新疆肉用绵羊抑制素βA基因多态性与产羔数关联分析

肉用绵羊的产羔数量低是制约新疆绵羊产业发展的一个重要因素.因此,对绵羊产羔数的分子标记研究也就具有了非常重要的现实指导意义.本研究选择了新疆本地品种哈萨克肉用羊、引进品种萨福克肉用羊和德中杂交肉用羊为实验对象,以抑制素βA基因为产羔数性状的候选基因设计了5对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态技术(PCR-SSCP)检测该基因多态性,并分析其与产羔数的关联.结果表明:3种绵羊外显子5'调控区引物0-2扩增区域存在多态性位点,有3种基因型,分别定义为:AA、AB和BB.测序发现,基因型AA在外显子1的一43 bp和-44 bp处存在C→A和G→A的连续碱基突变,-38 bp处存在C→A的单个碱基突变,一25 bp处存在C→G的单个碱基突变.显著性分析显示,哈萨克羊基因型AA比基因型AB和BB产羔数分别多0.20个(P＜0.05)和0.26个(P＜0.05),德中杂交基因型AA比基因型AB和BB产羔数多0.25个(P＜0.05)和0.34个(P＜0.05),而萨福克羊3种基因型产羔数差异无统计学意义(P＞0.05).结论:绵羊抑制素βA是影响新疆哈萨克羊和德中杂交肉用羊产羔数的重要基因,可作为标记辅助选择的候选基因.     

绵羊ZBED6基因多态性检测及群体遗传结构分析

为了明确绵羊ZBED6基因的分子遗传特征及其在群体间的差异,采用DNA快速测序法对特克赛尔羊与阿勒泰羊杂交后代进行多态性检测,为下一步分析该基因与产肉性状的相关性奠定基础,进而为绵羊产肉性状的选育提供分子标记。结果显示:2个杂交群体在ZBED6基因编码区均存在两处多态性位点,2个位点发生的突变分别是位于第一外显子1723 bp的C→T突变和位于第一外显子2095 bp的A→G突变。这2个突变未导致氨基酸变化,为同义突变;经卡方检验分析,在C1723T位点,基因型TT在横交F2和回交F2群体中均表现为优势基因型,且T等位基因在2个群体中均为优势等位基因;2个群体的有效等位基因数接近2,说明此等位基因在群体中分布均匀;横交F2、回交F2绵羊多态信息含量分别为0.38、0.36,为中度多态,遗传变异较大;2个群体的基因型分布不存在差异(P0.05)。在A2095G位点,基因型AG在2个群体中表现为优势基因型,A等位基因为优势等位基因,且分布均匀;2个群体PIC为0.36(横交F2)、0.40(回交F2),呈中度多态,基因型分布亦不存在差异。这表明在ZBED6基因上检测到的2个多态性位点与供试绵羊群体基因型分布差异不显著。     

犏牛ACACA和SCD1基因多态性及其与产奶性状的关联分析

旨在分析犏牛ACACA与SCD1基因的单核苷酸多态性,筛选用于犏牛产奶性状辅助选择的分子标记.通过使用PCR结合DNA测序技术对红原地区384头犏牛ACACA基因和SCD1基因多态性进行检测,并对其多态位点上的不同基因型与犏牛产奶性状进行关联性分析.结果显示,ACACA基因在5′UTR区域存在1个SNP位点即g.1488 C>G,SCD1基因的第5外显子内存在1个SNP位点即g.239 A>T;经检验发现,2个SNPs位点均存在3种基因型,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态.关联性分析发现,g.1488 C>G和g.239 A>T位点的多态信息含量(PIC)分别为0.35和0.36,即0.25G位点与g.239 A>T位点与乳脂率关联性较高(P<0.05).g.1488 C>G位点在乳蛋白率上存在关联性(P<0.05).以上结果表明,ACACA与SCD1基因可以作为犏牛产奶性状辅助选择的候选分子标记.     

我国特有的三个小型猪品系PGC-1基因外显子8的多态性分析

目的 分析我国特有的三个小型猪品系:巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体γ协同激活子1基因第8外显子的单核苷酸多态性(SNPs)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料.方法 以三个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析.结果 测序结果表明在小型猪PGC-1基因外显子8有5个单核苷酸多态性位点为:Ala354Val(450C→T),Gly363Gly(478C→T),Arg369Arg(494C→A),Leu570Leu(913G→A),Ser551Ser(1039A→G),其中,只有450位C→T的杂合突变导致了编码氨基酸的改变.结论 小型猪品种不同PGC-1基因外显子8的多态性分布有很大差异.     

