SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性研究

目的 检测SLC1A2基因SNP位点与拉布拉多和金毛猎犬活跃度的相关性,以期为导盲犬早期选育筛选有效的遗传学分子标记。方法 选取中国大连导盲犬培训基地的99只犬(拉布拉多犬80只,金毛猎犬19只),采用Passive test(PT)行为测试法对犬的活跃度进行评估。同时采集该99只犬的静脉血,提取血细胞中的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对该99只犬的SLC1A2基因T129C、T1549G 和T471C 3个SNP位点进行基因型鉴定,并统计分析犬的活跃度与SLC1A2 SNP位点的相关性。结果 SLC1A2 基因的3个SNP位点中,T129C和T1549G位点没有多态性,分别仅存在C/C型和G/G型。T471C位点存在3种基因型：T/T、T/C和C/C。这3种基因型与活跃度、性别以及品种间不存在显著相关性(P>0.05)。另外,品种与活跃度之间也没有显著相关性(P>0.05),但性别与活跃度间存在显著相关性(P=0.049)。结论 SLC1A2基因的T129C、T1549G 和T471C位点与导盲犬的活跃度不具有显著相关性,不能作为导盲犬的遗传学筛选的指标。由于性别与活跃度间存在显著相关性,因而在行为学测试中,对犬的活跃度评分标准应雌雄有别。     

应用 COMT 基因 SNP 位点鉴别拉布拉多和金毛猎犬胆量行为的研究

摘要:目的 检测拉布拉多和金毛猎犬儿茶酚-O-甲基转移酶( Catechol-O-methyltransferase,COMT)基因 SNP 位点的多态性,并统计分析 SNP 位点的基因型及单倍型与犬胆量行为间的关联性,以期为工作犬培训的前期筛选提供有效的遗传学分子标记。 方法 选取 91 只拉布拉多和 27 只金毛猎犬,共计 118 只,采用犬胆量评估( dog courage assessment,DCA)测试方法对犬的胆量行为进行评估,用高分辨率熔解曲线法( high resolution melting,HRM) 对该118 只犬的 COMT 基因的 4 个 SNP 位点:-1 666 bp C>G、c. 39 A>G、c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 进行基因型鉴定,应用SPSS 19. 0 和 PHASE 2. 1 软件统计分析 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与犬胆量行为之间的相关性。 结果 拉布拉多和金毛猎犬的品种、性别和年龄与犬的胆量行为之间没有显著关联性( P>0. 05) 。 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性( P< 0. 01) 。 COMT 基因 4 个 SNP 位点的单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆小性情显著相关( P<0. 01) ,并且 c. 216 G>A 和 c. 482 G>A 位点的 A 等位基因在犬的胆小行为上起主导作用。 结论 COMT 基因的 4 个 SNP 位点的基因型和单倍型与拉布拉多和金毛猎犬的胆量行为之间存在显著相关性,提示 COMT 基因对犬的胆量行为具有显著的影响,可作为胆小犬早期鉴定的有效遗传学分子标记。     

拉布拉多犬髋关节发育不良相关基因的SNP位点的检测

目的检测拉布拉多犬基因组DNA中与髋关节发育不良密切相关的5个基因中的6个SNP位点,以期为拉布拉多犬的选育提供有效的遗传学诊断方法。方法经影像学诊断,筛选出典型的6只髋关节发育不良和11只正常拉布拉多犬作为实验对象,采取静脉血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对17个样本的5个基因中的6个SNP位点:LAMA2(CFA1:70997779),LRR1(CFA8:29247021),SCR(CFA24:28944481),COL6A3(CFA25:51031100,51040259)和FN1(CFA37:25095511)进行变异型检测,并统计分析SNP位点的变异型与髋关节发育不良犬关联度。结果 LAMA2(CFA1:70997779),LRR1(CFA8:29247021),SCR(CFA24:28944481),COL6A3(CFA25:51031100)和FN1(CFA37:25095511)SNP位点的变异型与拉布拉多犬的髋关节发育不良没有显著相关性(P0.05)。COL6A3(CFA25:51040259)SNP位点的A/A型与拉布拉多犬的髋关节发育不良存在极显著相关性(P=0.007)。结论 COL6A3(CFA25:51040259)SNP位点的A/A型可能成为拉布拉多犬髋关节发育不良的实用性遗传学诊断指标,但尚需大样本确认。     

