滇西二高温温泉中Thermus高温菌的16S rRNA

 通过对滇西二温泉纯培养和免培养法获得的Thermus菌株序列进行16SrDNA系统发育及16SrRNA二级结构比较,发现二温泉中至少存在Thermus属的2个潜在新种,它们在系统发育树上形成1个独立的地理簇群分支,它们的16SrRNAhelix10二级结构也与其它地区的Thermus属菌株不同,形成明显的地域进化特征.     

从腾冲热海免培养获得的5个16 S rDNA克隆分析

 用免培养法(culture-independent approach)从腾冲大滚锅高温热泉中获得的16SrDNA,经克隆筛选,测定了其中5个克隆的16SrDNA插入片段的近全序列.构建的系统发育树分析结果表明,5个克隆中有2个是Bacillus属,1个是Hydrogenobacter属,1个是Pseudomonas属,还有1个在Thermodesulfobacteriaceae科,介于Geothermbacterium属和Thermodesulfobacteria属之间.     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

5株生孢囊放线菌的系统发育分析

从河北大学微生物菌种保藏库保藏放线菌中挑选出5株生孢囊放线菌进行系统发育分析。5株生孢囊放线菌的16SrDNA基因序列的系统发育分析结果表明:菌株171259和83975应归属于为隐孢囊菌属(Crytosporngium);菌株87104,171018,171352属于链孢囊菌属(Streptosporangium)。     

1株具抑制一氧化氮合成酶活性放线菌菌株的分离和鉴定

 从云南河口采集的土壤中分离到1株稀有放线菌YIM30243^T.该菌株具有很强的抑制一氧化氮(NO)合成酶活性.通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组分以及16SrDNA序列等方面的多相分类研究,确定其为诺卡氏菌属的1个新种,我们将其命名为白色诺卡氏菌(Nocardiaalba sp.nov.).该菌株在大多数培养基上生长良好,气生菌丝呈黄白色至粉红白色,基内菌丝黄白至黄褐色.气生菌丝、基内菌丝均呈不规则断裂.     

1株抗真菌放线菌菌株YIM31530T的多相分类研究

 从云南丽江玉龙雪山采集的土壤样品中分离到1株诺卡菌形稀有放线菌YIM31530T.该菌株具有很强的抗灰霉病、稻纹枯病活性.通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组分以及16SrDNA序列等方面的多相分类研究,确定其为高丽菌属的1个新种,将其命名为抗菌高丽菌(Kribbella antibiotica sp.nov.).该菌株在大多数培养基上生长良好,气生菌丝黄白色,基内菌丝浅黄色至黄白色.气生菌丝和基内菌丝多分枝,常断裂成不规则的杆状体,不游动.     

天漠嗜盐和耐盐细菌产淀粉酶活性及菌株多样性

采用平板水解圈法对分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐细菌（含放线菌）进行淀粉酶活性筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对活菌株进行系统发育多样性分析.结果表明,76个受试菌株中,有34株淀粉水解酶活性呈阳性（44.7%）,其中有6株具有较强的淀粉水解酶活性;系统发育分析显示34个阳性菌株类群多样性和物种多样性较高,可以归为18个物种,分属于细菌域（Bacteria）的2门（Actinobacteria,Firmicutes）2科（Streptomycetaceae,Bacillaceae）8属（Streptomyces,Bacillus,Gracilibacillus,Halobacillus,Oceanobacillus,Piscibacillus,Thalassobacillus,Virgibacillus）;产淀粉酶活性较强的6株菌均属于厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌科（Bacillaceae）,分属于该科的3个属.其中菌株JSM 1684012,JSM 1684041和JSM 1685098属于芽孢杆菌属（Bacillus）;JSM 1684067和JSM 1685082属于纤长芽孢杆菌属（Gracilibacillus）;JSM 1685081属于喜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）.以上结果说明分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性.     

一株萘降解菌的分离与筛选

文章以无机盐培养基为基础培养基,以多环芳烃萘为惟一碳源,通过富集、驯化培养、稀释涂布、平板划线等方法进行目的菌株的分离和筛选,再对分离菌株进行形态学、生理生化鉴定及16SrDNA基因序列的同源性比对和系统发育树分析.筛选得到一株萘降解菌株,命名为J3,经鉴定、同源性比对和系统发育树分析得出菌株J3为赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus sp.)菌属的细菌.     

