萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)的ISSR引物筛选及其多态性检验

采用简单重复序列区间(ISSR:一种基于微卫星的分子标记,无需预知遗传背景即可研究基因组中微卫星序列的变异,适合大规模的种群遗传研究)的方法对萼花臂尾轮虫(Brachionus calyci florus)进行PCR扩增,优化出适宜的ISSR-PCR反应体系,并从100条引物中筛选出16条具有良好多态性和重复性的ISSR引物.研究结果显示,萼花臂尾轮虫简单重复序列以(AC)和(AG)的两碱基重复为主,筛选出的ISSR引物扩增共得到114个位点,66个多态位点,多态性高达57.89%,高于常用于该物种分子生态学研究的线粒体COI基因的多态性.     

常用近交系小鼠微卫星DNA多态性的分析研究

摘要：目的用微卫星引物对常用近交系小鼠进行遗传监测和DNA多态性分析。方法通过Genome Database选 取位于小鼠不同染色体上的15个微卫星位点,应用PCR扩增技术对近交系小鼠C57BL／J、DBA／2、C3H、BALB／e、 129、FVB、SCID进行微卫星DNA多态性的分析。结果15个微卫星位点除D8Mitll3、D13Mit88无扩增条带外,其 余13个微卫星位点引物对七种近交系小鼠均有稳定扩增,同一品系不同个体之间表现为单态性;不同品系个体之 间表现为多态性。结论所用微卫星位点具有信息含量高、分布广、扩增稳定、高度多态性的特点,各位点PCR的 稳定扩增,依其DNA多态性的特点来判定各品系间的遗传差异,是一种准确客观、方便快速的遗传监测方法。     

利用优选的微卫星标记建立常用大小鼠品系的遗传监测体系

摘要 目的 利用微卫星位点在不同近交系小鼠、大鼠中可能具有的多态性,分别筛选出可以一次性区别5种常用近交系小鼠和3种常用近交系大鼠的微卫星引物组合,为近交系小鼠和大鼠的遗传监测分析提供高效的微卫星位点与简易可靠的鉴定条件。 方法 通过查询相关数据库以及文献报道,按照已有明确的微卫星实验数据记录为原则,进行比对和筛选,组成了小鼠37 个和大鼠24个微卫星位点库。 通过PCR扩增和5%琼脂糖电泳鉴定,优化筛选出可以区分单一品系和所有品系的微卫星位点组合。 结果 小鼠优选出11个位点可用于5种常用近交系的鉴定,并建立了1个包含6个微卫星位点的库可用于5种小鼠品系的遗传监测;大鼠优选出6个微卫星位点,可用于3种常用近交系的监测。 结论 成功建立了一套可以区分常用5种小鼠和3种大鼠品系的微卫星监测方法。     

近交系小鼠微卫星DNA引物的筛选和Tm值优化研究

目的通过对近交系小鼠微卫星引物的筛选和Tm值优化研究,以探索小鼠DNA多态性检测方法。方法随机选用32对位于小鼠不同染色体的微卫星引物,用PCR扩增方法对常用C57BL/6、C3H、BALB/c、DBA/2、129、FVB及SCID近交系小鼠DNA多态性进行扩增和电泳分析,并对其中25对引物的Tm值进行优化。结果 25对引物可稳定扩增,2对引物在不同品系小鼠间表现为单态性,23对引物在不同品系间呈多态性,10对引物呈显著多态性(3～4个态性)。结论所筛选和优化的25对微卫星引物,对不同品系小鼠DNA可稳定扩增,其电泳结果具有较高的DNA多态性,可反映不同品系小鼠的遗传概貌。     

藏羚羊(AAC)_n微卫星富集文库构建与引物筛选

基于磁珠富集法,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AAC)8从藏羚羊(Tibetan antelope)基因组酶切的300~1000bp片段中筛选微卫星位点,纯化的富集片段连接到pCR@2.1载体和转化到Trans5α感受态细胞.随机挑取180个白斑克隆,PCR检测到条带数大于或等于2的阳性克隆为56个,阳性率为31.1%.对阳性克隆测序,获得43条含微卫星座位的序列,微卫星重复次数在5~20次之间.舍弃不适宜设计引物的微卫星座位,试验设计并合成了20对微卫星引物;以3个样点(青海、新疆、西藏)的24个藏羚羊基因组为模板进行PCR扩增,获得8对可得到稳定扩增产物的微卫星引物,其中4对引物的扩增产物具有多态性,座位分别为AAC050、AAC056、AAC165和AAC477.上述引物可用于藏羚羊及近缘物种的遗传多样性、种群遗传结构等研究.     

鳜干扰素刺激基因Viperin微卫星标记筛选及遗传变异分析

研究采用生物信息学技术在鳜干扰素刺激基因Viperin(Virus inhibitory protein, endoplasmic reticulum-associated, interferon-inducible)序列中发现了2个微卫星序列,通过设计2对微卫星引物,对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)、斑鳜(Siniperca scherzeri)和大眼鳜(Siniperca kneri)基因组进行PCR扩增分析其多态性.结果表明:Viperin基因微卫星多态性在3物种高低顺序依次为斑鳜,翘嘴鳜和大眼鳜,多态信息含量(PIC)在0.2394-0.8043之间,平均多态信息含量为0.5247,属于高度多态性位点.因此,本研究的2对引物可作为鳜3物种遗传分析的微卫星标记.     

