FOXM1688-748结构域相互作用蛋白的鉴定

为了鉴定转录因子FOXM1转录激活结构域(C-端第688位到748位氨基酸序列)的互作蛋白,以FOXM1的cDNA为模板,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法扩增获得其转录激活结构域序列,克隆进入原核表达载体pGEX-4T2;利用大肠杆菌原核表达获得融合谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)标签的重组蛋白GST-FOXM1688-748;通过GST-pulldown结合质谱方法鉴定FOXM1688-748的互作蛋白,成功构建了原核表达质粒pGEX-4T2-FOXM1688-748,获得了原核表达的重组蛋白GST-FOXM1688-748.将质谱鉴定获得的互作蛋白进行分析和归类,预示一些互作蛋白可以参与激活FOXM1的转录活性,如RPN2、MISP、MCM7蛋白,一些互作蛋白可以参与调控FOXM1蛋白的稳定性,如USP9Y、CUL4A、HSPB1、BAG2蛋白.FOXM1蛋白的转录激活结构域与许多不同功能的蛋白发生相互作用,暗示该结构域具有重要的分子生物学作用,期望为以FOXM1为靶点的临床药物研发提供实验依据.     

Lp-1643蛋白单一结构域的黏附功能研究

从植物乳杆菌KLDS 1.0320中克隆出Lp-1643蛋白N端的第一个结构域基因,与表达载体pET30a连接后成功构建重组质粒pET30a/N1。重组质粒转化大肠杆菌BL21后,以IPTG进行诱导,重组蛋白以可溶形式成功获得表达。通过亲和色谱技术用HisTrap FF柱对重组蛋白进行了分离纯化。以BSA作为对照,研究了重组蛋白His-N1对KLDS 1.0320菌株黏附Caco-2细胞的影响,发现用该重组蛋白预处理Caco-2细胞之后,其上黏附的KLDS 1.0320数量显著减少（P<0.05）。这说明Lp-1643蛋白N端的第一个结构域具有黏附Caco-2细胞的功能。     

甲基化CpG结合结构域蛋白的原核表达及应用

本文构建了甲基化CpG结合结构域(MBD)蛋白的原核表达质粒,并表达了GSTMBD融合蛋白,采用GST柱对该融合蛋白进行纯化.体外pull-down实验发现,GST-MBD融合蛋白能够与小鼠胚胎成纤维细胞MEF中oct4基因的启动子DNA结合,验证了该蛋白的体外生物活性.利用相同的实验方法,发现GST-MBD融合蛋白能够与MEF细胞中inhbb基因的启动子区结合,而不能与小鼠胚胎干细胞R1中的inhbb基因的启动子区DNA结合,同时采用半定量PCR方法检测到inhbb基因在R1细胞中高表达,而在MEF细胞中不表达,表明inhbb基因受到DNA甲基化的调控.     

Periaxin蛋白中PDZ结构域的重组表达与纯化

Periaxin属于有髓施旺细胞非致密髓鞘中的重要蛋白之一,该蛋白的突变,会引起腓骨肌萎缩症4F亚型发生.文章以小鼠periaxin基因为模板,PCR扩增编码Periaxin-PDZ及其延长型的基因序列,插入pETM-3C表达载体中.转入E.coli BL21(DE3)中,经IPTG诱导表达重组蛋白.再经Ni2+-NTA亲和柱及Sephacryl S-200凝胶层析获得电泳纯的Periaxin-PDZ蛋白.荧光光谱法分析Periaxin-PDZ和脂膜的结合能力,结果显示Periaxin-PDZ(18-102aa)与脂质体的解离常数为Kd=4.415 μg/mL,延长型Periaxin-PDZ(18-129aa)与脂质体的解离常数为Kd=7.265 μg/mL,Periaxin-PDZ(18-102aa)与脂膜的结合能力略高于延长型Periaxin-PDZ(18-129aa).     

镁离子转运蛋白CorA间质结构域删除分析

为了研究CorA的镁离子转运机理,对大肠杆菌CorA的间质结构域区进行了删除突变分析,并利用酵母突变体互补技术进行了突变体活性测定.以酿酒酵母质膜镁离子转运系统敲除突变体菌株CM66及其基因型对照菌株CM52为宿主菌,建立了大肠杆菌CorA转运活性测定体系.结果显示:大肠杆菌CorA间质结构域N-端起始的24个残基对于CorA在酵母质膜中的表达或维持其本身正确构象发挥重要作用, CorA M124到D154段的部分残基在CorA介导的镁离子转运过程中起到重要作用.     

