一种融合多组学数据的关键蛋白质预测算法

关键蛋白质在维持生物体的生理活动中发挥着重要的作用，预测关键蛋白质有助于设计药物分子靶标.随着高通量技术的发展，基于蛋白质相互作用关系数据采用计算方法识别关键蛋白质成为当前的热门研究.研究表明，将蛋白质相互作用网络与其他生物学信息结合起来能够更有效地识别关键蛋白质.因此，本研究提出一种整合蛋白质相互作用数据、基因本体注释信息、蛋白质亚细胞定位信息及蛋白质结构域信息的识别关键蛋白质的新方法TGSD.为了评估新算法的有效性，选取4组常用的酵母测试数据集进行仿真实验，详细比较TGSD方法与其他7种经典方法的识别效果.数值结果显示，TGSD在预测正确关键蛋白质数目和准确率等统计指标上明显优于其他算法.     

蛋白质折叠二维HP模型中的关联条件及其应用

蛋白质折叠是生物信息学中的一个重要问题，因为蛋白质是生物功能的主要承载者，几乎所有的生物功能都与蛋白质有关。在本文中，我们主要讨论了二维HP模型下蛋白质折叠中疏水核的关联关系，并利用关联关系避免了在求解蛋白质链的空间结构时陷入能量局部最小值，有效地找出了蛋白质的最低能量，同时，利用关联关系去除了大量的无效构象，进而提高搜索构象的收敛速度。     

蛋白质自组装研究进展

在生物体内，大多数蛋白质通过非共价相互作用以有序组织的自组装形式发挥作用。受大自然启发，人工设计蛋白质自组装正如火如荼的展开。近二十年来，蛋白质自组装领域快速发展，成功构建了各式各样，具有广泛结构和功能特性的蛋白质组装体。文章总结了用于调控蛋白质自组装的设计策略和工具，以及构建蛋白质组装体的最新进展，并描述了这些组装体的自然属性和功能。     

不同活力花生种子蛋白质的研究

花生种子经人工加速老化处理后种子活力下降，其蛋白质总含量、胚轴和子叶中的蛋白质含量均随之下降，胚轴、子叶中可溶性蛋白质含量也随种子活力的下降而减少，低活力花生种子胚轴可溶性蛋白质和结合蛋白质的合成能力显著下降．低活力种子萌发时，贮藏蛋白质迅速降解，而新合成的蛋白质却较少，随着种子活力的下降，胚轴可溶性蛋白质和结合蛋白质的种类也随之减少．     

牛X与Y精子差异蛋白质组学研究

本研究旨在利用蛋白质组学技术探究牛X、Y精子的差异蛋白质，为X、Y精子免疫分离技术的开发与优化提供一定的理论基础。冷冻保存的安格斯牛X和Y精子样品各三组进行非标定量蛋白质组学研究，共鉴定到1139个蛋白质，其中X精子鉴定到1023个蛋白质，Y精子鉴定到1022个蛋白质。X与Y精子间具有极显著差异(P<0.01)的蛋白质有40个，其中X精子高表达蛋白质7个，Y精子高表达蛋白质33个，Y精子单独鉴定到的蛋白质31个。X与Y精子差异蛋白质集中在代谢过程，大部分具有催化活性，主要位于线粒体内膜；Y精子高表达蛋白质主要参与各类氨基酸代谢及能量物质代谢过程，X精子高表达蛋白质主要参与氧化磷酸化途径。X、Y精子差异表达蛋白说明X与Y精子在运动能力、抵抗氧化应激及能量代谢等方面存在差异。     

蛋白质残基相互作用网络在线服务及可视化分析

蛋白质残基相互作用网络对理解蛋白质的结构特征，生物学功能和结合位点预测等研究有重要的作用.然而，现有的蛋白质残基相互作用分析方法易用性较差，需要下载和安装程序，较少提供友好易用的网络可视化功能，极大限制了蛋白质结构、功能和药物设计的相关研究.建立了蛋白质残基相互作用网络在线服务及可视化计算平台(http：//renault.fun)，用户不需要下载和编写程序，仅需上传蛋白质结构数据和口袋相关信息即可搭建蛋白质残基相互作用网络，并实现度中心度(degree centrality)，接近中心度(closeness centrality)和中介中心度(betweenness centrality)等网络特征的计算.该计算平台可进一步实现蛋白质残基相互作用网络的可视化，分析蛋白质表面结合口袋的网络特性，对理解蛋白质结构和药物设计的相关应用研究有较大的帮助.     