新疆艾比湖中度嗜盐菌A6的16SrDNA分析

从新疆艾比湖分离得到中度嗜盐菌A6,该菌能够在0%~20%NaCl的条件下生长,为有芽孢的杆状菌。采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增A6菌株的16SrDNA,得到的片段长度为1512bp。使用NCBI~Blast软件在Gen-bank数据库中对其进行同源性检索,A6的16SrDNA序列与多种地衣芽孢杆菌16SrDNA序列同源性高达99%。使用MEGA3.1软件构建系统发育树,A6菌株与地衣芽孢杆菌的亲缘关系最近。由此判断A6菌株属于芽胞杆菌属。结合生理生化分析及对A6菌株的甜菜碱醛脱氢酶基因和Ⅲ型乙醇脱氢酶基因的序列同源性分析,初步确定A6菌株有可能是地衣芽胞杆菌的1个新种。     

食源蜡样芽孢杆菌16SrDNA分子鉴定及其抑菌活性的研究

对食源中筛选的具有抑菌活性、初步鉴定为蜡样芽孢杆菌的4株菌,进行16SrDNA分子鉴定,采用PCR扩增技术,建立4株菌的系统发育进化树,进行序列同源性分析,并通过琼脂打孔扩散法测定4株菌发酵液的抑菌谱.实验结果表明,4株菌16SrDNA基因序列基本一致,为同源蜡样芽孢杆菌,命名为BC2345.4株菌的发酵液具有较宽的抑菌谱,对金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌和沙门氏菌等常见病原菌具有抑制作用.     

牛大力内生细菌的多样性及其促生特性研究

为研究牛大力Callerya speciose内生细菌多样性组成及其促生特性,从经表面消毒处理的牛大力根茎组织中分离内生细菌,采用16SrDNA序列分析法对内生细菌的多样性进行系统发育分析,并以固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA能力等为指标,对内生细菌进行促生特性检测。从牛大力根和茎中共分离到59株内生细菌,包括16属20种,芽孢杆菌属是牛大力的优势菌群;在20种分离菌株中,分别有11,17,7株具有潜在的固氮、溶磷性、产铁载体能力,有13株菌可以合成IAA。其中RH17-2、RH17-5、GR2-1 3株菌同时具备固氮、溶磷性、产铁载体、产IAA 4种促生特性。从牛大力中分离得到的内生细菌具有丰富的物种多样性和促生特性,在未来的农业生产上具有潜在的应用价值。     

具角斯氏线虫共生菌的分子鉴定

在我国的云南和贵州省进行昆虫病原线虫(Entomopathogenic nematodes)资源调查时从不同地区采集到4个品系的具角斯氏线虫Steinernema ceratophorum,以16S rDNA部分序列为分子标记对从这4个品系线虫中分离到的4株共生菌进行了初步的鉴定.测序结果显示,4株菌的16S rDNA部分序列完全一样.基于该段序列所构建的系统发育树表明,具角斯氏线虫共生菌属异杆菌属Xenorhabdus,很可能是该属的一个新种.     

基于16S rDNA序列和RFLP分析的病鳗分离菌株鉴定

结合16S rDNA基因序列和限制性片段长度多态性(RFLP)的分析方法,通过与GenBank库中已递交的细菌16S rDNA基因序列进行同源性比较,对分离自发病鳗鲡(欧洲鳗鲡,日本鳗鲡和美洲鳗鲡)的30株细菌进行初步鉴定和分类.结果表明,这些细菌可大致分为气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、邻单胞菌属(Plesiomonas sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和肠杆菌属(Enterobacter sp.)等7个菌属.分析认为,部分分离菌株可能是引起鳗鲡病害的疑似致病性菌株.     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

柳珊瑚Anthogorgia caerulea相关可培养共生放线菌多样性及其生物毒活性研究

【目的】研究斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caerulea可培养共生放线菌多样性及其发酵液代谢产物的生物毒活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析对从广西斜阳岛附近海域采集的柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea可培养共生放线菌多样性进行研究,利用卤虫致死法测试其生物毒活性。【结果】从柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中分离获得相关可培养放线菌23株,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌株属于2个亚纲9个科9个属23种。绝大部分菌株都具有一定的生物毒活性,其中10株菌株有较强生物毒活性,l株有显著毒活性。【结论】广西斜阳岛附近海域柳珊瑚Anthogorgia caeru[ea中存在较为丰富的放线菌多样性,部分菌株具有较强的生物毒活性。     

Genetic diversity of rhizobial populations recovered from three Lotus species cultivated in the infra-arid Tunisian soils

