广西药用植物两面针遗传多样性的ISSR分析

【目的】目前两面针（Zanthoxylum nitidum）野生资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于两面针野生资源的保护和可持续利用。【方法】利用ISSR分子标记对11个广西两面针自然居群共138个样本进行DNA多态性分析。【结果】从100个随机引物中筛选出8个有效引物,共扩增出63个DNA片段,都为多态性条带,多态位点百分率（P）为100%。两面针在物种水平上具有较高遗传多样性,Nei’s基因多样性（He）和Shannon信息指数（I）分别为0.227和0.356。两面针11个居群的遗传分化系数（Gst）为0.490,居群内变异占51%,居群间变异占49%,说明居群间和居群内的遗传分化基本持平;居群间基因流（Nm）为0.52,表明居群间基因流动较贫乏。各居群间的遗传距离在0.053~0.334之间,居群间的聚类及Mantel检验（r=0.391,p=0.040）均表明广西两面针居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显。【结论】广西野生两面针种质资源多样性较高,有利于培育高品质的药材品种;就地保护是两面针资源保护的首选,选择个体数量多、居群内变异系数大,自然环境不易受到人为影响的天然居群进行保护。     

基于RAPD标记的罗布麻野生居群遗传多样性分析

利用RAPD技术对采自我国8个省份的9个罗布麻野生居群进行遗传多样性分析.从80条随机引物中筛选出17条引物,共扩增出157条带,其中多态性带108条.物种水平的多态位点百分率(PPB)为68.79%,Nei’s基因多样性指数H为0.2296,Shannon’s多态性信息指数I为0.3390.居群间的遗传分化系数Gst为0.8841,即11.59%的遗传变异来自于居群内,88.41%的遗传变异来自于居群间,居群间的遗传分化水平远高于居群内.居群间遗传距离与聚类结果显示各居群间的亲缘关系与地理分布不完全相关.针对现有罗布麻的遗传多样性现状,建议加强对现有自然居群的保护.     

不同种群狭叶小羽藓(Haplocladium angustifolium)重金属含量及遗传多样性

以上海市狭叶小羽藓居群为实验材料,测定不同居群植物体中的重金属元素含量,利用随机扩增多态DNA标记技术（random amplified polymorphic DNA,RAPD）对不同浓度重金属污染下的小羽藓居群的遗传多样性和遗传分化进行了初步分析．结果表明：104个检测位点中发现94个多态性位点,多态位点百分率为91．35％,总的居群的Nei基因多样性指数（H）为0．2682,Shannon指数（I）为0．4108,小羽藓种群表现出较高的遗传多样性．总的遗传居群间遗传分化系数（Gst）为0．5591,居群内遗传分化系数（协）为0．1182,居群间的变异程度远远大于居群内的变异程度．将各个样点居群的Shannon信息指数同重金属含量做相关性分析得出,Shannon信息指数的增加同Cr含量呈明显正相关,表明Cr胁迫对小羽藓种群的遗传分化有较大程度的影响．     

地黄居群遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记,对地黄（Rehnwmnia glutinosa）14个自然居群、1个栽培居群和属内近缘种5个居群的遗传多样性与遗传结构进行了研究．结果表明：地黄不同居群的平均多态位点百分率（PPB）为40．53％,平均Shannon多样性指数为0．1915,平均Nei’s基因多样性指数h为0．1253,遗传多样性水平较低．AMOVA分析结果和基因分化系数显示遗传变异主要发生在居群内,居群间的遗传分化显著,其遗传分化水平介于异交物种和自交物种之间．地黄居群间的基因交流程度有限（基因流为0．3784）．Mantel检测显示自然居群间遗传距离与地理距离之间没有明显相关性．推断营养繁殖占优势和受人类栽培活动的长期影响可能是导致地黄遗传多样性水平低、居群间遗传分化显著的主要原因．     

