双向电泳技术研究镉诱导后牙鲆肝的差异蛋白质组

采用改良的TCA/丙酮法直接提取牙鲆肝脏蛋白质组,并采用双向凝胶电泳技术予以分离.实验结果表明:经氯化镉诱导后,牙鲆肝表达出16个差异蛋白质(斑点),其中4个斑点上调,2个斑点下调,6个斑点消失,新增4个斑点;并且蛋白质斑点在凝胶上的分布表现出较高的重复性.一旦这些差异蛋白质点在双向凝胶电泳图谱上实现标准指纹化后,其图谱中的差异蛋白斑点分布规律可用于监测与评价流动水体中镉污染程度及危害性.     

DMSO处理后中国仓鼠卵巢细胞的蛋白质组变化分析

在培养基中添加二甲基亚砜(DMSO)可使基因工程中国仓鼠卵巢细胞(CHO)外源蛋白乙肝表面抗原(HBsAg)的比生产速率提高4倍以上.为了进一步研究DMSO的作用机理,采用双相凝胶电泳技术分离在培养基中添加1.5%的DMSO后CHO细胞的总蛋白,胶态考马斯亮蓝G-250染色,GS-800凝胶扫描仪获取凝胶图像,并用PDQUEST软件分析,测得每张图谱平均斑点数量为1852±123,以其中一块胶为参考胶进行4块胶间的斑点匹配,其平均匹配的点数达1326±100,平均匹配率为71.6%以上.通过分析得到18个蛋白质点在添加了DMSO后表达量有明显变化(其中12个蛋白表达量明显降低,6个蛋白表达量明显增加.用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱测定其胶内酶解后的肽质指纹谱图和串级质谱图,用GPS软件查询NCBI数据库进行了鉴定.鉴定结果表明,这些差异蛋白中一些是与细胞周期有关的蛋白,一些是与细胞能量代谢相关的蛋白,还有一些是与蛋白翻译后修饰有关的酶,这些结果进一步深化了对DMSO提高CHO细胞表达HBsAg的机理的理解.     

血管紧张素Ⅱ诱导小鼠心肌肥大差异表达蛋白的鉴定与分析

采用蛋白质组学方法研究血管紧张素(AngiotensinⅡ,AngⅡ)诱导小鼠心肌肥大模型中心脏蛋白差异表达的变化情况并探讨其病理生理学意义.构建AngⅡ诱导的小鼠心肌肥大模型,提取小鼠的心脏蛋白,采用双向电泳技术分离差异表达的蛋白,凝胶考染后切取差异蛋白点进行质谱检测(MALDI-TOF)分析,获取的数据采用Mascot软件在NCBInr数据库内检索.结果发现AngⅡ模型组小鼠心脏蛋白图谱中有34个蛋白点表达量与对照组有显著差异,质谱鉴定出14种差异表达的蛋白,其中高表达的蛋白有2个,低表达的蛋白有12个.AngⅡ诱导小鼠心肌肥大模型中表达有差异的蛋白主要与能量代谢、氧化应激和细胞骨架有关.     

双向电泳和肽质谱技术分析结核杆菌H37Ra感染巨噬细胞引致的差异表达蛋白

利用双向电泳及质谱技术对感染结核杆菌H37Ra株前后的巨噬细胞U937株的蛋白质组进行分离和比较分析．双向电泳后在分子质量20～200ku，等电点pI3～10范围内分离出1913个不同蛋白质斑点，肉眼可以明显看见4个蛋白质斑点在表达上的差异．对其中分子质量约75ku等电点约9．5的蛋白质斑点酶解后，进行质谱分析，鉴定为分子质量75．4ku、等电点9．52的蛋白DEAD／H Box Polypeptide 18．说明用蛋白质组学研究结核杆菌与巨噬细胞相互作用机理是可行的，所鉴定的蛋白质DEAD／H Box Polypeptide 18可能与巨噬细胞防御系统有关．     

