试论单子叶植物的原始类群

本文从被子植物系统分类理论观点出发,结合植物分子系统学的最新研究成果,综合分析和讨论了单子叶植物的原始类群,结果认为,单子叶植物是一个单元起源的自然类群,其原始类群具有单沟型花粉,离生心皮,草本或半草本,陆生等特征,泽泻目（Alismatales)是现存单子叶植物中具备较多原始特征的类群。     

应用少数引物对3个绵羊类群的RAPD分析

对3个不同绵羊类群（波德代，无角陶赛特，藏陶杂种羊）的共11个样本DNA进行了RAPD分析。结果表明，无角陶赛特羊与藏陶杂种羊2个种群间遗传距离最小，为0．1102；波德代羊与藏陶杂种羊2个种群间遗传距离最大，为0．2989；无角陶赛特羊与波德代羊2个种群间遗传距离为0．1655。     

线粒体基因和核基因在蝶类分子系统学中的研究进展

综述16S rDNA、Cyt b、COⅠ、COⅡ、ND 5等线粒体基因和OPS1、Period、T p i、M p i、EF-1a、W ing less等核基因在蝶类分子系统学中的应用,认为通过系统学的研究,可以明确蝴蝶各分类阶元之间的进化关系,确立一些有争议物种的分类地位以及进行相关物种的系统地理探讨。运用线粒体基因序列与核基因序列相结合来研究生物的系统发育是分子系统学领域的一种必然发展趋势,它可以为我们解决蝶类分类问题提供分子上的证据。     

用于植物分子系统学研究的基因片断

本文简要介绍了用于分子系统学研究的各种基因片断及其研究进展。     

核基因在鱼类分子系统学研究中的应用 (运筹学与控制论)

利用分子标记探讨鱼类的系统发育和分子进化已经逐渐成为现代鱼类系统学研究的热点之一。本文综述了核基因在鱼类分子系统发育和分子进化研究中的应用现状及其存在的优缺点。常用的核基因主要有核糖体基因,其中保守的18SrDNA及28SrDNA主要用于研究高级分类阶元;在研究亲缘关系较近的物种以及不同地理种群时,比较常用到的则是ITSs以及SINEs;而RAGs及S7性质独特,也常被用于鱼类的分子系统学研究中。以往的研究主要利用线粒体基因(如Cytb等)研究鱼类的分类和进化,但多年来的研究发现,线粒体基因在研究鲤形目(Cypriniformes)、鲈形目(Perci-formes)等鱼类系统发育时并不能成为最佳的选择。最近的研究表明,核基因能够弥补线粒体基因的缺陷,并可广泛应用于鱼类系统发育研究。然而,核基因的应用也面临着如下问题:1)因核基因重组导致数据分析难度较大;2)鉴定不同类群时存在一定误差;3)单倍性核基因片段较难获得;4)对某些进化时间短的群体的系统发育研究效果较差。随着上述问题的逐步解决,核基因的应用将会更加广泛。     

印鼠客蚤线粒体COⅡ基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

本文报道了印鼠客蚤云南株线粒体DNA中长为901bp的片段,包括完整的COⅡ基因和3个氨基酸tRNA基因及ATPase8基因片段。COⅡ基因全长684bp,编码227个氨基酸,起始密码为ATC,终止密码为TAA。印鼠客蚤mtDNACOⅡ基因中富含AT,含量为77%,GC含量为23%。根据COⅡ基因核苷酸和氨基酸序列,对蚤目蚤科部分种类及外群进行了分子系统学分析。     

网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序

通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系.     

八角形斯坦纳树问题的文化基因算法

针对多端线网互连问题,提出以超大规模集成电路物理设计中布线阶段应用较多的斯坦纳树为切入点,采用一种基于种群的全局搜索和基于个体的局部启发式搜索相结合的文化基因算法,对八角形斯坦纳树的结构进行优化,从而进一步缩减线长. 使用Prim算法预处理取得初始种群,并重新修改了原本的文化基因的编码以及相关操作,以便可以处理八角形斯坦纳树构建这一离散问题,利用八角形结构,使其能在全局范围内,快速收敛并全局寻优. 实验结果表明,所提算法能获得较好拓扑的八角形斯坦纳树,快速得到多端线网最优或者较优的布线结果,缩减布线的线长.     

