得克萨斯红末端修饰单链DNA探针微阵列ZrO2陶瓷小珠的发光特性研究

以N ( 4 马来酰亚胺氧化丁酰 ) 琥珀酰亚胺磺酸钠盐 (Sulfo GMBS)为偶链剂将 5 NH2 /3 Tex双末端修饰DNA探针偶链到 3 0 0 μmZrO2 陶瓷小珠表面上 ,制成了发红光的陶瓷小珠 .理论研究表明 ,小珠表面上 2 0 mer单链DNA探针之间的分子间距和微阵列密度是偶链反应溶液中DNA探针浓度、小珠数目和小珠大小的函数 .在优化条件下 ,2 0 mer单链DNA探针在小珠表面微阵列的最小分子间距约为 8 0nm ,因而在一个 3 0 0 μmZrO2 陶瓷小珠表面有10 10 数量级的 2 0 mer单链DNA探针进行微阵列 .     

得克萨斯红末端修饰单链DNA探针微阵列ZrO2陶瓷小珠的发光特性研究

以N－（4－马来酰亚胺氧化丁酰）－琥珀酰亚胺磺酸钠盐（Sulfo-GMBS)为偶链剂将5′-NH2/3′-Tex双末端修饰DNA探针偶链到300μmZrO2陶瓷小珠表面上,制成了发红光的陶瓷小珠。理论研究表明,小珠表面上20－mer单链DNA探针之间的分子间距和微阵列密度是偶链反应溶液中DNA探针浓度、小珠数目和大珠大小的函数。在优化条件下,20－mer单链DNA探针在小珠表面微阵列的最小分子间距约为8．0nm,因而在一个300μmZrO2陶瓷小珠表面有10^10数量级的20－mer单链DNA探针进行微阵列。     

基于聚吡咯的基因电子学:电化学DNA生物传感器

导电聚吡咯因其特殊结构和优异物化性能,成为构建电化学DNA生物传感器的一种新的介导材料,同时为未来基因电子学的发展提供了新的思路.综述了近年来聚吡咯在电化学DNA生物传感器中的实际应用,讨论了聚吡略电化学DNA生物传感器构建中的电极选择、电极修饰及DNA探针固定化策略;结合微阵列、微流控技术及纳米材料,对聚吡咯电化学DNA生物传感器的研究动向和应用做了探讨性展望.     

基于粗糙集的支持向量机微阵列数据分类方法

DNA 微阵列技术,使人们可以同时观测成千上万个基因的表达水平,对其数据的分析已成为生物信息学研究的焦点.针对微阵列基因表达数据维数高、样本小、非线性的特点,设计了一种基于粗糙集的支持向量机基因表达数据分类方法,该方法采用粗糙集进行基因特征约简,运用支持向量机进行数据分类,实验表明其分类效果良好.     

基于双重扰动与改进教与学优化算法的DNA微阵列集成分类

针对DNA微阵列的高维、小样本及高冗余等特点,提出了一种新的集成分类方法.基于bootstrap技术的样本扰动和kruskalwallis与邻域互信息的特征扰动训练多个具有较大差异性和较高准确性的基分类器;针对教与学优化算法易陷入局部最优、优化精度不高和收敛速度较慢等不足,从"教"与"自学"过程入手,设计了一种改进的教与学优化算法实现基分类器的选择性集成,并用于DNA微阵列分类.仿真实验结果表明:该方法在分类精度、集成规模、稳定性等方面具有较强的优势.     

基于演化超网络的DNA微阵列数据分类方法

为能够更好地从高特征维度的DNA微阵列数据中挖掘癌症相关基因,实现对恶性肿瘤的分子分型,提出了一种基于演化超网络模型的DNA微阵列数据分类方法?演化超网络是受生物网络启发而建立的一种认知学习模型,其学习过程非常适用于发掘基因间的相互作用?该方法采用信噪比进行基因选择,选择后的基因经归一化后用于演化超网络的学习和分类?通过急性白血病和结肠癌2种数据集进行实验,结果表明,演化超网络在分类精度方面与当前其他方法有较高的可比性?     

基于支持向量机的肿瘤基因数据挖掘

针对两种类别的肿瘤分类问题,首先运用信噪比方法筛选出表达水平发生显著性变化的特征基因,然后采用支持向量机作为分类器进行肿瘤分类,通过对两种类别的白血病DNA微阵列数据进行计算,达到了97.1%的分类准确度.     

DNA粘接计算模型及其应用

DNA计算是应用分子生物技术进行计算的新方法。应用形式语言及自动机理论技术研究DNA计算理论,有利于推动理论计算科学的发展。本文根据DNA分子的结构及特点给出了DNA分子的形式化描述,介绍了DNA粘接计算模型的文法结构和计算能力,并应用DNA计算方法求解3-SAT问题。     

DNA传感器技术概况

DNA传感器是基于DNA分子相互作用原理设计而成的一种新型的检测技术，具有快速，简单等优点，在基因分析及其他应用领域已显示出越来越重要的价值。本文就DNA传感器近年来出现的新概念、原理、方法和应用特点进行了概述。     

DNA鉴定技术及其在刑事侦查中的应用

该文在总结阐释常用DNA鉴定技术方法及其应用的基础上,重点探讨DNA鉴定技术在刑事侦查中的应用;以期对促进刑事案件侦查司法审判水平的提高有所帮助。     

红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。     

以病毒的230 kb DNA分子为模板的DNA序列测定

目的：为确认Tn3-gpt已插入小鼠巨细胞病毒(mouse cytomegalovirus，MCMV)基因组的特定位置，改进大分子病毒DNA的测序方法，建立以230kb DNA为模板直接进行DNA序列测定的方法。方法：待测MCMV的Tr3-gpt插入突变株感染NIH3T3细胞后，从培养液中制备病毒颗粒并从中纯化得到基因组DNA，以此DNA为模板，合成的寡核苷酸为引物，用热循环方法按Promega公司的DNA Cycle Sequencing System试剂盒的方法进行测序。结果：获得纯度较高可直接作为模板进行测序的：DNA，测序所得放射自显影图片条带清晰明亮，间隔正常，分辨率较高，可顺利读出插入位点的MCMV的DNA序列，证实Tn3-gpt插入在特定的位置。结论：长达230kb的大分子病毒DNA可直接作为模板，用热循环测序方法进行测序，无需切割成小片段后才进行测序。     

天麻DNA分子的克隆与鉴定及其生物信息学分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术测定天麻DNA指纹图谱,从中选择需要的特异DNA片段．经过DNA回收、克隆与鉴定,获得目的DNA阳性克隆．通过DNA测序和生物信息学分析确定目的DNA的新颖性及其所含的生物信息．应用PCR技术研究了该DNA序列在天麻种群中的分布．结果表明,该DNA序列是新发现的,而且含有丰富的生物学信息,值得进一步研究．本研究成果为天麻基因组DNA的开发与利用提供了科学依据,可应用于天麻种群的遗传分类,对其他经济植物包括药用植物的相关研究具有借鉴意义．     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

茄子雄性不育株和可育株的胞质DNA和核DNA差异分析

以茄子(Solanum melongenaL)雄性不育株“正兴1号”(S)和可育株(F)的总DNA为模板,对60个随机引物进行了筛选,找到5个其RAPD(Random amplified polymorphic DNA,RAPD)扩增产物在茄子雄性不育系和对照材料间存在稳定差异的引物．将该5个引物同时扩增总DNA、核DNA和线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)．以总DNA为模板时得到多态性片段9个,以核DNA为模板时得到5个,以mtDNA为模板时得到9个．以总DNA为模板时得到的9个扩增片段中,有5个在总DNA和mtDNA中同时出现,而在核中没有出现,即认为来自mtDNA,这5个片段中,有4个来自可育株,1个来自不育株,说明不育株和可育株在mtDNA上存在差异;有4个片段同时出现在以总DNA和核DNA为模板的扩增中,但在以mtDNA为模板的扩增中却没有出现,认为是来自核DNA,这4个片段中,有3个来自不育株,一个来自可育株,说明可育株和不育株在核DNA上也存在差异．结果初步表明：新发现的茄子雄性不育可能是核质相互作用所引起．     

蚂蚁DNA提取方法的研究

针对不同体型的蚂蚁,提出了一套实用的总DNA提取方法.该方法依照虫体大小,分别采用冰冻固定后捣碎和剪刀剪碎两种方法破碎虫体,使材料利用充分,提高了提取效率.探讨了组织匀浆、DNA沉淀及溶解等实验中常见问题.结果表明,采用盐析法提取DNA,较传统的酚-氯仿抽提法简单、高效.     

人血清中真核复制起始区DNA（Ors12DNA）结合蛋白的鉴定和纯化

利用含有真核细胞复制起始区（ＯｒｉｇｉｎｏｆＤＮＡＲｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）的Ｏｒｓ１２ＤＮＡ作为探针，检测了人血清中与Ｏｒｓ１２ＤＮＡ特异结合的蛋白质。凝胶电泳迁移率改变实验表明人血清中存在特异Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白。实验还对影响Ｏｒｓ１２ＤＮＡ与蛋白质最适宜结合的各种因素进行了研究。苯酚处理反应体系及限制性内切酶的酶切位点保护实验都证实了Ｏｒｓ１２ＤＮＡ－蛋白质复合物的存在。利用硫酸铵盐析及ＤＮＡ亲和层析，对血清中的Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白进行了部分纯化，ＳＤＳ－聚丙烯酰胺凝胶电泳结果显示，Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白为一组非均一的蛋白质，亚基分子量分别为６４ｋＤ、４４ｋＤ和２４ｋＤ。     

几种酰代吡唑啉酮金属配合物的合成、抑菌活性及与DNA的相互作用

以4-呋喃甲酰基PMP和4-吡啶甲酰基PMP希夫碱衍生物为母体,分别合成了七种含铜、镧和钆的金属配合物,通过红外、紫外吸收光谱、元素分析等对配体及配合物的结构进行了表征.分别研究了它们对六种指示菌的抑制作用并通过紫外吸收光谱对配合物与DNA的相互作用进行了研究.结果发现上述配合物对DNA的双螺旋结构产生了影响,并且对受试菌均有一定的抑制作用.     

模板甲基化水平对鼠肝RNA聚合酶体外转录活性的影响

利用３Ｈ－ＵＴＰ同位素参入法，研究了大鼠肝细胞ＲＮＡ聚合酶在核内外的转录活性，结果表明：在细胞核内的转录活性明显低于在无核抽提物中的转录活性。利用自身的ＤＮＡ模板，优于利用外加的ＤＮＡ模板。并比较了不同ＤＮＡ甲基化水平的模板对ＲＮＡ聚合酶体外转录活性的影响，发现模板的甲基化水平与其体外转录水平呈反相关。     

从土壤中快速提取纯化DNA方法的建立

比较了从土壤中提取及纯化DNA的不同方法,确立了TENS-乙酸铵提取方法和PVPP柱层析的纯化方法.结果显示:TENS-乙酸铵提取方法对不同土壤均有较好的提取效果,DNA片段长度在23.1 kb以上,且无明显降解;PVPP柱层析的纯化方法比胶回收纯化方法的DNA回收效率高、质量好,可用于PCR扩增.