绵羊MHC Ⅰ基因多态性位点分析显示基因座存在重叠（英文）

主要组织相容性I(MHC Ⅰ)类抗原分子重链基因是目前所有蛋白分子中多态性最高的分子。MHC Ⅰ分子重链有5个功能结构域,包括α1、α2、α3跨膜和胞浆区,其中α1和α2又是I类分子中多态性最高的区域。总的来讲,α1和α2结构域与等位基群或等位基因族系相关,而α3和跨膜及胞浆域与MHC Ⅰ类分子基因座相关。人们对MHC Ⅰ认识和知识主要来自人和鼠MHC Ⅰ研究,人和鼠MHC Ⅰ不存在基因座重叠现象,但最近研究发现灵长类MHC Ⅰ基因座存在重叠现象。生物学方法克服血清学方法不能定义或确定I类分子的基因座的缺点。本项目选择2只来自不同品系的绵羊,通过对它们的MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA的克隆、测序和分析,研究绵羊MHC Ⅰ类分子多态性,并探索该基因在绵羊中是否存在基因座重叠现象。对来自2只绵羊20个α1和α2区域cD NA序列分析,2只绵羊9个或11个α1和α2 cD NA分子表明它们至少有5或6个MHC Ⅰ类分子等位基因。比较目前所有绵羊MHC Ⅰ类分子α1和α2 cD NA序列,结合分析α3跨膜区和胞浆区cD NA序列,参照目前单位片分析确定的绵羊MHC Ⅰ类分子基因座分布,我们发现绵羊MHCI分子基因存在基因重叠现象。     

草鱼MHC classⅠ等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class Ⅰ等位基因的结构与多态性,进一步研究其与疾病的关系,从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class Ⅰ基因(Ctid-MHC Ⅰ);并通过对12个个体Ctid-MHC Ⅰ的克隆,分析了其等位基因的多态性与三级结构.结果显示Ctid-MHC Ⅰ等位基因在α1与α2区域变异幅度大,可分为6类(Ctid-MHC Ⅰ-UA～-UF),9型(A～I);但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守.结果阐明了草鱼MHC class Ⅰ分子在8个区域(A-H)置换率高,存在插入或缺失以及长度变异,使等位基因呈现高度多态性.动物MHC class Ⅰ分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代.     

哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体（MHCⅠ类和Ⅱ类）基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现，不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性，而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类，而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。     

鱼类MHC基因的研究进展

MHC是高度多态的基因群,广泛分布于各种脊椎动物体内,其除了具有免疫功能外,还在其它许多方面起作用.由于MHC基因的多态性,使其在脊椎动物的遗传、进化、行为、保护及生态等许多方面的研究倍受关注.综述了自鱼类MHC基因的研究起步以来,国内外有关该基因的研究报道,包括其结构、功能和遗传特性等,并对其在鱼类种群遗传学及遗传育种中的应用前景做了展望.     

鱼类MHC基因的研究进展

MHC是高度多态的基因群，广泛分布于各种脊椎动物体内，其除了具有免疫功能外，还在其它许多方面起作用．由于MHC基因的多态性，使其在脊椎动物的遗传、进化、行为、保护及生态等许多方面的研究倍受关注．综述了自鱼类MHC基因的研究起步以来，国内外有关该基因的研究报道，包括其结构、功能和遗传特性等，并对其在鱼类种群遗传学及遗传育种中的应用前景做了展望．     

卵形鲳鲹MHC Ⅱα及MHC Ⅱβ组织特异性表达分析

为了从蛋白水平和mRNA水平上比较和分析MHC Ⅱα和MHC Ⅱβ基因在卵形鲳鲹不同组织中的表达情况,本研究构建了重组载体p ET32a(+)/M-Ⅱα和p ET32a(+)/M-Ⅱβ来诱导其表达,并制备了多克隆抗体,而且通过qRT-PCR技术分析了MHC Ⅱ类基因在卵形鲳鲹正常组织中的表达.结果显示,本研究成功表达了卵形鲳鲹MHC Ⅱα和MHC Ⅱβ基因的融合蛋白,并制备出了效价高和特异性强的多克隆抗体;在利用Western Blot技术分析MHC Ⅱα或MHC Ⅱβ基因在卵形鲳鲹不同组织中对蛋白的表达情况时,均检测到一条大小约70k Da的疑似MHC Ⅱαβ二聚体的单一条带,且该MHC Ⅱαβ二聚体在脾脏、头肾、肠道、鳃中的表达量较高,而在胃、心、脑、肝中的表达量稍低.qRT-PCR的分析结果一致表明,MHC Ⅱ类基因广泛分布在不同组织中,尤其在与免疫相关的组织(脾脏、头肾、肠道、鳃)中,其具有较高表达量.     

