CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2(CCNB2)在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的 m RNA的表达;通过c Bioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明：CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从c Bioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB...     

基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测 GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究 GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)探索 GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路。结果表明,肾透明细胞癌组织中 GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌 GALNT...     

长非编码RNA LINC00941在结直肠癌中的表达及对细胞增殖的影响研究

为了研究与细胞分化相关的长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA) LINC00941在肿瘤发生发展中的作用,通过实时荧光定量PCR技术检测LINC00941在6种不同类型的人类癌细胞和正常胚胎肾细胞HEK-293细胞中的表达水平,结果表明,LINC00941在结直肠癌细胞HCT116和HCT116 p53-/-、肺癌细胞A549和NCI-H1299、黑素瘤细胞Stilling中均有较高的表达水平,在结直肠癌细胞中表达水平最高. 以结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织为材料,实时荧光定量PCR检测LINC00941的表达水平发现,肿瘤组织中LINC00941 RNA的表达水平显著高于癌旁组织. 通过shRNA(short hairpin RNA)干扰技术降低HCT116细胞中的LINC00941 RNA水平,导致细胞增殖速度下降,说明LINC00941与结直肠癌的发生发展相关.     

长非编码RNA LINC00941在结直肠癌中的表达及对细胞增殖的影响

为了研究与细胞分化相关的长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LINC00941在肿瘤发生发展中的作用,通过实时荧光定量PCR技术检测LINC00941在6种不同类型的人类癌细胞和正常胚胎肾细胞HEK-293细胞中的表达水平,结果表明,LINC00941在结直肠癌细胞HCT116和HCT116p53-/-、肺癌细胞A549和NCI-H1299、黑素瘤细胞Stilling中均有较高的表达水平,在结直肠癌细胞中表达水平最高.以结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织为材料,实时荧光定量PCR检测LINC00941的表达水平发现,肿瘤组织中LINC00941RNA的表达水平显著高于癌旁组织.通过shRNA(short hairpin RNA)干扰技术降低HCT116细胞中的LINC00941 RNA水平,导致细胞增殖速度下降,说明LINC00941与结直肠癌的发生发展相关.     

前列腺癌风险性SNP rs55958994相关的增强子座位促进lncRNA HOTAIR表达增强肿瘤细胞迁移能力

长链非编码RNA(lncRNA)在恶性肿瘤发生发展中发挥重要的作用,其中lncRNA HOTAIR已经被证实能够促进多重肿瘤的转移.前期研究通过全基因组关联研究(GWAS)发现,12号染色体长臂13区13带(12q13.13)的SNP位点rs55958994是前列腺癌独立风险因子,通过生物信息学分析发现含有该风险性SNP的染色体座位是一个潜在的增强子元件,在22Rv1细胞系中敲除该增强子座位发现肿瘤细胞的转移侵袭能力明显降低;采用Capture-C实验结合基因表达谱分析发现该增强子元件通过染色质长距离相互作用调节lncRNA HOTAIR的表达;进一步采用细胞分子生物学实验证实HOTAIR是该风险性增强子影响肿瘤进展的关键基因之一.     

与m6A修饰和免疫基因相关的长链非编码RNA在前列腺癌中的作用

前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因，前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此，研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型，将前列腺癌样本分为高、低风险组，KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系；免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异；GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。     

拟南芥全基因组范围的non-polyA lncRNA检测

长非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200nt不编码蛋白质的RNA,它们在生物体内发挥重要的调控作用。Non-polyA lncRNA是lncRNA的一个重要类型。为系统鉴定植物全基因组范围的non-polyA lncRNA,该文优化了拟南芥基因组范围鉴定新型non-polyA lncRNA的RNA样本纯化和测序方法,并且比较了3种不同的方法。结果表明:链特异性的non-polyA RNA长序列测序检测灵敏度更高,可以检测到更多低表达的lncRNA和更高比率的长序列lncRNA。因此,non-polyA RNA长序列测序适用于拟南芥全基因组范围的non-polyA lncRNA检测。该方法也可用于其它物种中non-polyA lncRNA的鉴定,为探究lncRNA功能提供帮助。     

