马铃薯卷叶病毒RT-PCR-RFLP的检测分析

马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)是马铃薯生产上的主要病毒病原之一,侵染马铃薯后,造成减产和品质退化.采自云南、内蒙古和贵州的马铃薯样品经过DAS-ELISA检测为PLRV阳性,经RT-PCR扩增出约350 bp的DNA片段表明感染了马铃薯卷叶病毒.进一步用HaeⅢ和StuⅠ限制性内切酶对马铃薯卷叶病毒的RT-PCR产物进行Restriction fragment length polymorphism (RFLP)分析,RFLP图谱与预期图谱相符.证实RT-PCR-RFLP方法是1种快速、准确的检测方法.     

马铃薯病毒一步法RT-PCR诊断研究

运用一步法RT-PCR对马铃薯和烟草中的马铃薯X病毒、马铃薯Y病毒和马铃薯卷叶病毒进行了检测,实验表明:对酚-SDS方法提取的病毒核酸进行扩增,一步法RT-PCR检测到的扩增产物的灵敏度较两步法RT-PCR的高100倍左右.两种提取方法对比,用一步法RT-PCR进行扩增,检测到的PEG法扩增产物的灵敏度较酚-SDS法扩增产物的灵敏度高3倍.建立了快速、简便、灵敏度高、特异性强的马铃薯病毒一步法RT-PCR检测技术.     

微量植物组织直接RT-PCR反应检测4种植物病毒的方法建立与优化

建立并优化微量植物组织直接RT-PCR反应检测病毒的方法:在立体显微镜下,用26 G无菌注射器针头刺入植物茎、叶柄或根中,将沾有组织液的针头直接浸入RT反应液中,通过PCR反应产生病毒特异性DNA条带.该方法在葡萄、苹果、马铃薯和百合中有效检测了葡萄卷叶相关病毒3(GLRav-3)、苹果茎沟病毒(ASGV)、马铃薯卷叶...     

马铃薯卷叶病毒基因组保守序列片段的RT-PCR扩增

从感染马铃薯卷叶病毒的植株中提取马铃薯卷叶病毒总RNA,针对马铃薯卷叶病毒基因组,其中的2个保守序列分别设计并合成了1对寡聚核苷酸引物,用反转录-聚合酶链式反应方法从提取的病毒RNA材料中扩增出符合设计大小的240bp、400bp的特异性产物,对照的健康植株中未扩增出相应产物。     

用复制酶基因cDNA探针检测表达病毒外壳蛋白基因马…

利用马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）复制酶基因３＇端长约６００ｂｐ的ｃＤＮＡ，用缺口平移方法进行＾３２Ｐ同位素标记，制备成ｃＤＮＡ探针，通过核酸斑点杂交，对提纯的马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）、病毒ＲＮＡ、ＰＬＲＶ感染的马铃薯汁液，表达ＰＬＲＶ ＣＰ基因的马铃薯叶片及块茎芽进行了检测。结果表明，＾３２Ｐ标记的复制酶基因ｃＤＮＡ探针特异性强、灵敏度高。可测得提纯病毒的最低含量为４０８ｎｇ／ｍｌ，病毒ＲＮＡ最低     

大蒜病毒的快速检测

为建立一种快速便捷的检测大蒜病毒的方法,首先以4个大蒜产区的蒜种为材料采用传统的RT-PCR方法分析我国大蒜的主要病毒类型,在此基础上优化RT-PCR方法,建立大蒜病毒的快速检测方法.传统RT-PCR扩增到的序列经测序分析表明我国大蒜主要病毒类型为大蒜潜隐病毒GLV、马铃薯Y型病毒和大蒜新型病毒,通过优化RT-PCR方法、扩增模板、反应体系和循环次数,结果表明采用两步法RT-PCR方法,直接以RNA酶A处理的大蒜叶片Trizol裂解液为模板,经过40-45轮扩增循环,可以扩增到我国主要3种大蒜病毒,这为大蒜病毒的快速诊断提供技术支持.     