结核分枝杆菌H37Rv株与耐异烟肼菌株间细胞壁蛋白质组双向电泳图谱比较

利用双向电泳技术可以对体外培养的结核分枝杆菌非耐药型菌株和耐药型菌株进行细胞壁蛋白质组学比较,寻找与耐药相关的蛋白质．结核分枝杆菌H37Rv株与耐异烟肼菌株在Middlebrook 7H9 Broth培养基中37℃摇床培养1个月后,从培养物中提取结核分枝杆菌细胞壁蛋白．以pH4～7的IPG预制胶条为第一向等电聚焦,以SDS-PAGE为双向电泳第二向,经过银氨染色,图像扫描后,利用软件分析处理图像．在结核分枝杆菌H37Rv株和耐异烟肼菌株的细胞壁蛋白质凝胶图谱中分别检测出499和582个蛋白质斑点．它们的蛋白质分子质量分布基本相似,其中有102个斑点差异显著．这为研究耐异烟肼菌株的耐药机制提供了蛋白质组学方面的信息．     

出血病及粘孢子虫病鲫鱼蛋白质变化研究

利用双向电泳方法，以正常鲫鱼为对照，对感染出血病和粘孢子虫病后鲫鱼肌肉、肝脏组织内蛋白质变化作了比较分析．结果表明，正常鱼与病鱼肌肉组织显示出的蛋白质斑点约100个，其中含量较丰富的蛋白质斑点有20余种，以酸性蛋白居多．肝脏组织约有200余种蛋白质斑点存在，其中含量比较丰富蛋白质斑点有30余种，有较为广泛的分子量范围；感染出血病鲫鱼的肌肉组织中诱导出6个新的蛋白质斑点，肝脏中诱导出19个蛋白质斑点．在感染粘孢子虫病的鲫鱼肌肉中，有3个蛋白质斑点消失，诱导出3个蛋白质斑点，肝脏中有16个斑点消失，这些变化可以作为辅助疾病诊断的生化指标，为从生化水平揭示该病的致病机理及开展早期预防研究奠定基础．     

祛瘀和养阴不同功效中医经典方剂抑制CCl4诱导大鼠肝硬化的作用机制

探讨了祛瘀的下瘀血汤和养阴的一贯煎抑制CCl₄诱导的大鼠肝硬化形成的不同作用机制.采用方法为给大鼠先皮下注射CCl₄ 3mL/kg，然后注射50% CCl₄橄榄油溶液2mL/kg，每周2次，第9周开始随机将大鼠分为模型对照组、下瘀血汤组及一贯煎组，药物干预的同时继续CCl₄诱导建立大鼠肝硬化模型，至12周末取材.检测指标为：肝组织病理学；肝组织羟脯氨酸含量；肝组织α-SMA，CD68，MMP-13，TIMP-1，TIMP-2蛋白表达；MMP-2，MMP-9的活性；肝细胞凋亡指数及Caspase-12，HGFα蛋白表达.结果显示：（1） 与正常大鼠比较，模型大鼠8周时α-SMA，CD68，TIMP-1蛋白表达显著增加，12周时显著高于8周模型对照组；MMP-13，HGFα，TIMP-2蛋白表达逐渐降低，各时间点相互比较具有显著性差异；MMP-2，MMP-9活性4周时显著升高，8周时较4周略有升高，12周时显著高于8周模型对照组；肝细胞凋亡指数，Caspase-12蛋白表达量逐渐增加，且各时间点比较均具有显著性差异.（2） 与同期模型对照组比较，干预组MMP-9活性及MMP-13，TIMP-2，HGFα蛋白表达量均显著增加，其中下瘀血汤组MMP-9，MMP-13显著高于一贯煎组，一贯煎组TIMP-2，HGFα显著高于下瘀血汤组； 干预组MMP-2活性，TIMP-1蛋白表达显著降低，且一贯煎组显著低于下瘀血汤组；一贯煎组肝细胞凋亡指数，Caspase-12蛋白表达量显著减少.由此得出结论：祛瘀的下瘀血汤和养阴的一贯煎均可有效地抑制CCl₄诱导的大鼠向肝硬化发展，下瘀血汤的主要作用在于提高MMP-9的活性及MMP-13的蛋白表达，其祛瘀作用的主要机制是促进胶原纤维的降解；而抑制肝细胞凋亡和肝星状细胞的活化是一贯煎养阴的主要作用途径.     

