Prediction for RNA planar pseudoknots

Based on m-stems and semi-extensible structure, a model is presented to represent RNA planar pseudoknots, and corresponding dynamic programming algorithm is designed and implemented to predict arbitrary planar pseudoknots and simple non-planar pseudoknots with O(n4) time and O(n3) space. The algorithm folds total 245 sequences in the Pseudobase database, and the test results indicate that the algorithm has good accuracy, sensitivity and specificity.     

一个基于桶技术的平面点集Voronoi图增量算法

设计并实现了一个有效的平面Voronoi图增量算法 .该算法以翼边数据结构为基础 ,应用桶技术选择生成子并提高近邻搜索效率 ,可处理平面点集三点共线、四点共圆等退化情形 ,并具有较高的计算精度 .尽管理论上算法的最坏时间复杂性为O(n2 ) ,实验结果表明算法的平均时间复杂性近似为O(n) .     

An efficient parallel algorithm for shortest paths in planar layered digraphs

This paper presents an efficient parallel algorithm for the shortest path problem in planar layered digraphs that runs in O(log^3n) time with n processors. The algorithms uses a divide and conquer approach and is based on the novel idea of a one-way separator, which has the property that any directed path can be crossed only once.     

无线传感器网络增配节点实现双连通并优化中继路径

对所有节点有统一通信功率和传输半径的无线传感器网络,用平面无向图建模。提出一个基于广度优先的O(n~3)多项式时间搜索算法来发现无线传感器网络中的双连通分量,继而确定网络中所有关节点,然后提出一个最坏情况有O(n~2log(n/3))多项式计算时间的贪心算法来增加尽量少的节点以实现网络双连通,同时,增配节点形成的新路径有助于减少部分节点到汇聚节点的中继跳数。实验结果也验证了以上算法的效果。     

一种改进的启发式球面点定位算法

将仅适用于平面网格的基于质心坐标的搜索策略进行推广和拓展,提出一种适用于球面网格的改进启发式算法,并详细讨论了不同质心坐标值情况下的下一搜索三角形的选择方法.为进一步提高算法效率,在进行启发式搜索之前通过执行若干顶点比较操作来选择一个较优的初始搜索三角形,同时引进一个近似度阈值来调整初始三角形确定时间与后续目标三角形搜索时间之间的平衡关系.分析表明,改进启发式算法的时间复杂度仅为O(n1/2f)(nf为网格包含的三角形数目).     

求解一类T型线性方程组的快速算法

本文首先给出一个求解一类T型线性方程组的快速串行算法,它的复杂性是O(nlogn),比目前最好的O(n~2)算法复杂性要低。接着又指出了它的并行计算方案,在n台处理机的条件下,计算步数不超过O(logn),速度倍数是O(n),效率是O(1)。     

拟希尔伯特阵和一般阵相乘的快速串行与并行计算

本文给出了拟希尔伯特阵和一般阵相乘的快速串行与并行算法。对于串行计算,时间复杂性是O((nlogn)~2),对于并行计算,在有n台处理机的条件下,其计算步数是O(nlog~2n),而效率是O(1)。     

找K个最小生成树的并行算法

基于SIMD 机器——一种可以同时读但不可同时写的共享计算模型(CREW-PRAM)给出了找K 个最小生成树的并行算法,此算法需O(log~2n+Klogn~*)时间及O(n~2)处理器;而基于可以同时读、写的更强计算模型(CRCW-PRAM),求K 个最小生成树仅需O(Klogn)时间及O(n~2)处理器,这里n 是图的顶点数.     

求解货郎担问题的几何算法

提出了求解货郎担问题的一种几何算法，它的时间复性为：Ｏ（ｎ＾３／ｍ）次比较，Ｏ（ｎ＾２）次求距离运算与Ｏ（ｎ＾３／ｍ＾３）次加法运算，其中ｎ，ｍ分别为点集的点数和凸包顶点数。     

一般上下文无关文法的一个分析算法

本文给出一般上下文无关文法的一个分析算法。该算法可以看成是LR分析算法的推广,它既是自底向上,又是从左到右。理论分析表明本算法对一般文法具有时间界O(n~3)这里n是输入句子的长度);对有界歧义文法时间界为O(n~2),而对LR文法时间界为O(n)。由于本算法是先将文法转换成分析表,然后用分析表来指导对句子的分析。因而在实际应用中本算法一般要比Earley算法快,另外本算法输出中包含输入句子的所有可能的分析,并且仅需一简单枚举就可从此输出中找出句子的一个分析。     

循环矩阵开平方的快速算法

利用快速傅立叶变换 (FFT) ,给出了 n阶循环矩阵开平方的一个快速算法 ,计算循环矩阵的同型平方根矩阵 (平方根矩阵也是循环矩阵 ) ,证明了同型平方根矩阵的个数为 2 n ,它是关于 n的指数函数 ;计算一个同型平方根矩阵的时间复杂性为 O(nlog2 n) ;计算全部同型平方根矩阵的时间复杂性为 O(n2 n) .     

