基于SSR分子标记的广西极小种群野生植物长叶苏铁遗传多样性分析

了解广西区内的国家一级重点保护植物长叶苏铁（Cycas dolichophylla K.D.Hill）的遗传多样性和变异特征对广西长叶苏铁的保护和管理有着重要意义。本研究利用筛选出的6对稳定性好的SSR引物对分别来自广西百色市田阳县梅茶镇（PL）、德保县那甲镇（NL）和德保县城关镇（QH）的3个长叶苏铁种群的遗传多样性和变异特征进行分析。结果表明：6对引物中,高度多态性引物（GZST055、GZST065、GZST088）和低度多态性引物（GZST002、GZST013、GZST019）各占50%。广西长叶苏铁3个种群的平均观测等位基因为2.833,平均有效等位基因为2.005,平均Shannon信息指数为0.657,平均观测杂合度为0.259,平均期望杂合度为0.359。群体的遗传分化系数为0.049,说明群体间遗传分化小,且群体内遗传变异占所有遗传变异的97%,3个种群的基因交流频繁且遗传背景相互混杂。总体来看,广西长叶苏铁遗传多样性水平较低,而德保县那甲镇（NL）种群的遗传多样性相对最高,应将该种群作为重点保护单元进行保护。本研究还对广西长叶苏铁资源保护工作提出了建议和对策。     

广西崇左叉叶苏铁野生和迁地保护种群的遗传多样性比较分析

叉叶苏铁[Cycas bifida （Dyer） K.D.Hill]为国家一级重点保护野生植物,了解广西崇左叉叶苏铁野生种群和迁地保护种群的遗传多样性和遗传结构,可为其种质资源的保护及管理提供指导。本研究利用筛选得到的6对稳定且多态性良好的Simple Sequence Repeat （SSR）引物,对位于崇左的4个叉叶苏铁野生种群和迁至桂林的1个叉叶苏铁迁地保护种群共109个个体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明： 4个野生种群的观测等位基因数平均值为2.875,有效等位基因数平均值为1.796,Shannon信息指数平均值为0.637,观测杂合度平均值为0.363,期望杂合度平均值为0.373,说明广西崇左叉叶苏铁遗传多样性水平较低。迁地保护种群的观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数、观测杂合度和期望杂合度分别为3.000、1.865、0.686、0.323和0.391,说明迁地保护能提高叉叶苏铁遗传多样性。遗传结构中群体间遗传呈中度分化（0.134）,种群间遗传变异占25%,种群内遗传变异占75%,遗传变异主要来源于种群内。非加权组平均法（Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic means,UPGMA）、主坐标分析（Principal Co-ordinates Analysis,PCoA）和Structure分析表明109份样品可分为2类,迁地保护种群ZWS和野外种群PR为一类,其余3个种群为一类。野生种群中MALL的群体遗传多样性最高（Shannon信息指数为0.711,期望杂合度为0.394）,应将该种群作为重点保护单元进行保护。迁地保护种群ZWS的Shannon信息指数和期望杂合度均高于野生种群平均值,但Shannon信息指数略低于野生种群MALL,期望杂合度略低于野生种群MALL和YCLL。建议继续加强野生种群MALL和YCLL种群资源的引种工作,以便更有效地保护叉叶苏铁的遗传资源。     

杉木育种群体SSR分子标记遗传多样性分析

杉木的育种群体中,维持合理的遗传多样性和清晰的遗传背景,是长周期、多世代遗传改良采用的核心策略之一。基于基因组分子标记,利用自主开发的52对杉木SSR引物,对国家级杉木种质资源库保存的遗传材料——杉木第1代遗传改良收集的93份种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:52对SSR引物在93份材料中共检测到254个等位变异,等位变异范围为2～8个,平均等位基因数为4.88个,平均有效等位基因数为2.32个,平均观察杂合度为0.43,平均Nei’s多样性指数为0.50,平均Shannon信息指数为0.98,这5个评价遗传多样性水平的指标具有较大程度的一致性。不同引物的等位基因数、有效等位基因数、观察杂合度、多样性指数和Shannon信息指数等均表明杉木育种群体中存在较大的遗传差异,其变异系数分别为24.88%、44.75%、34.20%、34.89%和33.59%。93份种质资源间遗传相似系数的平均值为0.693 3,变化范围为0.490 0～0.919 3; 遗传距离的平均值0.370 3,变化范围为0.086 3～0.713 4。当距离阀值为20时,可将杉木第1代育种群体中的93份种质资源划分为5大类; 当距离阀值为15时,第5大类的77份种质资源可细分为16个亚类。SSR分子标记聚类的结果可为种质资源的管理及提高育种效率提供重要依据。     

