基于数据挖掘探析壮医治疗贫血的用药规律

壮医治疗贫血有较丰富的用药经验.从文献和著作中筛选出壮医治疗贫血的方剂59首录入中医传承辅助平台(TCMISS V2.5)构建壮医治疗贫血方剂数据库,并应用TCMISS V2.5集成的频次统计、关联规则、新方分析等功能进行用药规律分析.壮医补血方剂涉及药物127种,其中使用频次在4次以上的药物有18味,得到关联出现频次在4次以上的高频药物组合5组、核心药对2组及新方2首.壮医治疗贫血的常用药物药味以甜味为主,药性以温性、平性居多,在组方配伍上重视通补兼施、以通促补,并善用血肉之品,为贫血的临床治疗及相关新药的研发提供了参考.     

中医药治疗便秘的用药规律及网络药理学探析

基于数据挖掘及网络药理学方法,探究中药治疗便秘的用药规律并分析核心中药的作用机制。通过检索中国知网、维普数据库、万方数据库中有关中药复方治疗便秘的文献,筛选符合要求的文献并提取数据,对中药复方的药物频次、关联规则及聚类进行分析。基于中药系统药理学数据库与分析平台获取核心药物的化学成分及靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD等数据库获取疾病靶点,借助Venny平台获取潜在靶点,采用STRING数据库、DAVID数据库进行相关机制分析。基于AutoDock软件进行分子对接。结果表明:筛选出复方85个;使用频次在10以上的有25味药,其中白术的使用频率最高;关联规则挖掘出白术-黄芪、白术-黄芪-当归分别是支持度最高的组合;聚类分析可将药物分为5类;挖掘出核心中药白术、当归、枳实和火麻仁。网络药理分析显示,核心中药治疗便秘的机制是化学成分作用于AKT1等靶点,进而调节癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、p53信号通路等发挥治疗作用。该研究为中医药治疗便秘的用药规律提供了理论基础,为治疗便秘的中药复方的开发与发展提供了思路。     

基于网络药理学与分子对接探索人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化的分子机制

基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...     

融合数据挖掘与网络药理学研究治疗原发性肝癌中药处方用药规律

融合数据挖掘与网络药理学方法,研究治疗原发性肝癌常用有效中药处方的用药规律,为中医临床治疗原发性肝癌处方用药提供参考.通过收集大量的临床治疗原发性肝癌的常用中药处方,共筛选有效处方211个;运用中医传承辅助平台,挖掘有效处方中的核心药物组合;再通过TCMSP等数据库平台,筛选核心药物组合活性成分所对应的靶点;并在比较基因组数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)、人类疾病数据库(malacards)、治疗靶点数据库(therapeutic target database,TTD)等疾病数据库中,检索出与原发性肝癌相关的疾病靶点;取上述两种靶点的共有靶点,即为核心药物组合治疗原发性肝癌的一般靶点,并利用DAVID平台对一般靶点进行GO/KEGG通路富集分析;通过Cytoscape 3.6.1软件对共同靶点进行拓扑分析,得到核心药物组合治疗原发性肝癌的核心靶点;并利用CB-Dock平台对其进行分子对接验证;通过与有关文献实验研究的结果进行比较,验证本研究结果的可靠性.通过数据挖掘和网络药理学分析,得到常用药对23组(支持度个数≥50),关联规则的药物组合24组(置信度≥0.95),聚类分析的药物组合36组;治疗原发性肝癌疾病的一般靶点124个、核心靶点16个;经GO分析的生物过程450个、细胞组分37个、分子功能48个(P≤0.01);经KEGG通路富集分析得到信号通路44个(P≤0.01),并且p53等信号通路得到了有关文献实验研究结果的验证;而且还发现茯苓、白术、党参、半枝莲等药物在治疗原发性肝癌的处方中出现的频次较高.中医治疗原发性肝癌常以补虚、清热为主,兼顾活血、理气等,多从肝、脾、肺和肾等经络共同论治,并注重清补结合、虚实兼顾;核心药物组合主要通过诱导凋亡、阻滞周期、抗血管生成和调控炎症等途径治疗原发性肝癌.     

