饲料用灌木中氨基酸含量的快速定量分析方法

用日立L-8800型氨基酸自动分析仪对饲料灌木中Asp(天冬氨酸)、Thr(苏氨酸)、Ser(丝氨酸)、Glu(谷氨酸)、Pro(脯氨酸)、Gly(甘氨酸)、Ala(丙氨酸)、Cys(半胱氨酸)、Val(缬氨酸)、Met(蛋氨酸)、Ile(异亮氨酸)、Leu(亮氨酸)、Tyr(酪氨酸)、Phe(苯丙氨酸)、Lys(赖氨酸)、NH3(氨)、His(组氨酸)、Arg(精氨酸)等18种主要氨基酸作了定量分析,提出了一种同时测定饲料用灌木中多种氨基酸含量的自动分析方法.结果表明,灌木样品18种氨基酸测定的变异系数在2.02～3.96%之间,标准回收率在99.90～101.47%之间,该方法快速、简便、灵敏度高、重现性好、人为因素影响少,结果令人满意.     

长毛对虾必需氨基酸的研究

分析了不同体长组的长毛对虾生化组成和必需氨基酸(EAA)的可能种类。结果表明:(1)长毛对虾的最主要生化物质蛋白质的含量似有随体长增长(40 mm至 104 mm)而升高。但糖类含量较稳定;(2)注射~3H-葡萄糖后测得 Glu,Asp,Ser,Pro,Gly,(Cys)_2和 Ala等带有较强的放射性,长毛对虾可能从葡萄糖合成这些氨基酸。而极少或甚至没有~3H 参入到Met,Thr,He,Leu,Val,Arg,His,Lys,Phe,Tyr和Trp中。这些可能是长毛对虾的EAA。     

氨基酸对鲍鱼碱性磷酸酶活力的影响

选用L Ala、L Val、L Leu等15种氨基酸为效应物,研究它们对杂色鲍(Haliotisdiversicolor)碱性磷酸酶(EC.3.1.3.1)催化pNPP水解反应的影响.结果表明:上述这些氨基酸对鲍鱼碱性磷酸酶均有一定程度的抑制作用,抑制程度随着试剂浓度增大而加剧.当浓度为10.0mmol/L时,分别可以使酶活力下降:7.77%、36.75%、22.79%、39.86%、16.16%、19.33%、94.77%、20.19%、17.02%、40.15%、31.08%、17.52%、30.56%、36.77%和12.59%.尤其以L Cys对酶的抑制作用最为显著(抑制率为94.77%),其次是L Ile和L His,它们均能使酶活力下降40%;对酶抑制率在30%以上的氨基酸还有L Val、L Trp、L Phe和L Lys,其它选用的氨基酸对酶的抑制率小于25%.选择对杂色鲍ALP具有较明显的抑制作用的氨基酸L Val、L Ile、L Trp和L Cys等氨基酸为研究对象,研究它们对酶催化pNPP水解反应的抑制作用机理,并测定其抑制常数.结果表明L Cys的抑制作用为混合型效应,其KI和KIS值分别为0.042mmol/L和0.139mmol/L;而L Val、L Ile、L Trp为反竞争性,其KIS分别为9.56、8.55、8.09mmol/L.     

降纤酶的分离纯化及其性质

蛇毒蛋白对抑制血栓形成和溶解血栓具有较好的疗效 ,但由于得不到性质稳定、组分单一的酶蛋白 ,影响了其临床效果。该研究通过亲和层析方法 ,从长白山白眉蝮蛇乌苏里种蛇毒中分离提纯到 SDS- PAGE图谱为单一组分糖蛋白——降纤酶 ,相对分子质量约 3.6× 10 4。该酶具有体外凝血、体内抗凝作用。等电点约为 4 .2 5。HPL C分析结果表明其纯度为 99%。最适温度为 70℃ ,最适 p H =8.0。动力学研究表明该酶为一 Michaelis- Menten酶 ,Michaelis常数为0 .32 0 mm ol/ L,最大反应速度为 0 .117μm ol/ m in。EDTA,Mg2 + ,Cu2 + 对其有抑制作用。测定该酶 N端 2 0个氨基酸的序列是 Val Ile Glu Glu Asp Glu Cys Asn Ile Asn Glu His Arg Phe L eu,与其他的蛇毒类凝血酶有高度同源性。     

Disprot无序蛋白数据库分析与统计

无序蛋白是一种在天然条件下没有稳定的三维结构但却能正常行使重要生物学功能的一类蛋白质.实验以Disport无序蛋白数据库为基础,经过CD-HIT去重处理建立数据集.分别选择20种氨基酸在无序区与有序区中的分布和无序倾向性两个方面对该数据集进行对比分析.结果表明,氨基酸Ala、Asp、Glu、Gly、Lys、Pro、Gln、Ser具有形成无序区的倾向.氨基酸Leu、Thr、Val虽然在无序区和有序区中都具有倾向性,但在由DP值得到的分析中,Leu、Thr、Val不易于形成无序区;氨基酸Gln虽然在无序区和有序区中都不具有倾向性,但在DP值分析中却易于形成无序区.氨基酸Ala、Glu、Ser在二元组氨基酸对中使用最频繁.     

