褐牙鲆耐热性状相关的微卫星分子标记筛选

采用微卫星分子标记技术分析褐牙鲆耐热相关特性,为耐高温褐牙鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.褐牙鲆经过热处理,将其区分为耐热组与不耐热组,用于实验分析.采用酚-氯仿抽提法抽提褐牙鲆肌肉组织的DNA,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增,所用引物为已知的20个褐牙鲆微卫星位点的侧翼保守序列.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐热性状的相关性分析.结果表明,有6个微卫星位点的某等位基因片段与褐牙鲆耐热性状存在一定的正相关性,其中位点Po13(AB046746)跟耐热性有极显著的正相关性,相关系数为0.466;有3个微卫星位点的某等位基因片段与耐热性存在负相关性,其中位点Po42(AB046754)与其有极显著的负相关性,相关系数为-0.408.微卫星位点Po13与Po42所扩增出的等位基因片段可作为分子标记指导耐热褐牙鲆的辅助育种.     

刺参CT/AG微卫星标记的筛选

利用5’锚定引物PCT筛选刺参的CT/AG微卫星分子标记,测序的43个克隆子中,42条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到97.7%。去除重复序列后,共检测到56个微卫星位点,分布于26条序列中,其中25条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为(CT/AG)的有51个(91.1%),5个位点为其他类型的重复。结果表明:刺参CT/AG微卫星标记在刺参基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发及遗传多样性分析

采用FIASCO法构建了黄缘闭壳龟基因组微卫星富集文库,开发了18个具有多态性的微卫星分子标记. 18个位点的等位基因数目为2~14个不等,每个位点平均等位基因数为6.3个;观测杂合度在0.032和0.936之间变化(平均值为0.329),期望杂合度在0.148和0.903之间变化(平均值为0.635).黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发,将为其遗传学和种群结构分析研究提供有力的分子工具,并为制定新的保护策略提供理论依据.     

大分舌蜂EST-SSR微卫星分子标记开发与特征分析

【目的】构建中国油茶（Camellia oleifera）主要传粉昆虫之一的大分舌蜂(Colleles gigas)cDNA文库并利用全国几个典型样本筛选微卫星DNA(Simple sequence repeat,SSR)位点,为该蜂种群遗传多样性和遗传分化研究提供可靠的分子标记。【方法】使用10头大分舌蜂雌性幼虫构建cDNA文库,用Illumina Hiseq TM 2500高通量测序平台测定cDNA文库数据,通过SSR筛选软件MISA进行检索发掘SSR标记;利用Primer Premier 5.0软件设计引物,利用荧光标记技术进行分型。【结果】从cDNA文库序列中筛选得到16 457个SSR,其中15 563个(占比为94.57%)是完整型SSR,872个(占比为530%)是不完整型SSR,22个(占比为0.13%)是复合型SSR;完整型SSR中单碱基SSR最为丰富,共10 910个,占总SSR数量的70.11%,其余依次是二碱基SSR (2 099个,占比为13.49%)、三碱基SSR(2 408个,占比为15.47%)、四碱基SSR(136个,占比为0.87%)和五碱基SSR (10个,占比为0.06%)。对80对EST-SSR引物在6个不同地理种群32头大分舌蜂中进行验证,共有6对EST-SSR引物较好地扩增出目的片段,共获得192个等位基因,平均等位基因数为11.833 332个,平均有效等位基因数为4.149 8个,香农信息指数范围为1.362 6～2.119 2,平均观测杂合度为1.000,平均期望杂合度为0.800,多态信息含量范围为0.710～0.879,且平均值为0.761。【结论】研究所开发的6对大分舌蜂EST-SSR引物对应的产物多态性较高,遗传多样性也较高,可以应用于该蜂种的遗传多样性、遗传分化、种质资源保护等领域的后续研究。     

大绒鼠(Eothenomy miletus)微卫星多态性引物的筛选

大绒鼠是横断山区的固有种。利用大绒鼠40个个体设计出12对微卫星引物,其有效等位基因(Na)2～5个,观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)及多态信息含量(PIC)分别为0.111to 0.465,0.457to 0.707,0.407 3to 0.674 1.筛选出的12对引物中Emj 2～43和Emj 2～54属于高度多态性座位,其余10对均为中度多态性座位,这些微卫星引物的筛选可用于今后更进一步的种群研究。     

舟山岛黄毛鼠种群生态研究

１９９０年７月至１９９２年１２月在舟山岛的调查结果表明，黄毛鼠在５种自然环境类型中以山地为最佳栖息地，农田和山林次之。全年数量形成春季小高峰和秋季大高峰。１９９０年是高数量年份，１９９１－１９９２年为低数量年份。３－５月和７－９月为繁殖盛期。种群特征之间也存在一定的相关性。     

