结构蛋白质组学（结构基因组学）：本世纪的重大科学工程

大规模的全基因组测序计划正产生越来越多的序列信息,而理解这些信息的关键是理解基因产物--蛋白质的功能.在后基因组时代,蛋白质的三维结构解析是揭示生命密码的重要部分.随着技术进步和大量来自公共机构和私人企业的资金投入,结构蛋白质组学研究开始启动,它的目标是采用工业化生产的方式在基因组规模去大量测定蛋白质的结构.这将会改变结构生物学家的研究方式.蛋白质结构测定的流程,从cDNA的克隆到数据收集,大部分将实现自动化.结构蛋白质组学是实验和理论计算相结合的多学科交叉的领域.目前,结构蛋白质组学仍然面临着许多技术上的挑战,这些挑战也带来了很多机遇.结构蛋白质组学产生的大量结构信息将是一笔巨大的财富,它将给制药行业带来重大变化.近年来,基于蛋白结构的合理药物设计在制药行业非常流行.同时,它也必将给生物学领域带来一场革命.     

科学创造可能性的哲学解读

广义的科学创造实践活动主要以科学发现与技术发明的方式展开.追究发现与发明之可能性的本体因由,则在于其对象的有结构存在.结构性亦即有序性.有序性的表征形式是由序律制约的序元所构成的序链.不同的序链受制于不同的序律,内涵着不同的功能.思维创造是以未知序链的理想功能为诉求,以已知序律为条件,以对认知对象形成的表象、意念及认知组块等序元为质料,以"If……then"产生式匹配构建新序链以实现其新功能,设想新序律以解释新序链.科学创造活动是对其对象无限可能序的试错性解译与重构.     

作为形式-建构-模型的数学——关于数学研究对象的一个新阐释

探索数学本质新的构成可能性是从结构、模式、形式系统等新的数学思想的产生开始的。由于数学的研究对象是随着数学的不断发展而逐渐演变的,随着数学在不同历史时期的理论特征和范式转换,数学被赋予越来越深刻和丰富的内涵和意义。本文用"形式-建构-模型"的观点来发展并扩大关于"模式"和"形式结构"的概念。     

结构实在论中的本体论

本体的结构实在论以结构主义方法论僭越形而上学,表现为本体论认识不明确。结构不取决于元素,这是错误的本体论命题。为了存在,不诉诸于个体,这是错误的认识论命题。建构的结构实在论提出"本体论综合",试图解决"悲观元归纳"问题。但是,对结构和实体谁为本体论模棱两可。为赋予数学结构以物理内容,结构变成衍生品。为应对不充分决定性命题,认识论上需令结构处于优先位置。理论术语是一个体系,并非某一术语单独构成本体论。科学发展过程中理论术语根据经验作适当增减。结构实在论没有处理好本体论与理论术语之间关系。结构实在论中形而上学与本体论有重叠,因果关系是其必须回答的话题。     

结构实在论的研究新进展——从信息结构实在论到量子信息结构实在论

随着信息革命时代的到来,信息理论的发展为结构实在论的解读提供了新视角。惠勒提出"一切物理存在都源于比特"的信息本体观。之后,弗洛里迪提出信息结构实在论,预设了一个原初"结构对象"的存在,它是所有可能世界中所有结构的基础。基于弗洛里迪和惠勒的理论,以及当代量子理论的发展,拜纳姆又探讨了量子信息结构实在论的可能性。从信息结构实在论到量子信息结构实在论,科学哲学在探究世界的本质,特别是在信息、量子和实在的关系上取得了长足的进展,是结构实在论在信息时代,特别是量子信息时代的新形式和新概念。     