分子系统学的理论、方法及展望

随着分子生物学理论的不断完善和技术的发展,系统生物学的一个分支学科--分子系统学也在不断地发展,并已成为进化生物学、古生物学、生态学等众多学科的一个极其重要的研究手段,并在诸多研究领域中取得了许多令人瞩目的成果.然而,相对于一些传统学科而言,它毕竟还是一门年轻的学科,在许多理论和方法的运用上还存在着一些问题.本文尝试对这门学科涉及到的一些问题作一系统评述,以期有助于更好地了解它,并利用它有效地开展相关研究工作.     

核糖体RNA基因在丝核菌分子系统学研究中的应用

随着分子标记技术的应用与发展,核糖体RNA基因(rDNA)因其特殊的组成结构和演化方式被广泛应用于真菌分子系统学研究中,系统介绍了真核生物核糖体RNA基因的组成特点、特定区域的通用性扩增引物,及近年来在丝核菌不同融合群的鉴定、系统进化关系、遗传分化等研究中的应用.     

孔雀属孔雀线粒体细胞色素b基因全序列分析及其系统进化研究

测定了中国分布的野生绿孔雀和人工驯养的蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀共5个种或亚种或变种的个体的线粒体细胞色素b基因的长为1 140bp的全序列.研究了其碱基组成及变异情况.结合GeneBank中真绿孔雀亚种、非洲孔雀、鸡以及鹑的线粒体细胞色素b(cytb)全序列,利用philip套件分别构建了系统进化树.结果显示:真绿孔雀和绿孔雀形成较接近的类群.蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀形成较接近的类群.进化树结果显示白孔雀和杂色孔雀不能成为蓝孔雀的亚种.     

一类优美树的构造

给出了将一类优美树序列列接到路上，生成优美树的一种构造方法。     

无向随机网络图的最优树研究

本文对权值为随机变量的无向随机网络的最优树进行了分析．证明了随机网络最优树仍为一随机变量,并给出了已知随机变量密度分布的最优树权值和的求解方法与模拟．最后对未知随机变量进行分析,并给出方法．     

并行后缀树的构造及查询算法

针对生物信息领域中传统后缀树构造算法在时间和空间上的限制,从结构并行的角度提出了一种新颖的、适用于生物信息学应用的并行后缀树结构和相应的构造算法·该算法首先将给定字符串分成若干连续的片段,并在各个处理机上分别构造这些片段的后缀树,形成了一种分布于多个处理机上的并行后缀树结构·该并行算法不仅大大缩短了后缀树的构造时间,而且避免了主存大小的限制·经分析,其性能优于现有的任何一种并行算法·在此基础上,提出了一种高效的基于这种并行后缀树的字符串匹配算法,解决了传统后缀树的基本查询问题·     

细菌系统分类学研究现状

简述了Ｃ．Ｗｏｅｓｅ发现的古细菌和三域说的发展概况，综述了根据ｒＲＮＡ序列建立的细菌系统分类和分子进化树的研究现状。     

树扩图的生成树数

连通图的生成树是指该图的极小连通生成子图,本文在Cayley公式的基础上,给出每一树扩图类Pn（t）、K1,n-1（t）、Tn（a1,a2,…,ak;t）、Tn,k（t）中的图的生成树数相同．     

灯盏花matK基因序列分析及分子鉴定

药用植物灯盏花在使用中会与飞蓬属或紫菀属植物混淆,对灯盏花mat K基因生物信息学分析及灯盏花植物形态的研究,实现灯盏花与混淆植物的鉴定.采用PCR方法扩增并克隆了灯盏花mat K基因,对该基因进行生物信息学分析,结果显示,灯盏花mat K基因总长为1 317 bp,编码438个氨基酸,无信号肽,无跨膜结构,表现为亲水性,二级结构以α螺旋、β折叠为主,亚细胞定位预测mat K基因位于真核生物的叶绿体中,有8个蛋白结合区和3个多核苷酸结合区,用植物形态、氨基酸序列变异和系统进化树相结合,可以达到鉴别灯盏花与混淆物种作用.