旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原二级结构及T细胞和B细胞表位预测

应用SYFPEITHI和Propred程序和多种预测方案对旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原的T细胞表位、二级结构、疏水性、柔韧性、表面可能性、两性区以及B细胞表位进行预测.旋毛虫21 KDa排泄分泌抗原存在2个较强的T细胞表位区,分别为第9~23位和第135~150位氨基酸位点;潜在的B细胞表位存在于从第28个氨基酸残基开始的广大区域内.预测结果为旋毛虫病诊断和新型疫苗研制提供候选抗原.     

结核分枝杆菌FabG4的生物信息学分析及功能初探

目的预测结核分枝杆菌(H37Rv)的FabG4蛋白的结构、与其相互作用蛋白及T、B细胞抗原表位。方法从NCBI数据库获取FabG4基因序列和氨基酸序列,通过在线软件对FabG4的理化性质、二级和三级结构、T、B细胞抗原表位及其相互作用的蛋白进行预测分析。结果 H37Rv FabG4基因全长1365bp,编码454个氨基酸,预测到该蛋白性质稳定,无跨膜区,属于非分泌蛋白,二级结构显示α-螺旋(Th)、β-折叠(Ee)、β-转角(Tt)、无规则卷曲结构(Cc)分别为43. 61%,14. 98%,9. 03%,32. 38%;有多个T、B细胞抗原表位及多个与FabG4蛋白相互作用蛋白。mc2155 FabG4过表达株生长曲线显示,过表达菌株较野生型的生存能力明显增强,差异有统计学意义(P0. 01),形态粗、长。结论结核分枝杆菌FabG4蛋白稳定,所含保守结构域与其功能密切相关,筛选出6个B细胞优势表位,CTL和Th细胞优势表位各8个,为研究FabG4蛋白的结构、功能和开发靶向新药、抗结核疫苗提供理论依据。     

细粒棘球绦虫AgB1抗原表位的生物信息学预测

 以细粒棘球绦虫AgB1基因序列为基础,采用PredictProtein软件预测其编码蛋白的二级结构;应用在线预测软件Bcepred、Abcpred、IEDB及SYFPEITHI等对细粒棘球绦虫AgB1的B细胞表位和T细胞表位进行预测。结果提示,AgB1抗原蛋白存在可以构成抗原表位的区域,经软件分析,分值高的B细胞表位区域:2~9、15~20、22~35和41~52氨基酸序列;T细胞表位区域:3~12、26~33、34~44和52~61氨基酸序列。研究运用生物信息学确定AgB1抗原的4个B细胞优势表位和4个T细胞优势表位,对进一步研究AgB1的抗原性和研发更有价值的免疫诊断方法具有重要意义。     

猪圆环病毒2型Cap蛋白B细胞表位的预测及鉴定

利用生物信息学技术和原核表达系统,筛选猪圆环病毒2型(PCV2)核衣壳蛋白(Cap)的B细胞表位,为进一步揭示PCV2的免疫调控机制提供研究依据.运用生物信息学软件预测PCV2 Cap蛋白的亲水性、表面可及性、蛋白柔韧性、抗原性和B细胞线性表位;根据预测结果,初步确定Cap蛋白潜在的B细胞线性表位主要位于58~66、79~91、151~162、174~189、204~213和221~233位氨基酸.设计特异性引物,扩增Cap蛋白潜在表位区域基因,并克隆到p ET32a(+)原核表达载体上,转化至表达菌BL21(DE3)plys S中,在IPTG诱导下表达目的蛋白;利用PCV2阳性血清鉴定Cap蛋白的B细胞线性表位,筛选出3个能与血清结合的肽段,即Cap77-95、Cap174-189和Cap221-233;对获得的肽段进行在线同源比对,发现3个片段均为PCV2 Cap蛋白的特有序列,有可能成为PCV2的特异性表位.     

鲫葡萄糖调节蛋白78基因部分序列的克隆、鉴定及功能预测

【目的】分析和预测鲫(Carassius auratus)葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78,GRP78)的功能,为研究GRP78在鱼类受细胞外刺激过程中的作用机制奠定基础。【方法】通过分子克隆技术获得鲫GRP78基因的部分序列,并利用生物信息学方法分析了该基因片段编码的蛋白质序列的二级结构、亲水性、可塑性、表面可及性和抗原表位。【结果】获得了长度为617bp的鲫GRP78基因片段序列,共编码113个氨基酸。这些氨基酸所构成序列的相对分子质量约为1.3kDa,等电点为5.82,无信号肽;可塑性区域位于第7～10位、第18～21位、第28～42位、第51～62位、第68～78位和第94～109位氨基酸残基;表面可及性区域位于第29～30位、第38～43位、第50～65位、第68～79位、第82～86位、第97～99位、第102～104位和第106～111位氨基酸残基;有1个B细胞抗原表位区域,位于第28～45位氨基酸残基。【结论】所获的鲫GRP78序列中含有ATPase保守结构域区段,该区段定位于内质网,具有较强亲水性。     