珍珠薏米乳酸发酵饮料的研究

研究了以珍珠和薏米为主要原料制作乳酸发酵饮料的工艺。通过正交试验,确定最佳调配组合为:蔗糖10%,香精0.1%,薏米发酵液与珍珠水解液的体积比为2∶1。对饮料的可溶性固形物、酸度、还原糖、金属元素、氨基酸含量等指标进行了测定。结果表明,还原糖质量浓度为11.9 mg.mL-1;可溶性固形物为4.6%;pH值为4.97(16.5℃时);Zn、Mg、Fe、Mn、Na、Ca、K的质量浓度分别为0.1672,5.14340,.23260,.2933,241.76,136.093,4.87μg.mL-1;Cd、Pb、Cr、Cu和Co等均未测出;且含有Asp、Thr、Ser、Glu、Gly、Ala、Val、MetI、le、Leu、Tyr、Phe、Lys、His、Arg和Pro等16种氨基酸。     

虚拟筛选竞争性抑制NDRG3与L-Lactate结合的小分子研究

竞争性抑制NDRG3(N-myc downstream regulated gene 3)蛋白与L-Lactate结合可有效阻遏NDRG3介导的低氧反应. 文中通过同源模建技术构建NDRG3蛋白的三维结构,并将L-Lactate对接到NDRG3蛋白的潜在活性位点中,发现L-Lactate主要通过与Asn133、Ala162、His163、His164、Ser235、Pro236及Ala237等氨基酸相互作用结合于NDRG3. 对近3 000个化合物进行虚拟筛选,选择4种竞争性抑制最强的化合物作为参考分子分析相互作用关系,结果发现:部分化合物和不同氨基酸能够通过不同的作用力与NDRG3蛋白结合,占据NDRG3蛋白的活性位点,从而竞争性抑制L-Lactate与NDRG3蛋白结合. 例如,它们能够与Lys139、Asp143、His163、Arg203产生静电作用;它们与His163形成-堆积作用;它们与Phe165、Ala237等产生疏水作用;它们与Asn133、Asp135、Gly140、Arg203、Ser235、Ala237等形成氢键作用. 以上数据表明:这些化合物可能成为阻遏NDRG3介导的低氧反应及靶向治疗低氧诱导疾病的候选药物.     

光度法测定Cu(Ⅱ)-氨基酸配合物组成

本文在模拟生理环境下(pH=6-7,T=37±0.5℃),在水溶液中合成了Cu(Ⅱ)与10种α-氨基酸配体(L=Gly(甘氨酸)、Val(缬氨酸)、Ala(丙氨酸)、Leu(亮氨酸)、Phe(苯丙氨酸)、Ser(丝氨酸)、Cys(半胱氨酸)、Gln(谷氨酰氨)、Thr(苏氨酸)、His(组氨酸))形成的二元配合物,测定了其紫外光谱,并用对应溶液法讨论了配合物的组成.     

两种浮游甲壳动物必需氨基酸的研究

本文应用同位素引入法,测定了日本毛虾和中华假磷虾的必需氨基酸(EAA),表明,注射~3H-葡萄糖和空白培养对照的两种动物,其生化组成和氨基酸含量无明显差异.放射性测量结果指出:与其它许多水生甲壳动物相似,这两种动物的EAA有Thr、Trp、His、Lys、Met、Val、Phe、Leu、lle、Arg和Tyr.     

木糖还原酶定点突变设计的生物信息学分析

木糖代谢过程中,木糖还原酶（XR）和木糖醇脱氢酶（XDH）的氧化还原不平衡是利用纤维素生成酒精的关键问题之一.文中借助生物信息学手段（同源建模、酶和辅酶分子对接）,通过分析数据库资源,找到了一些影响XR活性或辅酶依赖性的关键氨基酸.结果表明：树干毕赤氏酵母XR与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸（NADP）之间形成氢键的氨基酸有Lys21、Val222、Glu223、Phe236和Thr273,与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）之间形成氢键的氨基酸有Val222、Glu223、Phe236、Glu237和Thr273;突变Lys21（完全保守）使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NAD结合,突变Glu237（不完全保守）使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NADP结合;热带假丝酵母XR与NADP之间形成氢键的氨基酸有Asn278和Arg282（两者都不完全保守）,要改变其NADP依赖性,可以替代Asn278和/或Arg282.     

