贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

杉木遗传多态性与多基因位点遗传结构

在分析杉木16个群体的自由授粉种子胚乳蛋白质24个同功酶基因位点遗传多态性的基础上,进一步估计了遗传多态性与多基因位点之间的关系。研究结果表明:平均多态性位点占88.00％,每个位点平均有3个等位基因,期望杂合率为0.394;遗传多态性呈随机分布,但有7个位点等位基因频率与地理、气候因子相关;遗传多态性的6％归因于群体间的分化,94％属于群体内变异;16个群体中有15个存在双位点配子不平衡,大多数群体中明显存在高阶(两个基因位点以上)配子不平衡现象;配子不平衡与地理、气候因子之间相关呈随机分布。奠基者效应、群体的再分化、分布区内环境多样性以及2000多年人工栽培历史,均是产生和保持杉木群体遗传多样性及结构的重要因素。     

翘嘴鳜EST-SSR标记的开发及3个群体遗传多态性分析

为保护野生翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的种质资源以及遗传育种,本研究从翘嘴鳜的EST文库中开发微卫星并筛选出22对具有多态性的微卫星标记,对来自陆水水库(赤壁)和沅江流域(常德、怀化)的3个野生群体进行了遗传多样性分析.实验结果显示,这些标记在3个群体中均表现出了丰富的多态性;共检测到134个等位基因;各基因座观测等位基因数4～8个;平均等位基因数为6.090 1;观测杂合度0.675 4;期望杂合度0.748 7;多态信息含量0.701 0,表明3个翘嘴鳜群体在各检测位点中具有较好多态性.对数据进行F-检测,平均Fst值为0.038 3,说明群体间的遗传分化程度低;而群体遗传相似度和遗传距离的计算结果显示:常德和怀化群体的遗传相似度最大,遗传距离最小;而常德与赤壁群体的遗传相似度最小,遗传距离最大.这恰恰与翘嘴鳜群体的流域分布一致.     

四川藏鸡保种群遗传多样性研究

利用6对藏鸡微卫星引物对四川甘孜州乡城县藏鸡保种群进行了遗传多样性研究.结果表明：6个微卫星座位中共检测到31个等位基因,单个座位的等位基因数为2~10个,平均等位基因数为5.16个.各座位PIC值分布范围在0.177~0.700之间,平均PIC值为0.537,6个微卫星位点在藏鸡中存在多态性.各座位的表观杂合度在0.220~0.980之间,期望杂合度H在0.198~0.745之间,等位基因频率的范围为1%~89%.本文研究结果表明藏鸡保种群的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富.     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

基于微卫星标记的中华蜜蜂5个自然群体遗传多样性分析

【目的】分析中国四川阿坝、黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)自然群体遗传多样性。【方法】提取样品基因组DNA后进行PCR扩增,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。通过计算15对微卫星标记在5个中华蜜蜂自然群体中的等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、观测杂合度、遗传距离、遗传相似系数和遗传分化系数,进而评估各中华蜜蜂种群遗传多样性和各种群间遗传分化。【结果】15个微卫星位点共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数平均为4.266 7个,单个位点的等位基因数为2～6个。各群体平均等位基因数为2.6～3.066 7个,平均观测杂合度为0.550 3～0.664 3,平均期望杂合度为0.524 4～0.566 7,平均多态信息量为0.410 3～0.492 7。四川阿坝群体与黄土高原、海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc001,Acc096,Acc131等3个位点上存在明显分化;黄土高原群体与海南岛、浙闽丘陵、滇南地区等地群体在Acc114,Acc121,Acc132等3个位点上表现出一定程度的遗传分化;海南岛群体与浙闽丘陵、滇南地区两地群体在Acc001,Acc002,Acc004,Acc131,Acc132等5个位点上均表现出较强的遗传分化;浙闽丘陵与滇南地区群体间在Acc002,Acc121,Acc131等3个位点上遗传分化极明显。5个中华蜜蜂自然群体之间的遗传距离在0.160 1～0.491 0之间。【结论】5个中华蜜蜂群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化明显。     

5个棘胸蛙养殖群体微卫星遗传多样性分析

养殖群体繁殖过程往往受到人为干扰,经过多年养殖后容易出现近亲繁殖现象,影响养殖效益。为了解棘胸蛙Quasipaa spinosa养殖群体的遗传多样性,评估棘胸蛙的遗传现状,本研究选用9个微卫星分子标记对5个养殖群体(江西、浙江、广西、广东、福建)148个实验样本进行遗传多样性分析,结果显示：9个微卫星位点在5个养殖群体中共检测到46个等位基因位点,其中,平均等位基因和平均有效等位基因数分别为5.111和2.702,平均观测杂合度和期望杂合度为0.182和0.589,平均多态信息含量为0.536;养殖群体内观测杂合度和期望杂合度分别在0.130～0.230和0.353～0.468,且观测杂合度均小于期望杂合度。广东和广西群体遗传相似度最高(0.819),福建和江西群体的遗传相似度最低(0.441),与利用MEGA软件构建UPGMA进化树结果相一致。实验结果揭示棘胸蛙养殖群体已经存在一定的近亲繁殖现象。建议在人工养殖棘胸蛙的过程中,应尽量扩大选种范围,避免近亲繁殖;同时,定期从外地良种场引进良种作为繁殖亲本,提高亲本遗传多样性。     