珠江三角洲黄毛鼠和板齿鼠种群的空间格局

应用概率分析的方法研究黄毛鼠和板齿鼠种群冬季空间格局，结论与实际观察相吻合．为定量研究我国华南地区农田鼠类种群空间分布作出尝试     

鳜干扰素刺激基因Viperin微卫星标记筛选及遗传变异分析

研究采用生物信息学技术在鳜干扰素刺激基因Viperin(Virus inhibitory protein, endoplasmic reticulum-associated, interferon-inducible)序列中发现了2个微卫星序列,通过设计2对微卫星引物,对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)、斑鳜(Siniperca scherzeri)和大眼鳜(Siniperca kneri)基因组进行PCR扩增分析其多态性.结果表明:Viperin基因微卫星多态性在3物种高低顺序依次为斑鳜,翘嘴鳜和大眼鳜,多态信息含量(PIC)在0.2394-0.8043之间,平均多态信息含量为0.5247,属于高度多态性位点.因此,本研究的2对引物可作为鳜3物种遗传分析的微卫星标记.     

大黄鱼群体遗传多样性分析及耐低温性状相关微卫星标记的筛选

耐低温性状是鱼类一种重要的经济性状。为进一步探索大黄鱼耐低温性状,本研究采用13个大黄鱼微卫星标记,以岱衢洋大黄鱼低温耐受组和正常对照组2个F2代群体各50个个体为研究对象,分析了群体耐低温性状的遗传差异。结果显示:13个微卫星标记位点在2个岱衢洋大黄鱼群体中共检测到109个等位基因,观测等位基因85个,平均有效等位基因6.49个,观测杂合度0.89,平均期望杂合度0.85,2个群体的平均多态信息含量值为0.81,全部为高度多态,表明13个微卫星位点在所选育的岱衢洋大黄鱼群体中均表现出较高的多态性,群体的遗传多样性比较丰富,可以作为良好的育种材料。耐低温性状相关微卫星标记的研究显示,标记LYC0015在两组样品中共扩增出5个等位基因(片段大小分别为112、110、108、106和104 bp),其中LYC0015112bp等位基因在低温耐受组的出现频率达48%,而在正常对照组中的频率为零,表明该等位基因对岱衢洋大黄鱼温度特性较为敏感,可能与某种耐低温基因存在一定的连锁关系,这一结果可以岱衢洋大黄鱼今后耐低温群体的选育研究提供基础资料。     

长白猪微卫星标记的遗传多样性

采用ESTMS20,SW2570和S0002等3个微卫星标记对长白猪进行了遗传多样性的研究。结果发现,3个卫星标记在长白猪中均具有多态性,遗传杂合度分别为0.69,0.70和0.41,多态信息含量分别为0.64,0.68和0.38。以上结果表明,这3个微卫星标记在长白猪群体中属于高度多态性座位,可以用于长白猪遗传多样性的评估。     

黄瓜全雌性状相关的RAPD分子标记筛选

用CTAB法提取黄瓜总基因组DNA,采用RAPD技术探寻与黄瓜全雌性相关的分子标记.共筛选39条随机引物,其中有12条引物显示多态性.进一步筛选表明：S10引物能在全雌系黄瓜中扩增出一条约2000 bp的稳定、清晰的特异条带,而在雌雄同株的单株中不存在.经回收、克隆并测序,获得全长2003 bp的序列.在NCBI上进行Blast分析,表明为新发现序列,含有编码62个氨基酸的开放阅读框.其编码短肽的功能尚不确定.     

福建省黄毛鼠及其体外寄生虫调查专题总结

本文对黄毛鼠及其体外寄生虫进行专题总结,黄毛鼠在我省分布广密度高,其组成及密度沿海高于山区,平原高于丘陵,随着海拔逐渐增高,数量逐渐减少。黄毛鼠外土唾有跳蚤。革螨、恙螨和蜱、,合计近70种之多,为鼠类之冠,由于全省范围内地形,地陀孟貌、气候、海拔及鼠类组成比等条件不同,黄毛鼠体外寄生虫的种类和数量在各地有水平分布和垂直分布的不同,闽东北山区的种类多于东南沿海平原地区。     

筛选微卫星位点的改进方法

微卫星位点是遗传学领域被广泛使用的分子标记。磁珠富集法筛选微卫星是一种新的方法,可以降低筛选时间以及劳动强度,大大提高微卫星位点的得率。本文主要实验步骤包括:(1)构建小插入片段基因组文库;(2)生物素标记的探针富集;(3)阳性克隆建库;(4)进行PCR筛选。在此路线的基础上,通过采用两次杂交富集的技术,对原有技术路线进行了方法改进。新的方法在提高阳性克隆率上取得了成功。     

