籼稻和粳稻的高效分子鉴定方法及其在水稻育种和进化研究中的意义

为了建立准确高效的籼稻和粳稻鉴定方法,对基于籼稻（93—11）和粳稻（日本睛）的全基因组DNA序列比对而获得的45个特异插入／缺失（InDel）位点进行了实验验证．以包括93—11和日本晴在内的44个典型籼稻和典型粳稻品种为实验群体,用45对InDel引物对上述水稻品种的DNA样品进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳,获得了多态的电泳条带．对获得的各InDel位点的基因型数据矩阵进行了中性检测（neutrality test）,确定了与栽培稻的籼、粳遗传分化密切相关的34个InDel位点．进一步对来自亚洲11个国家的栽培稻品种和来源不同12个野生稻物种的PCR产物和电泳结果的读取和分析,计算这些栽培稻品种和野生稻DNA样品在这34个InDel位点上的籼型或粳型基因频率,最终确定了不同样品的籼、粳特性．该籼稻和粳稻鉴定方法被称为“InDel分子指数法99与传统基于形态特征鉴定栽培稻籼、粳特性的“程氏指数法”相比,该方法不仅能够准确鉴定籼稻和粳稻,而且还具有更快捷、简便和高效的特点．另外,InDel分子指数法还可以用于野生稻样品的籼、粳特性鉴定,扩大了被检测样品的范围,具有广阔的应用前景．InDel分子指数法的建立为栽培稻育种过程中正确选用籼稻或粳稻种质资源提供了新的技术方法,也为栽培稻的起源、籼-粳遗传分化、以及籼稻和粳稻在驯化过程中如何适应地理环境变化提供了新的研究思路．     

籼稻93-11和粳稻日本晴DNA插入缺失差异片段揭示的水稻籼-粳分化

碱基的插入/缺失(InDel)引起DNA序列变化并形成了DNA片段长度多态,可以用作遗传标记.为了评价基于籼稻93-11和粳稻日本晴全基因组序列比对获得的差异片段而设计的InDel引物在鉴定籼稻和粳稻两种生态型以及研究稻属不同物种之间亲缘关系的意义,采用45对InDel引物,对来自亚洲10个国家的49份籼稻、43份粳稻品种和24份野生稻进行了检验.结果表明,其中41对InDel引物鉴定籼稻或粳稻品种的准确率高于80%.主成分分析散点图显示:籼稻与粳稻存在明显的遗传分化;含AA基因组的野生稻物种与籼稻品种存在较近的亲缘关系;非AA基因组的野生稻物种不存在明显的籼-粳分化.并且证明了基于籼稻93-11和粳稻日本晴全基因组序列比对获得的InDel差异片段设计的引物可以用于栽培稻籼稻和粳稻品种的鉴定以及籼-粳分化问题的研究,及探索稻属不同物种间的亲缘关系.     

籼-粳稻特异插入／缺失分子标记揭示的稻属植物遗传分化

籼-粳分化在亚洲栽培稻(Oryza sativa L.)的驯化过程中非常重要,但其分化机制仍不清楚.有的学者认为水稻籼-粳分化是亚洲栽培稻在驯化过程中适应不同生境的结果,也有人认为籼-粳分化在水稻的野生祖先种中就已经存在.为了研究普通野生稻的籼-粳分化,并解析稻属(Oryza)植物的籼-粳遗传变异,利用34对籼-粳特异插入/缺失分子标记(InDel)引物,研究了50份典型籼稻(O.sativa L.subsp.Indica Kato)和粳稻(O.sativa L.subsp.japonica Kato)样本以及来源于35个国家的348份稻属其他种材料.结果表明,亚洲栽培稻存在明显的籼-粳分化,普通野生稻复合体(O.rufipogon complex)中存在"偏籼"和"偏粳"类型,而稻属的其他种均未出现籼-粳分化,普通野生稻复合体中"偏籼"和"偏粳"类型的地理分布格局与籼稻和粳稻的地理分布格局相吻合.考虑到大部分普通野生稻复合体的样本取自邻近有栽培稻种植的普通野生稻群体,推测得出部分普通野生稻样本中表现出的"偏籼"和"偏粳"类型可能是栽培稻的籼稻品种和粳稻品种在普通野生稻的长期协同进化过程中基因交流的结果.     