用复制酶基因cDNA探针检测表达病毒外壳蛋白基因马铃薯中的PLRV

利用马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）复制酶基因３′端长约６００ｂｐ的ｃＤＮＡ，用缺口平移方法进行３２Ｐ同位素标记，制备成ｃＤＮＡ探针，通过核酸斑点杂交，对提纯的马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）、病毒ＲＮＡ、ＰＬＲＶ感染的马铃薯汁液，表达ＰＬＲＶＣＰ基因的马铃薯叶片及块茎芽进行了检测．结果表明，３２Ｐ标记的复制酶基因ｃＤＮＡ探针特异性强、灵敏度高．可测得提纯病毒的最低含量为４０８ｎｇ／ｍｌ，病毒ＲＮＡ最低量为２７．８ｐｇ／ｍｌ，未转ＣＰ基因接种ＰＬＲＶ的马铃薯叶片提取液的最高稀释度为１３７５．接种ＰＬＲＶ的转ＣＰ基因的抗性马铃薯块茎芽和叶片提取液的最高稀释度为０～１／１５．此探针和只转入病毒外壳蛋白基因，不接种ＰＬＲＶ的转基因马铃薯汁液不发生反应．表明，探针只与ＰＬＲＶ基因组ＲＮＡ特异反应，而不与外壳蛋白基因及其ｍＲＮＡ反应，从而为表达ＣＰ基因的转基因马铃薯中ＰＬＲＶ的检测和抗病性鉴定建立了一种可靠的灵敏的分子生物学技术．此项技术已用于转ＣＰ基因马铃薯Ｄｅｓｉｒｅ，Ｆａｖｏｒｉｔａ，乌盟６０１和虎头的抗病性鉴定     

猕猴桃褪绿环斑相关病毒RT-LAMP-LFD可视化检测方法的建立

猕猴桃褪绿环斑相关病毒(Actinidia chlorotic ringspot-associated virus, AcCRaV)是侵染猕猴桃的主要病毒之一.为实现对猕猴桃中AcCRaV的快速检测和监控,本研究建立了一种逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)结合横向流动试纸条(LFD)的检测方法,可实现快速、可视化检测猕猴桃中AcCRaV.本研究基于AcCRaV外壳蛋白基因保守区域,设计了一套LAMP特异性引物,优化后的反应体系在62℃恒温条件下,反应60 min,再进行5 min试纸条显色反应,即可完成样品的检测.检测灵敏性实验结果表明,建立的RT-LAMP-LFD方法具有较高的灵敏性,其检测灵敏度是常规RT-PCR的100倍.二者检测结果一致,LFD试纸条实现了检测结果的可视化.总之,该检测方法可为检测猕猴桃中AcCRaV感染状况提供了一种省时、高效的诊断方法.     

马铃薯卷叶病毒陕西分离物外壳蛋白(CP)的生物信息学分析

目的分析预测马铃薯卷叶病毒(PLRV)外壳蛋白的理化性质及结构。方法应用DNA-MAN软件、ExPASy中的ProtParam工具,SignalP,LipoP程序,TMHMM,PSIPRED和3D-PSSM等方法,分析PLRV.CP的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、亲疏水性、可溶性、信号肽、跨膜结构域、二级结构、保守区域、三级结构等。结果陕西PLRV.CP,与已报道的PLRV.CP高度同源。蛋白序列分析显示无跨膜螺旋结构,不属分泌蛋白,是可溶的亲水性蛋白。二级结构主要为折叠和无规则卷曲,不含转角。三级结构保守区预测表明,该蛋白属于黄化病毒属外壳蛋白成员。结论对马铃薯卷叶病毒外壳蛋白的生物信息学分析为进一步研究其功能、探索抗病途径奠定了基础。     

一种马铃薯病毒RT-PCR诊断新方法

对传统的植物病毒RNA苯酚提取法进行改进;同时设计并优化单管RT-PCR(O ne-tube RT-PCR)方法,使传统的RT-PCR两步反应在一个反应体系中同时进行,依据马铃薯Y病毒和马铃薯S病毒的基因组RNA保守序列设计2套特异性引物,采用上述新建立的检测方法对染病的马铃薯叶片组织进行病毒检测,结果与G eneB ank中报道的这两种马铃薯病毒核苷酸序列进行B last比较,同源性达到96%以上,用这种新型诊断方法对马铃薯病毒核酸进行了浓度检测,实验结果证明,这种新型马铃薯病毒诊断方法具有可靠、快速、简便等特点.     

