基于近邻传播的时间序列基因表达谱聚类算法

聚类是识别基因表达数据蕴含的关键基因调控模块的一种有效方法,基因表达谱的相似性度量是聚类的关键问题.然而,一般的相似性度量方法不能刻画时间序列基因表达谱数据所蕴含的时间延迟、反向相关和局部相关等复杂的基因调控关系.针对时间序列基因表达谱数据,提出一种基于近邻传播和动态规划的相似性度量方法和聚类算法.在大鼠再生肝细胞基因表达谱数据集上的聚类结果与基因功能富集分析结果高度一致,证明算法在时间序列基因表达谱数据聚类上的有效性.     

基于小波的肿瘤基因表达数据聚类分析模型

运用小波的降噪性建立一种基于肿瘤基因表达谱的聚类分析模型,采用小波变换、信息抽取、双向聚类的方法对基因表达谱进行有效的分析.通过这种模型,可以降低基因表达谱的噪音以及样本错聚率.最后,将该方法应用于结肠癌基因表达谱的分析.     

一种改进的谱聚类算法及其在基因表达谱分析中的应用

聚类分析是从基因表达谱数据中提取生物医学信息的主要方法之一.针对传统谱聚类算法无法确定聚类个数的问题,提出一种改进的谱聚类算法并将其应用于基因表达谱聚类分析.首先用基因表达谱数据构造Laplacian矩阵,经特征值分解后得到相应的特征值和特征向量,用谱隙来描述相邻特征值的差值;然后通过寻找谱隙序列的最大值来确定聚类个数;最后从单位化的特征向量着手实现数据类别的划分.通过模拟数据与癌症数据的实验,证明了该文算法的有效性.     

Isomap在基因表达谱数据聚类分析中的应用

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义 ,并能对数据的类别数作出较好的预测和评估     

基于Hadoop云平台的并行谱聚类算法的设计与实现

谱聚类(Spectral Clustering)是建立在谱图理论基础上的一种聚类算法.与传统的聚类算法相比,谱聚类能够在任意形状的样本空间上进行聚类且收敛于全局最优解.然而,实际问题中大规模数据集普遍存在,在使用谱聚类对大规模数据集进行聚类时,收敛速度变得十分缓慢,甚至无法在有效的时间内得到聚类结果.并行算法是针对大规模数据集进行处理的一种有效方法.基于Hadoop云计算平台实现大规模数据集的存储和处理是目前实现并行计算的一种高效解决方案.     

基因表达模式分析及软件系统

研究和实现了4种基因表达模式的聚类方法，开发了基因表达模式分析软件系统．该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法，其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析．该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能．对于同一组基因表达数据，可通过不同的聚类算法的组合，提供更多的基因分类信息，为生物体复杂的基因表达模式研究提供了一个重要的综合分析平台．     

基于PCA的模糊C均值聚类算法识别AD候选致病基因

研究表明阿尔茨海默病(AD)的致病机理可能与基因有关.利用计算方法对AD基因表达数据进行挖掘,以获得AD候选致病基因,寻找治愈AD方法.结合生物信息理论应用基于主成分分析(PCA)方法的模糊C均值算法处理基因表达数据:观察到AD基因表达数据具有线性相关性后,先用PCA对数据降维,再利用一维分类方法对降维后的数据聚类,然后将结果提供给模糊C均值算法作为其初始聚类数目和聚类中心.通过算法,最终识别出9个AD候选致病基因.     

基于贝叶斯分类器的结肠癌数据分类

基于基因表达谱的肿瘤诊断方法有望成为临床医学上一种快速而有效的诊断方法,但由于基因表达谱数据存在高维数、小样本以及噪音大等特点,使得对其分类存在很大困难,所以很有必要寻找更为可行有效的分类方法.用贝叶斯分类器建立预测分类模型作为基因表达谱数据分类的一种新思路,以结肠癌的基因表达谱作为实验数据,利用MATLAB的贝叶斯网...     

基因聚类结果的内部确认技术研究

聚类分析是后基因组时代基因表达数据处理的主要技术之一.聚类确认是聚类分析过程中的必要环节,其目的是对聚类结果的质量和聚类算法的性能进行评估,有助于聚类结果的注释.选择有效的确认函数是正确评价聚类结果的前提.文中采用分层聚类、K-均值聚类和SOMs算法对标准基因表达数据集进行聚类分析,研究了Silhouette指数、Dunn's指数、Davies-Bouldin指数及FOM(Figure of merit)测量等内部确认函数在基因聚类分析中评价聚类结果质量的有效性.结果表明:Silhouette指数和FOM测量能较好地反映聚类算法的性能和聚类结果的质量,Dunn's指数因其对噪声的高度敏感性不能直接用于基因聚类结果的确认,Davies-Bouldin指数确认算法的能力好于Dunn's指数,但偏爱单连接聚类.上述研究结论将为基因聚类分析中聚类算法的评估与聚类结果的确认提供有价值的参考依据.     

采用基因表达式编程的自适应层次聚类方法

针对层次聚类算法高维度数据计算复杂度较高、抗干扰性较差、误差较大等不足,在结合基因表达式编程(GEP)非线性演化优越性能的基础上,提出一种基于GEP计算模型的层次聚类算法(GEPHCA),寻找经过基因遗传进化适应度最高的聚类中心.通过试验对比验证可知:基于基因表达式编程的自适应层次聚类方法在实际应用中是有效的,不仅能够实现自动聚类,而且和一般的聚类方法进行比较,具有自适应迭代、速度较快、稳定高效等优点.