草鱼MHC class I等位基因克隆及其多态性分析

为了阐明草鱼MHC class I等位基因的结构与多态性，进一步研究其与疾病的关系，从草鱼cDNA文库中克隆了MHC class I基因((Ctid—MHC I)；并通过对12个个体Ctid—MHC I的克隆，分析了其等位基因的多态性与三级结构．结果显示Ctid—MHCI等位基因在α1与α2区域变异幅度大，可分为6类((2tid—MHC I—UA～-UF)，9型(A～I)；但是其三级结构和抗原多肽结合的关键性氨基酸十分保守．结果 阐明了草鱼MHC class I分子在8个区域(A-H)置换率高，存在插入或缺失以及长度变异，使等位基因呈现高度多态性．动物MHC class I分子系统树也提示了我国大陆架上鱼类、两栖类、鸟类、哺乳动物和人的遗传距离与分枝年代．     

SLA-Ⅰ重链分子的表达及结构分析

为研究SLA-Ⅰ重链分子在pMAL-p2X载体表达条件,从培养基pH值、温度、菌体密度、IPTG浓度、时间5个条件设计了优化条件的实验.SDS-PAGE筛选出在pMAL-p2X系统上表达SLA-Ⅰ重链分子的最佳条件,并运用EXPASY服务器上的SOPMA法对SLA-Ⅰ重链分子和HLA-A2进行2级结构的预测,同时同源模建其3级结构.结果表明：pH8.0,37℃,0.2 mmol/LIPTG,培养5 h,D600 nm=0.8是SLA-Ⅰ重链分子蛋白表达的最佳条件.2级结构预测和分析发现,猪和人MHCⅠ类分子重链2级结构成分上非常相似,其同源率远远大于氨基酸的同源率;同源模建发现,猪和人、小鼠的MHCⅠ类分子3级结构非常相似.     

平衡选择和重组作用共同维持大熊猫I类MHC基因的遗传变异（英文）

Major histocompatibility complex(MHC)是脊椎动物免疫系统中负责抗原呈递的基因家族,其多态性维持机制一直是学术界的研究热点.多种进化动力参与维持MHC的适应性多态,导致物种间的MHC多态性维持机制各有千秋.本文通过检测大熊猫I类MHC的遗传变异,分析外显子和内含子区段的选择效应和重组事件,发现卧龙圈养大熊猫具有较高的环境生存能力,同时揭示平衡选择和重组作用共同驱动大熊猫I类MHC基因的变异能力.     

9个地方鸡种MHC B-G座位多态性及其分子系统进化分析

以我国9个地方鸡为研究对象,对其MHC B-G座位全基因序列进行测序,以揭示这9个地方鸡种MHC B-G基因的遗传多样性,并构建其系统进化树.结果表明,9个地方鸡种MHC B-G基因序列具有较高的遗传多样性,在9个地方鸡种中共存在666个突变位点,其中单一位点突变554个,简约信息112个,共缺失782 bp.核苷酸多样度(Pi)为0.030 79±0.004 39,平均核苷酸差异(K)为182.639.9个地方鸡品种为9个单倍型,单倍型多样度为1.00±0.052.9个鸡种MHC B-G基因Kiumura双参数遗传距离范围为0.010～0.070,鹿苑鸡与新狼山鸡的遗传距离最小,为0.010;茶花鸡与东乡绿壳蛋鸡遗传距离最大,为0.070.根据9个鸡品种MHC B-G基因全序列构建的NJ树和ME树,茶花鸡单独聚为1类,其他8个品种被聚为2大类.Tajima's D值为-1.554 6,且差异不显著(0.10>P>0.05),说明MHC B-G基因为负向选择,不遵循中性进化理论,MHC B-G基因多态性不是遗传漂变的结果,而是自然选择和人工选择的结果.     

中国恒河猴MHC Ⅰ型部分等位基因的分析

目的对中国恒河猴主要组织相容性复合体（MHC）I型部分基因进行携带情况调查与分析。方法采用序列特异性引物（PCR-SSP）分型方法对华南灵长类动物研究中心繁殖的30只谱系清晰的中国恒河猴（Macacamulatta）的32个MHC I型分子位点进行检测。结果采用的32对引物中,中国恒河猴可检出携带23个MHC I等位基因,但基因携带频率存在很大的差异,由3.57%至82.14%不等。结合遗传谱系分析,判断A1＊21和A2＊05之间以及B＊04和B＊30之间可能就是连锁的。结论中国恒河猴携带能控制病毒复制的MHC I型基因位点的频率较高,其基因携带频率与已发表的印度恒河猴携带频率存在明显差异。本研究为促进中国恒河猴在AIDS研究中的应用,以及为建立携带特定MHC I基因实验猴小种群提供了依据。     