汉语术语描述中的三种结构

词组型术语的字面含义是由构成该术语的各个成分的意义和结构完全地决定的含义,所以,词组型术语的结构对于理解术语的字面含义是非常重要的。为了描述汉语术语的结构,本文提出了三种不同的结构来进行汉语术语的描述,这三种结构是：词组类型结构（PT结构）、句法功能结构（SF结构）和逻辑语义结构（LS结构）。这三种结构是研究汉语术语字面含义的基础。1.术语的字面含义及学术含义任何术语都有字面含义(literal meaning)及学术含义(academic meaning)。语言学家在研究术语问题时,应该着重研究术语的字面含义,而专业科学家在研究术语问题时,应该着重研究术语的学术含义。词组型术语的字面含义是由构成该术语的各个单词以及把这些单词结合起来的句法规则完全地决定的含义。而术语的学术含义则是相应学科中科学地加以定义的含义。术语的字面含义是术语的学术含义的语言基础。因为任何一个专家也同时是一个普通人,所以术语的学术含义不可能脱离术语的字面含义而单独存在。术语的学术含义,其内容应该比术语的字面含义更丰富,但是,术语的学术含义不能与术语的字面含义发生矛盾,它只能在术语的字面含义的基础上进一步加以科学的界说而形成。术语的字面含义是独立于任何上下文的,而术语的学术含义则与它出现的上下文有关,特别是与它所适用的专业领域有关。术语的字面含义又是独立于时间的变化之外的,它不考虑任何的历时变化,而术语的学术含义则会随着学术的发展而不断地丰富其内涵。例如,“决策/量”这个术语,其字面含义是由“决策”与“量”这两个词的含义以及“定语+中心语”这种句法结构决定的,它表示“决策”方面的量的大小;而其学术含义则可定义为∶“从有限个互不相容事件中选取某个给定事件所需的决策数的对数测度,用数学记数法表示时,这一测度为∶H=log n,其中,n是事件的数目。”这样的学术含义与它的字面含义是一致的。如果术语的学术含义与它的字面含义不一致,或者彼此冲突,那么,就必定会造成理解上的困难,所以,术语的字面含义的研究是非常重要的。由于术语的字面含义是术语的学术含义的语言基础,对于术语的字面含义的研究,必然会有助于对其学术含义的理解,因此,语言学家有必要注意术语的字面含义的研究,并把这种研究看成是语言学研究中不可缺少的一部分。另外,术语字面含义的研究还有助于术语结构的计算机自动分析,促进术语信息的自动处理和知识工程的研究。本文作者在德国夫琅禾费研究院研究术语数据库时,就使用计算机来自动地分析术语的字面含义,提出了“潜在歧义论”(Potential Ambiguity Theory,简称PA论),这是我国术语学基础理论研究的一个成果,而术语字面含义的自动分析,是“潜在歧义论”研究的出发点。为了研究术语的字面含义,本文提出了汉语术语描述的三种结构：词组类型结构、句法功能结构、逻辑语义结构,以这三种结构作为术语字面含义研究的基础。2.术语的词组类型结构(PT结构)汉语的词组型术语可以用一个二叉的单标记树形图来表示,这种树形图的标记,或者是词类,或者是词组类型,每个结点上只能容许一个标记,而在树形图的每个层级上的树枝又都是二叉的。这种由多层二叉的树枝构成的树形图,是以各个二叉的树枝作为其结构的基本单元的。树形图中某个层级的树枝上的两个相邻结点的词类或词组类型标记组成的结构,叫做术语的词组类型结构(phrase type structure,简称PT结构)。按构成PT结构的标记种类的不同,可把PT结构分为四种：(1)词类标记+词类标记PT结构由两个词类标记构成。例如∶A+N(绝对+误差),V+N(触发+电路),N+V(系统+测试),V+V(抽点+转储),N+NV(信息+处理)。其中,A表形容词,N表示名词,V表示动词,NV表示名词-动词的兼类词(如“处理”既可以做名词使用,又可以做动词使用,是NV兼类词)。(2)词组类型标记+词类标记PT结构由一个词组类型标记和一个词类标记构成,词组类型标记在前,词类标记在后。