计算机辅助木糖还原酶定点突变的生物信息学分析

木糖还原酶（xylose reductase,XR）是木糖代谢生成乙醇途径中一个重要的酶,目前利用纤维素生成酒精的关键问题之一：木糖代谢过程中XR和木糖醇脱氢酶（xylitol dehydrogenase,XDH）的氧化还原不平衡。本研究借助生物信息学手段（酶三维结构建模、酶和辅酶分子对接）,充分分析数据库资源,找到了一些可能影响XR酶活性或辅酶依赖性的关键氨基酸。毕赤氏酵母XR与NADP之间有Lys21（K）、Val222（V）、Glu223（E）、Phe236（F）和Thr273（T）;毕赤氏酵母XR与NAD之间有Val222（V）、Glu223（E）、Phe236（F）、Glu237（E）和Thr273（T）;热带假丝酵母XR与NADP之间有Asn278（N）和Arg282（R）。对比两种辅酶与毕赤氏酵母XR形成氢键的氨基酸,如果使毕赤氏酵母XR只与辅酶NAD结合,则可以将Lys21替换成其它的氨基酸,因Lys21在所有XR序列中完全保守,需要进行氨基酸替代模拟计算预实验,在确保酶三维结构不变及NAD可以结合XR的前提条件下替代Lys21;如果使毕赤氏酵母XR只与辅酶NADP结合,则可以将Glu237（不完全保守）替换成其它的氨基酸。另外,还可以根据需要将这些形成氢键的氨基酸进行组合替代。要改变热带假丝酵母XR的NADP依赖性,可以替代Asn278（N）和/或Arg282（R）（不完全保守）。本研究为进一步酶的理性设计（提高活性及改变辅酶依赖性）并在分子水平上对木糖还原酶进行改造打下了基础。     

嗜酸氧化亚铁硫杆菌的核糖-5-磷酸异构酶的同源建模研究

采用同源建模技术和分子动力学模拟方法,构建了嗜酸氧化亚铁硫杆菌Acidithiobacillus ferrooxidans(A.f)的核糖-5-磷酸异构酶(rpiA)基因编码的蛋白质三维分子结构模型。将结构模型进行绑定位点搜索并与底物核糖-5-磷酸(R5P)进行柔性分子对接,结果显示,R5P被招募到A.ferrooxidans的RpiA的活性位点并随后被激活;残基Asp81,Thr31,Lys121,Ser30,Glu103,Asp84,Lys94,Asp118,Lys7,Gly97,Gly29,Gly95,Thr28和H2O对底物绑定或催化起重要作用,其中,Gly97,Gly29,Gly95和Thr28是新识别的残基,它们在其他生物体的RpiA中相当保守但未被发现。     

血清胸腺因子(FTS)的合成和活性测定

采用芴甲氧羰基（Fmoc）固相肽合成法（Fmoc～SPPS）合成了血清胸腺因子（FTS）,用中压液相阴离子柱一步纯化,经HPLC分析纯度,通过质谱和氨基酸序列测定鉴定合成产物。根据FTS恢复胸腺切除小鼠的脾细胞对免疫抑制荆AZ敏感的特性测定合成FTS的活性。结果表明：化学合成血清胸腺因子的产率为94．7％;纯化后其纯度达到93．7％;质谱测定其相对分子质量为876．6,与理论分子量相符。氨基酸序列测定为NH2／Glu—Ala—Lys—Ser—Gin—Gly—Gly—Ser—Asn,与设计序列一致。实验显示在合成FTS的浓度为10^-14mol／L时尚有部分活力,在10^-13mol／L时能够完全恢复胸腺切除小鼠的脾细胞对AZ的敏感性。     

氨基酸与甘氨酰-甘氨酸形成质子配合物的稳定性研究

用pH电位滴定法测定了甘氨酰-甘氨酸(GG)与甘氨酸(Gly)、丙氨酸(Ala)、缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)、异亮氨酸(Ile)、苯丙氨酸(Phe)在离子强度为0.1mol/L(NaNO3)、25.0±0.1℃时形成质子配合物的稳定常数.从静电作用、氢键作用及配体间弱相互作用等方面讨论了二肽配体对氨基酸分子的识别.结果表明,二肽与氨基酸配体间的结合主要受到配体间静电、氢键作用的控制,同时受到疏水缔合作用等其它弱相互作用的影响.     

我国特有的三个小型猪品系PGC-1基因外显子8的多态性分析

目的 分析我国特有的三个小型猪品系:巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体γ协同激活子1基因第8外显子的单核苷酸多态性(SNPs)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料.方法 以三个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析.结果 测序结果表明在小型猪PGC-1基因外显子8有5个单核苷酸多态性位点为:Ala354Val(450C→T),Gly363Gly(478C→T),Arg369Arg(494C→A),Leu570Leu(913G→A),Ser551Ser(1039A→G),其中,只有450位C→T的杂合突变导致了编码氨基酸的改变.结论 小型猪品种不同PGC-1基因外显子8的多态性分布有很大差异.     