四川藏鸡保种群遗传多样性研究

利用6对藏鸡微卫星引物对四川甘孜州乡城县藏鸡保种群进行了遗传多样性研究.结果表明：6个微卫星座位中共检测到31个等位基因,单个座位的等位基因数为2~10个,平均等位基因数为5.16个.各座位PIC值分布范围在0.177~0.700之间,平均PIC值为0.537,6个微卫星位点在藏鸡中存在多态性.各座位的表观杂合度在0.220~0.980之间,期望杂合度H在0.198~0.745之间,等位基因频率的范围为1%~89%.本文研究结果表明藏鸡保种群的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富.     

美洲黑杨种质资源遗传多样性的SSR分析

利用12对SSR引物对美洲黑杨种质资源库的11个半同胞家系的137个子代进行遗传分析,共检测到了103个等位基因,平均每对引物检测到的等位基因数（A）为8．67,平均有效等位基因数（NP）为5．37,观测杂合度平均值（Ho）为0．39,平均期望杂合度（He）为0．75（其中10对引物的期望杂合度均大于0．65）,基因分化系数（Gst）平均值为0．22,基因多样度（h）为0．55～0．72。利用UPGMA方法进行聚类分析的结果表明,家系间的遗传相似性与其地理位置差异基本相符。     

豇豆SSR标记在豌豆中的可转移性与应用初探

利用豇豆SSR引物筛选在豌豆具通用性的SSR引物。13对豇豆SSR引物中检测出8对引物在豌豆中可扩增,其中5对SSR引物表现出多态性,进而分析11个豌豆品种和5个豇豆品种的遗传多样性与遗传关系。结果表明:平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon指数,在豌豆品种群中分别为2.00、1.64、0.55,豇豆品种群中分别为2.00、1.80、0.53,上述遗传参数反映出供试豌豆品种和豇豆品种具有中等水平的遗传多样性;利用UPGMA聚类分析,能将豌豆品种群和豇豆品种群分为两类,且每个品种群内的各个体之间能进行区分,尤其是两个豌豆品种亚群的聚类结果与其地理来源基本一致。     

大分舌蜂EST-SSR微卫星分子标记开发与特征分析

【目的】构建中国油茶（Camellia oleifera）主要传粉昆虫之一的大分舌蜂(Colleles gigas)cDNA文库并利用全国几个典型样本筛选微卫星DNA(Simple sequence repeat，SSR)位点，为该蜂种群遗传多样性和遗传分化研究提供可靠的分子标记。【方法】使用10头大分舌蜂雌性幼虫构建cDNA文库，用Illumina Hiseq TM 2500高通量测序平台测定cDNA文库数据，通过SSR筛选软件MISA进行检索发掘SSR标记；利用Primer Premier 5.0软件设计引物，利用荧光标记技术进行分型。【结果】从cDNA文库序列中筛选得到16 457个SSR，其中15 563个(占比为94.57%)是完整型SSR，872个(占比为530%)是不完整型SSR，22个(占比为0.13%)是复合型SSR；完整型SSR中单碱基SSR最为丰富，共10 910个，占总SSR数量的70.11%，其余依次是二碱基SSR (2 099个，占比为13.49%)、三碱基SSR(2 408个，占比为15.47%)、四碱基SSR(136个，占比为0.87%)和五碱基SSR (10个，占比为0.06%)。对80对EST-SSR引物在6个不同地理种群32头大分舌蜂中进行验证，共有6对EST-SSR引物较好地扩增出目的片段，共获得192个等位基因，平均等位基因数为11.833 332个，平均有效等位基因数为4.149 8个，香农信息指数范围为1.362 6～2.119 2，平均观测杂合度为1.000，平均期望杂合度为0.800，多态信息含量范围为0.710～0.879，且平均值为0.761。【结论】研究所开发的6对大分舌蜂EST-SSR引物对应的产物多态性较高，遗传多样性也较高，可以应用于该蜂种的遗传多样性、遗传分化、种质资源保护等领域的后续研究。     

