基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点...     

新冠病毒核衣壳蛋白及其在病毒感染中的作用（英文）

新型冠状病毒感染引起的新冠肺炎传播已经导致了全世界数百万人的死亡。因此，深入了解新冠病毒的生物学基础对研发控制其传播的新手段至关重要。新冠病毒的核衣壳蛋白(N蛋白)是一个重要的诊断和治疗靶点，它在病毒生命周期中具有多种重要功能。目前已有多个关于新冠病毒N蛋白的结构与功能方面的研究报道。本综述总结了这个进化上高度保守的N蛋白的最新数据，以期提供有关该蛋白的结构和多种功能特征的全面信息。     

新冠知识二十条

正面对疫情,我们需要不信谣、不传谣,在充分认识它的前提下做好扎实的防护。1.新型冠状病毒和SARS同类不同种新型冠状病毒属于β属的冠状病毒,有包膜,颗粒呈圆形或椭圆形,常为多形性,直径60-140nm。其基因特征与SARSr-CoV和MERSr-CoV有明显区别。目前研究显示与蝙蝠SARS样冠状病毒(bat-SL-CoVZC45)同源性达85%以上。新型冠状病毒是冠状病毒的一种,它跟SARS冠状病毒是平行的,二者是同一类(病毒),但不是同一种。     

云南大学研发新冠肺炎病毒检测新技术获得阶段性成果

正在全国上下团结一心打响新冠肺炎疫情阻击战的时候,云南大学师生也行动起来积极参与,专家学者结合自身专业研究方向,针对新型冠状病毒肺炎展开研究。新型冠状病毒肺炎是一种急性感染性肺炎,其病原体是一种首次在人类中发现的2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。2019-nCoV病毒粒子由几种蛋白组成的包膜结构,以及内部正链单链RNA组成。     

对虾白斑症病毒的分离纯化及形态结构观察

取患白斑症的濒死斑节对虾 (Penaeusmonodon)的表皮、鳃和胃 ,匀浆后通过蔗糖密度梯度离心和蔗糖垫层差速离心两种方案 ,提纯出WSSV ;两种方案比较 ,蔗糖垫层差速离心操作简便 ,不需使用超速离心机 ,所得病毒纯度较高 ,损失少 .负染观察发现 ,纯化的病毒核衣壳 2个末端结构不同 ,其中一端呈圆形 ,高约 2 1nm ,另一端较平 ,高约 15nm ;完整核衣壳的两个末端结构间的螺旋单位一般为 15圈 ,但也偶见个别较长的核衣壳 ,其螺旋单位数达 2 3圈 .     

A型流感病毒基质蛋白M1的二聚化机制

流感病毒基质蛋白1(matrix protein 1,M1)位于病毒包膜之下,形成一层壳状结构(衣壳),可与病毒的血凝素、神经氨酸酶、包膜和病毒遗传物质发生相互作用,在病毒的组装与复制过程中起着关键作用.不过,除N端有晶体结构外,全长M1蛋白的结构尚未解析.因此,人们对全长M1蛋白如何二聚化、然后多聚化形成病毒衣壳的过程知之甚少.为了解M1蛋白的二聚化机制,首先从M1的N端片段晶体结构出发,用蛋白质结构预测方法获得M1的全长结构模型;其次,对可能的M1二聚体进行分子动力学模拟,分析其二聚化界面的氨基酸,由此发现了一种通过M1蛋白C端片段结合而形成的二聚体;最后,为验证模拟结果,用电镜三维重构方法分析了全长M1二聚体的构象,并提出了M1多聚化的机理模型.     

实时荧光定量PCR用于新型冠状病毒检测的效果分析

分析实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)用于新型冠状病毒检测的效果。采集筛查2020年2月至6月疫情期间有发热症状、有湖北工作、旅居史者的咽拭子标本15650份,将新冠病毒的开放读码框1ab(ORF1ab)、核壳蛋白(N)基因等2段保守基因序列作为检测靶标,并采用实时qPCR。15650份检测标本中,阳性1例,阳性率0.0064%。疫情期间有发热症状、有湖北工作、旅居史者进行新冠病毒核酸检测极为必要,qPCR为一种新冠病毒检测的有效方法,可将咽拭子标本中的新冠病毒核酸快速高效检出,在疫情防控中发挥着重要作用。     

冠状病毒的致炎机制研究进展及疫苗研发特点

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引发的肺炎(COVID-19)疫情目前已在全球范围内大流行.该文综述了冠状病毒感染介导肺部炎症反应机制的研究进展,从病毒的复制感染和抗冠状病毒中和抗体的产生两方面阐释其可能诱发的炎症反应;进而讨论了当前SARS-CoV-2疫苗的研发特点,对减毒活疫苗、灭活疫苗、病毒载体疫苗、核酸疫苗4条不同的技术路线进行介绍,以期为COVID-19疫情的防控提供理论参考.     