牛补体C6基因SNPs与奶牛乳腺炎的关联性

以469头中国荷斯坦奶牛为样本,利用DNA测序及多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术等方法检测牛C6基因中单核苷酸多态性(SNP)位点。经序列比对发现4个单核苷酸多态性位点(SNPs):第2外显子上g.+2235GA(G突变为A),第8外显子上g.+32881CA(C突变为A)和g.+32925CT(C突变为T),第17外显子上g.+69060TC(T突变为C)。经SAS软件统计分析发现:g.+32881CA突变的群体,CA基因型的个体体细胞评分显著高于CC基因型的个体(p0.05),且其产奶量显著低于CC个体(p0.05);发生g.+69060TC突变的个体,CC基因型的个体产奶量极显著高于TT基因型个体(p0.01),同时其乳蛋白率显著高于TT基因型个体(p0.05)。     

BMP7基因多态对大白猪生长性状的影响

目的为了筛查猪BMP7基因SNP位点及分析其对猪生长性状的影响。方法通过PCR产物测序确定BMP7基因外显子上的5个潜在多态位点,用sequenom法对实验猪群进行基因分型并开展基因型与猪生长性状的关联分析。结果在BMP7基因5个潜在SNP位点中检测确定了2个SNP位点:A83509G和G84966A,且均属错义突变。A83509G位点AA型校正达100 kg日龄显著低于AG型和GG型(P0.05),GG型校正达100 kg眼肌面积显著高于AG型(P0.05); G84966A位点GG型校正达100 kg日龄和达100 kg眼肌面积都显著高于AA型(P0.05);在A83509G和G84966A位点单倍型中,AGGA、AAAA型个体校正达100 kg日龄显著低于AGGG基因型个体(P 0.05); AGGA基因型个体校正达100 kg眼肌面积显著高于AGAA基因型个体(P0.05)。结论 A83509G、G84966A变异位点对大白猪眼肌面积及生长速度具有显著影响,可作为猪生长性状选择的潜在分子标记。     

中国南方汉族人群Clara细胞蛋白基因38A/G多态性和COPD易感性的关系

目的:研究C lara细胞蛋白(CC16)基因的38A/G多态性与中国南方汉族人群慢性阻塞性肺疾病(COPD)的相关性。方法:在广州城区和韶关农村流行病学调查人群中经严格配对选取COPD患者与非COPD受试者共332例作为研究对象,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,检测两组CC16的各种基因型和等位基因频率。结果:COPD与非COPD组CC16基因第1外显子第38位点的基因型频率和等位基因频率分布差异无显著性(AA基因型频率:17.5%vs 17.5%;GG基因型频率:34.9%vs 42.8%;AG基因型频率:47.6%vs 39.7%;等位基因A频率:41.3%vs 37.3%;等位基因G频率:58.7%vs 62.7%)。结论:CC16基因第1外显子38A/G多态性可能与我国南方汉族人群COPD的易感性无关。     

白细胞分化抗原基因多态性与缺血性脑卒中发生与发展的关系

目的探讨白细胞分化抗原基因多态性与缺血性脑卒中发生与发展的关系.方法选取缺血性脑卒中患者404例为观察组,同期体检的同年龄段健康人群398名为对照组.采集空腹外周静脉血,单碱基延伸PCR技术对白细胞分化抗原40基因rs1535045 C/T,rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307G/A位点多态性进行分型.结果白细胞分化抗原40基因各位点分布情况显示:rs1535045 C/T位点中CC,CT,TT基因型之间差异具有统计学意义(P0.01); rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307 G/A位点各基因型之间差异无统计学意义(P0.05).rs1535045 C/T位点等位基因频率在观察组与对照组间差异具有统计学意义(P0.01);携带T突变型等位基因的缺血性脑卒中发生风险较携带C野生型等位基因明显增加,是携带C野生型的1.846倍.rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307 G/A位点等位基因频率在观察组与对照组间差异无统计学意义(P0.05).联合基因型分析显示:观察组携带TCCA,TCCG基因单倍型的比例明显高于对照组,携带CCCG基因单倍型的比例明显低于对照组,差异具有统计学意义(P0.05);携带TCCA,TCCG基因单倍型明显增加缺血性脑卒中的发生风险,携带CCCG基因单倍型明显降低缺血性脑卒中的发生风险.结论白细胞分化抗原40基因rs1535045 C/T位点及TCCA,TCCG,CCCG单倍型与缺血性脑卒中的发生与发展可能存在相关性,其中携带T突变型等位基因可能为缺血性脑卒中的遗传易感基因.     

