马铃薯卷叶病毒中国分离株外壳蛋白基因及其上游先导序列的cDNA克隆和序列分析

按照马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）核苷酸序列，针对ＣＰ基因及其上游基因间隔区全长约０．８ｋｂ的区段设计合成两个特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板，反转录合成ＣＤＮＡ第一条链，再经ＰＣＲ扩增合成ｃＤＮＡ，将ＣＤＮＡ克隆于ｐＵＣ１９质粒．限制性酶切分析和核苷酸序列测定表明克隆的ＰＬＲＶ－Ｃｈ外壳蛋白（ＣＰ）基因及其上游基因间隔区的全长ＣＤＮＡ共８２４个核苷酸，与国外报道的４个ＰＬＲＶ分离株的核苷梳序列相比具有高度同源性．ＰＬＲＶ的外壳蛋白基因序列与其上游基因间隔区相比保守性更强．     

斜纹夜蛾NPVp74基因的克隆及部分序列分析

以含ｐ７４基因的ＡｃＮＰＶＥｃｏＲⅠ－Ｐ片段作探针,与ＳｌＮＰＶ基因组在非严格条件下进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,将ＳｌＮＰＶｐ７４基因定位于４９００ｂｐ的ＳｌＮＰＶＸｈｏⅠ－Ｐ片段．对ＳｌＮＰＶＸｈｏⅠ－Ｐ片段中的一段９４０ｂｐ的ＤＮＡ片段进行序列测定,通过ｉｎｔｅｒｎｅｔ经ＢＬＡＳＴ与Ｇｅｎ－Ｂａｎｋ中的ｄａｔａｂａｓｅ比较分析发现,序列中的一段２４３ｎｔ序列与ＡｃＮＰＶｐ７４基因有６０％的同源性,一段８１ｎｔ序列与ＡｃＮＰＶｐ７４基因的同源性高达７９％．与ＣｆＮＰＶｐ７４相比,２段２６４ｎｔ和１００ｎｔ序列分别有６０％和７１％的同源性．测得序列中的部分序列与ＢｍＮＰＶ、ＯｐＮＰＶｐ７４基因也有高达５８％～７８％的同源性．同时,这部分序列编码的氨基酸与ＡｃＮＰＶ及ＯｐＮＰＶＰ７４蛋白的氨基酸序列也有很高的同源性．结果表明所测序列的一部分为ＳｌＮＰＶＰ７４蛋白Ｃ－端的编码序列．     

斜纹夜蛾NPV多角体基因的克隆和部分测序

本文对ＳＩＮＰＶ基因组作了酶解分析，测得其基因组大小为１４５ｋｂ，并用双酶法确定了ＳＩＮＰＶ基因组的ＨｉｎｄⅢ和ＰｓｔⅠ物理图谱。以含ＡｃＮＰＶ多角体基因的质粒ｐＡＣ－Ⅰ的ＳａｌＩ－Ｃ片段为探针，对ＳＩＮＰＶＤＮＡ酶切片段ｓｏｕｔｈｅｒｎ转印杂交结果，初步判断多角体基因定位于ＰｓｔＩ－Ｂ／Ｃ／Ｄ片段、ＢｇｌⅡ－Ｃ／Ｄ片段、ＢａｍＨＩ－Ｂ／Ｃ片段和ＥｃｏＲＩ－Ａ／Ｂ片段上，且ＳＩＮＰＶ与ＡｃＮＰＶ多角体蛋白基因有６４％的同源性，而以大肠仟菌质粒ｐＵＣ１９为载体对ＳＩＮＰＶ的多角体基因试克隆，得到带有ＢｇｌⅡ－ＰｓｔⅠ双酶切片段的２个克隆子。对这两个杂交阳性克隆子之一的核苷酸序列测定，表明插入片段与ＢｍＮＰＶ多角体基因上游序列亦有一定同源性。     