大绒鼠(Eothenomy miletus)微卫星多态性引物的筛选

大绒鼠是横断山区的固有种。利用大绒鼠40个个体设计出12对微卫星引物,其有效等位基因(Na)2～5个,观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)及多态信息含量(PIC)分别为0.111to 0.465,0.457to 0.707,0.407 3to 0.674 1.筛选出的12对引物中Emj 2～43和Emj 2～54属于高度多态性座位,其余10对均为中度多态性座位,这些微卫星引物的筛选可用于今后更进一步的种群研究。     

贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

草鱼基因组随机扩增多态性引物及多态性位点的筛选

为了建立草鱼基因组DNA多态性分析的指标体系,应用RAPD技术,从180条10碱基随机引物中筛选出了31条能扩增出多态性DNA片段的引物。用这31条多态性引物共扩增出了327条重复性好、带型清晰、分辨率高的谱带。扩增产物的片段大小范围在400—2000bp之间。单一引物扩增条带为5—14条。用这些多态性引物在草鱼基因组DNA中检测到了93个多态性位点,并对这些多态性位点上的等位基因频率进行了统计分析。这31条多态性引物和所检测到的93个多态性位点初步为草鱼基因组的多态性分析提供了可靠的分析指标体系。     

四个近交系斑马鱼微卫星多态性研究

目的研究微卫星DNA多态性在四个近交系实验用斑马鱼遗传监测中的应用。方法选取斑马鱼不同染色体上的3个微卫星位点,应用PCR技术对常用的4种近交系(AB,TU,WIK,LF)斑马鱼进行了微卫星DNA多态性分析。结果3个微卫星DNA具有稳定扩增效果在不同品系之间表现显著多态性。结论运用所筛选的3个位点进行微卫星多态性分析,能够快速、经济地对AB,TU,WIK,LF四种品系斑马鱼进行遗传监测。     

中国对虾微卫星DNA多态性分析

根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析.实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体.结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因.对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(Ho)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失,KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失.其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数Fst值进行了计算,两两群体之间的Fst值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱.P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27%的遗传变异是来自个体之间,只有0.73%的遗传变异是来自群体之间.最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远.实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量.     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

运用非损伤取样法对一群白头叶猴的个体识别

2005年9月对广西扶绥九重山的一群白头叶猴跟踪观察,采集粪便样品,并从中提取粪便DNA。从已发表的36对灵长类微卫星引物中筛选出5对多态性较高的引物对提取产物进行PCR扩增,对扩增产物进行基因型分析后,成功地对这群白头叶猴进行了个体识别。该研究表明,运用粪便DNA技术并结合微卫星分析技术可以有效地完成对白头叶猴的个体识别。     

太平洋蓝鳍金枪鱼野生群体遗传多样性的初步研究

采用RAPD和微卫星(Simple sequence repeats,SSRs)分子标记技术对太平洋蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)野生群体遗传多样性进行了分析.运用18个随机引物进行RAPD分析,共扩增产生96个可统计条带,其中多态性条带32条,多态位点百分率为33.3,Slaannon's遗传多样性指数0.243 0,群体平均杂合度H 0.192 6;在SSRs分析中筛选出10个SSRs引物,多态座位比例为100%,Shannon's遗传多样性指数1.162 2,群体平均杂合度0.648 6.多态微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.357 1～0.818 7.平均0.546 2,分析结果表明太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平.     

茄子种质资源SSR鉴定及遗传多样性分析

应用 SSR 技术对 83 份茄子种质资源进行了遗传多样性分析,从 23 对引物中筛选出15 对多态性高、稳定性好的引物进行扩增分析,共检测到 148 个位点,每个 SSR 位点的等位变异范围为 3～19 个,平均每对引物有9.8个扩增位点.83份种质的 Jaccard's 相似系数值最大为 0.989(2～7),最小...     

31种石斛属植物的RAPD遗传多样性分析

采用随机扩增多态性DNA技术对31种石斛属植物的遗传多样性进行分析.从100条RAPD引物中共筛选出18条引物,18条引物共扩增出1802条带,其中多态性位点有261个,多态性比为99.2％.UPGMA 聚类结果显示,基因型之间的相似系数分布于0.642～0.838之间,31种石斛属植物样品分为7类.聚类分析显示供试样...     

玉叶金花(Mussaenda pubescens)SSR引物的快速开发

利用链亲和素磁珠吸附法捕捉能与生物素标记的探针(AC)15退火结合的玉叶金花(Mussaenda pu-bescens)微卫星序列的单链限制性酶切片段.获得的单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEMT载体上,转化至DH5α中,得到一个微卫星序列文库.经测序统计,引物得率为12.5%;根据序列设计的SSR两侧引物PL和PR,共得到5对有多态性的SSR引物.玉叶金花微卫星引物的筛选将为下一步进行玉叶金花基因组结构的分析、分子进化和系统发育研究提供重要的微卫星标记.     

怀地黄85-5品种内遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用CTAB法提取了怀地黄85-5品种16个单株的基因组DNA,使用紫外分析和琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和大小,利用RAPD及ISSR分析其品种内遗传多样性.从24个RAPD引物和43个ISSR引物中分别筛选出具有稳定多态性条带的RAPD引物3个和ISSR引物2个,分别对16个单株基因组DNA进行PCR扩增.3个RAPD引物共扩增出7条带,其中多态性条带为4个,多态性比率为57.14%.2个ISSR引物共扩增出17条带,其中多态性条带为11个,多态性比率为64.7%.结果表明,怀地黄85-5品种内存在遗传差异,但遗传多样性比地黄品种间的低.     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.     

甜瓜作图亲本随机引物扩增片段长度的多态性

以黄旦子和H414723作为作图亲本,从1200条RAPD随机引物中筛选出148条有多态性的引物用以构建甜瓜分子图谱．共扩增出232个有差异的位点,平均每条能扩增出1．56个多态性位点．