SLC6A4基因表达及多态性对吐鲁番斗鸡攻击行为的影响

为探讨SLC6A4基因对吐鲁番斗鸡攻击行为的调控作用,寻找吐鲁番斗鸡攻击行为的分子标记,本研究分析吐鲁番斗鸡、新罗曼蛋鸡及其杂交F1代、F2代脑组织初生到6月龄各月龄的SLC6A4基因表达水平,筛查亲代、F1代和F2代的SLC6A4基因SNP,结合攻击行为表型分析验证SLC6A4基因多态性与吐鲁番斗鸡攻击行为的关联性。结果显示:初生到6月龄的吐鲁番斗鸡和新罗曼蛋鸡脑组织的SLC6A4基因表达呈波浪形,与攻击行为呈显著的正相关;在SLC6A4基因第一外显子上发现了2个错义突变位点(T6213768G、C6213750G),而且BB基因型的攻击性显著高于其他基因型,因此,SLC6A4基因可作为吐鲁番斗鸡攻击行为选择的候选基因,建议把第一外显子的BB基因型确定为吐鲁番斗鸡攻击行为分子标记的参考基因型。     

血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与不明原因复发性流产发病的相关性

为探讨血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与不明原因复发性流产(URSA)发病的相关性,将78例URSA患者设为观察组,59例健康体检非妊娠妇女设为对照组。采用化学发光法测定血清叶酸、红细胞叶酸水平,时间分辨荧光免疫分析法测定血清维生素B12水平,荧光定量PCR技术检测叶酸代谢相关酶MTHFR基因C677T位点和MTRR基因A66G位点单核苷酸多态性(SNP)。采用Pearson相关性分析血清叶酸、红细胞叶酸、血清维生素B12水平及MTHFR、MTRR基因多态性与URSA发病的相关性。结果显示:观察组血清叶酸水平显著高于对照组(P0.05),血清红细胞叶酸、维生素B12水平显著低于对照组(P0.05)。观察组MTHFR基因C677T位点CC型基因频率显著高于对照组(P0.05),CT、TT型基因频率显著低于对照组(P0.05)。Pearson相关性分析结果表明:URSA发病与MTRR基因A66G位点基因型频率均无相关性(P0.05),与血清叶酸水平和MTHFR基因C677T位点CC型基因频率呈显著正相关性(P0.05),与红细胞叶酸、血清维生素B12水平及MTHFR基因C677T位点CT、TT型基因频率呈显著负相关性(P0.05)。因此,血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与URSA发病具有相关性,其中MTHFR基因C677T位点基因突变是URSA发病的危险因素,可作为预测URSA发病的一个生物学指标。     

SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究

目的 检测SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性,以期为导盲犬早期选育筛选有效的遗传学分子标记。方法 选取中国大连导盲犬培训基地的99只犬(拉布拉多犬80只,金毛猎犬19只),采用Passive test(PT)行为测试法对犬的活跃度进行评估。同时采集该99只犬的静脉血,提取血细胞中的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对该99只犬的SLC1A2基因T129C、T1549G 和T471C 3个SNP位点进行基因型鉴定,并统计分析犬的活跃度与SLC1A2 SNP位点的相关性。结果 SLC1A2 基因的3个SNP位点中,T129C和T1549G位点没有多态性,分别仅存在C/C型和G/G型。T471C位点存在3种基因型：T/T、T/C和C/C。这3种基因型与活跃度、性别以及品种间不存在显著相关性(P>0.05)。另外,品种与活跃度之间也没有显著相关性(P>0.05),但性别与活跃度间存在显著相关性(P=0.049)。结论 SLC1A2基因的T129C、T1549G 和T471C位点与导盲犬的活跃度不具有显著相关性,不能作为导盲犬的遗传学筛选的指标。由于性别与活跃度间存在显著相关性,因而在行为学测试中,对犬的活跃度评分标准应雌雄有别。     

PCR-CTPP技术在宫颈癌P73基因多态性研究中应用

采用PCR-CTPP技术检测分析新疆维吾尔族宫颈癌P73基因第二外显子G4C14-to-A4T14多态性, 并与PCR-RFLP技术检测结果对比,探讨PCR-CTPP在SNP检测及分析中的应用.结果显示：经PCR-CTPP扩增出P73基因第二外显子G4C14-to-A4T14三种基因型相应的DNA片段,与DNA测序结果符合.说明PCR-CTPP技术成本较低、省时、操作简便,结果稳定可靠,对于SNP研究具有较高的应用价值.     