大熊猫粪便样品中犬瘟热病毒的检测

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒(CDV)N基因序列,设计合成1对特异性引物,以犬瘟热病毒疫苗中提取的RNA为阳性模板建立了快速检测CDV的RT-PCR方法,结果显示,所建立的CDV RT-PCR扩增得到与理论设计值大小一致的456 bp的特异性片段,对犬细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、大肠杆菌(E.coli)和新城疫病毒(NDV)的扩增结果均为阴性;最低可检出约1.53×10~2拷贝/μL的核酸;重复性试验结果表明,该方法检测重复性好.此方法对成都大熊猫繁育研究基地的37份眼观正常的大熊猫粪便样品检测,未检测出犬瘟热病毒,与胶体金试纸卡检测结果一致.     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物,以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板,经反转录PCR扩增,将获得ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆于pUC19中,构建成重组质粒pLR8.PCR检测和酶切检测表明,获得了ORF2a的5′端0.6kbcDNA克隆,从该cDNA两端进行了两次序列分析,并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较,5个序列间具高度同源性.     

PAS-ELISA检测GFLV和GLRaV-3技术的研究

以中国农业科学院郑州果树研究所国家葡萄资源圃的葡萄品种为试材,对葡萄扇叶病毒(GFLV)和葡萄卷叶相关病毒Ⅲ(GLRaV-3)进行了A蛋白酶联免疫吸附测定(PAS-ELISA)的检测技术的研究.从阴、阳性对照及抗血清或抗体浓度的选择,到不同时期、检测部位对结果的影响,建立了一套完整的ELISA检测GFLV和GLRaV-3程序;通过实验分析,该方法快速,简便,经济且灵敏度高,不失为葡萄病毒检测的一种新方法.通过检测,还了解到了GFLV的发病高峰在春季,主要发病部位在上部叶片,而GLRaV-3的发病高峰在秋季,重要发病部位在下部叶片.为葡萄病毒的综合防治打下良好的基础.     

用Chelex-100法大规模快速提取牦牛肌肉中基因组DNA

旨在建立快速、大规模提取牦牛(Bos grunniens)肌肉中基因组DNA的方法.试验样品为冰冻保存的九龙牦牛背最长肌(n=10).采用两种取样方法(镊子取样和枪头取样)采集冰冻的肌肉样品,用Chelex-100方法提取其中的基因组DNA,并进行PCR扩增.结果显示,镊子取样和枪头取样提取的基因组DNA,均可用于两个核基因和一个线粒体基因的PCR扩增,但枪头取样简便易行,提取的DNA用PCR扩增细胞色素b,扩增35个循环数的PCR产物可直接测序.表明Chelex-100法可用于快速提取牦牛肌肉中基因组DNA,操作简单,成本低廉,适用于大规模提取组织中的DNA.     

马铃薯卷叶病毒中国分离株外壳蛋白基因及其上游先导序列的cDNA克隆和序列分析

按照马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）核苷酸序列，针对ＣＰ基因及其上游基因间隔区全长约０．８ｋｂ的区段设计合成两个特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板，反转录合成ＣＤＮＡ第一条链，再经ＰＣＲ扩增合成ｃＤＮＡ，将ＣＤＮＡ克隆于ｐＵＣ１９质粒．限制性酶切分析和核苷酸序列测定表明克隆的ＰＬＲＶ－Ｃｈ外壳蛋白（ＣＰ）基因及其上游基因间隔区的全长ＣＤＮＡ共８２４个核苷酸，与国外报道的４个ＰＬＲＶ分离株的核苷梳序列相比具有高度同源性．ＰＬＲＶ的外壳蛋白基因序列与其上游基因间隔区相比保守性更强．     