DNA分子标记及其在作物遗传育种中的应用

本文总结了三类DNA分子标记：(1)以Southern杂交为基础的分子标记;(2)以PCR为基础的分子标记;(3)以串连重复的DNA序列为基础的分子标记。综述了这几类分子标记在作物品种鉴定与绘制指纹图谱,基因定位与辅助选择育种,杂种优势群的划分与杂种优势的预测和细胞学研究等方面中的应用现状。     

DNA分子标记在真菌系统分类与鉴定中的应用

近年来分子生物学技术的发展,为从核酸分子水平上研究真菌的遗传本质,为真菌的进化研究、系统分类和鉴定开辟了新的途径.概述了几种主要的DNA分子标记的基本原理和特点,以及在真菌鉴定与分类中的应用.     

DNA分子标记及其在作物遗传育种中的应用

对DNA分子标记技术：RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR、SNP等的原理和特点，以及不同DNA分子标记在作物亲缘关系与遗传多样性、指纹图谱的建立、遗传图谱的构建与基因定位、及分子标记辅助选择育种等方面所取得的应用效果进行了较为详尽的论述，充分展示这项技术的发展具有巨大的应用潜力和广阔的应用前景．     

DNA分子标记在水稻遗传育种上的应用

综述了近年来DNA分子标记在水稻遗传图谱的构建,基因标记,辅助选择育种等方面研究的应用.     

分子标记及其在作物育种上的应用

分子标记是随着遗传学的发展而诞生的一种基于DNA多态性的遗传标记.主要综述了几种分子标记的基本原理及其在作物育种上的应用,实践证明,分子标记技术为作物育种提供了一种新的研究手段,必将在作物育种领域开拓广阔的应用前景.     

长雄野生稻黑壳基因的分子定位及遗传研究

以具有黄色颖壳的亚洲栽培稻品种RD23为轮回亲本与具黑色颖壳的长雄野生稻进行杂交后用RD23回交,获得颖壳颜色有分离的1个BC6F1定位群体.对该群体研究发现,颖壳颜色符合1(黑色)∶1(黄色)的分离比例,表明长雄野生稻黑色颖壳性状是受一对显性单基因控制.通过微卫星标记做基因型分析,将控制黑色颖壳的基因定位在第4染色体RM1155-RM1142之间,暂时命名为Bh-4(t).     

DNA分子标记及其在作物品种鉴定上的应用

阐述了RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SRAP等DNA分子标记技术的原理、特点,介绍了这些分子标记技术在作物品种妻伪性和纯度检测中的应用,最后对其发展进行了展望.     

水稻白叶枯抗性基因Xα-min（t）的抗谱鉴定及其分子标记的筛选

利用来自11个国家的34个水稻白叶枯病菌菌株，以高感品种IR24、含有已克隆的抗白叶枯病基因Xα2的品系C64(IRBB21)、中花11和日本晴4个水稻品种作为参照，对一个含有来自小粒野生稻(0ryza minuta)的抗白叶枯病基因Xα—min(t)的渐渗品系(introgression line)78-15进行了抗谱鉴定。结果表明，Xα—min(t)是一个广谱、高抗的白叶枯病抗性基因。同时，以IR24和78—15为亲本进行杂交，并采用分离群体分组分析法(BSA)、随机引物扩增多态性DNA(RAPD)和序列特异性扩增区(SCAR)筛选与Xα—min(t)连锁的分子标记。共筛选了800个购自Operon公司的随机引物，其中有2个引物，BE05和BE06，可扩增出与Xα—min(t)连锁的RAPD标记BE05 300和BE06 1400。对这两个DNA片段克隆并测序，根据两端序列设计了两对长度为21～24bp的特异引物扩增供试材料，其中一个RAPD标记可转化成稳定、重复性好的SCAR标记ScBE05 300。用ScBE05 300和BE06 1400标记分别对IR24和78—15的杂交F2代948和719个单株进行的连锁分析表明，这两个标记与Xα—min(t)的连锁距离分别为2．2和3．7cM，并位于Xα—min(t)的同一侧。这些结果为Xα—min(t)的精细物理图谱的构建奠定了基础。     

SRAP与TRAP分子标记及其在植物研究中的应用

文章详细阐述了SRAP和TRAP标记的原理、引物设计、扩增检测条件及特点,综述了两种标记近年来在植物遗传多样性、遗传图谱构建及重要性状基因标记研究等方面的最新应用,并对其应用前景进行了展望.     

