一株新铜绿假单胞菌噬菌体SRT6的分离以及全基因组序列分析

分离一株新铜绿假单胞菌噬菌体,进行生物学特征分析,全基因组测序和比较基因组学分析.了解该噬菌体与其他假单胞菌噬菌体之间的亲缘关系以及它的潜在应用价值.利用双层平板法分离纯化噬菌体,利用酚氯仿抽提基因组,利用Illumina Hiseq测序平台对基因组测序,利用生物信息学进行基因组和比较基因组学分析.分离到一株新的烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,其基因组全长91 364bp,G+C含量49.3%,存在182个蛋白质编码基因,其中的96个与已知功能的蛋白质具有相似性,无tRNA和tmRNA.比较基因组分析发现,噬菌体SRT6属于一个新物种.分离鉴定出一株烈性铜绿假单胞菌噬菌体SRT6,并发现它属于一个新种噬菌体,为未来利用噬菌体治疗耐药铜绿假单胞菌感染打下坚实的基础.     

铜绿假单胞菌的耐药现状及外膜孔蛋白分析

目的:总结分析我院2007年-2009年铜绿假单胞菌对常用抗生素的耐药状况,以指导临床合理选用抗生素,同时探讨外膜孔蛋白缺失介导的铜绿假单胞菌对亚胺培南的耐药机制.方法:采用PCR方法检测外膜孔蛋白OprD的编码基因,利用Whonet 5.4 软件对药敏资料进行统计分析.结果:3年中铜绿假单胞菌每年的分离数量分别为13...     

铜绿假单胞菌外膜亚蛋白质组图谱的建立

铜绿假单胞菌是人类重要的病原菌,容易造成免疫缺陷患者如烧伤、艾滋病、癌症或囊性纤维化感染,对该菌外膜蛋白的研究有助于了解该菌的致病机制,为进一步疫苗研制奠定基础.采用月桂酰基氨酸钠的方法提取了铜绿假单胞菌的外膜蛋白,首次建立了外膜亚蛋白质组学表达图谱,鉴定了23个外膜蛋白,占所鉴定蛋白的82.1%.然后对其中的一个外膜蛋白基因PA3988进行了克隆及原核表达与纯化,经免疫小鼠获得抗血清后对外膜蛋白进行双向Western blotting分析,验证了质谱的结果.这些研究结果对铜绿假单胞菌外膜蛋白的深入研究具有积极作用.     

铜绿假单胞菌SJTD-1的磷酸化蛋白质组学

制备了铜绿假单胞菌SJTD-1菌株的蛋白质组酶解产物,并利用二氧化钛磁珠从酶解产物中富集磷酸化肽.首次利用纳升液相色谱-质谱技术鉴定磷酸化肽的磷酸化位点,最终共鉴定获得13条磷酸化肽,分别来自12个磷酸化蛋白,其中有7个磷酸化蛋白在假单胞菌中是首次发现.分析鉴定到的磷酸化蛋白,发现大多与DNA复制、物质转运、能量代谢等密切相关.这是首次对铜绿假单胞菌SJTD-1菌株进行磷酸化蛋白质组学分析,为SJTD-1在DNA复制、物质和能量代谢以及细胞膜转运等方面的研究奠定基础.     

铜绿假单胞菌PAO1亚精胺脱氢酶SpdH的表达、纯化和初步晶体学研究

铜绿假单胞菌是一种具有很强环境适应性的机会致病菌,感染后通常很难治愈从而造成很严重的后果.聚胺类化学物质在很多种生物体内广泛存在,并且在细胞内发挥多种重要的功能.铜绿假单胞菌 PAO1可以利用聚胺类物质作为菌体生长所需的唯一的碳源和氮源,亚精胺脱氢酶(SpdH)在铜绿假单胞菌亚精胺代谢过程中发挥重要的作用.本研究在大肠杆菌中成功表达了可溶性SpdH蛋白,并经过多种方法纯化后筛选获得了蛋白质晶体,通过X射线衍射实验收集到分辨率达到0.185 nm的衍射数据,并使用 HKL2000软件对衍射数据进行了处理,这些数据为SpdH结构的解析奠定了基础.     

铜绿假单胞菌毒力相关小RNA的筛选与鉴定

小RNA在细菌的基因调控过程中具有重要的作用,然而目前在铜绿假单胞菌中仅发现了几种有功能的小RNA.铜绿假单胞菌中存在着许多短片段RNA(100-250 bp),然而这些短片段RNA的功能尚不清楚.为了筛选与铜绿假单胞菌毒力相关的小RNA,结合生物信息学手段和实验检测技术对这些短片段RNA进行了靶点基因预测及相关表型研究.结果显示:利用小RNA靶点预测软件,筛选到23个毒力相关小RNA;通过构建小RNA过表达质粒,对这些小RNA进行了高表达及相关的表型检测,发现Pant116对铜绿假单胞菌的3型分泌系统具有负调控作用.     

寡聚核糖核苷酸降解酶影响铜绿假单胞菌的能量代谢

铜绿假单胞菌是一种自然界中广泛存在的革兰氏阴性条件致病菌.在该菌的RNA代谢过程中,存在一种以NanoRNA(2-5nt的寡聚核糖核苷酸)为底物的寡聚核糖核苷酸降解酶(Oligoribonuclease, Orn).在本研究中,发现铜绿假单胞菌orn突变菌株的生长速度变慢,因此使用ATP,NADH检测试剂盒,利用酶标检测法和流式细胞分析研究Orn对细菌生理状态的影响.研究结果表明,铜绿假单胞菌orn基因的缺陷可以导致细菌胞内NADH和细菌细胞膜电位差的降低.这进一步导致细菌胞内ATP合成的降低,从而影响细菌的能量代谢.     

铜绿假单胞菌铁与群体感应系统的调节

目的分析总结铜绿假单胞菌铁调节机理及其与群体感应系统之间的调节关系。方法汇总实验室有关铁调节和群体感应系统的研究结果,并结合相关文献资料进行分析总结。结果铜绿假单胞菌可以通过多种途径吸收利用不同来源或状态的铁源,在各种铁吸收途径中以铁载体介导途径尤为重要。Fur蛋白作为调节中心,与小RNA和ECF sigma因子共同对铁平衡进行精巧调节,而铁调节和群体感应系统相互影响,共同调节着相关基因的表达。结论铜绿假单胞菌中铁和群体感应系统协同作用,形成一个复杂的全局性网络,调节菌体毒性因子的表达等多种生理过程,影响着细菌感染的进程。     

铜绿假单孢菌yfa操纵子中α2-M基因与抵抗力的关系

目的研究铜绿假单孢菌yfa-α2M基因与其抵抗力的关系。方法通过基因敲除的方法,得到铜绿假单孢菌的突变株PAO1Δyfa-α2M。在不同的底物存在的条件下,比较突变株和野生型菌株的生长曲线。结果突变株PAO1Δyfa-α2M对Polymixin的抗性明显降低。结论基因yfa-α2M可能与铜绿假单胞菌的抗性有关。