虎纹蛙病毒的形态结构及其致病性研究

在透射电镜下观察了病毒感染细胞超薄切片中的病毒 ,发现细胞内病毒为二十面体对称结构 ,由衣壳、核心体和其间的非电子致密层构成 ,大小分别为 (12 5± 7)nm (N =2 5 ) (角对角 )、 (84± 7)nm (N =17)和13nm ,在感染细胞质中形成病毒发生基质 ,成熟病毒粒子在胞质中可积聚呈晶格状排列 ;病毒自细胞出芽释放时获得源于细胞的囊膜。回归感染证实虎纹蛙病毒的致病性 ,该病毒对虎纹蛙幼体和幼蛙敏感 ,浸泡和肌注感染死亡率为 10 0 % ;病毒可感染成蛙 ,但并不致死 ;肝脏和肾脏是病毒的感染器官 ;培养细胞内和释放进入培养液中的病毒粒子对虎纹蛙均具有感染性 ,说明虎纹蛙病毒的囊膜不是感染所必需的 ,缺乏囊膜的核衣壳也具有感染性。     

对虾白斑综合症病毒结构蛋白质VP24的定位研究

对虾白斑综合症病毒是一种新型的DNA病毒.VP24蛋白质是该病毒粒子的一个主要的结构蛋白质.当纯化的病毒粒子经去污剂处理后,VP24蛋白质被发现完全存在于囊膜部分,Western杂交实验也证实该结果,以上实验结果表明VP24蛋白质是病毒的一个囊膜蛋白质.利用免疫胶体金定位技术对该蛋白质的进一步研究中发现,核衣壳上未见标记的金颗粒,完整的病毒粒子上标记的金颗粒也很少,而囊膜部分破损的病毒粒子上却可观察到大量的金颗粒.我们认为VP24蛋白质是一个囊膜蛋白质,但是它的主体可能存在于病毒的囊膜和核衣壳之间.VP24蛋白质的定位研究将加速阐明病毒感染和包装的机制,并将有助于病毒的诊断和控制.     

斜纹夜蛾(Prodenia litura)幼虫核多角体病毒核酸(DNA)的分离和电镜观察

Bergold(1963)综合地报导了昆虫核型多角体病毒的性质;对家蚕核型多角体病毒核酸也陆续进行了研究;我国沈思祥等对家蚕核多角体病毒核酸(DNA)进行了研究,并报导其分子量为1.6×10~7。我们对农作物的主要害虫斜纹夜蛾的核型多角体病毒核酸进行分离和电子显微镜观察。     

茶毛虫(Euproctis pseudoconspersa)核型多角体病毒形态发生的超微结构研究

本文用电子显微镜技术,观察了茶毛虫核型多角体病毒(NPV)在宿主细胞内的发生过程.病毒核衣壳进入敏感组织之后,首先见于核膨大,核内出现病毒发生基质,随后在病毒发生基质内或周围出现核衣壳.在核衣壳形成之后,从周围已形成的线状物质中获得套膜,然后具套膜的病毒粒子上出现蛋白质堆积并联合产生发育中多角体.随着病毒粒子不断嵌入,发育中多角体逐断成熟,成熟多角体中的病毒粒子多数以两个成束,部分是单粒包埋,并随机分散在多角体中.     

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）防控模式下武威医学科学院防疫效果浅析

探讨武威市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控模式下武威医学科学院新型冠状病毒肺炎核酸检测阴性,无外地旅居史发热患者防控效果及实施综合干预策略后疗效。选择武威医学科学院自2020年1月26日-2020年3月31日预检分诊、发热门诊等就诊新型冠状病毒肺炎核酸检测阴性,无外地旅居史发热患者58例,简单随机分组法分观察组、对照组各29例,观察组患者予以武威市新型冠状病毒肺炎防控模式知识宣讲。对照组患者予以武威市新型冠状病毒肺炎防控模式知识宣讲、新型冠状病毒肺炎诊疗(第五版)宣讲、常规治疗。发热患者防控效果,对两组患者焦虑自评量表(SAS)及并发睡眠障碍、消化功能紊乱等发生率进行分析。武威市新型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控模式下我院新型冠状病毒肺炎核酸检测阴性,无外地旅居史发热患者精准实策、区域内诊疗、严防疾病传播起到了积极作用。实施综合干预策略治疗对治疗组患者焦虑自评量表(SAS)评分、并发睡眠障碍、消化功能紊乱发生率、治疗总有效率均有显著差异变化,治疗组改善明显优于对照组(P0.05)。新冠型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控模式下武威医学科学院防疫效果明显,综合干预策略对武威医学科学院新型冠状病毒肺炎核酸检测阴性,无外地旅居史发热患者疗效显著。     