一个拟南芥C2H2锌指蛋白的结构域分析

At3g23140是拟南芥中仅含有一个C2H2锌指结构的转录因子,主要含有N端的C2H2锌指结构和C端的类似EAR两个结构域.将〖WTBX〗〖STBX〗At3g23140〖WTBZ〗〖STB3〗中仅含C2H2锌指结构区域不同长度的两个基因片段〖WTBX〗〖STBX〗A1〖WTBZ〗〖STB3〗(240 bp),〖WTBX〗〖STBX〗A2〖STB3〗〖WTBZ〗(410 bp)克隆到植物表达载体pMON530 35S启动子的下游,并转化野生型拟南芥.经过筛选得到稳定遗传的T3代纯合转化子.对转基因植株研究表明, 35S::〖WTBX〗〖STBX〗A2〖STB3〗〖WTBZ〗转基因植株的内源乙烯释放量明显低于野生型,这与〖WTBX〗〖STBX〗At3g23140〖STB3〗〖WTBZ〗插入失活突变体〖WTBX〗〖STBX〗cs16966〖STB3〗〖WTBZ〗的表型是一致的,而35S::〖WTBX〗〖STBX〗A1〖WTBZ〗〖STB3〗转基因植株的内源乙烯释放量与野生型没有明显区别.表明A2片段的过量表达产生了显性抑制的作用,这种显性抑制效应很可能是由于 A2蛋白片段与〖WTBX〗〖STBX〗At3g23140〖STB3〗〖WTBZ〗表达产物所调控的核酸序列竞争结合所导致.而A2片段C端所含有的非锌指结构域是At3g23140蛋白与靶基因序列结合所必需的.     

跆拳道中位格挡动作特征分析

通过对15名跆拳道专业的大学生格挡动作的表面肌电分析,了解格挡动作在跆拳道项目中的技术比例,掌握格挡防守技术的应用现状与实际需求,运用表面肌电分析方法,探索在格挡动作中四个部位肌肉肌电实时情况,为探索格挡动作在跆拳道项目中的作用给出理论依据。     

编码拟南芥含BAG结构域蛋白的原核表达载体构建

生物信息学分析显示,拟南芥基因At5g62390编码一种钙调素结合蛋白,在其钙调素结合结构域有一个BAG(Bcl-2-associated athnogene)结构域存在,与钙调素结构域部分重叠.为了从实验上进一步研究该蛋白的钙调素结合特征及BAG结构域在钙调素结合中可能的调节作用,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增不同结构域编码区的cDNA序列,构建到原核表达载体pET32-a中.测序分析表明:目的序列已正确克隆到表达载体上,为进一步表达目的蛋白及其不同结构域用于生化功能鉴定打下了基础.     

基于离散增量和协变判别函数识别蛋白质亚核定位

利用离散增量结合协变判别函数,选取氨基酸组份和N端氨基酸二肽组份为信息参数,对蛋白质亚核定位进行预测.在序列相似性小于等于25%时,406个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.9%,相关系数CC为0.644,把多定位亚核蛋白作为独立测试集,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为78.3%.在序列相似性小于等于65%时,504个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.6%,相关系数CC为0.643,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为80.4%.与 Lei等人利用Lei-SVM方法对该数据库预测结果相比,单定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高9.1%,CC值比Lei等人高0.124,多定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高15.2%.     

贻贝珍珠质蛋白C1Q结构域的异源表达

通过对贻贝珍珠质蛋白EFP分析,发现该蛋白的重要保守域C1Q值得进一步研究.在不以贻贝为材料的前提下,设计引物以基因扩增的方式合成了该基因.经过蛋白的表达纯化与复性,首次使用大肠杆菌制备了可溶的C1Q蛋白.该蛋白具有预期的二级结构与金属离子结合活性,为进一步研究打下了基础.     

基于直接和间接PPI信息预测人类核蛋白亚核定位

构建了含有五个亚核区域共426条蛋白质的单定位人类核蛋白数据库.选取蛋白质相互作用信息分数为信息参数,提出通过引入蛋白质一级间接相互作用预测蛋白质亚核定位的新算法,对人类核蛋白亚核定位进行了预测.对染色质、核仁两区域351条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为91.04%.对染色质、核仁、核基质、核斑四区域413条蛋白质的Jackknife检验总预测成功率为79.75%.     

利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位

针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征,训练了5个基于EFKNN的基分类器,并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集,利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白,正确率为70.0%,表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。     

LIM结构域蛋白KyoT基因剔除小鼠的建立和表型分析

KyoT为一LIM结构域蛋白,可与转录因子RBP-Jk相互作用而调节其转录活性.构建了KyoT基因剔除载体,转染小鼠胚胎干细胞(ES细胞)后得到同源重组的ES细胞克隆.将此ES细胞注射入小鼠的囊胚泡得到嵌合小鼠,再经小鼠培育得到KyoT基因被剔除的小鼠.纯合子KyoT基因剔除小鼠不能表达有功能的KyoT蛋白.表型分析表明纯合子KyoT基因剔除小鼠腹腔B1B细胞数增加,提示KyoT可能参与B淋巴细胞的发育.     