甘肃回汉族人群D1S80位点扩增片段长度多态性研究

报道了对甘肃省108名汉族和72名回族无关个体D1S80位点扩增片段长度多态性的等位基因频率调查分析,已在汉族中发现21个等位基因,71种基因型,基因频率为0．005－0．111,杂合度为82％,个体识别率为0．95,在回族人群中发现22个等位基因,51种基因型,基因频率为0．007－0．153,杂合度为86％,杂合度为86％,个体识别率为0．92,基因频率符合Hardy-Weinberg法则,结果提示甘肃省回族和汉族之间在其等位基因数目及频率分布上均存在显著性差异,进一步的分析还表明甘肃省汉族人属于北方群体,支持了有关中国大陆存在南北两大群体的观点。     

中国美利奴羊(新疆军垦型)超细品系微卫星多态性的研究

选择分布在绵羊第6号染色体上的4个微卫星基因座OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506,利用PAGE凝胶电泳检测微卫星在中国美利奴羊（新疆军垦型）超细品系中的等位基因数,计算等位基因频率（Pi）、遗传杂合度（H）和多态信息含量（PIC）,分析了中国美利奴羊（新疆军垦型） 微卫星DNA的多态性.4个微卫星位点OarDB6、BM1824、BM6438、BM6506在中国细毛羊品种超细品系中PIC平均值为0.6074,该4个微卫星位点可以用于中国细毛羊遗传多样性的评估.遗传杂合度平均值为0.86145,表明该品系绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且4个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究.     

中国对虾微卫星DNA多态性分析

根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析.实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体.结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因.对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(Ho)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失,KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失.其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数Fst值进行了计算,两两群体之间的Fst值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱.P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27%的遗传变异是来自个体之间,只有0.73%的遗传变异是来自群体之间.最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远.实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量.     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选

耐低温性状是鱼类一种重要的经济性状。为进一步探索大黄鱼耐低温性状,本研究采用13个大黄鱼微卫星标记,以岱衢洋大黄鱼低温耐受组和正常对照组2个F2代群体各50个个体为研究对象,分析了群体耐低温性状的遗传差异。结果显示:13个微卫星标记位点在2个岱衢洋大黄鱼群体中共检测到109个等位基因,观测等位基因85个,平均有效等位基因6.49个,观测杂合度0.89,平均期望杂合度0.85,2个群体的平均多态信息含量值为0.81,全部为高度多态,表明13个微卫星位点在所选育的岱衢洋大黄鱼群体中均表现出较高的多态性,群体的遗传多样性比较丰富,可以作为良好的育种材料。耐低温性状相关微卫星标记的研究显示,标记LYC0015在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112、110、108、106和104 bp),其中LYC0015112bp等位基因在低温耐受组的出现频率达48%,而在正常对照组中的频率为零,表明该等位基因对岱衢洋大黄鱼温度特性较为敏感,可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系,这一结果可以岱衢洋大黄鱼今后耐低温群体的选育研究提供基础资料。     

太平洋蓝鳍金枪鱼野生群体遗传多样性的初步研究

采用RAPD和微卫星(Simple sequence repeats,SSRs)分子标记技术对太平洋蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)野生群体遗传多样性进行了分析.运用18个随机引物进行RAPD分析,共扩增产生96个可统计条带,其中多态性条带32条,多态位点百分率为33.3,Slaannon's遗传多样性指数0.243 0,群体平均杂合度H 0.192 6;在SSRs分析中筛选出10个SSRs引物,多态座位比例为100%,Shannon's遗传多样性指数1.162 2,群体平均杂合度0.648 6.多态微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.357 1～0.818 7.平均0.546 2,分析结果表明太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平.     

利用微卫星标记分析巢湖鸭群体的遗传多样性

巢湖鸭是我国著名中型蛋肉兼用品种,为了进一步阐明其保种及群体遗传结构状况,通过资源调查摸清了巢湖鸭的外貌特征、生产特性和适宜分布的生态环境,采用26个多态性较好的微卫星标记,检测了巢湖鸭的遗传多样性。结果表明:26个微卫星位点均表现出多态性,总共检测到111个等位基因,平均等位基因数为4.269个;群体多态信息含量为0.526,杂合度为0.610。瓶颈效应分析结果表明:该群体已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。根据调查结果及遗传多样性检测数据,提出通过原产地保护,从而保护巢湖鸭的建议。     

思茅松种子园遗传结构及遗传多样性

采用等位酶分析的方法对思茅松种子园内收集的4个思茅松群体进行遗传分析,以此阐述了思茅松种子园的遗传结构和遗传多样性状况。9种酶16个酶位点的遗传分析结果：思茅松种子园的多态位点比例（P）为73.5%;平均每个位点的等位基因数（A）为2.42;平均每个位点的等位基因有效数（Ne）为1.54;期望杂合度（He）为0.295;实际杂合度（H0）为0.181。结果表明思茅松种子园具有较广泛的遗传基因和遗传多样性;思茅松种子园的建立是思茅松遗传改良的有效途径之一。     

绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发及遗传多样性分析

采用FIASCO法构建了黄缘闭壳龟基因组微卫星富集文库,开发了18个具有多态性的微卫星分子标记. 18个位点的等位基因数目为2~14个不等,每个位点平均等位基因数为6.3个;观测杂合度在0.032和0.936之间变化(平均值为0.329),期望杂合度在0.148和0.903之间变化(平均值为0.635).黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发,将为其遗传学和种群结构分析研究提供有力的分子工具,并为制定新的保护策略提供理论依据.     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。