例如∶VP+N(直接插入+子程序),NP+VN(事务数据+处理)。其中,VP表示动词词组,NP表示名词词组。(3)词类标记+词组类型标记PT结构由一个词类标记和一个词组类型标记构成,词类标记在前,词组类型标记在后。例如,V+NP(监控+穿孔设备),V+VP(归并+排顺序)。(4)词组类型标记+词组类型标记PT结构由两个词组类型标记构成。例如∶NP+VP(微型计算机+联机监控)。术语的词组类型结构可以直接从二叉单标记树形图中表示出来,因此,它是一种显性的结构。例如,V+N(触发+电路)这个PT结构可以表示为如下的树形图：使用自然语言处理中的剖析技术(parsing technique),计算机就可以自动地造出这样的树形图。3.术语的句法功能结构(SF结构)树形图中某一层级的两个相邻树枝结点上的句法功能信息,叫做术语的句法功能结构(syntactical functional structure,简称SF结构)。这种结构在二叉单标记树形图中没有标出,因此,它是一种隐性的结构。这种隐性结构与显性的词组类型结构之间存在着极为复杂的对应关系,这是汉语词组类型术语的最重要的特点。由于二叉树形图中的子树都是二叉的,术语的句法功能结构也相应地由前后两个句法功能成分组成,可以分为以下几种∶(1)主谓式∶由主语后加谓语构成。简称SP式(SP construction)。其格式为∶主语+谓语例如∶“标记/读出”。(2)述宾式∶由述语后加宾语构成。简称PO式(PO construction)。其格式为∶述语+宾语例如∶“编制/程序”。(3)述补式∶由述语后加补语构成。简称PC式(PC construction)。其格式为∶述语+补语例如∶“读/出”。(4)定中式∶由定语后加名词性中心语构成。简称AH式(AH construction)。其格式为∶定语+名词性中心语例如∶“数据/媒体”。(5)状中式∶由状语加动词性中心语构成。简称DH式(DH construction)。其格式为∶状语+动词性中心语例如∶“多重/穿孔,再/启动”。(6)联谓式∶由前后两个动词性成分联合而成,而且这两个动词性成分的功能地位是平等的。简称 RP式(RP construction)。其格式为∶动词性成分+动词性成分例如∶“输入/输出”。(7)联体式∶由前后两个名词性成分联合而成,而且这两个名词性成分的功能地位是平等的。简称RN式(RN construction)。其格式为∶名词性成分+名词性成分例如∶“字母/数字”。复合量词也属于联体式。例如,吨/公里。汉语术语中的各种词组都是由这些SF结构组合而成的。4.术语的功能焦点在由前后两个句法成分组成的句法功能结构中,句法功能的着重点可能有所不同,这种着重点,就叫做功能焦点(functional focus of term)。有的结构的功能焦点在前,有的结构的功能焦点在后,有的结构的功能焦点则是并列的。按功能焦点的不同,可以把术语的句法功能结构(即SF结构)分为三种类型∶(1)前焦型∶功能焦点在前一成分的SF结构。它包括∶i.述宾式∶功能焦点在述语上。ii.述补式∶功能焦点也在述语上。述宾式和述补式的前焦型结构,其字面含义往往是相通的。例如,述宾式前焦型结构“读/数据”和述补式前焦型结构“读/出”,其基本的字面含义彼此相容。(2)后焦型∶功能焦点在后一成分的SF结构。它包括∶i.主谓式∶功能焦点在谓语上。ii.定中式∶功能焦点在名词性中心语上。iii.状中式∶功能焦点在动词性中心语上。主谓式、定中式和状中式的后焦型结构,其字面含义也往往是相通的。例如,在“信息处理不了”及“信息的处理很成功”这两个句子中,“信息/处理”是主谓式后焦型结构,“信息的/处理”是定中式后焦型结构,其字面含义彼此相容。又如,“立即的/编址”是定中式后焦型结构,“立即地/编址”是状中式后焦型结构,其字面含义也是彼此相容的。