分子标记技术在水产动物研究中的应用

分子生物学的飞速发展及其各项技术的广泛应用,对水产动物的研究工作产生了很大的影响. 分子标记在水产动物研究中的广泛应用,对于优良品种的选育、亲缘关系和品系家系的鉴定、重要经济性状基因的定位克隆以及大规模疾病的防治有重要的作用. 本文就同工酶、扩增片段长度多态性(AFLP)和微卫星等常用分子标记在水产动物系统发育、遗传育种及疾病检测等领域研究上的应用进行了综述,旨在为今后的研究工作提供参考.     

分子标记技术及其在果树种质资源研究中的应用

分子标记是一种新型的遗传标记,它具有独特的优越性,被广泛地应用于生物学研究的各个领域.本文就当前分子标记的主要类型、特点及在果树品种鉴定、遗传多样性、系谱分析、连锁图谱的构建和基因标记等种质资源研究中的应用及其研究进展进行了简要阐述.     

野生侧耳分子鉴定及生物栽培转化技术的研究

野生菌栽培具有重要的经济价值。本文报道了分离培养野生侧耳属菌株PO1,并进行生物栽培转化的实验结果。以真菌试剂盒提取的PO1基因组DNA为模板,PCR扩增获得了大小为636 bp的ITS序列（GenBank No.MT261808.1）。运用ClustalX和MEGA软件的NJ法构建了侧耳属代表种的系统发育树,结果显示,PO1与NCBI中其他54株侧耳菌株亲缘关系较为密切,相似性达99.04%以上。明确野生侧耳为糙皮侧耳菌株分类后,总结出一套侧耳室内生物栽培转化技术与管理体系,栽培转化的糙皮侧耳PO2头潮菇和二潮菇产量高、口感好,经济效益佳,转化率高达158%,达到实验室侧耳高产栽培的目的,为大棚栽培管理技术提供了重要参考依据。     

分子标记辅助选择技术及其在作物育种上的应用(综述)

综述了分子标记辅助选择技术的基本原理、特点、基本策略及其在作物育种中的应用,并对该技术的应用前景进行了展望。     

反转录转座子分子标记及其在植物研究中的应用

反转录转座子以高拷贝在植物基因组中广泛分布,具有高度的异质性,可作为分子标记对植物基因组进行研究.文章对SSAP、IRAP、REMAP及RBIP4种基于植物反转录转座子开发的分子标记技术的原理、技术流程、特点及其在植物研究中的应用进行了概述.     

南蛇藤内生真菌Y4的分子鉴定及其抑菌活性研究

采用ITS序列分析对从南蛇藤中分离到的一株内生真菌Y4进行了鉴定,并对其液体发酵产物的抑菌活性和化学成分进行了初步研究.结果表明,Y4是子囊菌门的炭疽菌属(Colletetrichum)真菌,其菌丝体乙醇提取物的正丁醇相萃取物对7种植物病原真菌都有较强的抑菌活性,其抑菌活性成分可能为生物碱、内酯、香豆素和有机酸.     

分子标记及其在葡萄属植物研究上的应用(综述)

介绍了RFLP ,RAPD ,AFLP和微卫星DNA分子标记技术的原理和特点 ,综述了分子标记技术在葡萄属植物上的研究进展 ,并对其应用前景进行了评述     

纳米量子点的荧光特性及其在离子和分子检测中的应用

量子点是近几年发展起来的新型纳米材料,是一种具有发展潜力的荧光探针。虽然研究起步较晚,但因其独特的光学和电子学性质成为人们关注的一个热点。主要简述了量子点的基本性质与荧光特性以及量子点荧光探针在离子、小分子检测中的应用,并对发展前景作了展望。