用Chelex-100方法从牦牛乳中提取总DNA扩增线粒体DNA序列

旨在建立一种从牦牛乳中快速提取总DNA并扩增线粒体基因的方法.实验以20头麦洼牦牛的乳为试验材料,用Chelex-100方法提取总DNA,扩增线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区和细胞色素b基因(Cytb).结果显示,Chelex-100法能利用20μL全乳或脱脂乳快速制备总DNA,用于mtDNA的D-loop区和Cytb基因的PCR扩增,条带清晰并能直接测序.该方法的PCR扩增一般需要45个循环,扩增效果存在一定的个体差异,且全乳优于脱脂乳,半奶牦牛乳优于全奶牦牛乳.建立的方法既可使用全乳,也可采用脱脂乳大规模提取总DNA,并扩增线粒体基因用于后续研究.     

用非同位素标记的pAV 401探针进行分子杂交鉴定马铃薯纺锤块茎类病毒

用Eoehringer Mannheim Biochemica的pAV401探针,以分子杂交的方法鉴定了马铃薯和番茄中的马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTV)。试验表明当用探针浓度为200ng/ml, β-半乳糖苷酶为100 mU/ml,即酶结合物稀释至1:100时,可以测定出提纯PSTV—RNA最低浓度为390pg/斑点,感染PSTV的马铃薯和番茄叶片汁液最高稀释浓度为1:128。样品提取方法试验表明,以酚法教果为最佳。健康马铃薯汁液对提纯PSTV—RNA鉴定效果无明显影响。样品汁液在稀释前予先变性对提高杂交效果无明显作用。本文对Boehringer pAV401探针检测PSTV的灵敏度,所用探针浓度以及显色系统进行了讨论和评价。     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因5''''端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV—Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆于pUC19中，构建成重组质粒pLR8．PCR检测和酶切检测表明，获得了ORF2a的5′端0．6kb cDNA克隆，从该cDNA两端进行了两次序列分析，并将获得的核苷酸序列与国外报道的4个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较，5个序列间具高度同源性。     

脊髓灰质炎病毒Ⅰ型抗体胶体金检测试纸条的研制

目的:为研制快速检测脊髓灰质炎病毒Ⅰ型抗体的胶体金试纸条.方法:以辛酸-硫酸铵沉淀法纯化脊髓灰质炎病毒Ⅰ型单克隆抗体,用柠檬酸三钠还原法制备胶体金溶液,胶体金标记单抗,再结合脊灰病毒抗原形成复合物,固定于金标垫上,将鼠抗人IgG和羊抗鼠IgG分别包被于试纸条的T (检测线)处和C (质控线)处,应用该试纸条进行性能检测.结果:以已知的脊灰病毒Ⅰ型阳性血清作为检测样品,试纸条检测的灵敏度为1:80;特异性试验证明该试纸条与甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、麻疹病毒抗体阳性血清没有交叉反应;检测结果与脊灰病毒Ⅰ型疫苗抗体检测试剂盒(ELISA)试验的符合率为86.7%.结论:该试纸条检测脊灰病毒Ⅰ型的抗体水平具有较好的特异性与灵敏性,适用于大规模临床血清抗体水平检测,具有良好的应用前景.     

应用液态悬浮芯片技术建立HPV基因分型方法

目的 应用液态悬浮芯片技术,建立一种新的人乳头瘤病毒(HPV)基因分型方法.方法 应用通用引物从HPV基因组中扩增出目的片断,与13型荧光微球偶联探针杂交,通过LuminexTM100检测HPV的型别.结果 检测十三型标准株质粒,对单一标准品和混合标准品均可准确分型.结论 初步建立了高通量、快速、可靠、适用于临床的人乳头瘤病毒分型基因诊断方法.