山茱萸作用鼠IgA肾病的肾组织差异蛋白质谱

通过小鼠肾组织的双向电泳(2DE),发现单味中药山茱萸醇提物(FCE)作用鼠IgA肾病的肾组织差异蛋白质表达谱发生显著变化.比较IgA肾病和正常小鼠肾组织的2DE图,在1267个蛋白点中有664个匹配蛋白点,其中表达量差异在2倍以上的有263个,另有3种蛋白在IgA肾病肾组织中未被表达和1种蛋白特异表达.比较FCE服用前后鼠IgA肾病肾组织的2DE图发现,在原先差异表达的263个蛋白质中,用药后有147个显著地恢复正常表达,在IgA肾病3种未表达和1种特异表达的蛋白都恢复了正常表达,同时用药后新出现1种特异表达蛋白.该方法提示,这些差异和特异表达的蛋白质可能是IgA肾病和FCE药物作用的靶蛋白,FCE能有效地纠正小鼠IgA肾病可能是通过影响这些靶蛋白而起作用的.     

肝癌细胞株HepG-2的G1期细胞蛋白质组双向电泳图谱的建立

采用双向电泳分离肝癌细胞株 HepG2 的 G1 期细胞的蛋白质,经考马斯亮蓝染色及图像扫描与分析显示:在 pH3-10,13 cm 的 IPG 胶条上,可分离到 227 个重复性及分辨率均较好的蛋白斑点,蛋白斑点的匹配率为 84%.建立了 HepG2 的G1 期细胞蛋白质组双向电泳图谱,为其蛋白质组学的进一步研究奠定了基础.     

日本囊对虾性腺蛋白质双向电泳的样品制备方法的改进

采用一种能同时提取RNA、DNA和Protein的试剂(RDP试剂)进行日本囊对虾性腺总蛋白质的制备,并通过双向电泳(2 - DE)技术与传统的裂解液法比较提取效果.RDP法所得2- DE图谱清晰,条纹少,蛋白质点数多,而裂解液法存在横向和纵向拖尾,其碱性端蛋白质点大量缺失,说明RDP法能有效去除蛋白质样品中盐离子、脂...     

Two-dimensional gel electrophoresis analysis of the proteomes expressed in the human hepatoma cell line BEL-7404 and normal liver cell line L-02

Proteome analysis technology has been used extensively in conducting discovery research of biology and has become one of the most essential technologies in functional genomics. The proteomes of the human hepatoma cell line BEL-7404 and the normal human liver cell line L-02 have been separated by high resolution two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) with immobilized pH gradient isoelectric focusing (IPG-IEF) in the first dimension and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) in the second dimension (IPG-DALT). The resulting images have been analyzed using 2-D analysis software. Quantitative analysis reveals that 7 protein spots are detected only in hepatoma BEL-7404 cells, 14 only in L-02 cells, and 78 protein spots show significant fluctuation in quantity in both cell lines (P< 0.01). These protein spots have been displayed on a proteome differential expression map. Analysis for the reproducibility of 2-DE indicates that the positional variability in the IEF dimension is 0.73 mm, while the variability in the SDS-PAGE dimension is 0.44 mm, and the quantitative variability is 17.6%–19.2%. These results suggest that the reproducibility of 2-DE has been suitable for the study of differential expression of proteomes. Proteome differential expression maps can be useful tools for disease diagnosis, drug-target validation analysis and biological process elucidation.     

一种优化的双向凝胶电泳方法

双向凝胶电泳技术是蛋白质组学研究的基础性技术平台 ,如何得到一张高质量的双向凝胶电泳图谱是进一步深化研究的关键 .该文利用人永生化食管上皮细胞系SHEE为材料 ,采用IPG DALT系统双向凝胶电泳技术 ,通过对样品的制备及预处理、第一向等电聚焦、平衡和两向间的转移等关键步骤进行改进和优化 ,获得了高分辨率、高重复性的双向凝胶电泳图谱     

巴西橡胶树树皮蛋白质组学分析体系的构建

巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)是一种重要的产胶植物,其体内合成和贮存胶乳的地方是乳管系统,而乳管主要分布于树皮中。以10年生巴西橡胶树无性系“热研88-13”为研究对象,采用改进的三氯乙酸(TCA) 丙酮沉淀法提取树皮蛋白,使用17 cm,pH 4~7的IPG胶条进行双向电泳,得到良好的蛋白图谱。PDQuest软件(Bio rad)分析银染后的凝胶,共得到约350个蛋白点。从这些蛋白点中随机选取10个蛋白点经基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)分析后,搜索NCBInr数据库对蛋白进行鉴定。结果显示,这些蛋白主要包括两种来源于巴西橡胶树中的重要蛋白,即橡胶小粒子蛋白(Small rubber particle protein)和橡胶树凝集因子(hevein),此外还有一些其他功能和未知功能的蛋白。     

拟南芥全细胞蛋白质样品制备及其双向电泳条件的优化

对双向电泳方法进行了改进, 包括对样品的制备、 双向电泳参数的选择等关键步骤进行优化. 实验发现, 采用乙酸铵 甲醇沉淀拟南芥全细胞蛋白质, 同时结合高伏时、 长时间的等电聚焦可以获得高分辨率、 重复性好的蛋白质双向电泳图谱. 银染后, 经Phoretix 2D v2004软件分析可分辨出1 000以上蛋白点.     