不同金银花种质资源ISSR遗传多样性研究

应用ISSR标记技术,对来自国内忍冬属(Lonicera Linn.)的20个居群进行遗传多样性和遗传结构的分析. 从100条ISSR随机引物中筛选出19条引物对20个忍冬居群进行扩增,共得到308条清晰的扩增位点,其中多态性位点278个,多态位点百分率(PPB)为90.26％. 遗传分化系数(GST)为0.5659,这显示20个居群的分子变异主要存在于居群间。AMOVA分析也显示居群间的遗传分化占到55.35%. 采用UPGMA法,根据ISSR-PCR结果进行聚类分析,得出20个忍冬居群遗传关系图,其种间关系与传统的形态学分类结果基本一致,但也有个别种的归属及种间关系稍有变化. 根据聚类图分析可知,一个称为“南江”的未知种和细毡毛忍冬(Lonicera similes Hemsl.)的三个居群聚在一起,表现出很高相似性,这说明它们之间的亲缘关系较为密切. “南江”可能是细毡毛忍冬的一个变种或栽培种. 本文为保存金银花种源植物的遗传多样性和进一步培育新品种提供了基础.     

两种沼泽化嵩草草甸建群种的遗传结构

应用随机扩增多态DNA方法研究了青藏高原甘肃嵩草和西藏嵩草的遗传结构.结果表明:在居群水平上,两种嵩草都存在比较丰富的遗传多样性.多态位点百分率为63.27%,71.13%;Nei's基因多样度h为0.2266,0.252 1;Shannon's信息指数Ⅰ为0.3369,0.3772.AMOVA数据表明:甘肃嵩草和西藏嵩草的遗传变异主要分布在居群内,居群内遗传变异分别占总变异的85.71%和80.00%,居群间变异占总变异的14.29%和20%.遗传分化系数也显示了相似的结果(分别为0.143 8和0.1884).这一结果符合风媒异交的繁育系统.在两种嵩草中,其遗传分化和基因流均存在一定差异,西藏嵩草居群间的遗传分化高于甘肃嵩草的,而基因流小于甘肃嵩草的,此差异应与两种嵩草的花序特征和生长的地理环境有关.针对两种嵩草的遗传结构及其差异,对今后的保护利用提出了建议.     

基于ISSR数据探讨节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Paris)遗传多样性和居群遗传结构

选用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记,对分布于浙江清凉峰国家级自然保护区顺溪坞和凉源、浙江台州临海天台山、浙江舟山嵊泗列岛、江苏苏州天平山、广西上思十万大山、台湾宜兰县马告生态公园和云南西双版纳纳板河流域国家自然保护区8个自然居群的40份节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Par.)的遗传多样性进行了研究.应用筛选出的12条引物,共扩增出172条清晰、重复性高的条带.使用POPGENE 3.2分析发现:其中158条条带的多态性位点百分率(PPB)为91.86%,根井正利基因多样性指数(H)为0.292 2,香农-维纳多样性指数(I)为0.445 9,说明节茎曲柄藓居群遗传多样性水平较高.8个居群的遗传分化系数(G_(st))为0.634 6,居群间的基因流(N_m)为0.287 9,63.33%的遗传变异存在于居群间,36.67%的遗传变异存在于居群内,说明节茎曲柄藓居群间的遗传分化明显.基于ISSR数据的聚类分析表明:以遗传距离65为分组阈值,8个居群可被分为6组,节茎曲柄藓居群间的遗传分化主要由地理因素造成,居群内的遗传分化可能与生境的异质性有关.     

小豹斑鹅膏遗传多样性研究

小豹斑鹅膏子实体形态多样,不同地域所采标本有较大差异.作者应用ISSR及ITS分子标记,对采自12个不同地区的小豹斑鹅膏居群进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明,12条ISSR引物扩增的多态性条带比例(PPB)为72.84%,居群间的基因分化系数(Gst)为0.426 1,表明小豹斑鹅膏具有丰富的基因多样性,其中57.4%存在于居群内,42.6%存在于地理隔离较远的居群间;12个地区样品的IST序列长度皆为710 bp,有30个碱基位点在ITS1区发生变异.2种方法的遗传距离分析及聚类结果基本相似,都表明小豹斑鹅膏的遗传分化与地域的相关性较大.ISSR揭示遗传分化及遗传变异的能力较ITS强.     