(3)并焦型∶功能焦点在前后两个成分上的SF结构。它包括∶i.联体式∶功能焦点在前后两个体词性成分上。ii.联谓式∶功能焦点在前后两个谓词性成分上。联体式和联谓式的并焦型结构,其字面含义也往往是相通的。例如,在“计算机的输出输入系统”和“它们输出输入数据”这两个短语中,前一个“输出/输入”是联体性并焦结构,后一个“输出/输入”是联谓性并焦结构,而这两个“输出/输入”的字面含义显然也是彼此相容的。可见,从功能焦点的角度来看问题,述宾式和述补式比较接近,主谓式、定中式和状中式比较接近,联谓式和联体式比较接近。我们把功能焦点相同的结构叫同焦结构,把功能焦点不同的结构叫异焦结构。各类SF结构形成的同焦结构(记为“+”)和异焦结构(记为“-”),如下表所示∶主谓式－ 述宾式－ + 述补式+ － － 定中式+ － － + 状中式－ － － － － 联谓式－ － － － － + 联体式从表中可看出,“主谓式—定中式”、“主谓式—状中式”、“述宾式—述补式”、“定中式—状中式”、“联谓式—联体式”等SF结构对,都是同焦结构,其他的各个SF对,都是异焦结构。5.术语的逻辑语义结构(LS结构)树形图中某一层级的子树中两个相邻树枝结点的逻辑语义信息,叫做术语的逻辑语义结构(logic-semantic structure,简称LS结构)。这种结构在表示术语结构的二叉单标记树形图中亦未标出,也是一种隐性的结构。术语的逻辑语义结构主要是指以逻辑谓词为中心,各个主目与逻辑谓词之间的关系。例如,施事者、受事者、工具、目的、范围、结果、方位等。术语的PT结构、SF结构以及LS结构之间的关系可表示如下∶汉语术语的特点是,这三个结构之间,在绝大多数情况下,不存在一一对应关系。同样的PT结构,可以解释为不同的若干个SF结构;同样的SF结构,又可以解释为不同的若干个LS结构。例如,形式为V+N的PT结构,它的SF结构可以解释为定中式(“响应/时间”),又可以解释为述宾式(“查/表”)。可见,PT结构与SF结构不一一对应。就是V+N的SF结构被判断为述宾式之后,这个SF结构的LS结构还可能不同。例如,述宾式的V+N可以解释为“谓词+受事者”(“查/表”),又可以解释为“谓词+施事者”(“跑/带”),又可以解释为“谓词+结果”(“印/字”),又可以解释为“谓词+目的”(“归/零”),又可以解释为“谓词+方向”(“面向/问题”)。可见,术语的SF结构与LS结构也不一一对应。正因为汉语中这三种结构关系错综复杂,在传统的汉语研究中,长期以来,许多学者把这三种不同的结构混同在“语法”这个科目下进行研究,并由此而产生了许许多多的混乱。在现代汉语研究史上的两次大规模的讨论(“汉语词类问题”的讨论和“汉语主宾语问题”的讨论)中,尽管一些有远见卓识的前辈学者,已初步涉及到这三种结构之间的某些复杂关系,摆出了许多有趣的语言事实,但是,不少人往往把这种极为复杂的关系简单化。在“汉语词类问题”的讨论中,就有人把语言成分的PT结构与SF结构混为一谈,不知道同一PT结构中的成分,可以在SF结构中具有不同的句法功能,结果得出“汉语无词类”的错误结论。在“汉语主宾语问题”的讨论中,又有人则把语言成分的SF结构与LS结构混为一谈,不知道同一个SF-结构中的成分,在LS结构中可以具有不同的逻辑语义关系,结果他们根据逻辑语义关系来决定主语、宾语等句法功能成分,把“施事者”一律定为主语,把“受事者”一律定为宾语,不惜削足适履,因果倒置,弄得汉语语法体系犹如一团乱麻,令人望而生畏。这种语法研究所得出的种种“语法规律”,尤其不适合于在汉语的自动处理工程中使用,为了促进汉语术语自动处理的研究,我们必须首先明确地区分PT结构、SF结构和LS结构这三种不同的结构,研究出它们各自的特点和规律,然后再进一步研究这三种结构之间的各种极为错综复杂的关系,只有这样,才有可能科学地解释汉语术语结构的规律,给汉语术语结构的研究理出可循的头绪来。     