Eighty-three bacterial strains isolated from root nodules of Lotus creticus, L. pusillus, and L. arabicus grown in infra-arid Tunisian soils were characterized using a polyphasic approach including phenotypic analysis, rep-PCR and PCR-RFLP analyses of the 16S rRNA gene. Phenotypically, all isolates are fast growers the majority of which grow at a pH of between 5.5 and 9. Most of the tested isolates tolerate NaCl concentrations from 1.39% to 3.48%. By rep-PCR fingerprinting, the genomic similarity varied from 30% to 98%. All tested isolates were clustered into 32 rep-PCR clusters at the similarity level of 80%. The genomic divergence of strains revealed by rep/PCR analysis appeared to be very important since a molecular polymorphism delimiting symbionts for each species of Lotus was identified. With the high-resolution of rep-PCR profiles of the isolates obtained using Pearson’s/UPGMA analysis, the isolates were resolved into 60 different profiling groups to undergo 16S ARDRA analyses. The analysis of all restriction fragments from each strain based on the UPGMA algorithm from the combined patterns showed that Lotus isolates are very diverse and that they were affiliated to Sinorhizobium, Rhizobium, and Mesorhizobium genera.     

隐板裸刺蛇尾共附生真菌的分离鉴定及其代谢产物的抑菌活性研究

为更好地开发和利用蛇尾共附生微生物资源,本研究对隐板裸刺蛇尾(Gymnolophus obscura)可培养共附生真菌及其代谢产物抑菌活性进行研究。实验采用3种培养基分离隐板裸刺蛇尾共附生真菌,通过Blast分析ITS rDNA基因序列鉴定真菌,并运用96孔板法评估真菌的乙酸乙酯提取物的抑菌活性。实验结果发现,从隐板裸刺蛇尾分离的共附生真菌有格孢腔菌目(Pleosporales)真菌7株和肉座菌目(Hypocreales)真菌4株。两株真菌(GXIMD02021和GXIMD02022)与已报道菌株的ITS rDNA序列相似度小于97%,是潜在新菌种,占已鉴定菌株数量的18.2%。所有共附生真菌代谢产物对至少一种指示菌有抑制活性。除GXIMD02019、GXIMD02020、GXIMD02022和GXIMD02023外,其他菌株代谢产物均抑制表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis);4株菌株(GXIMD02018、GXIMD02020、GXIMD02021和GXIMD02022)代谢产物抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant ...     

福建漳江口红树林沉积物中的古菌类群

利用环境16S rRNA基因序列分析技术,对福建漳江口红树林沉积物中存在的古菌类群进行检测。首先提取红树林沉积物的总DNA,并进一步构建环境16S rRNA基因克隆文库。随机挑选文库克隆,根据Amplified rDNA restriction analysis(ARDRA)分析分型后进行测序。对所测序列进行系统进化分析。结果显示,文库中的大部分古菌克隆(95%)分别属于广古菌门(Euryarchaeota)中的Marine benthic group D和泉古菌门(Crenarchaeota)的Miscellaneous crenarchaeotic group和Marine group I等3个已描述的古菌类群, 另有小部分克隆(5%)可能代表广古菌门中新的古菌类群。Miscellaneous crenarchaeotic group类群古菌是红树林沉积物中古菌的优势类群。上述古菌类群的检测加深了人们对于红树林古菌群落结构复杂性及其生态学意义的认识。     

海芒果可培养细菌的分离鉴定及其抑制海洋鱼类致病菌活性研究

【目的】研究红树植物海芒果Cerbera manghas L.及其根际土壤可培养细菌多样性及其代谢产物抑制鱼类致病菌的生物活性。【方法】采用纯培养法分离并基于16SrRNA基因序列的系统发育分析法对分离得到的细菌进行多样性研究,采用滤纸片法研究其抑制海洋鱼类致病菌的生物活性。【结果】从海芒果及其根际土壤中共分离得到15株可培养细菌,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌分属于2个大的细菌发育类群:厚壁菌门(Firmicutes,占比为53%)和放线菌门(Actinobacteria,占比为47%),其中4株为芽孢杆菌属,6株为链霉菌属。活性研究发现,所有测试菌株对3种海洋鱼类致病弧菌均有一定的抑制作用,其中VT86(Kitasatospora paranensis),V139-2(Streptomyces luteireticuli),V140-2(Streptomyces jiujiangensis),VT19(Streptomyces orinoci),VT113(Streptomyces niveiscabiei)这5株菌的抑菌效果较好,以VT86(K.paranensis)抑菌活性最好。【结论】红树植物海芒果及其根际土壤中的细菌丰富多样,部分细菌具有抑制海洋鱼类致病菌生长的生物活性,具有开发成新型抑制鱼类致病菌药物的潜力。