黑线仓鼠MHCⅡ类DQA基因外显子2的克隆与序列分析

为了探明黑线仓鼠MHC的结构与功能并寻找分子标记,对MHCⅡ类DQA基因的外显子2进行克隆和序列分析．提取黑线仓鼠3个群体（吴村、沂南和临朐）的基因组DNA构建基因池,利用PCR技术扩增得到249bp的片段,将该目的片段连接到pMD18-T载体中,重组质粒转入大肠杆菌DH5α后利用蓝白斑法筛选阳性克隆,测序后得到该目的片段的核苷酸序列（Genbank登录号：FJ209306）并推导出氨基酸序列．结果表明：黑线仓鼠、人类、大鼠、小鼠、猪、马、牛、兔之间DQA基因外显子2的核苷酸序列同源性为68．7％-85％,氨基酸序列同源性为56．8％-83．5％,黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系更近．测序得到的OQA基因外显子2的序列在物种间具有丰富的多态性,可以作为物种遗传分析的分子标记．     

鱼类主要组织相容性复合体Ⅱ类基因结构与表达分析的研究概况

MHCⅡ类分子在鱼类外源性抗原递呈,激活机体免疫应答中具有重要作用,文章对近年来鱼类MHCⅡ类基因组成、结构以及组织表达方面的研究进展进行了简述。     

白鹭MHCⅡDABⅠ基因第二外显子的多态性与进化

克隆测序白鹭(Egretta garzetta)5个种群138份个体组织样本的主要组织相容性复合体Ⅱ类B基因(MHCⅡDABⅠ)第二外显子(exon2)序列,分析探讨exon2的多态性、进化选择、系统关系和种群遗传结构.主要结果如下:白鹭MHCⅡDABⅠexon2序列长度为270bp,共计定义了139个等位基因;序列分析显示exon2有101个核苷酸变异位点(37.4%)和31个氨基酸变异位点(34.4%);基于贝叶斯法构建的系统树显示白鹭MHCⅡDABⅠexon2有5个高支持率的谱系;肽结合位点(PBR)、非肽结合位点(non-PBR)的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS)比值计算显示,PBR的dN/dS为1.99(p0.05),而non-PBR的dN/dS则略小于1(p0.05),表明白鹭MHCⅡDABⅠexon2受到正选择作用;根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得到群体间分化指数(FST)为0.194 1(p0.000 1),提示白鹭MHCⅡDABⅠexon2存在显著的种群遗传结构分化.     

铁蛋白研究现状

铁蛋白是广泛存在于生物体的铁贮藏蛋白,具有调节铁代谢平衡、抗氧化胁迫、消除部分重金属和有毒分子的毒害等功能.随着其结构和功能研究的深入,铁蛋白逐渐成为相关领域研究的热点之一.铁蛋白在基因研究、与疾病的关系、生物反应器、分离与纯化、含量测定方法、铁释放动力学、纳米材料和抗体制备等方面都有了很大的进展.     

我国建立水稻功能基因组研究平台

“十五”国家重大科技专“项功能基因组和生物芯片”课“题水稻重要农艺性状相关功能基因研究”,在经过武汉、北京、上海三地科研人员四年共同努力后,全面实现了预期目标,建立和完善了水稻功能基因组研究的技术平台,克隆了一大批水稻重要农艺性状功能基因,使我国的水稻功能基因     

人类新基因电子克隆的自动化软件系统建立和实验验证与功能研究

中国博士后科学基金资助项目《人类新基因的电子克隆、实验确认与功能研究》获得的结果与结论如下 :电子克隆到１００个人类新基因 ,具有典型基因特点和一定功能结构域 ,其中２３个基因被ＧｅｎＢａｎｋ接受并被国际人类基因组组织（ＨＵＧＯ）基因命名委员会批准 ;首批选择１０个基因用ＲＴ -ＰＣＲ和ｃＤＮＡ测序验证 ,结果证明均是真实基因 ;这些基因的进一步确认和体内外功能鉴定正在实施中 ;采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线 ,用我们克隆的基因在非冗余数据库对比发现 ,网上发布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类…     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

植物基因分离的方法

总结了目前植物基因分离的方法．概括出四大类植物基因分离的方法，即序列克隆法，功能克隆法。作图克隆法。表型差异克隆法，并对其特点和适用范围进行了评述。     

中国恒河猴MHC I型部分等位基因的分析

摘要：目的对中国恒河猴主要组织相容性复合体(MHC)l型部分基因进行携带情况调查与分析。方法采用序 列特异性引物(PCR—SSP)分型方法对华南灵长类动物研究中心繁殖的30只谱系清晰的中国恒河猴(Macaca mulatta)的32个MHC I型分子位点进行检测。结果采用的32对引物中,中国恒河猴可检出携带23个MHC—I等 位基因,但基因携带频率存在很大的差异,由3．57％至82．14％不等。结合遗传谱系分析,判断A1·21和b．2睾05 之间以及B·04和B·30之间可能就是连锁的。结论中国恒河猴携带能控制病毒复制的MHC I型基因位点的 频率较高,其基因携带频率与已发表的印度恒河猴携带频率存在明显差异。本研究为促进中国恒河猴在AIDS研 究中的应用,以及为建立携带特定MHC I基因实验猴小种群提供了依据。