口腔鳞状细胞癌组织特征长链非编码RNA(lncRNA)中CCAT2的表达及作用分析

目的 分析口腔鳞癌组织特征长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,探讨结肠癌相关转录子2(CCAT2)的表达及作用.方法 使用高通量lncRNA芯片检测5例口腔鳞癌患者的癌组织及癌旁正常口腔黏膜组织lncRNA表达水平,分析特征性lncRNA表达谱;应用RT-qPCR检测74例口腔鳞癌组织及癌旁组织中CCAT2表达水平,分析其与临床病理特征的关系;CCK8法检测CCAT2干预细胞增殖的能力,检测CCAT2-siRNA感染序列靶向转染人舌鳞状细胞癌cal27细胞株.结果 5例癌组织和对应的癌旁组织的差异表达谱共检出1 572个差异具有统计学意义的lncRNA,其中882个lncRNA表达上调,690个表达下调;19个lncRNA差异表达倍数≥10,其中11个表达上调,8个表达下调;CCAT2上调最明显.进一步对74例口腔鳞状细胞癌组织行RT-qPCR检测,癌组织中CCAT2的相对表达量高于正常组织,差异具有显著统计学意义(P<0.01).Ⅲ+Ⅳ期患者CCAT2相对表达量高于Ⅰ+Ⅱ期患者,肿瘤低分化组CCAT2相对表达量高于中高分化组,差异均具有统计学意义(P<0.05).cal27细胞转染CCAT2 siRNA1,siRNA2,siRNA3后,CCAT2的相对表达量均低于空白对照组,差异具有统计学意义(P<0.05).其中以siRNA2下降幅度最明显,因此,选用CCAT2-siRNA2进行细胞增殖实验.CCK8检测显示:转染48h后细胞增殖水平低于阴性对照组,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 lncRNA在口腔鳞状细胞癌组织中存在异常表达,其中CCAT2表达上调与口腔鳞状细胞癌的发生、发展有关.     

线粒体lncRNA IDL影响非小细胞肺癌氧化磷酸化

为了探究线粒体长链非编码RNA(mitochondrial long non-coding RNA,mtlncRNA)IDL在人非小细胞肺癌细胞(human non-small cell lung cancer, NSCLC)代谢和生长中的作用及机制，本研究首先在A549细胞中通过线粒体压力测试发现敲低IDL会导致细胞的氧化磷酸化功能受损，接着通过细胞增殖实验、划痕实验和克隆形成实验，证明了敲低IDL时人非小细胞肺癌细胞A549和H1299的生长速度变慢、迁移能力和克隆形成能力减弱.随后通过RNA沉降实验(RNA pull-down)和RNA免疫沉淀实验(RIP)找到了在体内外均可以与IDL特异性结合的蛋白——ATP合成酶α亚基，即ATP5A1蛋白，并通过免疫共沉淀实验(Co-IP)证明了IDL下调会导致ATP5A1蛋白的O-GlcNAc修饰水平增加，在A549细胞中敲低ATP5A1也得到了与敲低IDL时一致的细胞表型.以上结果说明敲低IDL会导致非小细胞肺癌细胞氧化磷酸化功能受损、细胞生长受抑制.     

长链非编码RNA HULC在肿瘤中作用的研究进展

近年来随着分子生物学研究的迅猛发展,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)越来越受到高度重视,它在肿瘤发生、发展、治疗和预后等方面所发挥的作用也逐渐被深入认知.肝癌高表达转录本(highly up-reglated in liver cancer, HULC)是lncRNA的一种,最先在肝癌中被发现,近年研究揭示它与其他许多癌症,例如胃癌、结肠直肠癌、骨肉瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤等,也密切相关.本文主要对HULC在几种不同肿瘤组织中的表达情况及其作用机制的研究进展做一综述.     

铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤的预后价值分析

通过分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库的神经胶质瘤患者的转录组数据与临床数据,应用基因共表达法、单因素Cox回归法筛选与预后有关的铁死亡相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),根据LASSO Cox回归分析与筛选出的lncRNA在样本中的表达情况,将样本分为高、低风险两组,通过单因素及多因素独立预后分析、受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve, ROC Curve)、Kaplan-Meier生存曲线、风险曲线、基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)等方法评估铁死亡相关lncRNA在神经胶质瘤预后中的价值及临床意义,通过TIMER、CIBERSORT、CIBERSORT-ABS等方法分析免疫浸润情况,进一步对免疫功能、免疫检查点以及N6-甲基腺苷(m⁶A)甲基化差异进行分析。结果获得预后相关的铁死亡相关lncRNA共14个。单因素及多因素独立预后分析、ROC曲线结果表明,铁死...     