“天人合一”的数学语境诠释

"天人合一"理解分歧的症结在于缺乏对"天"的无限性的诠释。数学语境的独到之处在于能描述这个不可观测的、大而无外、小而无内的"天"的无限性。借用线性几何系统构建了数学语境下"天人合一"的"天",是N维(N→∞)的多维宇宙空间,指出"天"是一切的投影源,N-1维及以下是其投影的相。"天人合一"的"人"是"大我","合一"代表一种境界或一种趋势:对于圣人来说,"天"和"人"本来是一体的,不必再去"合";对于一般人来说是指人效法天地,"合一"表示一种趋势,在数学语境下可表达为■。     

称“子流域”,还是称“亚流域”?

在流域研究中,流域分割是一个非常重要的方法和组成内容,而对流域分割所得的客观对象如何称名,在文献中有两个常用的表述——"子流域"与"亚流域",但尚未规范使用。通过使用习惯和语言结构的分析,推荐将"亚流域"设为标准形式,并给出其相应英文表述的辨析。     

四十年历史与回顾 于光远与中国的自然辩证法研究

<正>于光远(1915.7.5—2013.9.26),被称为"百科全书式的学者",长期致力于哲学、经济学等社会科学的研究。中国自然辩证法的形成和发展,与于光远多年的勤奋工作是分不开的。于光远有关"自然辩证法"的研究,可以追溯到1934年他由上海大同大学     

分享技术的认知结构、实践取向及社会本质

分享技术是促进信息、知识迅速流动,具有叙事、承载和创新意向的技术或技术人工物。古今中外技术史表明,分享技术既古老又具有鲜明的时代气息,分享技术随着人类文明产生而产生,包括书写记录技术、造纸印刷技术以及以自媒体为主的现代分享技术。分享技术的认知结构包括技术主体的存在和扩展、技术规则的构建和修正以及技术语言的设计和使用。传播基础上的规约和创新功能是分享技术的实践取向。在分析分享技术认知结构和实践取向基础上引出分享技术的社会本质,即在"人—分享技术—人"理论框架下深化和发展传统的社会交往行为理论。     

以“完整版ANT”理解马克思的“社会理论”

行动者网络理论(ANT)日渐成为影响广泛的"新鲜"理论。然而ANT不过是马克思"社会理论"的初级版,而马克思的"社会理论"却是ANT的完整版。以"完整版ANT"理解马克思"社会理论",可形成马克思"社会理论"的现代科学语境的解说;可以看清楚马克思如何将"人、物、实践"三者嵌入对"社会(行动者网络)"研究中;可以讲清楚马克思在理解"社会"的单元构成、存在属性、结构特征、系统功能、发展动力、发展趋势等方面的"特点",更容易看清楚、说明白马克思"社会理论"的内在逻辑。     

审度技术的镜象维度

技术是人类的存在方式,是人类生存时空的基础和展开方式,亦是人类身心的基础和生成方式。技术是人的本质,理解技术可从主客两个维度进行,客观方面的标志可以从主体的时空结构加以考察,主观方面的标志可以根据主体的身心结构进行分析。以技术为镜,通过时空的生成来理解此在的生存性结构,通过身心的生展来理解人与技术的镜相生成。     

图书馆与信息科学的认知基础--耶希·霍克·沙拉的社会认识论构想

沙拉的社会认识论把知识理解为"书写记录",并根据载体的不同而区分为"内在知识"和"外在知识",而传播则构成了人们获取知识的主要途径.其思想对于图书馆与信息科学的主要作用规范性的理论框架、信息分类的规范性扩展、信息仲裁服务和专家意见的批判性完善.最后本文指出了其所面临的信息哲学的挑战.     