利用PCR-RFLP分析eNOS基因exon7BanⅡ酶切位点的遗传多态性

目的:探讨内皮型一氧化氮合酶基因多态性与妊高征的相关性.方法:应用PCRRFLP技术检测了12例正常女性的内皮型一氧化氮合酶基因第7外显子.结果:发现12例正常女性中有4例的基因型是eNOS/GG,有8例的基因型是eNOS/GT,未检测到eNOS/TT型的个体.等位基因A1(eNOS/G)的频率为66.7%,等位基因A2(eNOS/T)的频率为33.3%.结论:广东女性人群存在内皮型一氧化氮合酶第7外显子BanⅡ酶切位点遗传多态性.     

新疆绵羊品种Ⅰ型IF基因的遗传多态性分析

为了筛选与绵羊羊毛性状相关联的分子标记,探讨Ⅰ型角蛋白中间丝蛋白基因多态位点在不同绵羊品种中的分布规律.采用PCR-RFLP技术对新疆6个绵羊品种Ⅰ型IF基因第1外显子的多态性进行了检测.结果显示,Ⅰ型IF基因第1外显子经MSP I 酶切后产生2种等位基因和3种基因型,呈现多态.各绵羊品种之间基因型频率和等位基因频率差异不显著(P＞0.05).和田羊和巴音布鲁克羊群体在该位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).平均He和PIC分别为0.2374和0.2079.     

拉布拉多犬神经类型相关基因SNP的分析

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与神经类型密切相关的4个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬神经类型的早期鉴定提供分子遗传学鉴定指标。方法依据中国导盲犬大连培训基地成熟的导盲犬神经类型行为学评估标准,选取典型的安静、活泼、胆小型(弱型)三种神经类型的犬各4只为研究对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法和PCR-RFLP分析法对12个样本4个基因的6个SNP位点:COMT(G482A)、MOAB(T199C)、ABCB1(A985T、T3442C、377-378 ins C)、GNB1L(961-962 ins G)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与神经类型的关联度。结果 COMT基因G482A SNP位点的G/A型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼型和安静型中所占比例(P=0.014;P=0.014),A/A型在活泼型犬中所占比例显著高于安静型和胆小型中所占比例(P=0.025;P=0.025);MAOB基因T199C SNP位点的T/C型在安静型犬中所占比例显著高于其在活泼和胆小型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因A985T SNP位点的T/A型在活泼型犬中所占比例显著低于其在安静和胆小犬中所占比例(P=0.014;P=0.014);ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型在胆小型犬中所占比例显著高于其在活泼和安静型犬中所占比例(P=0.025;P=0.025);ABCB1基因的377-378 ins C和GNB1L基因的961-962 ins G均没有发现显著性差异(P0.05)。结论 COMT基因G482A SNP位点的G/A型和A/A型,MAOB基因T199C SNP位点的T/C型,ABCB1基因A985T SNP位点的T/A和ABCB1基因T3442C SNP位点的T/C型与拉布拉多犬神经类型具有显著相关性,可做为拉布拉多犬神经类型早期鉴定的分子遗传诊断指标,但尚需大样本确认。     

SLC30A8基因rs13266634多态性与中国东乡族2型糖尿病的关系

明确溶质载体家族30成员8(SLC30A8)基因rs13266634单核苷酸多态性(SNP)在中国东乡族的分布及其与2型糖尿病的关系。应用聚合酶链反应–限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对中国东乡族人群rs13266634的基因型进行分析。2型糖尿病组(T2DM组)rs13266634的CC基因型频率、C等位基因的频率均显著高于正常对照组(NC组)(P0.05),C等位基因携带者患2型糖尿病的风险是T等位基因的1.62倍(OR=1.62,95%CI为1.13~2.31)。中国东乡族人群存在SLC30A8基因rs13266634位点变异,其C等位基因是2型糖尿病的风险等位基因,SLC30A8基因是中国东乡族人群2型糖尿病的易感基因之一。     

广东汉族人群TLR9基因单核苷酸多态性及其单倍型(英文)

采用PCR扩增和直接测序法对191例健康且无血缘关系的广东汉族人群筛查了TLR9全基因序列,包括调控区、5′非翻译区、第1,2外显子、内含子及3′非翻译区上所有的单核苷酸多态性(SNP)位点.共检出五个SNP位点,分别为调控区的-1 486 T/C和-1 421 C/T、内含子区的+1174 A/G、第2外显子的+1 387 T/C和+2848 G/A,其中-1421 C/T和+1 387 T/C为首次发现的新位点.连锁不平衡分析表明-486 T/C,1174 A/G以及2848 G/A之间存在紧密连锁,并且涵盖了整个基因区域,形成了一个单倍域.在此基础上运用Hhase软件构建了TLR9基因的单倍型,共得到七种单倍型并模拟了它们可能的分布频率.进一步的中性检验表明TLR9基因在广东汉族人群中符合中性进化模式.     