ABEEMσπ-GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场，在298 K ，NVT 系综下对5种构象的A la四肽水溶液进行了动力学模拟。计算了动力学平衡态下A la四肽中非氢原子的均方根偏差。结合广义玻恩模型（GB）计算了溶剂化自由能的极性部分，使用SA 方法计算了溶剂化自由能的非极性部分。溶剂化自由能的结果表明，A la四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在。使用类似方法分别对Gly ，Leu ，Val ，Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究，计算了这5种四肽的溶剂化自由能。结果表明，A sp和A sn四肽亲水性较强，Leu、Val和Ala四肽疏水性较强，Gly 四肽居中，此结论与实际相符。该类研究为ABEEMσπ浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定了很好的基础。     

茶刺蛾[Darna trima(more)]颗粒体病毒鉴定及核酸与蛋白质特性的初步研究

1985年从四川珙县分离到的茶刺蛾病原物,经感染试验,组织病理研究,包涵体及病毒粒子超微结构研究,核酸类型鉴别等,定名该病原物为茶刺蛾颗粒体病毒.另对该病毒核酸作了限制性内切酶分析和热变性试验,测得该病毒核酸为双链DNA分子,分子量为64.11×10~6d,93.87kb,Tm值为67.3℃,(G+C)含量为32.7％,包涵体蛋白的氨基酸组分中Asp、Glu和Arg含量高,占氨基酸总量的34.12％,His,Cys和Met含量很少。该病毒对茶刺蛾幼虫有很强的感染力,氨基酸在生物防治上有潜在应用前景.     

脂肪酶基因结构和氨基酸序列的比较

采用PCGENE6 8软件系统对真菌脂肪酶基因和氨基酸序列进行了分析。真核生物中多数结构基因中含有内含子 ,但真菌脂肪酶基因几乎有一大半的是连续的 ;对于有内含子的基因 ,不同脂肪酶基因所含内含子数目各异。所有脂肪酶一级结构中都包含Gly X1 Ser X2 Gly保守序列 ,在真菌脂肪酶中该序列更保守 ;Ser、Asp/Glu和His3个氨基酸残基组成了真菌脂肪酶的活性中心 ;大多数真菌脂肪酶是糖蛋白 ,但也有一些不含糖基的脂肪酶 ,主要取决于脂肪酶一级结构中是否存在糖基化识别序列。     

自分泌运动因子(ATX)抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接

利用复合物指纹的虚拟筛选预测自分泌运动因子(ATX)抑制剂的结合位点,并通过与24个抑制剂(10个脂质和脂基抑制剂,14个小分子抑制剂)分子对接和动力学模拟表明,Thr209,Asp172,Tyr306,Phe210,Leu243,Leu213和Phe274是抑制剂结合位点的重要残基,且这些残基均通过侧链与抑制剂作用.利用3D-partner预测出与ATX结合的蛋白为纤溶酶原激活物抑制剂1(rPAI-1),并通过同源模拟,得到rPAI-1的分子结构.利用软件GRAMM将ATX与rPAI-1分子结构相结合,并通过分子动力学模拟确定与大分子抑制剂rPAI-1作用的ATX重要残基Glu155和Ala158.     

扩增引进限制性酶切位点技术检测CYP2C9基因的多态性

建立了一种简便、快速、准确的检测CYP2C9基因Arg144Cys位点和Ile359Leu位点多态性的新方法.该方法采用与模板具有1个碱基错配的引物通过PCR在扩增产物中引进限制性酶切位点,即扩增引进限制性酶切位点(amp lification-created restriction sites,ACRS),其中通过上游引物在扩增Arg144Cys位点的片断中引入AvaⅡ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*2的PCR产物中分别含有2个和1个AvaⅡ切点;通过下游引物在扩增Ile359Leu位点的片断中引入MvaⅠ切点,使得野生型基因CYP2C9*1和突变型基因CYP2C9*3的PCR产物中分别含有1个和2个MvaⅠ切点.将来自Arg144Cys位点和Ile359Leu位点的PCR产物各取一份测序,表明错配碱基成功引入PCR产物中.将包含Arg144Cys位点的PCR产物用AvaⅡ消化,将包含Ile359Leu位点的PCR产物用MvaⅠ消化,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染进行基因分型.由于野生型基因和突变型基因的PCR产物中都至少含有1个酶切位点,能完全避免因限制性核酸内切酶失活或酶切不完全而导致的基因分型错误.