拉布拉多犬与金毛猎犬毛色基因MC1R(R306ter)与TYRP1(Q331ter)SNP位点的检测

目的建立犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法。方法采用PCR/测序的方法,对19只拉布拉多犬和15只金毛猎犬的MC1R基因c.C916T SNP位点及TYRP1基因c.C991T SNP位点的多态性进行检测,根据MC1R和TYRP1的多态性对犬的毛色基因型进行分析。结果 PCR/测序法能够对TYRP1基因c.C991T SNP位点进行明确和有效的检测。但MC1R基因c.C916T SNP位点的测序结果出现了特殊峰,经克隆/测序法确认该特殊峰型为杂合性SNP位点。毛色基因型分析表明,金毛猎犬的毛色基因型皆为纯合的eeBB(15只),未见其他基因型。拉布拉多犬的毛色基因型分别为:黑色犬EeBB(6只)、EeBb(2只);黄色犬eeBB(9只)、eeBb(2只)。未发现其他如EEBB和EEBb(黑色)、eebb(黄色)的毛色基因型。另外,拉布拉多犬样本中没有巧克力色犬,也未检测出其相应的Eebb和EEbb基因型。结论本研究成功建立了犬毛色基因MC1R R306ter(c.C916T)与TYRP1 Q331ter(c.C991T)SNP位点的检测方法,为分析毛色基因型与导盲犬培训成功率之间的相关性提供了前期工作基础。     

拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组中与髋关节发育不良相关基因COL6A3、FN1的SNP位点检测

目的 检测拉布拉多犬与金毛寻回猎犬基因组DNA中与髋关节发育不良密切相关的COL6A3基因、FN1基因中的3个SNP位点,以期为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬幼犬的选育提供有效的遗传学诊断方法。方法 全国范围内募集经过影像学诊断的髋关节发育不良的拉布拉多犬8只、金毛寻回猎犬5只,中国导盲犬大连培训基地提供经影像学诊断的健康的拉布拉多犬23只、金毛寻回猎犬7只作为实验对象,静脉采血,提取血细胞的基因组DNA样本,采用PCR/测序方法对COL6A3基因上的2个SNP位点(CFA25∶51031100,51040259)和FN1基因的1个SNP位点(CFA37∶25095511)进行基因型检测,并统计分析SNP位点的基因型与髋关节发育不良的关联度。结果 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点的基因型与犬的髋关节发育不良没有显著相关性(P>0.05)。结论 COL6A3(CFA25∶51031100,51040259)和FN1(CFA37∶25095511)SNP位点均不能成为拉布拉多犬与金毛寻回猎犬髋关节发育不良的实用性遗传学诊断指标。     

白细胞分化抗原基因多态性与缺血性脑卒中发生与发展的关系

目的探讨白细胞分化抗原基因多态性与缺血性脑卒中发生与发展的关系.方法选取缺血性脑卒中患者404例为观察组,同期体检的同年龄段健康人群398名为对照组.采集空腹外周静脉血,单碱基延伸PCR技术对白细胞分化抗原40基因rs1535045 C/T,rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307G/A位点多态性进行分型.结果白细胞分化抗原40基因各位点分布情况显示:rs1535045 C/T位点中CC,CT,TT基因型之间差异具有统计学意义(P0.01); rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307 G/A位点各基因型之间差异无统计学意义(P0.05).rs1535045 C/T位点等位基因频率在观察组与对照组间差异具有统计学意义(P0.01);携带T突变型等位基因的缺血性脑卒中发生风险较携带C野生型等位基因明显增加,是携带C野生型的1.846倍.rs3765459 C/T,rs4810485 C/T,rsl3040307 G/A位点等位基因频率在观察组与对照组间差异无统计学意义(P0.05).联合基因型分析显示:观察组携带TCCA,TCCG基因单倍型的比例明显高于对照组,携带CCCG基因单倍型的比例明显低于对照组,差异具有统计学意义(P0.05);携带TCCA,TCCG基因单倍型明显增加缺血性脑卒中的发生风险,携带CCCG基因单倍型明显降低缺血性脑卒中的发生风险.结论白细胞分化抗原40基因rs1535045 C/T位点及TCCA,TCCG,CCCG单倍型与缺血性脑卒中的发生与发展可能存在相关性,其中携带T突变型等位基因可能为缺血性脑卒中的遗传易感基因.     

