基于INCA的肿瘤基因表达谱分类模型

针对NCA算法对初始值敏感的不足,提出一种改进的NCA算法(INCA).INCA对肿瘤基因表达谱进行奇异值分解,将标准化后的右奇异矩阵作为初始值,提取肿瘤基因表达谱中的分类信息.在4个标准肿瘤基因表达谱数据集上进行实验,以INCA作为特征提取方法,K-近邻、Parzen窗作为分类器进行分类检测.实验结果表明,与NCA及现有的分类模型相比,基于INCA的分类模型能够取得较高的分类准确率.     

一种新的去无关基因肿瘤样本分类方法

基因数据分类方法的研究是当前生物信息学的一个热点,利用基因微阵列技术所提供大量的基因数据为诊断不同种类的基因疾病提供了可能。依据基因表达谱建立有效的模型对肿瘤类型的识别、诊断和治疗具有重要应用价值。通过对肿瘤基因表达谱进行分析,提出一种新的去无关基因的分析方法。新方法首先通过引入参数数量与改进的信噪比结合,对已有的基因信噪比（REFSC）公式进行改进,然后用主成分分析法提取主要的分类信息,达到特征提取的目的。最后用支持向量机（SVM ）对样本集进行分类测试,分类模型的核函数分别采用线性linear、多项式polymoid、径向基RBF核函数,对肿瘤样本集进行实验测试,实验表明了新方法是可行的和有效的。     

一种糖尿病动物模型基因芯片的聚类分析

建立一种基因表达谱的聚类分析模型,通过信噪比处理、聚类结果的分析比较、相应标记的寻找,为芯片数据的后续分析以及寻找差异基因提供一种有效的方法.对一种糖尿病动物模型的小鼠基因表达谱进行实际分析,获取了有意义的结果,从而为糖尿病的快速和早期临床医学诊断提供有效的技术支撑.     

朴素贝叶斯分类在数据挖掘中的应用

数据库信息分类中,朴素贝叶斯分类模型是一种简单有效的分类方法,它理论基础好,分类精度高.本文运用朴素贝叶斯分类的方法,对所给数据进行分类和预测,通过一个实例给出了该算法对于预测数据进行分类的详细过程.     

基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法

聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性.     

基于邻接谱主分量分析的肿瘤分类方法

基于谱图理论展开针对基因表达谱数据的分类研究,将反映图结构的特征表示引入到基因表达谱数据分类中,从而高维空间离散点分布问题便可以转化成为具有结构信息的图问题.文中对基因表达谱数据样本点构造高斯权邻接矩阵,SVD分解后,采用特征记分准则进行筛选,找出最大限度区分肿瘤样本与正常样本的主分量作为样本特征,输入KNN分类器进行分类,通过对白血病两个亚型(ALL与AML)与结肠癌表达谱数据进行实验,证明了文中方法的可行性与有效性.     

基于非负矩阵分解和Normal_Matrix的肿瘤基因分类

文中提出了一种结合非负矩阵分解和Normal_Matrix谱分解技术的肿瘤基因分类方法.其分类过程首先是利用fdr_test记分准则粗略除去噪声基因以实现基因表达谱数据的初步降维,进而运用非负矩阵分解萃取基因间的综合属性,通过综合属性构造样本间的Normal_Matrix并对其进行奇异值分解获取表征样本类别属性的谱分量实现肿瘤类型的分类识别.采用三组具有代表性的肿瘤基因表达谱数据进行实验,通过与其他方法的对比,其结果证明了文中方法的可行性和有效性.     

基于ITAFSVM的微阵列数据特征选择和分类

支持向量机已经被成功应用于基因表达谱数据分析。但是,仍有开放问题需要解决:①支持向量机不能自动进行基因表达谱数据的特征选择;②支持向量机的参数优选没有简单有效的办法。一种新型具有良好特性的支持向量机——全间隔自适应模糊支持向量机(TAFSVM)被提出。并且提出一种新的遗传算法——智能遗传算法(IGA)来设计一个TAFSVM分类器,称为ITAFSVM,同时优化TAFSVM参数集和特征选择,并且结合10-fold交叉验证来确定其泛化能力。最后将ITAFSVM应用于四种基因表达谱数据集。通过与进化支持向量机(ESVM)方法、粗糙集与径向基神经网络组合(RBF-RBFNN)方法进行了比较,实验结果表明运用ITAFSVM不仅可以自动进行基因表达谱数据特征选择,而且分类精度和稳定性都较高,速度更快。     

一种基于邻域不定性信息和记分准则相结合的肿瘤特征基因提取方法

基于基因表达谱的特征基因提取方法已经成为当今研究肿瘤分子诊断的热点,该文中提出了一种基于邻域不定性信息与记分准则相结合的肿瘤特征基因提取方法,该方法首先通过邻域不定性信息确定每个样本的邻域信息量,然后使用记分准则提取特征基因,最后利用KNN对样本进行分类.通过对白血病和弥漫性大B细胞淋巴瘤基因表达谱数据的特征选择,验证了该文方法的有效性和可靠性.     

关系学习中贝叶斯分类算法的比较研究

数据分类是数据挖掘的主要内容之一,通过分析训练数据样本,产生关于类别的精确描述.贝叶斯分类是数据挖掘领域中一种常用的有效分类方法.在关系学习中,贝叶斯分类算法有很多种,对这些算法进行总结、比较,指出其优点与不足,对提高分类效率有很大帮助.本文对已有的关系学习中贝叶斯分类算法作了详细的比较,并进行归纳总结.在单关系学习中重点介绍了几种基于粗糙集的贝叶斯分类器和加权贝叶斯分类算法,并分析了各种方法的模型、权值确定方法、优缺点及进一步工作方向.在多关系学习中主要比较了几种基于语义关系图的贝叶斯分类算法,重点介绍了MI-MRNBC模型.最后对本文工作进行了总结与展望,提出进一步工作方向是研究基于粗糙集的多关系贝叶斯分类算法.