毛叶山桐子性别相关ISSR分子标记的筛选与分析

为筛选与毛叶山桐子性别相关的分子标记,本研究优化了毛叶山桐子ISSR-PCR反应体系,并利用优化后的体系逐一筛选100条ISSR引物,然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳进行多态性检测.实验确立出最佳的25μL反应体系为:55ng DNA模板,1 U Taq酶,2μL dNTPs(2.5mmol/L),2μL引物(10μmol/L),2.5μL 10×Taq Buffer(含Mg2+),超纯水补足总25μL.利用该体系逐一筛选ISSR引物,在多次重复后只有UBC841引物扩增出的差异性条带可以稳定存在.PAGE电泳结果显示,UBC841扩增产生一条差异性条带,大小在250~300bp之间,存在于毛叶山桐子雌株中,但后期的测序发现该条带可能是由大小相近的条带组成的混合条带.虽然如此,引物UBC841仍可以作为毛叶山桐子性别相关的分子标记.     

口虾蛄转录组微卫星标记开发

采用高通量测序技术获得的口虾蛄转录组测序数据,筛选具有多态性的SSR标记。结果共获得87 355条Unigene,67 657个微卫星位点,其中双碱基重复和三碱基重复的SSR较多,分别有30 235个和17 590个,占总数的44.69%和26%。获得230种重复类型,其中双碱基中的AC/GT重复和三碱基中的AGG/CCT重复是重复次数较多的重复类型。从中挑选碱基重复次数较多的微卫星引物共50对进行合成。用北海24个口虾蛄样品进行验证,获得条带清晰和多态性好的引物6对。6个微卫星位点在口虾蛄北海群体的遗传多样性分析中均表现出较高的多态性。平均有效等位基因数(k)为5.17,观测杂合度(Ho)为0.437 2,平均期望杂合度(He)为0.672 4,多态信息含量为(PIC)为0.602 3,这说明开发的6对SSR标记均适合群体遗传多样性研究。为口虾蛄进一步遗传多样性的研究奠定了基础。     

番茄耐冷性RAPD分子标记的筛选及特异片段的克隆

以番茄耐冷性近等基因系为试材,从耐冷及冷敏感植株中提取DNA构建耐冷DNA池及冷敏感DNA池,采用RAPD技术,从280个随机引物中筛选出一个在两池间具有多态性的引物OPF14,用轮回亲本及回交后代的单株DNA进行验证,证明了该引物扩增出的特异性片段是一个与番茄耐冷性相连锁的RAPD标记.从琼脂糖凝胶回收OPF14扩增出的多态性条带与载体pGEMR-T-Easy连接,并转入大肠杆菌DH5-a,对克隆片段测序表明实际大小为792bp,这为转化成稳定的SCAR标记奠定了基础.     

小麦雌性不育基因的微卫星标记定位

以普通小麦新601×雌性不育小麦XND126的F2群体作为育性调查以及基因标记群体.通过对育性基因的分析,确定在此组合中雌性不育基因由1对主效基因控制;结合混合分组分析法(Bulk Segregant Analysis,BSA),首次对小麦雌性不育基因进行了SSR分子标记,通过对一千对微卫星引物的筛选,确定微卫星引物cfd36标记与主效基因连锁,遗传距离为20.2cM.     

藏羚羊5个微卫星标记的多态性分析

藏羚羊是我国青藏高原的特有物种.为分析藏羚羊独特的遗传变异特征和核DNA遗传多样性,以5个微卫星标记对50只藏羚羊的等位基因多态性进行了研究.研究结果表明:5个微卫星标记共检测到92个等位基因,每个标记的平均等位基因数为18.4个(在16~23之间),平均有效等位基因数为11.1;5个微卫星标记的多态信息含量均在0.8573以上,为高度多态标记,其中L03标记的多态信息含量最高,达0.9372;各标记的观测杂合度在0.4898~0.9091之间,期望杂合度在0.8770~0.9504之间,平均期望杂合度为0.8990,属于高度杂合标记,遗传变异丰富.这些筛选出的多态性微卫星标记可应用于藏羚羊遗传多样性、遗传结构分析及遗传图谱的构建等工作.     

利用RAPD技术筛选家蚕抗核型多角体病分子标记

在含有抗核型多角体病毒(NPV)病主效基因的家蚕品种NB和高敏感品种306及其近等基因系BC9中,采用500个RAPD随机引物分别在各个品系的13NA混合物中进行扩增以筛选分子标记,获得与家蚕抗NPV病有关的3个分子标记：OPF-072023、OPJ-131300、OPM-161200．其中OPF-072023标记通过各回交代检测,证明获得的标记真实、可靠．又对该分子标记的片段进行克隆、测序．通过该片段的生物信息学分析,意外地在家蚕Z染色体上发现一个逆转位子的编码序列．