mRNA二级结构对重组人白血病抑制因子（rhLIF）在大肠杆菌中表达 …

真细菌中翻译起始效率通常是由翻译起始位点两侧的ｍＲＮＡ区域二级结构的稳定性决定的。这种稳定性与该区域ＲＮＡ二级结构的发生自由能相对应。重组人白细胞病抑制因子为具有诱导白血病细胞分化，调节骨组织的生长代谢，维持胚胎干细胞的基本特征，促进神经元的分化等广泛生物学活性的细胞因子。     

RNA二级结构自动绘图系统的构建

给出了带假结的RNA二级结构自动绘画系统以及自由能的处理．用软件实现此方法可以把以碱基匹配表示的RNA分子二级结构自动转化为图形表示．     

人白血病抑制因子基因在酵母中的融合表达

用PCR突变的方法使人白血病抑制因子基因的终止密码子缺失,并与质粒pPICZαA上的myc表位及6个组氨酸处于同一读码框,构建融合表达载体pPICZαA-hLIF^M。通过氯化锂化学转化法使表达载体整合到毕赤巴斯德酵母X－33的基因组DNA中,转化子经甘油增菌和甲醇诱导,实现了hLIF基因在毕赤酵母表达载体系统中的表达。SDS－PAGE检测和Western blot分析结果表明在相对分子质量为61000处有一条人白血病抑制因子特异蛋白带。凝胶薄层扫描分析结果显示表达的目的蛋白占培养液上清总蛋白的33．3％。且该表达产物具有抑制小鼠畸胎瘤细胞F9克隆形成的活性。     

RNA二级结构预测的神经网络方法

针对利用经典的随机上下文无关文法(SCFG)等模型对RNA(R ibonucle ic ac id)二级结构进行预测时,存在计算复杂性问题,该文给出了RNA二级结构的“新二级结构单元标签”(N SSEL)表示,相应提出了一种新的RNA二级结构预测的神经网络方法。这种二级结构的N SSEL表示格式很容易转换成常用的CT格式。基于tRNA数据集的实验表明,在完全相同的训练与测试数据集下,该方法,较之性能最好的B JK与BK 2等SCFG模型,其预测精度与相关系数都有所提高,证明了所提方法的可行性与有效性。由于神经网络启发式方法不存在计算时间复杂性问题,因此可望将此法用于预测SCFG等算法难以处理的大于1 000个碱基的长RNA序列的折叠问题。     

RNA二级结构预测的计算语言学方法

RNA是一类重要的生物大分子,计算语言学方法把RNA序列看成是具有一定语法规则的语句,通过这些语法规划来分析RNA序列中存在的碱基配对关系,也就是它的语义,从而得到该序列的二级结构,本文阐述了该类方法预测RNA二级结构的原理及实现。     

人白血病仰制因子基因在酵母中的融合表达

用ＰＣＲ突变的方法使人白血病抑制因子基因的终止密码子缺失，并与质粒ｐＰＩＣＺαＡ上的ｍｙｃ表位及６个组氨酸处于同一读码框，构建融合表达载体ｐＰＩＣＺαＡ－ｈＬＩＦＭ．通过氯化理化学转化法使表达载体整合到毕赤巴斯德酵母Ｘ－３３的基因组ＤＮＡ中。转化子经甘油增菌和甲醇诱导，实现了ｈＬＩＦ基因在毕赤酵母表达载体系统中的表达．ＳＤＳ－ＰＡＧＥ检测和 Ｗｅｓｔｅｒｎ ｂｌｏｔ分析结果表明在相对分子质量为６１ ０００处有一条人白血病抑制因子特异蛋白带．凝胶薄层扫描分析结果显示表达的目的蛋白占培养液上清总蛋白的 ３３．３％．且该表达产物具有抑制小鼠畸胎瘤细胞Ｆ９克隆形成的活性．     

人白血病抑制因子（hLIF）单克隆抗体的制备与鉴定

 为了获得抗人白血病抑制因子（hLIF）单克隆抗体,以重组hLIF蛋白为抗原,免疫Balb/c小鼠,采用传统的小细胞融合、无限稀释法制备了10株杂交瘤的腹水hLIF抗体,并对腹水进行了纯化.腹水粗品抗体经rProteinA一步亲和层析法纯化和鉴定后,抗体分子量都符合抗体的特性,抗体的纯度都达到了96.6%以上,抗体亲和常数在1.89×10-9~1.51×10-12mol/L,其中1B8a、5C1b、5G4a细胞株制备的抗体属于高亲和力抗体,可以对其的应用进行进一步的研究和探讨.     

基于进化神经网络的RNA二级结构预测方法

本文提出了一种基于进化神经网络预测RNA二级结构的方法.该方法利用进化算法优化了神经网络结构和权值,改善了传统BP人工神经网络容易陷入局部最优等缺陷.实验结果表明该算法能够获得一个最优结构和权值的神经网络,利用该网络去预测不带伪结的RNA二级结构能获得理想的效果,敏感性和相关系数都有所提升,证明了该改进算法的可行性.     