有关新型冠状病毒的谣言，你认清了吗？

正病毒可悬浮一天、咬碎大蒜胜过杀病毒的口腔药物、带呼吸阀的N95口罩无效、用高浓度白酒喷洒房间可以预防……面对疫情,这些有关新冠病毒的谣言,你认清了吗?谣言:用高浓度白酒喷洒房间可以预防新型冠状病毒。真相:国家卫健委在防治指南中明确指出医用酒精可以杀灭新型冠状病毒,其原理是酒精可以使蛋白质变性而丧失功能。我国科学家已经成功分离出这次感染的元凶——新型冠状病毒。从电镜照片上可以看到病毒表面有一些小的突起,这些突起就是蛋白质,酒精可使其变性而杀灭病毒。但酒精让蛋白质变性是有浓度要求的,至少要达到70%以上才可以(这也是医用酒精将浓度定为75%的原因)。     

SARS冠状病毒核衣壳蛋白cDNA的克隆和原核表达载体的构建

目的克隆SARS冠状病毒核衣壳(N)蛋白.方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET30a表达载体.结果实现了SARS冠状病毒N蛋白基因的克隆.结论可以对重组成功的pET30a-N进行进一步的应用.     

SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列的初步比较分析

严重急性呼吸综合症(Severeacuterespiratorysydrome,SARS)是一种全新的传染性疾病,它可能主要是由冠状病毒的一个变种引起的.本文比较SARS及其它冠状病毒基因组组织结构和序列变异的情况,初步的结果表明:①尽管SARS病毒与冠状病毒属的另外6种病毒基因组序列上有较大的差异,但是它们具有较相似的基因组组织结构;②SARS病毒与牛冠状病毒、鼠肝炎病毒具有较近的系统发育关系;③虽然SARS病毒扩散的时间极短,但来自不同地区SARS病毒的DNA序列却存在一些突变,且这些突变又大多是改变氨基酸序列的非同义突变.     

犬呼肠病毒3型感染BHK-21细胞的超微结构观察

本实验采用免疫电镜负染、细胞超薄切片透射电镜观察 ,证实所分离的病毒为犬呼肠病毒。病毒粒子由致密的核心和包围着核心的双层衣壳组成 ,有的为空心衣壳 ,多呈晶格状排列 ;病毒在胞浆增殖 ,装配 ,通过细胞崩解释放 ;细胞浆内可见大量的微丝与微管结构 ,认为与病毒复制有关。胞浆与胞核中均可见到内容物不同 ,形态各异的包涵体     

之江生物：疫情防控的“硬支撑”

<正>新冠肺炎疫情这场阻击战中,新冠病毒核酸检测方法是疫情控制的重要支撑。2020年初,新冠肺炎疫情突然暴发,病毒迅速扩散至大半个中国,随后确认该疫情的病原体为新型冠状病毒（2019-nCoV）,后被正式命名为“SARS-CoV-2”。严峻的形势下,上海之江生物科技股份有限公司（以下简称“之江生物”）第一时间研发出新型冠状病毒核酸检测试剂盒（荧光PCR法）并产业化应用,通过试剂盒可以及时、准确地检测出新冠病毒,从而进行隔离和治疗,快速有效地控制了疫情恶性发展,成为防疫的重要支撑。     

华东视界

<正>上海SHANG HAI1.新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒（荧光PCR法）获批上市3月16日“,新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒（荧光PCR法）”通过国家药品监督管理局(NMPA)审核,获批上市。该试剂盒由上海思路迪生物医学科技有限公司(以下简称“思路迪诊断”)研发生产,在经上海药监局优先推荐后,进入国家药品监督管理局(NMPA)优先审评审批后,通过审核获批上市。     

衣壳蛋白缺失突变对登革病毒致病性及免疫原性的影响

在登革2型病毒中国分离株(DEN2—43)的感染性全长cDNA克隆的基础之上,利用融合PCR技术构建衣壳蛋白基因缺失的全长cDNA．将其线性化并体外转录成RNA后,经电穿孔法导入宿主细胞获得缺失突变病毒,对其致病性和免疫原性进行了观察．结果显示,随着衣壳蛋白缺失氨基酸残基数目的增加,病毒在敏感细胞中的增殖能力逐渐减弱,而衣壳蛋白第3个α螺旋序列缺失的突变体则完全丧失感染性．突变病毒对乳鼠的致病性也随之减弱,缺失10个氨基酸残基使病毒几乎完全丧失乳鼠致病力．同时缺失突变病毒可诱导小鼠产生高水平IgG抗体．表明登革病毒衣壳蛋白具有功能灵活性,可作为减毒突变的靶位点．该结果为深入探讨登革病毒基因组结构与功能的关系及研制新型登革减毒疫苗奠定了基础．