拉布拉多犬与金毛猎犬毛色基因MC1R(R306ter)与TYRP1(Q331ter)SNP位点的检测

目的建立犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法。方法采用PCR/测序的方法,对19只拉布拉多犬和15只金毛猎犬的MC1R基因c.C916T SNP位点及TYRP1基因c.C991T SNP位点的多态性进行检测,根据MC1R和TYRP1的多态性对犬的毛色基因型进行分析。结果 PCR/测序法能够对TYRP1基因c.C991T SNP位点进行明确和有效的检测。但MC1R基因c.C916T SNP位点的测序结果出现了特殊峰,经克隆/测序法确认该特殊峰型为杂合性SNP位点。毛色基因型分析表明,金毛猎犬的毛色基因型皆为纯合的eeBB(15只),未见其他基因型。拉布拉多犬的毛色基因型分别为:黑色犬EeBB(6只)、EeBb(2只);黄色犬eeBB(9只)、eeBb(2只)。未发现其他如EEBB和EEBb(黑色)、eebb(黄色)的毛色基因型。另外,拉布拉多犬样本中没有巧克力色犬,也未检测出其相应的Eebb和EEbb基因型。结论本研究成功建立了犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法,为分析毛色基因型与导盲犬培训成功率之间的相关性提供了前期工作基础。     

LTBP-1基因多态性与母猪繁殖性状关联分析

目的 TGF-β信号通路在哺乳动物早期胚胎发育和初级卵泡、次级卵泡的转化过程中发挥着重要作用,而潜在性转化生长因子结合蛋白1(LTBP-1)是TGF-β的上调因子,直接决定了TGF-β的生物活性,进而间接影响哺乳动物的胚胎发育表现出不同的繁殖性状,但LTBP-1基因多态性对猪繁殖性能的影响还未见报道。方法本实验通过采用PCR-SSCP和CRS-PCR-RFLP技术,检测LTBP-1基因的两个SNP位点,对446头大白母猪进行分型并与繁殖性状关联分析。结果 LTBP-1基因C113404036G突变造成谷氨酰胺转变为组氨酸,检测到CC、CG、GG 3种基因型,各基因型大白母猪总仔数、活仔数、健仔数、死胎数、木乃伊胎数差异不显著,但CC型初生窝重显著高于CG型(P0.05);大白猪LTBP-1基因A113356472G突变造成半胱氨酸转变为酪氨酸,检测到AA、AG 2种基因型,AG型母猪总产仔数显著高于AA型(P0.05)、木乃伊胎数显著低于AA型(P0.05)。结论 LTBP-1基因C113404036G和A113356475G两个错义突变位点,有望作为猪繁殖性状的分子标记。     

IL-6-174G/C及CRP+1059G/C基因多态性与新疆哈萨克族代谢综合征及其组分的相关性研究

为探讨IL-6-174G/C及CRP+1059G/C基因多态性与新疆哈萨克族代谢综合征(MS)及其组分的相关性。应用PCR-RFLP方法对新疆哈萨克族MS病例组200例及对照组201例的白细胞介素6基因-174G/C位点及CRP基因+1059G/C位点进行检测。IL-6-174G/C位点MS组与对照组均以GG基因型为主,其频率分别为94%和98.5%,GC基因型频率分别为6.0%和1.5%,CC型在MS组有1例,占0.5%,在对照组未发现。G和C等位基因频率在MS组分别为97.0%和3.0%,两组基因型差异有统计学意义(χ2=5.66,P0.05)两组间等位基因频率差异有统计学意义(χ2=6.43,P0.05);CRP+1059G/C位点MS组与对照组以GG基因型为主,其频率分别为93.0%和99.0%,GC基因型频率在两组分别为7.0%和1.0%,CC纯合子基因型在两组中均未检出。G和C等位基因频率在MS组分别为96.5%和3.5%,两组基因型差异有统计学意义(χ2=9.43,P0.05),两组等位基因频率差异有统计学意义(χ2=9.24,P0.05)。IL-6-174G/C和CRP+1059G/C基因多态性与哈萨克族代谢综合征及组分有一定关联。