基于数据挖掘技术研究中医治疗脑积水的组方配伍规律

采用数据挖掘技术研究中医治疗脑积水的组方配伍规律。收集中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、维普网数据库及万方数据库等中文数据库建库至2019年9月发表的中医治疗脑积水的有效方剂,运用中医传承辅助系统(TCMISS)V 2.5建立数据库,对处方进行频数分析、关联规则分析及熵层次聚类分析,挖掘用药规律。共检索到与中医治疗脑积水相关的文献1194条,共纳入文献114篇,提取有效方剂114首,包含中药156味;使用药物前3位的依次是川芎、红花、熟地,药性以温、平为主,药味多以辛、甘为主,大多归心、肝、肾经;关联药物置信度较高的常用的药物组合为川芎-红花、川芎-熟地、当归-黄芪;演化得出6个潜在的新方组合。中医药治疗脑积水用药以活血化瘀、滋补肝肾、健脾利水为主,应用数据挖据技术可以发现中医治疗脑积水的组方规律,得出潜在新方,为临床治疗用药提供一定参考。     

葛根芩连汤治疗肺动脉高压的作用机制研究

通过网络药理学技术预测葛根芩连汤治疗肺动脉高压的关键活性成分及其可能的作用靶点,探讨其作用机制.通过TCMSP平台收集葛根芩连汤中四味中药的活性成分及相关靶标,借助Genecards数据库获得肺动脉高压疾病基因,使用Cytoscape软件将药物靶点和疾病基因映射,并对交集靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析....     

青黛治疗带状疱疹的网络药理学机制探讨

青黛是治疗疱疹、腮腺炎以及银屑病等的主要中药材之一.本文基于网络药理学方法，分析青黛治疗带状疱疹机理和分子靶点.通过多个数据库的数据挖掘筛选青黛主要化合物及其靶点并获得带状疱疹相关交集靶标基因，利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶蛋白互作网络图和青黛-带状疱疹-靶点-通路网络图，并对青黛治疗带状疱疹潜在作用靶标进行GO分类和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.数据挖掘结果表明：青黛治疗带状疱疹有27个候选活性成分、233个潜在作用靶标及176条通路，为后续研究青黛治疗带状疱疹的作用机制提供了新的研究方法.     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

基于网络药理学研究厚朴-杏仁治疗哮喘的潜在作用机制

本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息，PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息，string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析，DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个，靶标435个，哮喘疾病相关靶标415个，进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个，包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等；GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程；KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。     

基于网络药理学的扶正调理液作用机制及其对S180荷瘤小鼠的影响

基于网络药理学挖掘扶正调理液的分子作用机制,应用BATMAN-TCM在线分析平台预测扶正调理液潜在靶点并构建化合物-靶点-通路-疾病相互作用网络图;应用STRING数据库构建关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,基于基因本体(gene ontology,GO)、Reactome、京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto...     

基于网络药理学与分子对接技术预测艾叶抗动脉粥样硬化的分子机制

为探讨艾叶抗动脉粥样硬化的作用机制,运用网络药理学与分子对接方法,通过PharmMapper、Swiss Target Prediction平台预测艾叶有效成分及潜在靶标,检索DisGeNET和Genecards数据库获取动脉粥样硬化相关靶点,利用STRING构建靶标PPI网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析...     

麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎邪热壅肺证的潜在药效物质及作用机制探析

将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.     

基于数据挖掘及网络药理学探究枳壳治疗功能性消化不良的研究

目的：以“功能性消化不良”和“枳壳”为关键词，在医院收集到使用频次较高的数味药物，并对其治疗功能性消化不良疾病进行分析，研究枳壳治疗功能性消化不良的作用机制。方法：收集临床功能性消化不良疾病相关数据，运用中医传承计算平台3.0对其进行数据分析。并以枳壳为关键词，利用中药系统药理学(TCMSP)数据库挖掘枳壳潜在活性成分，预测相关作用靶点，进行相关通路的分析。结果：枳壳以及功能性消化不良两者的数据在四气、五味、归经的雷达图高度一致。接着利用网络药理学筛选出枳壳活性成分5个，相关作用靶点40个；功能性消化不良相关疾病靶点5 358个；利用韦恩图筛选出枳壳的成分靶点与疾病靶点，得到29个相交靶点；GO富集分析得到条目50个；KEGG通路分析得到56条相关通路。结论：枳壳中的活性成分是通过与关键靶点相结合，从而起到了改善其功能性消化不良的治疗作用，且分析中枳壳具有多成分与多靶点及多通路的特点，可为未来枳壳进一步的实验验证、临床性应用研究提供科学理论及参考依据。     

基于网络药理学和分子对接技术分析赤芍对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药赤芍治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出赤芍的有效成分,通过GeneCards,OMIM,PharmGkb和TTD数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络（protein-to-protein interaction,PPI）,应用Bioconductor平台对关键靶点进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将赤芍主要活性成分黄芪素与RELA,VEGFA,FOS,CASP3和HIF1A进行分子对接.最后,利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明赤芍可能主要是通过其活性成分黄芩素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...     