深圳梅林仙湖苏铁野生种群遗传多样性ISSR分析

仙湖苏铁Cycas fairylakeaD.Y.W ang是国家濒危保护植物,目前仅在我国广东省深圳市和曲江县发现有自然分布,个体总数已不足2 000株。本文应用ISSR标记对深圳梅林郊野公园仙湖苏铁野生种群的遗传多样性进行了研究。从100个引物中筛选出10个用于正式扩增,在14个个体中共检测到77个清晰的扩增位点,其中多态性位点67个,多态位点百分率为87.01%。根据所得数据求出的观察等位基因数为1.870 1,有效等位基因数为1.356 8,Ne i基因多样性指数为0.219 6,Shannon多样性指数为0.344 5。与其他苏铁类植物和濒危植物相比,仙湖苏铁仍然保持很高的遗传多样性水平。基于Jaccard相似性系数的UPGMA树系图表明,梅林郊野公园的仙湖苏铁个体明显地分为2个亚群,ISSR表型特征的主成分分析(PCA)也支持了聚类分析结果。研究结果对仙湖苏铁的保育和管理具有重要意义。     

珍稀濒危植物石山苏铁的SSR引物设计和遗传多样性分析

揭示珍稀濒危植物石山苏铁(Cycas sexseminifera)种群的遗传多样性水平和遗传分化大小,确定优先保护种群,对石山苏铁的有效保护和管理策略的制定具有重要意义。本研究基于简化基因组序列分析设计Simple Sequence Repeats (SSR)引物,并利用SSR引物进行遗传多样性检测。实验共获得6对SSR引物,6对引物共检测出37个观测等位基因(Na),其中最小观测等位基因数目为3,最大观测等位基因数目为12,平均每个位点等位基因数目为6.167。位点GZST002、GZST055、GZST065、GZST088是高度多态性位点(PIC>0.5)。石山苏铁各种群期望杂合度(He)为0.330-0.533,平均值为0.444,表明石山苏铁遗传多样性处于中等水平;7个种群的He值大小顺序为广西植物研究所引种(ZWS)>崇左广河(GH)>崇左排汝(PR)>隆安陇怀(LH)>崇左中干(ZG)>百色作登(ZD)>隆安新会(XH)。固定系数(F)为-0.161-0.480,平均值为0.074,其中LH、PR、XH 3个野生种群为负值,GH、ZD、ZG 3个野生种群的固定系数则大于0;7个种群的F值大小顺序为百色作登(ZD)>广西植物研究所引种(ZWS)>崇左中干(ZG)>崇左广河(GH)>隆安陇怀(LH)>隆安新会(XH)>崇左排汝(PR)。因此,综合各个遗传指标,石山苏铁需要重点保护和引种的野生种群是遗传多样性相对较高的崇左广河(GH)种群。同时建议开发更多的SSR引物和采集更广范围的石山苏铁野生种群,精准筛选遗传多样性高的优良种群,以利于更全面和准确地评估石山苏铁的遗传多样性水平和濒危机制。     

藏羚羊5个微卫星标记的多态性分析

藏羚羊是我国青藏高原的特有物种.为分析藏羚羊独特的遗传变异特征和核DNA遗传多样性,以5个微卫星标记对50只藏羚羊的等位基因多态性进行了研究.研究结果表明:5个微卫星标记共检测到92个等位基因,每个标记的平均等位基因数为18.4个(在16~23之间),平均有效等位基因数为11.1;5个微卫星标记的多态信息含量均在0.8573以上,为高度多态标记,其中L03标记的多态信息含量最高,达0.9372;各标记的观测杂合度在0.4898~0.9091之间,期望杂合度在0.8770~0.9504之间,平均期望杂合度为0.8990,属于高度杂合标记,遗传变异丰富.这些筛选出的多态性微卫星标记可应用于藏羚羊遗传多样性、遗传结构分析及遗传图谱的构建等工作.     