基于遗传算法的蛋白质折叠模拟系统

在模拟蛋白质折叠的遗传算法基础上，采用晶格模型，设计了一个用于蛋白质折叠模拟的软件系统，并举例说明该系统的用法。该蛋白质折叠模拟系统可用于蛋白质折叠预测和蛋白质进化研究，并可为蛋白质分子设计提供重要信息。     

出血病及粘孢子虫病鲫鱼蛋白质变化研究

利用双向电泳方法，以正常鲫鱼为对照，对感染出血病和粘孢子虫病后鲫鱼肌肉、肝脏组织内蛋白质变化作了比较分析．结果表明，正常鱼与病鱼肌肉组织显示出的蛋白质斑点约100个，其中含量较丰富的蛋白质斑点有20余种，以酸性蛋白居多．肝脏组织约有200余种蛋白质斑点存在，其中含量比较丰富蛋白质斑点有30余种，有较为广泛的分子量范围；感染出血病鲫鱼的肌肉组织中诱导出6个新的蛋白质斑点，肝脏中诱导出19个蛋白质斑点．在感染粘孢子虫病的鲫鱼肌肉中，有3个蛋白质斑点消失，诱导出3个蛋白质斑点，肝脏中有16个斑点消失，这些变化可以作为辅助疾病诊断的生化指标，为从生化水平揭示该病的致病机理及开展早期预防研究奠定基础．     

用离散量方法预测蛋白质亚细胞定位

根据蛋白质的亚细胞定位，将蛋白质分为四类，用离散量的数学理论，提出了预测蛋白质的亚细胞定位理论方法，利用蛋白质中氨基酸组分，通过计算离散增量和离散有限系数预测蛋白质的亚细胞定位，用self—consistency和Jackknife两种方法测试均获得较高的预测成功率。结果表明：蛋白质类中包含的蛋白质数越多，预测成功率越高。     

基于蛋白质互作用网络的关键蛋白质识别研究

本文提出了基于图论算法的关键蛋白质识别方法，选择合理的候选关键蛋白质集合和相关的路径参数，对大规模蛋白质互作用网络的关键蛋白质进行预测．实验表明，该算法是有效的．     

不同基因型小麦籽粒生育期蛋白质的动态变化

本文运用ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳技术，比较分析了３个小麦品种籽粒生育过程中叶片和籽粒各种蛋白质的动态变化，结果表明，（１）小麦籽粒生育过程中叶片和籽粒中蛋白质的种类和数量有较大变化；（２）叶片和籽粒蛋白质动态变化存在负相关性；（３）叶片中５２和４７ｋＤａ蛋白质起初最多，后期很少，籽粒中６３和５８ｋＤａ蛋白质前期很少，后期最多，变化幅度较大；（４）叶片蛋白质含量最后阶段骤然下降，籽粒蛋白质含量显著上升，这些变化对不同品种有一定差异．     

绿豆种子蛋白质和氨基酸组成特性的研究

研究了８个绿豆品种的蛋白质和氨基酸组成，结果表明涛 绿豆种子蛋白质以球蛋白为主，占４种蛋白质总量的６０％以上，其次是清蛋白，在占２５％左右，这两种蛋白质是绿豆种子的主要贮藏蛋白质部分；谷蛋白占１０％左右，醇溶谷蛋白在４种蛋白质中所占的比例最小，只是微量水平。     

蛋白质：人类的第一营养素

蛋白质是人体所需第一营养素，占人体干物质总量的45%，占肌肉总量的70%。人体的细胞、组织、器官主要组成成份皆为蛋白质，人体的新陈代谢、抗病免疫、体液平衡、遗传信息传递等无不与蛋白质密切相关，没有蛋白质就没有生命，所以蛋白质又被称为人类的“第一营养素”或“生命素”。     