东亚七筋姑的叶绿体SSR分析

七筋姑（Clintonia undensis Trautv.et Mey.）在东亚分布区内具有两种细胞型（二倍体和四倍体）,四倍体的分布较为狭窄,镶嵌在二倍体分布区内。本研究采集了19个居群（其中四倍体5个居群）进行遗传多样性研究。研究结果显示在11对cpSSR引物的扩增产物中,有7对引物的扩增产物具有多态性,多态位点的百分率（PPB）为63.64%,表明七筋姑的遗传多样性偏低。19个居群中只在BSLZ和ZKQ两个居群中检测到居群内变异,平均每个位点的有效等位基因数（ne）为1.4978。Shannon指数、Nei’基因多样性指数以及AMOVA分析得到的Φst值均达到99%以上,说明其遗传差异主要集中于居群间。四倍体的各项遗传多样性指标略微低于二倍体;AMOVE分析显示,有21.56%的遗传变异存在于不同倍型居群之间,说明不同倍型的居群间产生了一定的遗传分化。但是在遗传多样性分析中（UPGMA树）,四倍体并没有单独地成为一支,而是分别与其邻近的二倍体聚在一起;在单倍型的NJ树中也具有类似的情况,说明二倍体与四倍体的分化远没有达到新种的水平。通过遗传多样性和叶绿体基因的单倍型分析,得出以下结论：七筋姑的原始类群可能集中于秦巴山区,并以该地区为中心,向东北和西南两个方向扩散。在其扩散过程中,可能存在从西南山地到东北部长白山山脉的长距离传播事件。该种的多倍体可能起源时间较晚,至少存在3个起源中心,并分别沿着2条途径扩散。     

子午岭中国沙棘亚居群的遗传多样性研究

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对子午岭中国沙棘3个亚居群在小地理范围内的遗传变异进行了研究．结果表明，在居群水平上，子午岭中国沙棘居群存在比较丰富的遗传多样性，多态位点百分率为58．88％，Nei‘s基因多样性h=0．1744，Shunnon‘s多态性信息指数I=0．2687．子午岭中国沙棘居群的遗传变异主要存在于亚居群内，亚居群间的遗传变异占总遗传变异的24．03％(Gst=0．2403)，AMOVA的结果也表明，有18．80％的遗传变异存在于亚居群之间．这一结果符合中国沙棘风媒、异交的繁育系统特点，但亚居群间的基因分化系数仍要高于异交、风媒植物居群间遗传分化的平均值(Gst=0．1930）．该地中国沙棘亚居群间较高的遗传分化与其生活环境和限制的基因流有关．     

极小种群野生植物巴郎山杓兰的CDDP遗传多样性分析

巴郎山杓兰（Cypripedium palangshanense）是中国特有的珍稀濒危保护植物,属于狭域分布的极小种群野生植物.为研究其遗传多样性,采用CDDP分子标记技术对卧龙和王朗自然保护区巴郎山杓兰的2个野生居群6个试验点的92份材料进行了遗传多样性评价,并进一步探讨了遗传多样性与环境因子之间的相关性.遗传分析结果表明,筛选的12条引物,在物种水平上,共检测到131个位点,多态位点条带百分率（PPL）为100%,观测等位基因（Na）为2.0000,有效等位基因（Ne）为1.5026,Nei’s遗传多样性指数（H）为0.3141,Shannon多样性指数（I）为0.4856,巴郎山杓兰表现出较高的遗传多样性;在居群水平上,卧龙居群的遗传多样性高于王朗居群,其中,Na的变化范围为1.4504~1.9160;Ne的变化范围为1.2446~1.4336;H在0.1464~0.2679之间;I在0.2231~0.4153之间;PPL的变化范围为45.04%~91.60%.巴郎山杓兰的遗传分化系数（Gst）为0.2863,遗传结构和AMOVA分析均表明巴郎山杓兰居群间出现了遗传分化.Mantel检验表明巴郎山杓兰居群之间的遗传距离和地理距离之间有显著的相关性（R2=0.3830,P＜0.05）.UPGMA聚类分析表明卧龙居群和王朗居群各聚为一支.遗传多样性与环境因子的相关性分析表明,观测等位基因（Na）、多态位点数（Np）、多态位点百分率（PPL）与速效钾含量（AK）呈显著正相关;有效等位基因数（Ne）、Nei’s遗传多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）与海拔（Alt）呈显著正相关;其余环境因子与遗传多样性指数之间没有显著相关性.本研究结果表明CDDP分子标记适用于巴郎山杓兰的遗传多样性研究,并且表现出较高的多态性.     

