水芹提取物抗鸭乙型肝炎病毒机理的研究

水芹(SQ;拉丁名为Oenanthe javanica)为传统的中草药,属于伞型科植物,全草入药.其水煎剂具有明显的退黄降酶作用.将水芹全草以水醇法提取物用于抗鸭乙型肝炎病毒(Duck hepatitis B virus DHBV)的研究,体内外实验对 DHBV均有明显的抑制作用,为了进一步阐明SQ抗DHBV的作用机理,本文采用 DHBV-DNA聚合酶(DNA polymerase DNAP)活性的体内外测定方法进行了实验研究.现总结报道如下:     

应用比较基因组分析检测乙型肝炎病毒中可能的重组事件

应用生物信息学软件RDP3和Simplot及5种重组检测算法(RDP,GENECONV,MaxChi,Chimaera和SiScan),对791个人类乙型肝炎病毒(HBV)全基因组和38个非人灵长类乙型肝炎病毒全基因组序列进行了比较分析,以检测可能的重组事件及重组子.用RDP3检测出9个重组事件及61个重组子,并用Simplot分析确定了具有两条亲代序列的6个事件中重组发生的位置.61个重组子中53个为首次发现.研究还表明PreC/C基因区域和基因边缘附近发生重组频率较高.     

猪瘟病毒石门株全基因组cDNA文库构建、序列测定及分析

根据已发表的猪瘟病毒序列 ,设计并合成了 1 8对覆盖全长基因组的引物 .应用RT PCR技术从猪瘟病毒石门株感染的猪血中扩增出各相应的cDNA片段 ,分别克隆 ,构建了石门株全基因组的cDNA文库并完成了序列测定 .石门株基因组全长 1 2 2 98nt,其中 5′端和 3′端非编码区长度分别为 373和 2 31nt,中间一个大的开放阅读框长 1 1 6 97nt,翻译成一个包含3898个氨基酸残基的多聚蛋白 .还对石门株序列与其他猪瘟病毒序列进行了分析比较     

RNA干扰介导对乙型肝炎病毒复制的抑制作用

构建针对乙型肝炎病毒(HBV)核心区或表面抗原编码区的siRNA表达载体pSI-C和pSI-S, 在体外HBV复制细胞模型中观察对HBV复制和表达的影响. 将pSI-C, pSI-S与1.3倍HBV真核表达质粒pHBV共转染HepG2细胞, 分别在转染后24, 48和72 h, 观察pSI-C和pSI-S对细胞上清和胞内病毒抗原表达的影响, 并用分子杂交方法从病毒复制、转录和翻译水平检测目的基因的表达情况. 实验结果表明, pSI-C及pSI-S能明显抑制细胞内HBsAg和HBcAg的合成, 呈序列特异性和剂量依赖性的特点, 而对照组siRNA无抑制作用. pSI-C比pSI-S抑制作用更强, 转染后第2天对HBsAg和HBeAg抑制率达高峰, 分别为92%和85%. Southern和Northern杂交结果表明, HBV siRNA能降低目的基因转录和病毒复制中间体的表达水平, 提示针对乙型肝炎病毒核心区和表面抗原编码区的siRNA能有效抑制HBV RNA分子转录和病毒复制, 最终降低病毒抗原表达, 这为运用RNAi技术进行HBV基因治疗提供了新的思路.     

中国猕猴全基因组序列多态数据公布

近日,我国科学家在基因组学的知名刊物《Genome Biology》上首次发表了中国猕猴全基因组序列多态数据。猕猴是人类的近亲,也是在研究中最广泛使用的非人灵长类模式动物。虽然猕猴在生物学和医学方面的应用已经有很长的时间,     

杆状病毒运载的乙型肝炎病毒表面抗原基因(preS2-S)在家蚕体内的高效表达

利用核型多角体病毒中多角体蛋白基因的强启动基因建立的表达载体系统,被认为是极有潜力的新型表达载体系统。我们组建了插入乙型肝炎病毒表面抗原基因(HBV preS2-S)的重组家蚕核型多角体病毒BmNPVS后,用重组病毒感染家蚕做了进一步的研究。发现在重组病毒感染的5龄蚕的血淋巴中每毫升含HBsAg 7-10μg,每条蚕的蚕体组织中还含     