人白血病抑制因子真核表达载体的构建及在哺乳动物细胞中的表达

应用RT-PCR方法从人子宫内膜组织总RNA扩增出hLIF的全长基因,然后将其克隆至pcDNA3上,成功构建了重组真核表达载体pcDNA3/hLIF.利用脂质体介导将这一表达载体导入COS-7细胞和CHO-K1细胞,分别获得了hLIF的瞬时表达和稳定表达,为进一步进行hLIF生物学功能研究和hLIF在哺乳动物细胞中的高表达研究奠定了基础.     

一个预测RNA二级结构的回溯算法

本文讨论了一个预测RNA二级结构的回溯算法。该算法根据极大基配对的原则按字典顺序产生所有可能的二级结构。它的时间复杂性是O(n~2),空间复杂性是O(n)。     

计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法

RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析，在生物信息学研究中具有重要意义．提出了一个时间复杂度为O（n^2）的基于Greedy算法思想的算法．基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征，算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构．用VC＋＋编程实现了该算法，采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验，结果表明该算法具有良好的准确度．该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点一级结构．     

蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究

利用置信度为95的特征字研究了蛋白质二级结构以及其对应mRNA二级结构，发现蛋白质二级结构和mRNA二级结构有明显的相关性。规则二级结构α—螺旋，β—折叠以及包含有Turn的边界明显倾向于mRNA二级结构的茎区，而避免出现在环区。     

冻藏对面筋蛋白二级结构的影响

采用圆二色谱法表征了不同冻藏模式和冻藏时间对小麦面筋蛋白二级结构的影响.结果表明:在SDS溶液中,未经冻藏的面筋蛋白二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成;当冻藏时间小于60天时,两种冻藏模式对小麦面筋蛋白的二级结构影响不大;恒温冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏90天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和β转角,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲;冻融冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏60天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和无规则卷曲,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲.这说明,在恒温冻藏模式下,只有当冻藏时间达到或超过90天的时候,才对面筋蛋白的二级结构产生影响,而在冻融模式下,冻藏时间仅为60天时便可对面筋蛋白的二级结构产生影响.     

Prediction of Topological Structure of Protein from Its Secondary Structure Sequence

提出由蛋白质二级结构序列预测拓扑结构的方案，对全α全β和α／β型蛋白质制定了预测规则．预测成功率为８５％～９０％．     

蛋白质的二级结构序列和结构型

从蛋白质的二级结构序列出发 ,提出了冗余的概念 ,定义了冗余数量和冗余长度 ,给出了不同结构型蛋白的冗余数量和长度的分布特性 .统计结果表明 α类蛋白中 30 %、β类蛋白中84 %、α/β类蛋白中 95 %的序列不同程度的存在冗余 ,冗余数量和冗余长度主要分布在 1～ 3的范围 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用信息聚类方法对 α类、β类、α/ β类、α β类的6 0 0个蛋白进行了聚类 ,结果表明 ,对冗余较少的α类蛋白 85 %以上能够较好地聚类在一枝中 ,但对于冗余较多的其它类蛋白不能分在一个大支中 ,大部分可以分散在多个小支中 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用 Mahalanobis距离方法对上述四种结构型进行预测 ,预测的总体准确率为 81 .1 % .聚类结果和利用 Mahalanobis距离分类结果充分展示了蛋白质二级结构序列对结构型的特殊作用 ,但由于冗余的影响使得二级结构序列的信息并未充分显示出来 .说明从蛋白质二级结构序列出发预测结构型和构建蛋白质框架结构是合理的选择     

SARS冠状病毒N蛋白的表达及二级结构预测分析

通过RT-PCR获得SARS冠状病毒N蛋白基因，分别克隆到原核表达载体pET21a，pET32a和pGEX-4T-1中，将3种重组质粒pET2la-N，pET32a-N和pGEX-4T-1-N分别转化大肠杆菌BL21(DE3)，经IPTG诱导，细菌中分别表达出约46kD的重组N蛋白、约60kD的6xHis-N融合蛋白和约70kD的GST-N融合蛋白，表达量分别达总蛋白的45％、40％和30％．进一步的分析表明：6xHis-N融合蛋白在大肠杆菌中为可溶性表达，该可溶性组分占细菌裂解液的70％左右，且能被6xHis抗体所识别．用蛋白分析软件对N蛋白进行了序列分析和二级结构预测．SARS冠状病毒N蛋白在大肠杆菌中的高效可溶性表达，有助于进一步结晶后进行X射线晶体衍射分析其结构与功能．     

金属玻璃结构对二次电子发射特性(SEEP)的影响

本文报道用DC电子枪法经熔融自旋技术制备的Cu_■-Ti_■Pd_(135)-Si_(165)和Pd_(775)-Ni_(60)-Si_(165)三种金属玻璃,在非晶和晶态下的二次电子发射特性(SEEP)和二次电子能量分布(SEED)进行了测试,结果表明:前两种在非晶态下的δ_■wfh值比晶态下略大8％和28％ 相应的E_(pm)均为200eV:而后者则不同,在非晶态下的δ_m值仅为晶态时的60％相应的E_(pm)在非晶时为900eV。在晶态时为200eV:三种金属的玻璃的SEED在非晶和晶态下也不一样,其峰值在非晶态下比在晶态下低2～3eV;半宽度有的增加有的则减少,表明金属玻璃结构对SEEP和SEED有较大影响。