广东汉族人群TLR9基因单核苷酸多态性及其单倍型(英文)

采用PCR扩增和直接测序法对191例健康且无血缘关系的广东汉族人群筛查了TLR9全基因序列,包括调控区、5′非翻译区、第1,2外显子、内含子及3′非翻译区上所有的单核苷酸多态性(SNP)位点.共检出五个SNP位点,分别为调控区的-1 486 T/C和-1 421 C/T、内含子区的+1174 A/G、第2外显子的+1 387 T/C和+2848 G/A,其中-1421 C/T和+1 387 T/C为首次发现的新位点.连锁不平衡分析表明-486 T/C,1174 A/G以及2848 G/A之间存在紧密连锁,并且涵盖了整个基因区域,形成了一个单倍域.在此基础上运用Hhase软件构建了TLR9基因的单倍型,共得到七种单倍型并模拟了它们可能的分布频率.进一步的中性检验表明TLR9基因在广东汉族人群中符合中性进化模式.     

乐至黑山羊GH和IGF-I基因多态性及其与产羔性状的关联性分析(英文)

生长激素(GH)胰岛素样生长因子I(IGF-I)在卵泡的生长和闭锁中发挥关键作用。研究采用PCR-SSCP技术对157只乐至黑山羊GH和IGF-I进行多态位点的检测。结果发现,GH基因5’侧翼区和第二外显子分别检测到2种基因型,第三外显子检测到4种基因型,第四和第五外显子分别检测到3种基因型;IGF-I基因的第二外显子检测到2种基因型。通过基因测序发现GH基因有14处单核苷酸突变位点(SNPs)—T48C,A55G)(P1引物),T781C(P2引物),G1122A,A1161G,A1171G,C1179T和C1180G(P3引物),T1481C,A1494G,G1549T和C1590T(P4引物),G1942A和G1957A(P5引物);IGF-I基因有1个SNP(G3270C)(P6引物)。关联性分析结果表明,只有GH基因第三外显子BB型乐至黑山羊产羔数比AA型多0.32(p0.05),其余基因型间产羔数差异不显著。研究初步表明GH基因可能与乐至黑山羊产羔数之间存在一定关联性。     

血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与不明原因复发性流产发病的相关性

为探讨血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与不明原因复发性流产(URSA)发病的相关性,将78例URSA患者设为观察组,59例健康体检非妊娠妇女设为对照组。采用化学发光法测定血清叶酸、红细胞叶酸水平,时间分辨荧光免疫分析法测定血清维生素B12水平,荧光定量PCR技术检测叶酸代谢相关酶MTHFR基因C677T位点和MTRR基因A66G位点单核苷酸多态性(SNP)。采用Pearson相关性分析血清叶酸、红细胞叶酸、血清维生素B12水平及MTHFR、MTRR基因多态性与URSA发病的相关性。结果显示:观察组血清叶酸水平显著高于对照组(P0.05),血清红细胞叶酸、维生素B12水平显著低于对照组(P0.05)。观察组MTHFR基因C677T位点CC型基因频率显著高于对照组(P0.05),CT、TT型基因频率显著低于对照组(P0.05)。Pearson相关性分析结果表明:URSA发病与MTRR基因A66G位点基因型频率均无相关性(P0.05),与血清叶酸水平和MTHFR基因C677T位点CC型基因频率呈显著正相关性(P0.05),与红细胞叶酸、血清维生素B12水平及MTHFR基因C677T位点CT、TT型基因频率呈显著负相关性(P0.05)。因此,血清叶酸水平及叶酸代谢相关酶基因多态性与URSA发病具有相关性,其中MTHFR基因C677T位点基因突变是URSA发病的危险因素,可作为预测URSA发病的一个生物学指标。     

BMP7基因多态对大白猪生长性状的影响

目的为了筛查猪BMP7基因SNP位点及分析其对猪生长性状的影响。方法通过PCR产物测序确定BMP7基因外显子上的5个潜在多态位点,用sequenom法对实验猪群进行基因分型并开展基因型与猪生长性状的关联分析。结果在BMP7基因5个潜在SNP位点中检测确定了2个SNP位点:A83509G和G84966A,且均属错义突变。A83509G位点AA型校正达100 kg日龄显著低于AG型和GG型(P0.05),GG型校正达100 kg眼肌面积显著高于AG型(P0.05); G84966A位点GG型校正达100 kg日龄和达100 kg眼肌面积都显著高于AA型(P0.05);在A83509G和G84966A位点单倍型中,AGGA、AAAA型个体校正达100 kg日龄显著低于AGGG基因型个体(P 0.05); AGGA基因型个体校正达100 kg眼肌面积显著高于AGAA基因型个体(P0.05)。结论 A83509G、G84966A变异位点对大白猪眼肌面积及生长速度具有显著影响,可作为猪生长性状选择的潜在分子标记。