不用比较的基因组分析

2004年4月29日的《自然》杂志发表了一篇论文 ,描述了一种检测蛋白质的选择压力的新方法 ,其新颖之处在于 :它可以只以一种单一基因组为研究对象 ,而不用 (传统方法 )比较核苷酸序列。经典的对蛋白质 (承受 )的选择压力进行测量的方法需要比较来自为数众多的个体或物种的核苷酸     

中国明对虾基因组串联重复序列分析

串联重复序列包括微卫星和小卫星重复序列, 前者的重复单位长度为1~6 bp, 后者的重复单位长度在7 bp以上. 通过对中国明对虾884 kb总长度的随机基因组DNA序列的分析, 从中共找到了2159个串联分布的重复序列, 其中微卫星序列1714个, 占总重复序列的79.4%, 小卫星序列445个, 占总重复序列的20.6%. 这些重复序列的总长度为116685 bp, 占总序列的比例为13.2%, 其中微卫星序列长度占9.78%, 小卫星序列长度占3.42%. 依据重复序列数目的多少, 前20种重复序列类型依次是: AT(557个)、AC(471个)、AG(274个)、AAT(92个)、A(56个)、AAG(28个)、ATC(27个)、ATAG(27个)、AGG(18个)、ACT(15个)、C(11个)、AAC(11个)、ACAT(11个)、CAGA(10个)、AGAA(9个)、AGGG(7个)、CAAA(7个)、CGCA(6个)、ATAA(6个)、AGAGAA(6个). 其中两碱基重复序列, 无论是在数目还是在序列长度上, 都占有绝对的优势, 而五碱基重复序列的数目和种类都很少, 只发现了AGAGA, GAGGC, AAAGA 3种; 同时发现由7, 11, 13等数学上称为质数的长度重复单位所组成的重复序列的数目和种类都要比其两边的重复序列的种类和数量要少.     

鸡传染性支气管炎冠状病毒北京分离株全基因组序列的测定及其特征分析

鸟类传染性支气管炎病毒(AIBV)属于冠病毒科, 冠状病毒属, 是单股线状、正链RNA病毒, 基因组全长近28 kb, 具有3′多聚A尾和5′帽子结构的特征. 采用PCR产物克隆测序和引物步移(primer walking)直接测序结合的方法, 完成了IBV北京分离株的全基因组序列的测定. 该毒株基因组序列全长为27733 bp, 生物信息学分析表明, 它具有10个明显的可读框(ORF); 通过基因定位后其基因排序为: 5′-orf1a-orf1ab-s-3a-3b-e-m-6a-6b-n-3′. 对IBV北京分离株的全基因组序列, 与报道的IBV及造成人类严重急性呼吸综合征(SARS)的病毒(SARS-CoV)进行了比较分析. 结果表明, AIBV是一种变异较大的病毒, 其全基因组序列与国外公布的AIBV全基因组序列相似性仅有85.2%, 与国内报道的不完整AIBV序列比较, 相似性也只有91.2%; 而与SARS病毒基因组全序列比较, 相似性仅为50.8%, 说明它与SARS-CoV关系不大. 同时, 还使用clustalw 1.81 和 Treeview软件构建了冠状病毒的全序列、S蛋白、M蛋白和N蛋白的系统发生树, 结果表明, 鸡IBV北京分离株是第3组病毒的惟一成员, 它与SARS-CoV存在很大的遗传距离. 这项研究将对我国鸡传染性支气管炎病原的鉴定和疾病的控制起到重要的作用.     