基于小波分析的蛋白质序列分形研究

利用氨基酸的疏水自由能对蛋白质序列进行编码，选择墨西哥帽小波对于编码序列进行多尺度分解，应用基于小波分解的Abry—Veitch算法来研究蛋白质一级结构的分形特性，最后通过计算Hurst指数来定量刻画蛋白质序列的自相似性。实验结果表明．本文的方法只依据蛋白质一级序列的信息，可获得反映了蛋白质序列排列的自相似性和复杂度一个判据，相比于其他方法，本文的方法简单、可靠，为蛋白质序列的分析和研究提供了一个新的思路。     

蛋白质光谱探针研究进展

蛋白质分析是生命科学研究中的重要课题。蛋白质内源紫外吸收光谱和荧光光谱可以用于蛋白质分析，但其灵敏度不能满足微量分析的要求。蛋白质光谱探针（包括金属离子、有机试剂和金属络合物）能够与蛋白质相互作用生成超分子复合物并引起体系光谱信号的变化，由此可以提供蛋白质含量或结构方面的信息。根据光分析方法的不同，蛋白质光谱探针可以分为吸光探针、荧光探针和光散射探针3类。本文中，笔者综述了蛋白质光谱探针的研究进展，讨论了发展趋势。     

正交法虾壳蛋白质提取条件的研究

根据蛋白质溶液的pH值在某一值时蛋白质的静电荷为零，且蛋白质溶液溶于水形成胶体溶液，在该溶液中加入无机盐后，利用蛋白质盐析的原理分离蛋白质．实验以Na0H质量分数、反应时间、反应温度为三因素，设计成三因素三水平的正交实验，确定出提取虾壳蛋白质的最佳实验条件．     

浅谈如何检验食品中蛋白质含量

蛋白质是复杂的含氮有机化合物，也是生命的物质基础，缺乏蛋白质，生命就不能维持其生活。本文主要论述食品中检验蛋白质含量准确性的几个重要环节。     

金定鸭和南安鸭蛋品的蛋白质凝胶电泳分析

用非解离和解离两种系统分别对金定鸭及南安鸭蛋品的卵清和卵黄的蛋白质进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，结果表明：卵清和卵黄是两个相对独立的蛋白质体系，二者的蛋白质组成差别很大；卵黄蛋白质的亚基种类多，其大部分蛋白质分子由两个或两个以上亚基构成，而卵清蛋白质有些由多亚基构成，但其亚基种类较少；金定鸭与南安鸭的卵清蛋白质组成及卵黄蛋白质组成具有相近性，但也存在一定的种间差异．     

沙田柚花粉蛋白质双向电泳分析

比较分析沙田柚花粉不同发育时期和自交、异交花粉蛋白质的双向凝胶电泳图谱，随着花粉的发育，其蛋白质格局始终处于变化之中，单核期和双核期花粉中相对分子质量小的蛋白质明显增多，萌发的花粉中相对分子质量小的蛋白质亦较多，是与此时花粉生理活动旺盛有关，自交、异交花粉蛋白质格局无明显差别，但是发现异交粉管中一些蛋白质在自交花粉中缺失或含量较低，说明自交条件下花粉管一些蛋白质表达可能受到了抑制，该结果为“膜受体假说”提供了一个新的实验证据。     

同源α-螺旋结构蛋白质Im7和Im9的变性及折叠特性的研究

Im7和Im9是具有相似三维空间结构的同源蛋白质分子，这两种蛋白质的一级序列中有60％的残基成分相同，研究结果显示，Im7和Im9分子具有不同的稳定性和经历不同的折叠途径，为解释有关的实验事实，利用吸附反应动力学方法，分析了Im7和Im9两种蛋白质的变性过程和重折叠过程，结合Im7蛋白质和Im9蛋白质所具有的空间结构特性，对Im7和Im9蛋白质具有不同稳定特性和折叠途径存在差异的原因做了进一步的讨论和解释。