大豆ASR蛋白富含组氨酸结构域在结合金属离子中的作用

利用固相亲和层析实验结果表明,GmASR蛋白及其含组氨酸结构域A1~A5短肽可与金属离子Cu2+和Cd2+结合;采用Cu-抗坏血酸体系检测了GmASR蛋白及A1~A5清除羟基自由基的能力,证明GmASR蛋白及A1~A5短肽中组氨酸数目与清除羟基自由基能力呈正相关;GmASR蛋白及A1~A5可保护DNA分子免受Cu2+造成的氧化损伤.CD实验和SDS-PAGE实验结果发现,GmASR蛋白及A1~A5短肽与Cu2+结合后将引起可逆性聚集及沉淀.可见GmASR蛋白通过组氨酸结合过多的金属离子,维持细胞内离子平衡,是保护植物免受重金属毒害的重要机制之一.     

新型Vip3-like蛋白的从头预测建模及其结构域分析

Vip3-like蛋白对小菜蛾等鳞翅目昆虫有杀虫活性,是苏云金芽孢杆菌营养期杀虫蛋白Vip3的同源蛋白.为建立Vip3-like三维结构的理论模型并对其结构域进行生物信息学分析,选择从头预测的方法对Vip3-like蛋白三维结构的理论模型进行预测分析.分析结果表明,Vip3-like蛋白由1个Vip3A-N超家族结构域和3个糖类结合结构域组成.与模式蛋白Vip3Aa相比,Vip3-like是一种分子量更大的蛋白质,且2种蛋白的表面静电势分布也存在差异.其Vip3A-N结构域仅由α螺旋和无规则卷曲组成,没有发现β折叠.3个糖类结合结构域主要由无规则卷曲和β折叠组成,仅存在1个α螺旋结构.结构域分析预示无规则卷曲和β折叠可能在Vip3-like和受体结合的过程中扮演着重要角色.通过比较分析,发现Vip3Aa和Vip3-like蛋白在三级结构上存在较大差异,仅仅在局部结构存在一定的相似性,Vip3-like可能并不属于Vip3Aa类蛋白家族而属于一种全新的Bt营养期杀虫蛋白质.     

长江河口潮位站潮汐特征分析

基于横沙、马家港、堡镇和永隆沙4个潮位站2009年实测的逐时水位资料,分析了长江河口潮位站潮汐的时空变化特征、分潮组成、潮汐类型和变形.长江河口潮位站的潮汐存在日不等现象,主要表现为高潮位不等,其中3月份、9月份期间的日不等现象小潮比大潮明显,而6月份、12月份期间则是大潮比小潮明显.统计给出了潮位站各月最大潮差和最小潮差,长江河口的潮差呈现双峰变化,月最大潮差在3月份、9月份出现极大值,6月份、12月份出现极小值;月最小潮差在6月份、12月份出现极大值,3月份、9月份出现极小值.受径流和摩擦等影响,在南支向上游潮差减小.因北支径流分流比小,且地形呈喇叭口状,使得永隆沙站潮差比其他3个潮位站大.长江河口潮汐主要由4个主要半日分潮（M ₂、S ₂、N ₂、K ₂ ）、4个主要全日分潮（K ₁、O ₁、P ₁、Q ₁）和3个主要浅水分潮（M ₄、MS ₄、M ₆）组成.半日分潮占绝对优势,受河口水浅的影响,浅水分潮显著.潮汐类型系数除了永隆沙站小于0.25,其余3站的均大于0.25,表明北支属于正规半日潮,而北港、南港和北槽则属于不正规半日潮.4个测站的潮汐变形系数均大于0.1,表明长江河口潮位站潮汐变形显著,其中以北支永隆沙潮汐变形最为严重,变形系数可达0.173.     

用基因嵌合和定点突变法定位甲酰肽受体的结合结构域

Ｎ－甲酰肽ｆＭｅｔ－Ｌｅｕ－Ｐｈｅ（ｆＭＬ）是来源于细菌的化学趋向性小肽，已知ｆＭＩＰ是活化中性颗粒白细胞的强激活剂，因此阐明ｆＭＬＰ受体结合ｆＭＬＰ的结构域对控制炎症的发生，中性白细胞在组织中的浸润具有重要意义。     

孔隙结构域的划分

对孔隙结构的要素进行了讨论，在此基础上对孔隙结构域进行了划分。其目的是为了能定量地解释孔隙结构的各种性质。