猪链球菌全基因组序列比较分析

2005年, 在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染, 30多人死亡. 为了研究猪链球菌的致病机理, 以达到防止细菌传播和人畜感染的目的, 对已测序的猪链球菌(Streptococcus suis)的2个菌株(P1/7, 89-1591)进行了全面的功能注释和分析. 猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007 Mb, 共有1969个可读框(ORF), 而部分测序的猪链球菌 89-1591序列包含在177个连接群(contig)中, 长为1.98 Mb, 含有1918个ORF. 两菌株基因组比较结果表明, 其平均编码区(CDS)的长度非常接近. 在所有ORF中, 同源ORF数为1306个. 两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性. 但也存在例外, 如在P1/7中存在于一个基因岛内, 编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中, 4个基因cps2A, 2B, 2I, 2J未在89-159菌株中发现. 同时, P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现. 另外, 两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异, 并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异. 这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位, 暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异. 以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.     

20株中国人肿瘤细胞是否有鼠细胞污染的鉴定

人肿瘤细胞建株后,难免会受到鼠细胞污染,影响实验结果的准确性。鼠细胞污染常来自两个方面:(1)细胞培养过程中,人、鼠细胞的交叉污染。器皿清洗不彻底、实验操作不严谨经常造成人细胞被鼠细胞污染;(2)有时为了消除细菌或枝原体对人肿瘤细胞的污染,有些实验     

Allexivirus属的一个新成员——大蒜病毒E的基因组全序列测定和系统树分析

测定了一个从浙江余杭大蒜中分离到的Allexivirus属成员的基因组全序列,单链正性病毒基因组含8451个核苷酸,6个ORF,与其他Allexivirus属成员的基因组全序列的核苷酸同源性仅为62.8%～64.8%;ORF1～ORF6编码蛋白的氨基酸同源性分别为67.6%～78.5%,55.4～66.2%,56.7%～66.4%,40.3%～55.6%,66.3%～79.9%和52.2%～68.8%,进一步分析显示,此病毒与其他病毒的差异和该属中远缘病毒间的差异相似,外壳蛋白核心区域氨基酸序列同源性仅为63.9%～79.8%,远低于该属不同病毒的国际分类标准,应归类为Allexivirus属的新成员,命名为大蒜病毒E,病毒不同编码蛋白序列的进化树分析也进一步证明了该病毒与其他病毒的亲缘关系。     

美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列及系统发育地位研究

报道了美姑脊蛇Achalinus meiguensis线粒体基因组全序列. 美姑脊蛇线粒体全序列长17239 bp, 由22个tRNA, 2个rRNA和13个蛋白质基因及2个非编码的控制区或D-loop组成, 存在着基因重排现象. 对已报道蛇类线粒体基因组全序列进行比对分析后, 发现一些蛇类线粒体基因组进化规律: 双控制区现象在爬行动物进化历史中独立地发生, 有不同的演化历史; tRNA假基因是在真蛇下目(Caenophidia)中进化形成的; TΨC臂的相对较短(一般少于5 bp)和缺失“DHU”臂造成蛇类tRNA较短. 通过MP和BI分析确定美姑脊蛇系统发育位置应该位于瘰鳞蛇Acrochordus granulatus和其他真蛇下目蛇类之间, 而不应该属于游蛇科Colubridae或者眼镜蛇科Elapidae. 由于美姑脊蛇与真蛇下目中蝰科Viperidae、游蛇科以及眼镜蛇科之间的单系性都被统计检验拒绝(P < 0.01), 由此认为美姑脊蛇所在的闪皮蛇亚科(Subfamily, Xenodermatinae)应该提升到科或者更高的分类阶元. 依据系统发育统计检验结果, 我们选择Bayesian树来进行分歧时间的估算. 原蛇下目与真蛇下目的分化时间为109.50 Mya; 而瘰鳞蛇与其他真蛇下目种类的分化时间为106.18 Mya; 美姑脊蛇的分化时间在103 Mya; 蝰科与眼镜蛇科和游蛇科构成的单系群的分化时间发生在96.06 Mya.     

基于4D图形表示的DNA序列相似性分析

在Z曲线的基础上提出了一种新的DNA序列4D图形表示方法. 该方法具有与Z曲线相似的生物学意义, 而且还避免了信息的丢失. 利用DNA序列4D图形的几何中心作为序列分析的特征数值, 对11个物种的β-球蛋白基因的第一个外显子进行相似性分析, 得到了较好的结果.     