结构实在论与结构经验论:量词可变学说的案例研究

量词可变学说是一种宣称不存在描述世界的最佳语言的学说.在本文中,我将考察该学说对于那些强调关注结构的重要性的科学观,诸如结构实在论和结构经验论的意蕴.本文将论证,在量词可变学说的与境中,结构实在论将会显现出一些显著的问题,而结构经验论则无须面对这些问题.     

人类生态系统和谐结构论

生态系统可以由自然生态系统和人类生态系统构成。和谐论是把握生态系统结构性存在的基点，自然生态系统表现循环性-和谐结构，人类生态系统表现体验性-和谐结构。人类在体验性-和谐结构中可以深刻地体验生命存在的韵味，作为一种动态结构。他又表现为自我认同体验性-和谐结构、幻象体验性-和谐结构和创生体验性-和谐结构三大类型。     

穆勒的系词观

穆勒的系词观可以概括为如下四个方面:(1)系词是与主词和谓词相并列的、命题的第三构成元素,是表示肯定或否定的"指号"、联结主词和谓词的"标记";(2)系词具有双重意义,除作为"指号"或"标记"外,还可以表示"存在",但在命题中系词并不必然意指"存在";(3)在"A is not B"这种形式的命题中,"not"是系词"is not"的一部分,不是谓词的一部分;(4)就命题的模态而言,"过去"、"现在"和"将来"隶属于系词,而"可能"、"必然"和"偶然"不隶属于系词。总的来看,穆勒的系词观是一种典型的"第三元素的系词"观,不同于弗雷格、拉姆塞的"第二元素的系词"观。     

汉语单词型术语的结构

术语是人类科学技术知识在语言中的结晶。术语必须通过语言才能表现出来，从语言学的角度来看，科学技术术语可以分为两类：一类是单词型术语，一类是词组型术语。词组型术语都是由单词组合而成的。要理解词组型术语的结构，首先必须了解单词型术语的结构。     

怎样给复杂性研究作历史定位

复杂性观超越了系统观,代表着科学方法论跨上的一个新台阶.系统观的核心概念是"涌现",而复杂性观的核心概念是"混沌的边缘"(即有序性与无序性的彼此适中的结合)或自组织.莫兰在复杂性观的视域内改造了系统论,这突出表现在他补充提出了"整体小于部分之和"的原则来制约整体性原则,意味着容许系统中存在一定的无序性以保证组成单元发挥其创造性的自由度.复杂的系统观由此产生.     

信息哲学存在论新探

中国信息哲学提出的信息存在论学说不仅改变了“存在”的内涵与界限，也为从哲学抽象的层面探讨原本虚无缥缈的“非存在”世界奠定了基础。然而，现有信息存在论仍然存在着某些需要拓展和深化的方面：(1)现有信息存在论对存在领域的划分基本上是静态、孤立的，并没有在存在论层面上体现出演化思想；(2)信息的定义仅仅揭示出信息与物质的关系，而没有体现出信息与信息、信息与“非存在”的关系；(3)“非存在”作为与“存在”概念相对应的范畴，也应该成为存在论的重点讨论对象；(4)存在论的基础不应该只局限于“存在”(物质与信息)的划分与相互作用，应该扩展到整个世界，应该是“存在”与“非存在”相互转化、演化的思想；(5)存在领域的划分应该理解为存在领域的多个方面，“非存在”与“存在”、物质与信息它们本是由指向性联系着的一个多方面的整体。信息演化存在论则可以为解决如上一些问题提供某种建设性的答案。     

多塔连跨悬索桥结构体系与结构性能研究

传统悬索桥都是双塔结构，其材料选择、主缆和加劲梁结构形式、结构静动力计算以及施工方法等，大多都是围绕双塔展开的。多塔悬索桥是在传统两塔悬索桥的基础上，通过增设一个或多个中间塔的方式，实现多主跨连续布设的悬索结构。由于中间塔的力学特性与边塔截然不同，存在“中塔效应”，即因设置中间塔导致结构整体纵向刚度降低，