用PCR扩增和克隆鸡贫血病毒衣壳蛋白VP2基因

接种鸡贫血病毒（ＣＡＶ）Ｃｕｘ－１毒株于ＭＤＣＣ－ＲＰ１细胞中,并用经狄高辛标记的ＣＡＶ衣壳蛋白ＶＰ１基因克隆ＤＮＡ作为探针在斑点杂交中检测和比较了各代细胞中ＣＡＶ ＤＮＡ水平。通过聚合酶链式反应（ＰＣＲ）,从ＣＡＶ ＤＮＡ水平较高的ＭＤＣＣ－ＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中扩增出ＣＡＶ衣壳蛋白ＶＰ２基因片段约６５０ｂｐ的编码序列,将该ＰＣＲ扩增的产物于ＥｃｏＲＩ和ＫｐｎＩ位点克隆到ｐＵＣ１９质粒载体中,     

香石竹斑驳病毒（CarMVsh）外壳蛋白基因克隆及原核表达

香石竹斑驳病毒上海分离株是从上海地区栽培的香石竹上分离并鉴定的,以提纯的病毒为材料,ＳＤＳ－酚法纯化的基因组ＲＮＡ作为模板,ＲＴ－ＰＣＲ合成并扩增外壳蛋白基因ｃＤＮＡ,ｃＤＮＡ克隆于ｐＧＥＭ－Ｔ ｅａｓｙ ｖｅｃｔｏｒ,转化为Ｅ．ｃｏｌｉＪＭ１０９。阳笥克隆ｐＴＣａＣＰ经序列分析,证明带有全长ＣＰ基因。     

斜纹夜蛾核多角体病毒egt基因的克隆和部分序列分析

用ＡｃＭＮＰＶｅｇｔ基因中的保守区部分片段为探针,通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交确定ＳｌＭＮ－ＰＶｅｇｔ基因的位置在ＰｓｔⅠ４９７０ｂｐ和ＸｂａⅠ２６００ｂｐ的片段上．采用双链ＤＮＡ序列分析方法测序,在２６００ｂｐ片段上的ＥｃｏＲⅠ位点两侧得到５９４ｂｐＤＮＡ碱基序列,用计算机ＤＮＡＳＩＳ和ＰＲＯＳＩＳ软件,将５９４ｂｐＤＮＡ碱基序列所推测的氨基酸序列与ＡｃＭＮＰＶ和ＳｌｉＭＮＰＶ的ｅｇｔ基因氨基酸序列进行同源比较,其同源性分别为４５％和８６．５％．     

日本脑炎病毒（JEV）内蒙古分离株M73—1E基因的5′端？…

根据国外报道的ＪＥＶ（Ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ）基因组全序列,针对ＪＥＶ Ｅ基因５′端设计合成一对特异引物,以日本脑炎病毒内蒙古分离株Ｍ７３－１ＲＮＡ为模板,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增,获得３６６ｂｐ的ＪＥＶ Ｅ基因ｃＤＮＡ片段。将此片段重组于质粒ｐＵＣ１９中,并转化大肠杆菌ＤＨ５α,经ＰＣＲ扩增,酶切及序列分析,结果表明ＪＥＶ Ｍ７３－１ ５′端１２６个核苷酸序列与ＪＥＶ日     