基于曙光1000A的并行SVD图像滤波方法

提出了一种分块ＳＶＤ图像滤波算法,与现有的ＳＶＤ滤波方法相比,它有效地降低了存储开销,计算复杂度也由原来的Ｏ（ｎ３）降为Ｏ（ｎ２）;同时这种分块ＳＶＤ滤波方法具有很好的并行性,在曙光１０００Ａ上设计了并行处理算法,实验和分析都表明,其加速比接近处理机个数ｐ．     

2k阶r-循环矩阵开平方的快速算法

对n(=2k,k≥1阶r-循环矩阵的开平方运算进行了研究.利用矩阵分块逐次降阶的方法,给出了一个快速算法,用来计算r-循环矩阵的同型平方根矩阵(平方根矩阵也为r-循环矩阵).证明了同型平方根矩阵的个数为2",计算一个同型平方根矩阵的时间复杂性为O(nlog2n),计算全部同型平方根矩阵时间复杂性为O(n2nlog 2n).     

一个预测RNA二级结构的回溯算法

本文讨论了一个预测RNA二级结构的回溯算法。该算法根据极大基配对的原则按字典顺序产生所有可能的二级结构。它的时间复杂性是O(n~2),空间复杂性是O(n)。     

具有交货时间的单机作业调度问题的最优解

基于回溯思想的算法通过系统地搜索解空间可以得到具有交货时间的n个作业的单机作业调度问题的最优解.给出一种改进算法,使得算法的时间复杂度由O(n!)降低到O(nlgn).     

Loewner矩阵Moore-Penrose逆的快速算法

给出了求以秩为n的m×n阶Loewner矩阵Moore-Penrose逆的快速算法,该算法的计算复杂度为O(mn) O(n2)。     

判定点是否在多边形内部的算法

提出判定点是否在多边形内部的一种算法，其方法是判定射线与多边形边的交点数目以及必要时移动该点的位置，再判定交点的数目，该算法的时间复杂性为Ｏ（ｎ）次四则运算和Ｏ（ｎ）次比较，其中ｎ为多边形的顶点数。     

圆饼装填问题的并行算法

圆饼装填是一个将多个芯片设计组合到一个圆饼上，构造费用通过几个设计分担而减少的过程。本文在ＳＩＭＤ－ＣＲＥＷ并行计算模型下，通过修改Ｐｒｅｐａｒａｔａ并行排序算法及其用到的Ｖａｌｉａｎｔ并行归并算法，给出了分配２个设计到一个包的基本圆饼装填问题ＢＷＰＰ的并行算法，在Ｏ（ｎ＾１．５）台处理机上，算法的时间复杂性是Ｏ。     

求二元关系传递闭包的新方法

二元关系的闭包运算在网络、语法分析以及开关电路中的故障检测和诊断等领域有着重要的作用 .通过求二元关系各幂的并获得关系闭包方法后来被认为是十分困难的和甚为繁琐的 .在三十多年前 ,War Shall给出了一种算法 ,使问题得以简便解决 .但是该算法存在着大量不必要的重复计算 .本文就此做了改进 .改进的算法比 War Shall的算法在时间复杂度从 O( n3)上能够降低到 O( n2 )     

基于向量空间的专利类比挖掘方法

摘要：新技术在进行技术突破时,很难找到创新点和技术。针对这一难题,提出一种基于向量空间的专利类比挖掘算法。首先,从源数据中获取描述功能和属性的专利技术方案（PSC）,建立基于PSC的TF-IDF值的向量空间模型（VSM）;然后,根据专利文献间的信息距离制成基于PSC术语的专利地图;最后,分别对PSC进行创新性分析,根据分析结果用类比的思想进行新技术的创新。本文算法的时间复杂性为O((n2+n)/2),低于对比算法的O(n2)。以无线充电技术专利和无线传感技术专利文献为源数据,实验结果表明,所提出的算法比对比算法能更有效的获取更具有创新性的创新方案。