的影响

西吉县地处宁夏回族自治区南部山区,地质环境条件复杂,地质灾害数量多、规模大,严重制约当地的经济发展。为了探究不同评价单元对地质灾害易发性评价结果准确性的影响,以宁夏西吉县地质灾害为研究对象,分别以网格单元和斜坡单元作为评价单元,选取灾害点密度、坡度、坡高、坡型、降雨、岩土体类型、人类工程活动和地震等8个评价指标,基于ArcGIS软件,运用综合评判模型对各分级量化的评价指标进行叠加计算,其中采用层次分析法确定各指标的权重值,并应用突变点法将研究区划分为非易发区、低易发区、中易发区和高易发区四个等级,最后通过Sridevi Jadi经验概率法和相对滑坡密度指数法对易发性评价结果进行精度检验。结果表明：基于斜坡单元的高、中易发区灾害点占比比基于网格单元的高5.2%,采用Sridevi Jadi经验概率法得到的基于斜坡单元和网格单元的地质灾害易发性预测结果精度分别为94.74%和90.08%,基于斜坡单元和网格单元的高、中易发区滑坡密度指数值分别为99.30%和98.79%。斜坡单元的预测精度更高,表明采用斜坡单元划分的地质灾害易发性评价结果更为合理准确。     

基于信号处理的基因识别模型

为了获得精确可靠的基因识别信息,根据所给DNA 序列进行数值化映射（基于 Voss映射和Z-curve映射）运用快速傅立叶变换（FFT ）以及离散小波变换算法计算DNA序列功率谱和信噪比;对于不同类型生物的基因预测采用靴带抽样算法推断基因预测的最佳阈值并以特异性、敏感性和精度3个性能指标来评估基因预测方法的性能,所建模型在基因识别中精度较高、运算快、效果好。     

计算机在流感病毒（Influenza RNA）结构分析领域的应用

甲型H1N1流感病毒（influenzavirusA）基因组合有8个RNA基因片段，本文主要介绍了RNA的结构，以及目前计算机在RNA结构分析领域的应用现状，以及应用最多的预测工具。     

基于灰色理论的交通量预测

灰色模型可以在交通量资料缺乏的条件下建立模型进行预测,运用灰色模型对未来交通量进行预测。在灰色预测的基础上,建立了一阶单变量的交通量预测模型,运用灰色GM（1,1）模型来体现交通量的灰色性。实例计算分析表明,模型精度良好,预测结果与实际状态基本相符,成功地预测了交通量,预测结果证明了该模型的优点,该模型具有较强的适用性。本方法简便、适用,尤其能够在历史数据缺乏、离散性高、并对影响历史数据的各因素认识不十分清楚的情况下,能够得到较高精度的预测结果,利用灰色理论进行交通量预测是一种行之有效的方法。     

充填管道失效风险性预测精度研究

为更准确预测矿山充填管道失效风险性,建立主成分分析与改进BP神经网络相结合的评价模型。选取10项评价指标作为充填管道失效风险性的评判指标,统计10个矿山的样本数据,并运用主成分分析法对这10个样本数据进行预处理,得出主要成分,再利用改进的BP神经网络模型进行预测,最终得到更准确的管道失效风险预测结果。研究结果表明,所得到实际预测结果与期望值之间的相对误差分别为2.31%,1.68%,3.02%。预测相对误差控制在4%以内,较未经主成分分析处理的标准BP神经网络预测精度更为准确。利用主成分分析法与改进的BP神经网络相结合建立的充填管道失效评价模型具有分析速度快、预测精度高的特点,为矿山充填管道失效风险预测提供了一种更为完善的方法。     

基于灰色理论的地下水水质预测

针对地下水水质难以预测的问题,运用灰色理论对地下水水质进行预测,并用Matlab语言编制了程序,通过对实例的计算,得到的预测值与实际值的对比,证明了该方法的可行性。同时评价了GM(1,1)模型与等维灰数递补模型对于非单调变化的地下水水质的预测精度。预测结果表明:在地下水水质非单调变化情况情况下,等维灰数递补模型的预测精度要优于常规灰色模型GM(1,1)。     

甲基化异常基因预测肿瘤风险价值的属性论方法评估

运用属性论方法构建甲基化异常基因预测肿瘤风险价值的属性论方法评估模型,模拟50个肿瘤相关甲基化异常基因的数据库,编写程序进行运算,给出其预测肿瘤风险价值的排序结果.该结果也可以客观反映出不同评判者研究经验对评价结果的影响程度,根据不同评判者经验基准进行权重调整,为甲基化异常基因预测肿瘤风险价值的评估开辟新途径.     