用复制酶基因cDNA探针检测表达病毒外壳蛋白基因马铃薯中的PLRV

利用马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）复制酶基因３′端长约６００ｂｐ的ｃＤＮＡ，用缺口平移方法进行３２Ｐ同位素标记，制备成ｃＤＮＡ探针，通过核酸斑点杂交，对提纯的马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）、病毒ＲＮＡ、ＰＬＲＶ感染的马铃薯汁液，表达ＰＬＲＶＣＰ基因的马铃薯叶片及块茎芽进行了检测．结果表明，３２Ｐ标记的复制酶基因ｃＤＮＡ探针特异性强、灵敏度高．可测得提纯病毒的最低含量为４０８ｎｇ／ｍｌ，病毒ＲＮＡ最低量为２７．８ｐｇ／ｍｌ，未转ＣＰ基因接种ＰＬＲＶ的马铃薯叶片提取液的最高稀释度为１３７５．接种ＰＬＲＶ的转ＣＰ基因的抗性马铃薯块茎芽和叶片提取液的最高稀释度为０～１／１５．此探针和只转入病毒外壳蛋白基因，不接种ＰＬＲＶ的转基因马铃薯汁液不发生反应．表明，探针只与ＰＬＲＶ基因组ＲＮＡ特异反应，而不与外壳蛋白基因及其ｍＲＮＡ反应，从而为表达ＣＰ基因的转基因马铃薯中ＰＬＲＶ的检测和抗病性鉴定建立了一种可靠的灵敏的分子生物学技术．此项技术已用于转ＣＰ基因马铃薯Ｄｅｓｉｒｅ，Ｆａｖｏｒｉｔａ，乌盟６０１和虎头的抗病性鉴定     

酿酒酵母中一种新的反义snoRNA分子的鉴定

核仁小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）是一类在真核生物核糖体生物合成过程中起重要作用的小分子ＲＮＡ．通过计算机直接分析国际分子生物学数据库及ＲＮＡ杂交分析、ｃＤＮＡ序列测定等方法,在酿酒酵母（Ｓａｃｈａｒｏｍｙｃｅｓｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）中发现和鉴定了１个新的ｓｎｏＲＮＡ－Ｚ６ｓｎｏＲＮＡ．该ｓｎｏＲＮＡ长１０９个核苷酸,由位于酿酒酵母第１３号染色体上的１个独立基因编码．Ｚ６ｓｎｏＲＮＡ含有ｂｏｘＣ（ＵＧＡＵＧＡ）、ｂｏｘＤ（ＣＵＧＡ）等保守的结构元素,属于反义ｓｎｏＲＮＡ家族,即分子中有１段１１个核苷酸的片段与２５ＳｒＲＮＡ中１段保守核心序列互补,该ｓｎｏＲＮＡ片段连同其下游的ｂｏｘＤ共同指导与其互补的ｒＲＮＡ序列第２１９５位胞苷酸的２’－氧－核糖的甲基化．     

猪瘟病毒HCLV株E2核苷酸序列与结构分析

用ＲＴ－ＰＣＲ技术从ＣＳＦＶ ＨＣＬＶ株Ｆ４８２代感染兔脾的细胞总ＲＮＡ中分段扩增出ＣＳＦＶ Ｅ２基因特异的３个部分重叠的ＤＮＡ片段,并将之分别克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体上,经核苷酸序列测定和片段重叠完成了包含Ｅ２全长基因的１１４４ｂｐ序列的测定,其ＧＣ含量为４９．０％,核苷酸序列与国外报道的各株病毒的Ｅ２基因同源性分别不８３．５％＿９７．５％．     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒（NDV）ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

黄孢原毛平革菌锰过氧化物酶基因（MnP2）的克隆

应用RT-PCR技术,从黄孢原毛平革菌5.766（Phanerochaete chrysosporium）总RNA中成功扩增出预期大小约为1.3 kb的特异性条带,将扩增产物提纯后克隆入PUC19载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,获得锰过氧化物酶（MnP2）基因的克隆。序列分析表明,扩增的MnP2基因片段其cDNA长度为1 149 bp,编码358个氨基酸,与其它已发表文献报道的MnP2序列一致,与其同工酶MnP1和MnP3的核苷酸同一性分别为81%和66%。     

百合无症病毒衣壳蛋白基因克隆和蛋白分析

根据已报道的LSV CP基因序列合成两条寡聚核苷酸引物,模板为感染LSV的百合叶片的总RNA,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出大小为876bp的LSV CP基因,经测序后,对该基因编码区全长序列及相应的氨基酸序列用生物信息学软件系统进行序列分析及结构功能预测.结果表明:该基因由876个核苷酸组成,编码291个氨基酸;与GeneBank公布的其他LSV分离物的基因序列同源性为93.4%～99.0%,氨基酸同源性为84.8%～99.5%;它含有一个卷曲螺旋结构和多个磷酸化位点,平均疏水值为-0.432;含有Carlaviruses完整的衣壳蛋白保守结构域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主.     

