基于COI基因的摇蚊亚科部分属的系统发育分析(双翅目:摇蚊科)

测定23种摇蚊亚科摇蚊线粒体COI基因的部分序列,并结合从Gen Bank下载的25种该亚科摇蚊同源序列进行分析,研究摇蚊亚科物种的分类和系统进化关系.运用MEGA5.1构建的邻接法(NJ)和最大简约法(MP)系统发育树表明:多足摇蚊属复合体中的斑摇蚊属、倒毛摇蚊属、内摇蚊属、明摇蚊属聚在一支,亲缘关系较近;狭摇蚊属单独聚为一支;长跗摇蚊属群中的大部分属的亲缘关系也较近;哈摇蚊属群仅有部分属聚在一起,均与基于形态学的系统发育研究结果一致.     

直突摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分属基于16S rDNA序列的系统发育研究

利用16S rDNA部分基因序列对直突摇蚊亚科代表性属级阶元进行了分子系统学研究,共测定了27属30种基因片段,以Chironomus samoensis和Diamesa bertrami作为外群,采用贝叶斯分析方法构建了分子系统树.结果显示:裸须摇蚊属Propsilocerus为较早分化出来的类群,解释了该属在该亚科中的原始性;棒脉摇蚊属Corynoneura也较早被分出,也解释了其在形态上具有相似的一些近祖特征;拟开氏摇蚊属Parakiefferiell和克莱施密摇蚊属Krenosmittia,伪直突摇蚊属Pseudorthocladius和陆直突摇蚊属Georthocladius各自形成姐妹群,此结果与基于形态学的系统发育研究结果相一致.由此可以看出16S rDNA序列是一种适合于研究摇蚊类群属间及种间关系的分子标记.     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究（双翅目：摇蚊科）

以检索形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科幼虫,共３属,７种,其中东方帕摇蚊,高山寡角摇蚊,津氏寡角摇蚊,罕见寡角摇蚊,泽尼寡角摇蚊,５种为中国新记录种。     

缘蝽科部分种类线粒体COII基因的分子系统学研究(半翅目:异翅亚目)

测定分析了缘蝽科18种昆虫COII基因部分片段,结果显示,T、C、A、G的平均含量分别为33.6%、16.4%、36.3%和13.7%.A+T平均含量达到69.9%,表现出较强的A+T含量偏向性.碱基替换中转换频率是颠换的1.1倍;转换的发生以T与C之间为主,颠换以T与A之间为主.从GenBank下载长蝽总科的Oncopeltus fasciatus和猎蝽总科的Triatoma dimidiata作为外群,建立缘蝽科17属18种间的系统发育关系.结果证明狭义巨缘蝽族为一个单系群,竹缘蝽族的两个属为一单系群,鼻缘蝽属与同缘蝽属亲缘关系非常近,环胫黑缘蝽(沟缘蝽亚科)和竹缘蝽族亲缘关系比较近,叶足特缘蝽和怪缘蝽亲缘关系较近.     

核基因在鱼类分子系统学研究中的应用 (运筹学与控制论)

利用分子标记探讨鱼类的系统发育和分子进化已经逐渐成为现代鱼类系统学研究的热点之一。本文综述了核基因在鱼类分子系统发育和分子进化研究中的应用现状及其存在的优缺点。常用的核基因主要有核糖体基因,其中保守的18SrDNA及28SrDNA主要用于研究高级分类阶元;在研究亲缘关系较近的物种以及不同地理种群时,比较常用到的则是ITSs以及SINEs;而RAGs及S7性质独特,也常被用于鱼类的分子系统学研究中。以往的研究主要利用线粒体基因(如Cytb等)研究鱼类的分类和进化,但多年来的研究发现,线粒体基因在研究鲤形目(Cypriniformes)、鲈形目(Perci-formes)等鱼类系统发育时并不能成为最佳的选择。最近的研究表明,核基因能够弥补线粒体基因的缺陷,并可广泛应用于鱼类系统发育研究。然而,核基因的应用也面临着如下问题:1)因核基因重组导致数据分析难度较大;2)鉴定不同类群时存在一定误差;3)单倍性核基因片段较难获得;4)对某些进化时间短的群体的系统发育研究效果较差。随着上述问题的逐步解决,核基因的应用将会更加广泛。     

长白山寡角摇蚊亚科幼虫研究(双翅目:摇蚊科)

以检索表形式记述了长白山摇蚊科寡角摇蚊亚科（Ｄｉａｍ ｅｓｉｎａｅ）幼虫,共３ 属,７ 种,其中东方帕摇蚊Ｐａｇａｓｔｉａ ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ（