肥胖人群肠道菌群多样性研究

为了探讨肥胖人群肠道菌群多样性变化特征,招募34位志愿者,依照体重指数(中国标准)将志愿者分为四组,肥胖组、超重组、正常组、偏瘦组。获取志愿者新鲜粪便,提取肠道菌群总DNA。采用Illumina Miseq高通量测序平台,对粪便样本中所有细菌的16S rRNA V4-V5区进行DNA测序,对测序结果进行数据分析。结果发现,超重组的Chao指数显著低于正常组,Shannon指数显著低于偏瘦组,显示超重组的肠道菌群丰富度与多样性最低,正常组的肠道菌群丰富度最高,偏瘦组的肠道菌群多样性最佳;根据主成分分析与柱坐标分析发现,肥胖组的肠道菌群组成与其他三组差异较大,并且肥胖组内各样本距离较远,显示其组成也具有较大差异,提示肥胖人群的肠道微生物菌群构成不止一种模式。     

中华蜜蜂肠道细菌群落的PCR-DGGE分析

肠道微生物与中华蜜蜂的生长发育密切相关,在为宿主提供营养、抵抗病原菌侵袭等方面起重要作用.为了探究中华蜜蜂在封盖一日龄蛹、破巢幼蜂和采集蜂三个重要发育阶段肠道细菌群落的结构组成及差异变化,我们对细菌16S r DNA的V6-V8可变区进行PCR-DGGE和克隆测序,并计算封盖一日龄蛹、破巣蜂和采集蜂阶段中华蜜蜂肠道菌群的多样性指数和相似性系数,结果表明:采集蜂肠道内细菌多样性指数最大,而封盖一日龄蛹和破巣幼蜂之间的肠道菌群相似性较高;测序结果初步得到了Gilliamella、Snodgrassella、Carnobacterium、Neisseriaceae、Frischella、Janthinobacterium、Pseudomonas、Lactobacillus、Lactococcus和Leuconostoc十种菌属,其中封盖一日龄蛹和破巢幼蜂的优势菌属为Snodgrassella和Pseudomonas;采集蜂的优势菌属为Gilliamella和Snodgrassella.本研究旨在为提高中华蜜蜂的环境适应性和病虫害的防治提供依据.     

应用16S rRNA基因测序比较分析不同品系1型糖尿病小鼠肠道菌群的异同

目的 比较C57BL/6 (B6)和FVB两个品系小鼠建立的1型糖尿病(T1DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T1DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法 采用8周龄SPF级雄性B6和FVB小鼠各20只,两组小鼠每天腹腔注射40 mg/kg的链脲佐菌素(STZ)连续5 d,小鼠空腹血糖连续2周≥11.1 mmol/L为T1DM建模成功,建模6周后每组分别收集10份洁净粪便,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌科及肠道菌群相关的功能通路。结果 B6与FVB组T1DM小鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异(P>0.05),两组小鼠的菌群Beta多样性存在统计学上的差异(P<0.05)。B6组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Muribaculaceae、Lactobacillaceae、Lachnospiraceae、Prevotellaceae、Desulfovibrionaceae、Akkermansiaceae;FVB组T1DM小鼠肠道的优势菌科为Lactobacilla...     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

莼菜不同组织内生细菌多样性的比较分析

为研究莼菜内生细菌的多样性,挖掘莼菜的内生细菌资源,采用Illumina MiSeq高通量二代测序技术对莼菜不同组织及水样进行了Alpha、Beta多样性分析,分析细菌群落的结构组成以及对比KEGG数据库进行内生细菌菌群基因功能预测.莼菜样品和水样中获得16S rRNA基因V3-V4区高质量序列1124709条,139...     

支气管哮喘患者肠道菌群多样性变化

 为了阐释支气管哮喘患者肠道菌群多样性及结构组成特征,探究肠道菌群与哮喘病的相互关系,以52例哮喘急性发作期患者及25例对照开展病例-对照研究.采集粪便样品,运用PCR-DGGE指纹图谱技术分析粪便菌总DNA,得到反映肠道微生物菌群结构特征的DNA指纹图谱.结果表明,哮喘个体样本的肠道菌DNA条带数量7—31条不等,平均只有17条;对照组样本个体的DNA条带数量14—36条不等,平均24条.哮喘患者肠道菌群的Shannon-Wiener多样性指数显著低于对照组(P＜0.0001).多变量统计分析表明,哮喘组肠道菌群结构组成显著区别于对照组,两组样本分类明显.两组内不同民族、性别间的差异无统计学意义.研究表明,哮喘患者的肠道菌群在分子水平上发生明显改变,多样性显著降低,肠道菌群结构改变与哮喘病有关;PCR-DGGE技术结合PCA、PLS-DA多变量统计分析手段具有预测性、先行性的优势,适用于菌群结构未知样品的研究.     

基于高通量测序的不同养殖系统下凡纳滨对虾肠道和水体中微生物的多样性

【目的】研究不同养殖系统对凡纳滨对虾肠道及水体微生物多样性的影响。【方法】以循环养殖系统和非养殖系统下凡纳滨对虾养殖水体及其肠道为研究对象,在养殖30d后采集样品,采用Illumina MiSeq高通量测序样品细菌16SrRNA基因V3+V4区,通过RDP11.3、Greengenes13.8、NCBI 16S Microbial和Customized batabase等数据库进行分析,阐述循环养殖系统的意义和微生物在其中的作用。【结果】养殖期间,不同养殖系统凡纳滨对虾均正常存活。将原始序列优化后对Clean序列进行分析,非循环系统下水体优质序列百分比约81%,肠道中约89%;循环系统下水体优质序列百分比为92%,肠道中为94%。两种养殖系统下水体和肠道细菌在纲水平占绝对优势的是变形菌纲,但各菌群丰度不同;不同的Alpha指数显示出物种间的差异性;通过系统发育树可以看出,不同养殖系统改变了凡纳滨对虾生境中的物种及发育关系,间接阐述微生物在养殖生境中的作用和意义。【结论】通过高通量测序揭示不同养殖系统中微生物菌群的差异以及多样性,对于凡纳滨对虾实际养殖具有指导作用,对阐述养殖过程中微生物和相关疾病的关系具有重要意义。     

青翘水提物对人肠道菌群的影响

通过在体外研究青翘水提取物对人肠道菌群结构和短链脂肪酸产生的影响,初步探讨其药理作用机制.采用16S rRNA基因高通量测序分析了不同剂量的青翘水提物对人肠道菌群结构和组成的影响,并利用气相色谱-质谱法测定了短链脂肪酸的含量.结果 发现青翘水提物能够明显降低肠道菌群的多样性,且多样性随着剂量的增加而逐渐降低.同时,青翘...     

不同浓度茶多酚服用对小鼠肠道菌群的影响研究

目的 研究不同浓度的茶多酚对小鼠肠道菌群的影响。方法 选取24只C57BL/6小鼠,随机分为4组,对照组(CK,不添加茶多酚)、低剂量茶多酚组(LTP,饮水中添加0.4 g/L GTP)、中剂量茶多酚组(MTP,饮水中添加0.8 g/L GTP)、高剂量茶多酚组(TP,饮水中添加1.6 g/L GTP),4组均给予常规饲料,茶多酚饮水每天更换一次,连续14 d。经MiSeq 测序和生物信息学分析小鼠肠道微生物多样性。结果 高浓度茶多酚摄入可增加肠道菌群的多样性,中剂量组和高剂量组中乳酸杆菌的含量明显高于低剂量和对照组(p值=0.038),茶多酚对乳杆菌的增殖效果最为明显并且呈剂量依赖性。结论 茶多酚具有可以增加肠道微生物的多样性,增加益生菌的比例及改变菌群组成的功能。     

正常顺产婴儿出生6月内肠道菌群的发育特征

目的:探讨正常妊娠顺产婴儿胎粪菌群特点及出生6个月内婴儿肠道菌群发育的生理特点.方法:收集符合纳入标准的婴儿出生后第1次胎粪,第3天、14天及6个月的粪便标本12例,基于16SrRNA测序技术分析肠道菌群的多样性、物种差异.结果:(1)正常新生儿出生后第1次胎粪含丰富菌群,出生后第3天肠道菌群的α多样性在4个时期中最低...     

3种转化人参皂苷CK菌群的结构与多样性

目的 探讨人参栽培地3种土壤中获得的高效转化人参皂苷CK菌群的群落结构与多样性.方法 采用高通量测序技术分析高效转化人参皂苷CK的微生物群落组成.结果 3种能够高效转化人参皂苷CK的菌群中以子囊菌门(Ascomycota)为主,其相对丰度为14.7％～38.1％.同时在3种菌群中还含有少量的接合菌门(Zygomycot...     

乳汁菌群对6月龄婴儿肠道菌群的影响初探

目的:基于16S rRNA测序技术初步探讨有菌乳汁对产后6月龄婴儿肠道菌群的影响。方法:本研究共纳入12例产妇及其婴儿,收集产妇产后6月乳汁及其6月龄婴儿粪便标本,根据产后6月乳汁有无菌群,将乳汁分为乳汁无菌组和乳汁有菌组,比较无菌乳汁和有菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群多样性与物种差异。结果:收集的12例产后6月乳汁样本中,7例乳汁样本中检测出菌群,乳汁样本中菌群检出率58.33%。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道菌群与无菌乳汁喂养6月龄婴儿肠道菌群α多样性和β多样性无显著性差异。有菌乳汁喂养的6月龄婴儿肠道中无害芽孢梭菌、未分类丹毒丝菌科、丹毒丝菌纲、丹毒丝菌目、丹毒丝菌科的相对丰度显著高于无菌乳汁喂养6月龄婴儿(P<0.05),无菌乳汁喂养婴儿肠道中乳酸菌科、乳酸菌属的相对丰度显著高于有菌乳汁喂养的婴儿(P<0.05)。结论:产后6月乳汁中可无菌群的存在,乳汁菌群的有无虽不能改变6月龄婴儿肠道菌群的多样性,但可改变6月龄婴儿肠道菌群的菌群结构。     

济南市护城河代表性区段底泥中细菌菌群分析

对济南市护城河(解放阁)水质及底泥沉积物中细菌菌群进行检测分析。水质理化指标的检测按照国家标准进行;用平板计数法检测河底淤泥中的细菌数量;用MPN法检测肠道菌群及硝化细菌、亚硝化细菌和反硝化细菌的数量;用16S r DNA部分测序技术对可培养细菌进行分类分析;用高通量测序技术(V4区)对细菌菌群的多样性进行分析。水质理化指标的检测结果表明:护城河水质整体良好。基于微生物培养技术的细菌菌群分析结果表明:底泥中存在较低数量的大肠菌群,硝化细菌和亚硝化细菌数量接近,反硝化细菌数量较高。可培养细菌中还存在多种水生细菌和其它土壤细菌,其中芽孢菌是最常见的分离菌。高通量分析结果表明:护城河底泥中的细菌具很高的多样性,如在属的分类水平上有548个单元,在科的分类水平上有392个单元。研究结果表明:高通量测序技术能提供在不同分类水平上菌群多样性的全貌,信息丰富,但难以提供细菌类群的详细信息,如不能得到种的信息,也不能得到大部分属的信息(因为大部分属至今还没有被正式命名)。而传统的培养方法可以简便地分析特定菌群的数量,还能给出像大肠菌群数量、硝化细菌数量、病原菌的种类及数量等重要信息。因此,高通量测序技术和传统细菌培养方法相结合可弥补各自的局限性,为环境样本中微生物多样性分析提供更加全面和详尽的信息。     

雉科鸟类肠道微生物的多样性与功能及其对食性的适应

肠道菌群对动物的生命活动有着极其重要的影响.本研究利用高通量测序手段,对雉科(Phasianidae)鸟类粪便进行16S r RNA基因测序,并结合其自身的杂食性饮食结构,探究了雉科鸟类肠道菌群的情况,共得到189 860条有效序列并定义4 305个OTU(Operational Taxonomic Unit).结果发现雉科鸟类肠道菌群中变形菌门的相对丰度高于许多已知的其他鸟类.尽管食性相同,但雉科鸟类肠道菌群依然存在部分分化的现象,说明宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到了重要的作用.不仅如此,更深入的宏基因组研究显示,雉科肠道菌群功能中,分解雉科摄入的有害物质的通路被富集,以此来确保雉科鸟类的正常生命活动.     

彭泽鲫养殖池塘不同生境微生物基因组DNA的提取

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、彭泽鲫肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响.结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16SrDNA V3区特异性片段扩增,但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响;人工养殖的彭泽鲫肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富.     

双歧杆菌对慢性腹泻猕猴肠道微生物组的影响

本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成，发现添加组双歧杆菌的相对丰度显著高于未添加组(P<0.05).向慢性腹泻猕猴投喂该饲料，一个月后收集粪便进行宏基因组测序，并与前期研究获得的未添加组慢性腹泻猕猴和健康猕猴的肠道宏基因组数据对比分析，发现添加组的肠道菌群中乳杆菌(Lactobacillus spp)相对丰度较未添加组显著上调(P<0.05)，与健康组无显著差异(P>0.05).最后对饲喂双歧杆菌后好转及持续腹泻猕猴的粪便进行乳杆菌平板计数实验.发现经饲喂，猕猴肠道中乳杆菌数量增加，验证了宏基因组测序分析的结果.     

苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

[目的]研究苦荞饮食对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响。[方法]将10只自发性高血压大鼠(Spontaneously Hypertensive Rats,SHR)随机分成常规饮食对照组和苦荞饮食组,对照SHR(SHR-C)正常饮食,苦荞饮食组SHR(SHR-TBW)全荞麦饮食,第3、6和12周无菌收集SHR粪便样本,16S rDNA V3-V4区扩增,Hiseq高通量测序后进行比对和分类。[结果]SHR-C和SHR-TBW大鼠肠道菌群结构及组成多样性有显著性的差异。随时间厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteriodetes,F/B)值从0.22增加到1.89;未知不可分类的菌群从16.52%增加到50.65%;Allobaculum、丁酸弧菌属、毛螺菌属和变形菌菌属是SHR-TBW饮食的优势菌群。[结论]苦荞饮食能重构高血压肠道菌群,饮食干预可有效改善血压。     

不同海拔区域内牦牛肠道菌群结构组成多样性研究

探索不同海拔牦牛肠道菌群结构组成,为不同海拔区域间牦牛的饲养交流提供帮助. 本研究随机采集海拔2 897~4 717 m的12头牦牛的新鲜粪便样本,用16s rDNA技术对样本宏基因组测定,比较分析高低海拔牦牛肠道菌群的OTU丰度差异,研究高低海拔区域的牦牛肠道微生物菌群结构组成. 结果显示,高海拔与低海拔地区牦牛肠道菌群在门、纲、目、科、属、种层面菌群结构组成不同. 高低海拔区域的牦牛肠道菌群有8个菌在属水平差异显著（P＜005）. 结果表明,高海拔与低海拔牦牛肠道菌群结构组成存在一定差异,低海拔地区牦牛肠道菌群OTU丰度比高海拔的更为丰富.     

水体铜对鲤肠道菌群结构及免疫力的影响

为了解水体重金属铜对鲤肠道菌群多样性、结构及免疫力的影响,以不同质量浓度的水体铜胁迫鲤56d,对鲤肠道菌群α多样性、β多样性、基于属水平的群落组成结构及肠道免疫调控因子和紧密连接蛋白的基因表达进行了分析.结果显示,0.14mg·L-1、0.28mg·L-1处理组与对照组相比,α多样性指数有显著性下降(P0.01),主成分分析(PCA)显示两处理组与对照组群落组成区分明显,优势菌群发生明显变化;同时,两处理组肠道免疫调控因子Il-1β,IL-8,TNF-α及信号分子NF-κB基因表达有显著增加(P0.01),肠道紧密连接蛋白Claudin-3,Claudin-c及免疫调控因子IL-10、信号分子TOR基因表达有显著下降(P0.01).结果表明:中、高质量浓度水体铜胁迫显著降低了鲤肠道菌群的多样性,改变了结构组成,对鲤肠道上皮免疫屏障造成了损伤.     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。