弧菌外膜蛋白OmpK免疫交叉反应性的分析

本研究旨在研究弧菌外膜蛋白(outer membrane protein,OMP)OmpK免疫交叉反应的特征,探讨OmpK免疫交叉反应性的分子机制.利用克隆得到5株弧菌的ompK基因,通过比对10种(22株)弧菌的OmpK基因序列发现,ompK基因在弧菌中高度保守,其核苷酸序列的相似性达77%⁹3%.对副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)VPL4-90的ompK基因进行原核表达,利用纯化的OmpK重组蛋白,制备了兔抗OmpK血清.通过western blot分析发现,OmpK抗血清能够与16种不同的弧菌发生交叉识别反应,其中V.proteolyticus、V.furnissii、V.damsela和V.metschnikovii这4种弧菌OmpK的免疫交叉反应为首次报道,并且证实弧菌OmpK的免疫交叉反应具有种属特异性.通过抗原表位预测和比对发现,弧菌的OmpK具有8个保守的抗原表位,包括7个T细胞表位以及1个T细胞和B细胞的共同表位.流式细胞术分析显示,OmpK抗体能够识别这些相同或相似的抗原表位,提示这些抗原表位可能位于细菌表面.结果表明,这些保守的且位于细胞表面的OmpK抗原表位可能是弧菌OmpK具有免疫交叉反应性的分子基础.     

人肥大细胞类糜蛋白酶序列结构分析及B细胞表位预测

根据肥大细胞Chymase的氨基酸序列，借助ProScale服务器，采用Hopp＆Woods的亲水性方案、Janin可及性参数、Welling抗原性参数及吴氏综合预测方法对肥大细胞类糜蛋白酶的二级结构及B细胞表位进行预测．结果推测最有可能的B细胞表位位于类糜蛋白酶的N端第5～12区段、第94～101区段、第172～179区段和第199～206区段内或它们的附近．本研究结果有助于确定肥大细胞类糜蛋白酶的B细胞表位，可为深入研究类糜蛋白酶的结构与功能及新型抑制剂的设计提供线索．     

原癌基因PIM-2转录蛋白生物信息学分析

目的:研究原癌基因PIM-2的抗凋亡、致癌机理,用生物信息学的方法分析转录蛋白,为临床应用提供科学依据和理论基础.方法使用pbil,expasy,RasMol,DNAStar Lasergene等生物信息学在线服务器和相关软件,对PIM-2转录蛋白进行全面分析预测.结果:成功预测出PIM-2转录蛋白的空间结构,各种理化性质,该蛋白是一种不稳定的酸性蛋白,序列上分布着17段B细胞抗原表位,14段Th细胞抗原表位,3段CTL细胞表位,多段MCH I分子结合肽和MCH II分子结合肽.结论:PIM-2转录蛋白的结构、表位、特性、修饰具有重要意义,可为深入研究原癌基因Pim-2的作用机理提供科学依据和理论帮助.     

人凝血因子Ⅸ的线性B细胞表位预测及鉴定

为预测并鉴定人凝血因子IX(FIX)的线性B细胞表位.通过IEDB数据库及Discovery Studio软件预测FIX的B表位和白喉毒素T结构域(DTT)的B表位,用所预测的FIX的B表位替换某预测的DTT的B表位形成DTT-表位融合蛋白.通过基因工程技术制备各重组蛋白,并免疫小鼠,通过ELISA和Western-blot检测抗血清效价和特异性,通过等温量热滴定技术(ITC)测定抗体的亲和力.预测到4个FIX的B表位.用重组蛋白FIX-2-DTT免疫的小鼠产生了识别完整FIX的抗体,该抗体具有良好的特异性,其结合常数KD为106 M-1.表明FIX-2(306 NAAINKY312)是FIX的B表位,用重组蛋白FIX-2-DTT免疫小鼠能够产生特异性识别FIX且亲和力温和的抗体.     

山羊奇异变形杆菌毒力因子zapA基因的克隆及蛋白结构预测

为了研究山羊奇异变形杆菌毒力因子,克隆zapA基因和预测推导的蛋白结构.采用PCR方法,对山羊奇异变形杆菌zapA基因进行扩增、克隆及序列测定;利用生物信息学软件预测推导zapA蛋白的信号肽、跨膜区、二级结构及B细胞抗原表位.结果表明:zapA基因长为1 476bp,编码491个氨基酸,与参考株的核苷酸序列同源性为99.59%,氨基酸同源性为99.59%;zapA蛋白存在信号肽,无跨膜区,B细胞表位可能位于69-71,78-84,136-139,197-199,353-356,371-373和472-474氨基酸区域内或附近.该试验为奇异变形杆菌zapA蛋白的表达及基因工程疫苗的研制提供了理论基础.