适合杨树叶片蛋白质组学样品制备方法的比较

【目的】为了提高植物叶片中低丰度蛋白质的检测效率,建立有效的杨树叶片蛋白质组学分析的蛋白质提取方法。【方法】利用三氯乙酸-丙酮结合PEG分级提取方法和SDS-酚结合PEG分级提取方法对杨树叶片蛋白质进行提取,并采用SDS-PAGE和双向凝胶电泳(2-DE)对提取结果进行评价。【结果】SDS-PAGE实验结果显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG方法优于SDS-酚结合PEG分级方法。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级和非结合PEG分级提取蛋白质的双向电泳结果表明,PEG分级能有效地去除高丰度蛋白质Rubisco,提高低丰度蛋白质的检测。三氯乙酸-丙酮结合PEG分级法检测的蛋白质比非结合PEG分级法多90个蛋白质点。【结论】以LTQ-Orbitrap XL分析三氯乙酸-丙酮结合PEG分级分离的一些蛋白质显示,三氯乙酸-丙酮结合PEG分级对于2-DE和MS鉴定低丰度蛋白质是一种有效的分离方法。     

小鼠肝组织可溶性蛋白质双向电泳条件的建立

研究的主要目的是建立小鼠肝组织可溶性蛋白质组的双向电泳技术,以等点聚焦为第一向,垂直SDS-PAGE为第二向进行双向电泳,并对样品处理方式、蛋白上样量、凝胶浓度和染色方法等关键因素和环节进行了比较研究,通过实验条件的筛选和优化获得了较满意的双向电泳图谱。采取的方法具有较高的分辨率和重复性,为进一步实验打下良好基础。     

橡胶树胶乳橡胶粒子死皮相关蛋白的鉴定及分析

橡胶树死皮是影响天然橡胶产量的重要因子之一。采用双向凝胶电泳对健康树和死皮树橡胶粒子中差异表达的蛋白进行分离,分析获得35个差异表达的蛋白点,通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析及搜索Uniprot rubber数据库后,有13个蛋白点被成功鉴定,其中橡胶延长因子(rubber elongation factor,REF)、法尼基焦磷酸合成酶(Ffarnesyl-diphosphate synthase,FPS)、谷胱甘肽过氧化酶(glutathione peroxidase,GPX)、谷胱甘肽还原酶(glutathione reductase,GR)、翻译控制肿瘤蛋白(translationally controlled tumor protein,TCTP)、热激蛋白(heat shock protein, HSP)等主要蛋白参与了橡胶的生物合成、活性氧代谢及细胞凋亡过程。说明橡胶的生物合成、活性氧代谢及细胞凋亡途径可能是橡胶树死皮发生的关键调控途径。     

低温胁迫下克恩氏冬青幼苗叶片差异蛋白质分析

【目的】研究克恩氏冬青叶片应答低温胁迫的蛋白表达情况,探讨克恩氏冬青耐寒的作用机理。【方法】以2年生幼苗为试材,对其进行-8 ℃和-16 ℃低温胁迫处理,运用双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS)检测并分析叶片差异表达蛋白,并对差异蛋白进行了生物信息学分析。【结果】在低温胁迫下,克恩氏冬青幼苗叶片中蛋白表达发生了明显变化,胁迫前后发现共有31个显著差异的蛋白质点,经质谱检测及数据库检索,成功鉴定了其中23个差异表达蛋白点。对其中的20个蛋白成功进行了功能分类,主要涉及蛋白质和氨基酸代谢、光合作用、氧化还原平衡、防御作用、碳水化合物代谢、脂类代谢、氮素代谢等生物学过程。【结论】克恩氏冬青应答低温胁迫是多种蛋白质共同作用的结果,主要通过调节多种代谢过程中的相关蛋白表达来发挥作用。