施氏屋顶鼠和海南屋顶鼠的线粒体12S rRNA基因序列的歧异及其系统进化关系

屋顶鼠的两个亚种--施氏屋顶鼠和海南屋顶鼠的外形和毛色相似,在一些标本的测量记录中,它们间的主要区别特征之一的尾长与体长比却是不肯定的.在广东,海南屋顶鼠仅分布于粤西区,而施氏屋顶鼠则分布于其余区域.在我们的这项研究中,采用了9个分别来自于施氏屋顶鼠(龙门种群和香港种群)及海南屋顶鼠的样品进行了线粒体12S rRNA 基因的测序,在所分析的 385个核苷酸位点长度的片段中,包含有26个变异位点和14个简约信息点,观察到3个插入/缺失位点.通过邻接法和最大简约法重建这些鼠类样品的系统进化关系.相比于施氏屋顶鼠的香港种群,海南屋顶鼠与施氏屋顶鼠的龙门种群有着更紧密的亲缘关系.基于12S rRNA 基因片段的序列数据,本项分析不赞同把海南屋顶鼠分类成为一个亚种的观点,认为海南屋顶鼠的形态变化是自然选择的结果,并由此导致当地适应和地理隔离.     

猛禽和夜鹰类的线粒体DNA序列比较和分子进化关系的研究

测定和比对了隼形目、鸮形目、夜鹰目的12SrRNA基因片段，长度为415bp．使用MEGA2．1软件构建分子系统树并分析其系统进化关系．数据显示，该基因片段的DNA序列变异丰富，转换和颠换数未随着遗传距离的增加而出现饱和现象，反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系．重建系统进化树表明：与隼形目隼科相比，隼形目鹰科与鸮形目、夜鹰目的亲缘关系更近，提示了隼形目隼科和鹰科之间可能存在着较大的遗传变异；与夜鹰目相比，鸮形目和隼形目鹰科鸟类的亲缘关系较近，与传统分类观点相同，不支持将鸮形目和夜鹰目合并为鸮形目的观点．     

羚牛线粒体DNA和系统进化研究

用8种限制酶分析了5种牛科动物，羚牛、黄牛、水牛、绵羊和山羊的线粒体DNA的多态性。依据数学模型计算这5种动物间的遗传距离，在此基础上构建了UPG和NJ两种分子系统进化树。结果表明：羚牛与牛和羊的分化时间分别为4．02Ma和3．72Ma，因此将羚牛归入羊亚科较为合理。     

猛禽和夜鹰类的线粒体DNA序列比较和分子进化关系的研究

测定和比对了隼形目、鸮形目、夜鹰目的12SrRNA基因片段,长度为415 bp.使用MEGA2.1软件构建分子系统树并分析其系统进化关系.数据显示,该基因片段的DNA序列变异丰富,转换和颠换数未随着遗传距离的增加而出现饱和现象,反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系.重建系统进化树表明:与隼形目隼科相比,隼形目鹰科与鸮形目、夜鹰目的亲缘关系更近,提示了隼形目隼科和鹰科之间可能存在着较大的遗传变异;与夜鹰目相比,鸮形目和隼形目鹰科鸟类的亲缘关系较近,与传统分类观点相同,不支持将鸮形目和夜鹰目合并为鸮形目的观点.     

DNA序列在植物系统进化研究中的应用

DNA序列分析已广泛应用于植物系统与进化学研究，根据不同的研究对象和问题选择相对应的DNA序列来进行研究显得十分重要。目前在植物系统与进化学中主要一些DNA的应用，主要是讨论叶绿体基因组（rbcL等）和核基因组（18S，ITS）中的特定DNA序列区段。研究表明，18S,rbcL等编码基因一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨，而ITS极cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。     

鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化：以BangPi鱼类为例

以Bang Pi鱼类为例，研究了鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化规律。识别了终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域。指出扩展终止相关序列（ETAS）的主体是TACAT和它的反向互补序列ATGTA形成的发夹结构。给出了鱼类中若干重要保守序列的普遍形式。研究结果表明，一般情况下，只有一个行使功能的ETAS，但可能会有多个复制的、不行使功能的ETAS存在。鱼类的保守序列CSB2最为保守。线粒体DNA控制区被认为是由各功能单位形成主体框架，主体框架复制产生重复序列，重复序列产生快速变异，这样造成不同类群间线粒体DNA控制区巨大差异。易突变点和二级结构的存在均可能与变异的发生相关。     

五倍子蚜与寄主植物DNA序列系统发育关系及其协同进化

五倍子蚜特指寄生在漆树科盐肤木属几种植物上形成五倍子虫瘿的一类蚜虫.本研究采用PCR直接测序方法测定了五倍子蚜10个种共19个样本的mtDNA COI基因部分DNA序列(660 bp),从GenBank下载瘿绵蚜科Pemphigidae瘿绵蚜属Pemphigus、卷叶绵蚜属Prociphilus和棉蚜属Eriosoma及纩蚜科Mindaridae纩蚜属Min-darus种相应基因序列为外类群,构建五倍子蚜种之间的MP和ML分子系统发育关系,两种方法得到一致的结果.五倍子蚜10个种共形成3个大的聚类簇,圆角倍蚜属的红倍花蚜和倍花蚜、铁倍蚜属的4个种(亚种)分别以很高的置信度聚为一支,铁倍花蚜属的铁倍花蚜、小铁枣蚜属的红小铁枣蚜与倍蚜属的角倍蚜和倍蛋蚜聚为一支,但是其置信度较低.同时,采用生物信息学方法从GenBank下载五倍子蚜第一寄主盐肤木属Rhus植物cpDNATrnL-F区序列(980 bp),建立寄主植物种之间的MP和ML系统发育关系,与角倍蚜系统发育关系进行比较分析,结果显示二者之间明显的协同进化关系,但是五倍子蚜的聚类并没有完全和寄主植物之间形成一对一的平行对应关系.     

鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化:以鳑鱼类为例

以鳑鱼类为例,研究了鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化规律.识别了终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域.指出扩展终止相关序列(ETAS)的主体是TACAT和它的反向互补序列ATGTA形成的发夹结构.给出了鱼类中若干重要保守序列的普遍形式.研究结果表明,一般情况下,只有一个行使功能的ETAS,但可能会有多个复制的、不行使功能的ETAS存在.鱼类的保守序列CSB2最为保守.线粒体DNA控制区被认为是由各功能单位形成主体框架,主体框架复制产生重复序列,重复序列产生快速变异,这样造成不同类群间线粒体DNA控制区巨大差异.易突变点和二级结构的存在均可能与变异的发生相关.     

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列,经过对比分析,其序列全长为920bp,碱基含量分别为：胸腺嘧啶（T）29．8％,胞嘧啶（C）21．6％,腺嘌吟（A）32．4％,鸟嘌呤(G)16．2％,与其它鲤科鱼类相比,胸腺嘧啶含量略低,鸟嘌呤含量略高,其它则相似,成功地识别了终止序列区（nt,1-235处）、中央守区（nt236－566处）和保守序列区(nt．567－920）处,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守D(CSB－D）和保守序列1、2、3（CSB1,CSB2,CSB3）,这以中以为将来进行大口胭脂鱼的种群分化研究和资源保护研究提供基础。     

核苷酸序列的有序片段和分子进化

定义了核苷酸序列的有序片段（Ｘ１，Ｘ２…Ｘｋ）ｎ，Ｘｉ表示碱基的嘌呤嘧啶分类或强弱健分类，ｎ为重复次数，通过统计分析６．８Ｍｂｐ资料找出全部ｋ＝２，３的有序片段，发现若干有序片段的含量具有较好的进化相关性。     

四川社鼠、针毛鼠及社鼠亚种间的比较探讨

在经典分类学中，社鼠和针毛鼠分类地位一直不是很明确，外形及头骨的形态差异微小，有关社鼠亚种的分类问题争论较多．基于在四川采集的标本，通过单因素方差分析和多变量分析，发现社鼠与针毛鼠主要在体长、腭后长及上颊齿等量度区别较明显；利用多变量分析和多因变量方差分析对社鼠的3个亚种处理，结果显示：社鼠亚种问的鉴别特征主要在于颧板宽、听泡长、下齿列等．     

几种鹤类线粒体DNA的差异和亲缘关系分析

采用聚合酶链式反应,从丹顶鹤(G.joponensis♂)、白枕鹤(G.vipio♀)、灰鹤(G.grus)及丹顶鹤♂和白枕鹤♀的4个杂交子代中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出细胞色素b碱基序列,它们之间的序列差异在0.1%～7.2%之间.序列分析表明几种鹤类细胞色素b基因序列的碱基变化主要是转换和颠换,转换的比率大于颠换;绘制几种鹤类细胞色素b之间的亲缘关系进化树表明丹顶鹤和灰鹤的进化距离更近,4个杂交子代与母本白枕鹤的亲缘关系更近.     

The complete mitochondrial DNA sequence and the phylogenetic position of Achalinus meiguensis (Reptilia: Squamata)

The mitochondrial genome complete sequence of Achalinus meiguensis was reported for the first time in the present study. The complete mitochondrial genome of A. meiguensis is 17239 bp in length and contains 13 protein-coding genes, 22 tRNA, 2 rRNA, and 2 non-coding regions (Control regions). On the basis of comparison with the other complete mitochondrial sequences reported, we explored the characteristic of structure and evolution. For example, duplication control regions independently occurred in the evol...     

系统发育分析在古DNA研究中的应用

介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础,阐述了各种分析方法在古DNA数据分析中的具体应用,并对各种方法的优缺点进行了评价.分析了系统发育分析的局限性和发展趋势,以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题.     

从Cytb基因序列探讨蝽类部分昆虫的系统发生

通过对蝽总科18种昆虫线粒体DNA细胞色素6基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,比较其同源性,统计密码子使用频率并应用生物学软件构建系统发育树．在获得的432bp序列中,碱基T,C,A和G的平均含量分别为37．4％,18．8％,31．8％和12．0％,表现出强烈的AT偏向性．就每个氨基酸密码子采看,第3位点的A＋T含量较高,达到83．6％．谊序列片段中共有215个核苷酸位点发生变异（约占49．8％）,种间变异较大．在氨基酸组成上,共编码144个氨基酸。其中有47个发生变异。变异率为32．7％．碱基替换主要发生在密码子第3位点,转换略多于颠换．以筛豆龟蝽（Megacopta cribraria）为外群构建的系统发育树支持荔蝽、盾蝽作为独立的科与蝽科并列,滴蝽从蝽亚科划出归属于舌盾蝽亚科,但蝽科内各亚科间及蝽亚科各族间的系统进化关系与传统的形态分类结果不完全一致,还有待于进一步研究．     

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目（Acipenseriformes）鱼类,中华鲟（Acipenser sinensis）、俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedtii）和匙吻鲟（Polyodon spathula）的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目（Polypteriformes）多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明：MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.     

利用数列判别正项级数的敛散性

每给一个数列{an},则对应一个级数Σan,反之每给一个级数Σun,必对应至少一个数列{an}或{sn},因此数列的敛散性必然与级数的敛散性有关。应用数列与级数的关系,给出利用数列判别正项级数敛散性的一些方法,使得对正项级数敛散性的判别又多了许多简单而且实用的方法。     

应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.