基于数据挖掘和网络药理学探讨中药复方干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的用药规律及潜在机制

基于数据挖掘和网络药理学探讨中药复方干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的用药规律及潜在机制。通过筛选CNKI、WANGFANG、VIP数据库、PubMed等中英文数据库中从干预血小板聚集角度治疗动脉粥样硬化疾病的方剂,整理后采用中医传承辅助平台（V2.5）、IBM SPSS Statistics 25、IBM SPSS Modeler18等软件,分析药物配伍之间的内在联系及关联规则,总结干预血小板聚集抗动脉粥样硬化（Atherosclerosis,AS）方剂中的用药规律、核心角药配伍,应用TCMSP、 Genecards、OMIN、Drugbank、DisGenet、TTD等数据库检索疾病和核心角药活性成分以及对应靶点信息,选择 Venny工具获得疾病-药物交集靶点,利用 STRING 数据库获取相关文件,运用 Cytoscape 3.7.2 软件、Metascape 数据库、微生信网站等软件进行可视化分析、GO KEGG通道富集分析以及气泡图的制作。通过检索“动脉粥样硬化、粥样硬化、 抗血小板聚集、凝血功能”等主题词,收集整理处方 50 首,含109味中药,药效以活血化瘀、行气止痛为主,性味以温、甘、苦为主,主要归肝、脾、心经。进一步通过关联规则分析得到核心药对32个;确定核心角药为“川芎、红花、桃仁”,经网络药理学分析得出其主要活性成分槲皮素、山柰酚、木犀草素等主要作用于JUN、AKT1、TNF、IL6、TP53、MAPK1、CTNNB1、MAPK14、FOS、CAV1等靶位。通过metascape通路富集分析得出着重在脂质和动脉粥样硬化相关通路、癌症相关通路、松弛素信号通路、HIF-1信号等通路发挥治疗作用。干预血小板聚集抗动脉粥样硬化的方剂多以活血化瘀、行气止痛为主,辅以补气化痰散结,其核心药物对中活性成分主要通过干预 JUN、AKT1、TNF、IL6、TP53等具有抗血小板聚集的靶点及相关信号通路进一步抗AS,同时该研究为治疗AS中药复方的组方用药、优化组方和深入研究提供了一个新的角度。     

含苍耳类药材复方的数据挖掘及抗肿瘤机制探讨

为挖掘复方中苍耳类药材抗肿瘤的用药规律,并探讨核心药物抗肿瘤的分子机制,通过检索《肿瘤方剂大辞典》等资料,筛选治疗肿瘤的含苍耳类药材的复方制剂,基于关联规则和系统聚类,分析用药规律并获取核心药物组。基于中药系统药理学分析平台筛选核心药物组的化学成分及对应靶点;检索GeneCards等数据库获取肿瘤疾病靶点;二者取交集后获得药物、疾病交集靶点。构建核心药物组抗肿瘤的“中药-成分-靶点”网络及交集靶点的蛋白互作网络。基于R语言行GO功能与KEGG通路富集分析,基于AutoDock Vina软件行分子对接验证。结果表明：共筛选出相关复方118首。基于数据挖掘结果综合分析,将苍耳子等10味中药作为核心药物组。网络药理学分析共获得交集靶点144个,筛选出β-谷甾醇等5种核心成分,TP53等5个关键靶点,涉及通路174条,主要包括PI3K-Akt、p53、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接提示核心成分与关键靶点结合活性强烈。可见,数据挖掘初步揭示了含苍耳类药材复方抗肿瘤的用药规律,获取了核心药物组;其核心成分β-谷甾醇等可通过作用于TP53等靶点,调控PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤作用。     

鸦胆子治疗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的:通过网络药理学方法分析鸦胆子作用于卵巢癌的潜在基因靶点及信号通路,探讨其治疗卵巢癌潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索出鸦胆子的有效成分并预测其潜在基因靶点,利用DRUGBANK、DisGeNET、OMIM等数据库检索出与卵巢癌相关的基因靶点,Cytoscape软件构建出成分-基因靶点-信号通路的网络关系图,应用DAVID及KEGG分析出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制.结果:最终检索出鸦胆子有效成分12个,预测相关的基因靶点有124个;与卵巢癌作用机制有关的基因靶点有622个,其中二者有交集的关键基因靶点有33个;主要富集在mTOR、VEGF等14个信号通路,涉及细胞信号转导、基因表达调控及转录、翻译的调节等多个生物学过程.结论:应用生物信息学技术初步预测出鸦胆子治疗卵巢癌的潜在作用机制,为进一步深入研究提供了参考和依据.