基于SNP分子标记的波叶杜鹃遗传特征分析

利用ddRAD-seq测序技术研究波叶杜鹃居群的遗传多样性与遗传结构，探讨种群演化历史，为其种质资源的保护利用和回归引种提供科学依据.研究结果表明，波叶杜鹃在居群水平上具有丰富的遗传多样性（He=0.226 7±0.002；π=0.241 0±0.003 2），居群间的遗传分化处于中等水平（FST=0.062 6）. AMOVA分析表明，总遗传变异中有98.42%的变异来自居群内，居群间的变异仅占1.58%.观测杂合度和期望杂合度分别为0.163 6±0.002和0.226 7±0.002，居群内近交系数（FIS）为0.222 0±0.022 2，所有居群均表现出杂合子缺失.聚类分析表明，6个居群可归类为2个类群，大多数个体（98.8%）谱系清晰.在近期的进化过程中，波叶杜鹃的有效种群大小（Ne）在持续下降，直到约1000年前.波叶杜鹃在物种和居群水平上，具有丰富的遗传多样性，进一步选择和育种利用的潜力较好.遗传分化水平中等，遗传变异主要来源于居群内.由于近期冰期气候环境的变化，再加上人为活动（发展旅游、基础设施建设等）导致波叶杜鹃的生存环境逐步恶化，使得该物种面临极高的灭绝风险.从对...     

生境破碎对缙云卫矛种群遗传多样性的影响 (三峡地区资源环境生态研究)

生境破碎是许多物种生存的主要威胁,不同物种对生境破碎的反应不同,破碎后种群遗传多样性的信息对物种的保护具有较大的指导意义;缙云卫矛(Euonymus chloranthoides Yang)为重庆地区特有濒危植物,由于公路修建、旅游景点开发等因素的影响,缙云卫矛种群遭受了严重的生境破碎,居群小且处于隔离状态。对位于缙云山的该物种4个居群的遗传多样性分析表明:59.38%的遗传变异存在于居群内,40.62%的遗传变异存在于居群间,居群之间表现出较高水平的遗传分化,居群间遗传分化较大与该物种居群间的长期隔离,花粉、种子的扩散距离较近有关;遗传多样性最高的居群的多态位点百分率为64.58%,但最小的板子沟居群多态位点百分率仅29.17%,表明小居群不利于遗传多样性的维持。居群间的基因流(Nm)偏小,为0.730 9,难以抵消遗传漂变引起的居群间的遗传分化;聚类分析显示距离最近的居群首先聚在一起,表明该物种居群间遗传分化大小受空间距离远近影响。研究认为对该物种的有效保护应加强对小种群的就地保护,增强居群间的基因流,防止小居群遗传多样性的进一步丧失。     

青藏高原东南部四川嵩草的遗传多样性研究

基于随机扩增多态DNA(RAPD)方法分析了青藏高原东南部四川嵩草(Kobresia setchwanensis)4个居群的遗传多样性.14条随机引物共扩增出180个位点数,其中多态性位点138个.结果表明,四川嵩草4个居群的遗传多样性大小与生境有相关性,而与海拔没有明显相关性(P=0.768>0.05,r=-0.232).AMOVA数据表明,四川嵩草的遗传变异主要分布在居群内(77.45%),居群间的遗传变异占总变异的22.55%,遗传分化指数GST也显示了相似的结果(0.2101),这一结果符合风媒异交的繁育系统.从四川嵩草4个居群的遗传距离和聚类分析,以及用NTSYS对四川嵩草4个居群的的遗传距离矩阵与地理距离矩阵间的关系进行Mantel检测,结果表明,各居群间的遗传距离与地理距离之间没有明显相关性(r=0.61211,P=0.9176>0.05).     

狭边大叶藓(Rhodobryum ontariense)遗传多样性的ISSR分析

狭边大叶藓[Rhodobryum ontariense(Kindb.)Paris]为真藓科大叶藓属植物,具有治疗心血管疾病的功效。本研究选用ISSR分子标记对分布于河北、河南、四川和陕西四省的9个狭边大叶藓自然居群的遗传多样性进行研究,目的在于揭示狭边大叶藓居群的遗传结构和遗传多样性水平,为其保护和合理开发利用提供科学依据。用8个ISSR引物对9个居群共58个样品进行扩增,共获得47条清晰的扩增位点。POPGENE分析表明,狭边大叶藓居群遗传多样性水平较低(多态性位点比率为37.75%,Nei’s基因多样性为0.153 0,Shannon’信息指数为0.222 8,遗传分化指数Gst为0.299 7,居群间的基因流为1.168 2)。AMOVA分析表明,大多数遗传变异(84.07%)存在于居群内,15.93%的遗传变异存在于居群间(Φst=0.159 3)。UPGMA聚类分析表明,狭边大叶藓居群遗传距离和地理距离没有相关性(r=0.404 95,p=0.979 1)。     