适用于野生软枣猕猴桃遗传多样性分析的SSR引物筛选

为进一步研究野生软枣猕猴桃种质资源的遗传多样性,以软枣猕猴桃基因组DNA为模板,优化了SSR反应体系并确定了反应条件,筛选出了多态性较高的标记.从来自中华猕猴桃基因组的65对SSR引物初步筛选出15对有较好扩增带型、增稳定性好的引物,其中较好多态性的引物有12对.用筛选的引物进一步对四川天全二郎山的野生软枣猕猴桃群体进行了SSR分析,在15个个体中共检测出了141个等位基因,平均每个位点检测到9.4个等位基因,平均PIC值为0.745.     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

贵州马铁菊头蝠群体遗传结构的微卫星分析

利用6对微卫星引物对贵州马铁菊头蝠的等位基因频率、基因杂合度和多态性信息含量进行了遗传检测。结果表明,6对微卫星引物共扩增出18个等位基因。基因频率分布在0.021 0～0.833 0之间。6个微卫星位点的平均杂合度为0.342 7,平均多态性信息含量为0.381 3。分析认为贵州马铁菊头蝠遗传多样性相对较低。     

山樱花群体遗传多样性的SSR分析

【目的】分析山樱花不同居群遗传多样性,为其种质资源保护与利用提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记对8个山樱花自然居群共224份样本进行遗传多样性分析。【结果】17对SSR引物共检测到113个等位基因,平均每个位点6.647个等位基因,多态位点百分率为92.65%; 物种水平上Nei's遗传多样性指数为0.634,居群水平上Nei's遗传多样性指数、Shannon信息指数分别为0.498、0.939。Structure分析显示8个山樱花居群来自3个基因库,与主坐标分析结果较为一致。【结论】SSR标记可以用于山樱花群体遗传多样性分析,山樱花群体间与群体内遗传多样性均较高。     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

安徽省毫州地区黄牛群体遗传多样性研究

利用随机扩增多态DNA技术对安徽省毫州地区黄牛种群进行了DNA多态性检测,以期了解该地区黄牛群体的遗传变异,进而探讨分子遗传标记在家畜小群体保种方案中的应用.计算了多态性引物在个体间的平均带纹等位片段频率、平均带纹等位片段杂合度和遗传多样性指数,并作分子亲缘关系聚类分析.该地区黄牛种群扩增等位基因片段的遗传杂合度比较高.     

ISSR在油茶品种鉴别和遗传多样性分析中的应用

分子标记技术是准确鉴别油茶品种的重要手段之一。以湖南、湖北两省主要油茶品种为试验材料,利用ISSR分子标记技术分析了66个油茶品种的遗传多样性,揭示了各品种间的亲缘关系并对其进行了有效鉴别。结果表明:从100条引物中筛选出6条引物对66个油茶品种的基因组DNA进行扩增,获得了121条可以统计的扩增产物,其中多态性条带数(NPB)为112条,多态位点百分率为92.56%(PPB),平均等位基因观察值为1.933 9,平均有效等位基因为1.650 9,基因多样性指数即平均期望杂合度为0.369 8,Shannon信息指数为0.541 7,说明油茶品种间的遗传多样性水平较高。根据扩增图谱条带的有无、多少和不同引物提供的谱带类型组合对供试油茶品种进行了鉴别。     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

攀枝花苏铁自然保护区野生居群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对四川省攀枝花苏铁自然保护区的攀枝花苏铁自然居群进行了遗传多样性分析.对采集的48个体的基因组DNA进行PCR扩增,筛选出13个扩增条带清晰的引物,共检测到104个清晰位点,其中多态位点94个,多态位点百分率为90.38%.平均每个引物扩增条带为8条.结果表明,攀枝花苏铁在居群内水平上仍保持较高的遗传多样性.对其居群遗传多样性和遗传结构进行分析,可为攀枝花苏铁的保护和利用提供理论基础.     

茄子种质资源的农艺性状与SSR标记的遗传多样性研究

为了明确茄子种质资源的遗传背景,对从国内搜集,并在云南试种表现良好的37份茄子种质资源进行9个农艺性状和6个SSR标记的遗传多样性分析.结果表明,茄子9个农艺性状的变异系数在8.99%~44.69%之间,变异系数最高的是果形,最低的是果实横径;SSR标记共检测到13个等位变异,平均每个SSR位点的等位基因数为2.166 7个,平均有效等位基因数为1.862 0,Shannon’s信息指数为0.659 1,多样性指数为0.4399.非加权算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,9个农艺性状将37份茄子种质资源划分为4个类群;6对多态性SSR引物也将所有种质划分为4个类群.虽然2种聚类方法把37份种质基本分开,但大部分种质的分子标记与农艺性状的聚类结果一致性不高.同时,农艺性状和SSR标记的结果均表明,37份茄子种质资源遗传多样性并不丰富,亲缘关系较近.以上结果可为茄子种质资源的进一步研究和利用提供理论依据.