一种兼具抗病毒活性及pHSA结合活性的蛋白——乙型肝炎病毒前S2肽段与人α2a型干扰素的融合蛋白

α型干扰素(IFN-α)是一类具有广谱抗病毒活性的蛋白质,是当前研究资料较为充分而应用前景较为广阔的生物治疗药物之一。本实验室研制的重组人α2a型干扰素(IFN-α2a)已获国家批准进入临床验证。已有资料表明,α型干扰素对于慢性肝炎具有显著的疗效,但需要较大的剂量和较长的疗程。如果能够使IFN的作用具备一定的细胞特异性,将有可能提高疗效、降低用药量并减轻副作用。     

鸡痘病毒282 E4株基因组7.3kb Bam HⅠ片段的序列测定与分析

对经亚克隆后的鸡痘病毒(fowlpoxvirus,FPV)282E4株7.3kb BamHⅠ片段 ,用ABI377DNA测序仪荧光标记法进行了序列测定 ,并应用DNAsis软件同GenBank中已知的FPV序列和痘苗病毒 (vacciniavirus,VV)Copenhagen株的全序列进行了同源性比较 ,发现与鸡痘病毒MunichHP 438株11.2kbBamHⅠ片段的序列同源 .此外 ,对所测序列的开放读码框架 (openreadingframes,ORFs)所编码的氨基酸序列同上述VV株中所有ORF的氨基酸序列进行了同源性比较 ,并对各ORF编码蛋白的信号肽、跨膜区的存在与否进行了分析.     

一个猪免疫球蛋白 IgG H 链基因的克隆、序列分析及表达

用ＲＴ－ＰＣＲ方法从猪脾脏中分离到于段１４２５ｂｐ的ＤＮＡ片段,该片段编码免疫球蛋白基因。经全序列分析证明此片段与前人报道的序列有较高同源性,其Ｃ区属于猪Ｉｇγ链基因亚类３。用ＥｃｏＲＩ和ＮｓｉＩ切点将该片段切焉插入ｐＥＴ－３ｂ（ＮＳＥＢ）（－＿中,表达出约５２ｋｕ的蛋白质,表达量约为２１％。     

中国10个人群中Y染色体Alu序列的多态分布

以中国２个汉族群体和８个少数民族群体的５７１名个体为研究对象,采用ＰＣＲ扩增后琼脂糖凝胶电泳分离的方法,分析了Ｙ染色体特异的Ａｌｕ序列插入位点ＤＹＳ２８７的遗传多态性。结果表明：在所研究的１０个中国人群中,Ａｌｕ序列插入的基因频率为９％。在藏族中Ａｌｕ序列插入的频率相当高,达４９％;在彝族,回族和维吾尔族中,频率为中等或较低,分别在１５％,８％和４％。     

Vero细胞培养传代后的2株SARS冠状病毒基因组序列变异分析

RNA病毒在复制时有易出错的倾向, 因此SARS病毒在传染或传代过程中易发生突变而产生不同的毒株, 这种机制也利于病毒逃脱宿主的免疫系统而生存下来. 许多研究也表明, 不同的SARS病毒分离株的全基因组序列存在不同程度的差异, 这些差异的研究无疑对SARS病毒疫苗的研制具有重要的指导意义. 同时, 对SARS病毒在传代过程中的遗传稳定性及核酸特性的分析, 是SARS疫苗研制不可或缺的环节. 采用PCR产物直接测序的方法, 对2株用Vero细胞培养经过多次传代的SARS病毒进行了全基因组序列的测定, 通过比较分析发现该病毒在传代过程中具有高遗传稳定性, 其中检定参比株(Sino1株)2和11代全基因组序列比较有4个碱基的变化, 而候选疫苗株(Sino3株)3与10代的基因组全序列仅有1个碱基的差异. SARS病毒在Vero细胞上传代的遗传稳定性表明, 以此制备的灭活病毒疫苗是稳定的.