lnc1343对小鼠胚胎干细胞多能性的影响及其基因座潜在作用机制

哺乳动物基因组可以转录数以千计的长非编码RNA(longnon-coding RNA, lncRNA),lncRNA能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控.尽管lncRNA在基因表达调控过程中的作用已经毋庸置疑,但目前只有少数lncRNA的功能和作用机制得到了研究.lnc1343是一条由小核仁RNA宿主基因3所转录的lncRNA,其表达失调与许多人类疾病有密切关联.研究结果表明lnc1343能够通过自身转录本来调控小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells, mESCs)的多能性维持, CRISPR-cas9 介导的lnc1343的转录起始位点和基因座的敲除显著降低了多能性基因(Nanog, Sox2, Oct4)的表达,同时也能通过邻近调控相邻基因Rcc1的表达.此外,通过对Chip-seq数据库的分析,发现lnc1343基因座位存在大量的H3K27ac以及H3K4mel的表观遗传修饰,通过Capture C实验捕获与lnc1343基因座位相互作用的DNA区域,发现大部分相互作用区域位于基因的启动子区,表明lnc1343基因座位可能发挥增强子功能,通过长距离染色质相互作用调控基因表达,进而调控mESCs多能性.总之,lnc1343不仅可以通过自身的转录剪切形成的lncRNA来调控mESCs的多能性,同时也能通过其基因座位调控染色质的长远距离相互作用.     

LncRNA SIL沉默促进A549细胞增殖和迁移

研究了lncRNA SIL与肺纤维化中肺泡上皮细胞的增殖和迁移之间的关系.设计小干扰RNA沉默内源性lncRNA SIL的表达,通过RT-PCR、MTT、Western blot、细胞损伤修复实验及Transwell实验研究沉默后细胞的增殖和迁移变化.MTT结果显示:沉默lncRNA SIL后细胞的增殖能力与对照组相比...     

利用eIF4E分离纯化非编码RNA的新方法

人翻译起始因子eIF4E是特异性识别并结合mRNA帽结构的蛋白质.该文通过克隆人源基因eIF4E,并利用原核细胞大肠杆菌BL21成功表达了具有帽结合功能的eIF4E蛋白,利用该蛋白亲和纯化分离得到了具有帽子结构的RNA.通过对比用oligo(dT)分离得到的非编码RNA,eIF4E法得到了更多种类的非编码RNA.本研究为非编码RNA的分离与发现提供了一个重要的工具.     

非编码RNA与表达调控作用

真核生物转录产生了大量的非编码RNA（ncRNA）,种类繁多？表达及调节模式复杂多样,且对细胞的生长是必须的,并非是转录的＂垃圾＂。根据功能,ncRNA可以大致分成＂持家RNA＂与＂调控RNA＂。ncRNA在遗传信息的载体（DNA和染色质）与表达产物（蛋白质）的相关生物过程中都有着极其重要的作用。     

Clathrin is required for the function of the mitotic spindle

Clathrin has an established function in the generation of vesicles that transfer membrane and proteins around the cell. The formation of clathrin-coated vesicles occurs continuously in non-dividing cells, but is shut down during mitosis, when clathrin concentrates at the spindle apparatus. Here, we show that clathrin stabilizes fibres of the mitotic spindle to aid congression of chromosomes. Clathrin bound to the spindle directly by the amino-terminal domain of clathrin heavy chain. Depletion of clathrin heavy chain using RNA interference prolonged mitosis; kinetochore fibres were destabilized, leading to defective congression of chromosomes to the metaphase plate and persistent activation of the spindle checkpoint. Normal mitosis was rescued by clathrin triskelia but not the N-terminal domain of clathrin heavy chain, indicating that stabilization of kinetochore fibres was dependent on the unique structure of clathrin. The importance of clathrin for normal mitosis may be relevant to understanding human cancers that involve gene fusions of clathrin heavy chain.     

基于生物信息学构建前列腺癌单细胞层面lncRNA-miRNA-mRNA调控网络

利用生物信息学筛选差异表达基因(Differentially Expressed Genes, DEGs),构建前列腺癌(Prostate Cancer, PCa)单细胞层面lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,在分子水平上研究前列腺癌的发生发展过程及预后指标。首先从基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库分别下载单细胞RNA测序数据GSE157703和转录组测序数据TCGA-PRAD,通过R语言筛选差异表达信使RNA(DEmRNA)和差异表达长非编码RNA(DElncRNA),利用相关软件预测并构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络;然后使用R语言进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析,运用STRING数据库、Cytoscape软件建立蛋白相互作用网络,同时对单细胞RNA测序数据进行质控、降维、聚类和分群,构建单细胞层面的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络;最后进行生存分析,通过人类蛋白质图谱进行验证。结果...