多模型软测量的顶板来压预测模型

为了对中国煤矿顶板安全进行合理的预测,建立有效的预警机制,提出采用多模型软测量的来压预测方法,方法中首先利用EEMD方法对非线性、非平稳来压监测信号进行模态分解,得到多个IFM;其次根据IFM的特点,对非线性的固有IFM序列运用SVM方法进行预测,对于线性趋势项序列运用ARIMA进行预测,最终将各预测值合成重构得到系统模型的预测输出。实测数据分析表明,基于EEMD-SVM-ARIMA软测量的来压预测模型具有较高的精度,能很好地反映来压变形规律,能满足安全生产的需求。     

大肠杆菌K88ac,ST1,LTB基因融合

利用PCR技术,从大肠杆菌C83902质粒中扩增出K88ac基因,再从含ST1-LTB融合基因的重组质粒pXSLT1中扩增出ST1-LTB融合基因,构建了含K88ac-ST1-LTB融合基因表达质粒的重组菌株BL21(DE3)(pET-28KSL).经酶切鉴定和序列测定证实,构建的重组质粒pET-28KSL含有K88ac-ST1-LTB融合基因,且基因序列和阅读框架正确.经ELISA检测,重组菌株表达的K88ac-ST1-LTB融合蛋白能够被ST1,LTB单抗和K88ac抗体识别,表明已成功构建了K88ac-ST1-LTB融合基因,并实现了在重组大肠杆菌中的表达.     

科研成果跨领域应用是不务正业吗?

基因病毒工程国家重点实验室的常务主任金奇,除了做与传染病有关的项目研究之外,正在积极与华北制药集团和大庆油田合作,解决用微生物生产Vc和提高石油产量的难题。金奇在“863”计划里承担了两个课题,其中一个就是破译用于生产Vc菌株的基因组。Vc是我国重大战略医药品种之一,中科院早在十几年前,就发明了一种Vc发酵生产法,这种方法没有污染,而且产量高,但是需要特定的生产菌株,因此,国家把生产菌株的功能基因研究列进“863”计划。现在,金奇带领的课题组,与华北制药集团合作,利用基因组、芯片和分子生物学等技术,已经把菌株的基因测序完毕。     

云平台下基因 基因相互作用识别算法

针对现有的快速方差分析算法进行并行可扩展性改进, 设计一种高效的并行计算模型, 并提出一种基于MapReduce模型的基因 基因相互作用识别算法--MRANOVA算法. 该算法有效解决了现有基因 基因相互作用识别算法在海量数据规模下普遍存在计算复杂度过高的问题. 实验结果表明, 该算法充分利用了云平台的并行计算能力, 随着数据量的增大, 加速比逐渐接近于集群数量, 可高效准确地完成基因 基因相互作用的识别.     

病毒诱导的基因沉默

病毒诱导基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS)是近年发现的一种转录后基因沉默的现象,是快速鉴定植物基因功能的一种反向遗传学新技术,近年来成为植物基因功能研究的有力工具.文章从病毒诱导基因沉默的发现、作用机制、优势、病毒抑制子及其在植物基因功能研究和植物抗病毒的应用等方面进行了综述...     

略论基因诊断

本文是关于基因诊断的原理及其分子生物学技术的概述．着重介绍了基因探针和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹、聚合酶链式反应（ＰＣＲ）及等位基因特异聚合酶链式反应（ＡＳ－ＰＣＲ）和限制性片段长度多肽性（ＲＦＬＰ）分析的原理、方法、技术特点和应用范围．最后，讨论了其发展前景．     

病毒诱导的基因沉默

病毒诱导基因沉默(Virus-induced gene silencing,VIGS)是近年发现的一种转录后基因沉默的现象,是快速鉴定植物基因功能的一种反向遗传学新技术,近年来成为植物基因功能研究的有力工具.文章从病毒诱导基因沉默的发现、作用机制、优势、病毒抑制子及其在植物基因功能研究和植物抗病毒的应用等方面进行了综述.     

以抗的表位为基础的基因免疫

基因免疫（ｇｅｎｅ ｉｍｍｕｎｉｚａｔｉｏｎ）是指通过将目的基因克隆于真核表达载体后直接注入机体,表达相应抗原,诱生免疫应答。１９９０年,Ｗｏｌｆｆ等在研究ＤＮＡ的化学损伤及修复时偶然发现：肌肉注射含有编码虫荧光素酶（ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ）报告基因的裸露质粒ＤＮＡ时,在注射局部有该报告基因的表达及酶活性表现。此后的研究发现表达的蛋白可在机体内诱生特异性的体液免疫应答。１９９３年,Ｕｌｍｅｒ等半流感病毒ＮＰ表达质粒注射入小鼠骨骼肌,不仅检测到特异性ＩｇＧ抗体,而且免疫小鼠的脾细胞在体外可特异杀伤Ｎ…     

基因芯片技术

基因芯片(Gene Chip)技术是近年来发展起来的高通量、高效率的分子生物学技术。该技术在分子生物学研究、医学临床检验、生物制药和环境医学等领域都显示出了强大的生命力，具有微型化、集约化和标准化的特点。本文简要介绍了基因芯片的原理、类型、制备与检测方法、应用及该技术现阶段遇到的一些困难和未来的发展方向。