川芎道地性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自国内17个居群的285个川芎(Ligusticum chuanxiong hort.)个体进行道地性分析.从99条ISSR随机引物中筛选出10条引物对285个川芎个体进行扩增,共得到186条清晰的扩增位点,其中多态性位点183个,多态位点百分率（PPB）为98.39％.根据结果进行聚类分析,得出16个川芎居群遗传距离的非加权算术平均(UPGMA)树.采自四川省内的10个川芎居群表现出更近的亲缘关系,各个川芎居群间具有高度遗传多样性.     

利用SRAP标记分析黄淮海地区纤毛鹅观草居群的遗传多样性

笔者利用SRAP标记对纤毛鹅观草29个居群进行了遗传多样性分析.本实验利用11对能够在不同居群中扩增出稳定多态性条带的引物进行扩增,结果表明,平均每对引物获得9.34个多态性位点,多态位点百分率为80.47％.GS值在0.583 3到0.967 7之间,平均GS值为0.775 5,这表明,居群之间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性.对所有居群进行聚类,可聚为6类,其中大部分来自相同或相似生态地理环境的居群聚为一类;对不同生态地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性;而UPGMA聚类分析结果表明SRAP标记技术能较真实地反映纤毛鹅观草居群间的亲缘关系,可以用于纤毛鹅观草遗传多样性研究.     

褐沙蒿遗传分化的研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法,对5个褐沙蒿(ArtemisiaintramongolicaH.C.Fu)种群的遗传分化进行了研究.结果表明,15个引物共扩增出283个位点,其中多态位点有269个,多态位点百分率达95.1%.各种群的多态位点百分率较高,在84.1%～89.0%之间,除正镶白旗种群略高外,其他均比较接近.各种群间有一定的遗传分化,基因分化系数Gst=0.1204,表明87.96%的遗传变异存在于种群内.基因流N m=3.6524>1,说明褐沙蒿种群间存在着广泛的基因交流.聚类分析显示,褐沙蒿种群之间的遗传距离与地理距离有一定的相关性.     

黑籽重楼种内AFLP遗传多样性及遗传分化研究

以四川瓦屋山、峨眉山和彭州3个地区的黑籽重楼原变种居群及峨眉山、彭州2个地区的无瓣黑籽居群为供试材料,用筛选出的4对引物,对5个群体共计74个个体进行AFLP分析,每对AFLP引物扩增出61～78条多态带,共得到235条多态带.黑籽重楼遗传多样性较高,物种水平的多态带百分率PPB为81.88%,Nei'S基因多样性指数H为0.2490.Shannon多样性指数I为0.3867,居群间基因流为1.6870;在变种水平上,黑籽重楼原变种PPB为78.40%,Nei's基因多样性指数H为0.2849,Shannon多样性指数I为0.4237;无瓣黑籽的PPB为63.07%,Shannon多样性指数I为0.3603,Nei'S基因多样性指数H为0.2439.黑籽重楼种下的两个变种间的遗传分化系数Gst为0.0726,遗传分化指数PHIst为13.33%.聚类结果无瓣黑籽重楼和黑籽重楼原变种分别分成两支.总而言之,黑籽重楼物种水平上有丰富的遗传多样性,居群内遗传分化大于居群问,居群间的相似性系数很大,但种下的两个变种间有一定的遗传分化.     

攀枝花苏铁自然保护区野生居群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对四川省攀枝花苏铁自然保护区的攀枝花苏铁自然居群进行了遗传多样性分析.对采集的48个体的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出13个扩增条带清晰的引物,共检测到104个清晰位点,其中多态位点94个,多态位点百分率为90.38%.平均每个引物扩增条带为8条.结果表明,攀枝花苏铁在居群内水平上仍保持较高的遗传多样性.对其居群遗传多样性和遗传结构进行分析,可为攀枝花苏铁的保护和利用提供理论基础.