鸡传染性法氏囊病病毒VP5基因的克隆及其序列分析

从病变鸡法氏囊组织中分离纯化IBDV,提取其基因组RNA.以IBDVRNA为模板,进行反转录反应合成cDNA第1链.采用PCR技术扩增VP5基因.将PCR产物经酶切后与pcDNA3.1(+)载体连接,经转化、筛选得到重组质粒pIBDV-VP5.对VP5基因进行了测序并对其序列进行了分析.     

五种蓝舌病毒的分子系统

对蓝舌病毒(BTV)血清型2、11和13的双链RNA中L3基因的全序列进行了测定，该基因编码这种病毒的重要内壳蛋白质(VP3)，应用前人测定的血清型10和17的BTV的L3基因序列，共5种美国存在的BTV的L3基因。该病毒的每种L3基因片断都有2772个核苷酸，包含一个开放读框(ORE)。这个开放读框(ORF)编码由901个氨基酸组成的蛋白质，VP3(分子量103kD)，其等电点为6.0。用这5种蓝舌病毒血清型的核苷酸和氨基酸序列进行分子系统学分析发现，BTV-2血清型与BTV-10、11、13和17的距离较远，美国的五种血清型BTV可分为两个不同的类群。     

逆转录聚合酶链式反应快速检测水稻条叶枯病毒

逆转录聚合酶链式反应（Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ,ＲＴ－ＰＣＲ）具有灵敏度高,准确性好的特点,因而被广泛应用于植物病毒检测。在ＲＴ反应中,ＲＮＡ样品的快速制备尤为重要用异丙醇二步沉淀法获得ＲＮＡ,快速检测水地片中ＲＳｔＶ伯ＲＴ－ＰＣＲ方法,可使测定时间缩短至６ｈ,并可从０．０７８ｍｇ感病叶片中检测出ＲＳｔＶ。     

EDSV六邻体蛋白基因克隆与原核表达载体构建

应用降落PCR技术扩增出减蛋综合征病毒六邻体蛋白基因并将其克隆至pMDT-18载体上,经酶切、PCR鉴定及测序结果表明插入的片段为目的基因,全长2．733kb,共编码910个氨基酸。切下该目的基因定向克隆至pET-28a质粒构建了六邻体蛋白基因原核表达载体pET28a-hexon,经各种酶切、PCR鉴定及进一步测序后证明六邻体蛋白基因片段所插入的位置、大小、核苷酸序列和阅读框架正确无误,从而为下一步的表达及进一步阐明EDSV六邻体蛋白基因结构与功能的关系和减蛋综合征基因工程苗的研究奠定了良好基础。     

鹅细小病毒CHv强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对插入片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV、MDPV、PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析。结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%~99.8%,氨基酸同源性为96.5%~99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础。与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远。     

卡门柏青霉-PG3脂肪酶基因的克隆、表达及活性分析

以卡门柏青霉-PG3为出发菌株,提取其总RNA,应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出860bp左右的片段,核苷酸序列分析表明其与甘油单-双酰酯脂肪酶(MDGL)基因（mdlA）一致。将此基因克隆到原核表达载体pET-28a中,转化大肠杆菌BL21(DE3),经诱导后,重组的脂肪酶（rMDGL）在宿主菌中得到表达,表达量可达菌体总蛋白量的45.2%。重组蛋白包涵体溶解、复性后用Ni²⁺组氨酸结合树脂螯合层析柱纯化,聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)显示为单一区带,其相对分子质量为41 000。以橄榄油为底物时没有检测到酶活性,以单硬脂酸甘油脂为底物时酶活性达到225nmol/s。该基因在原核系统中表达仍具有酶活性,说明MDGL的糖基化对其生物学活性并不是必不可少的。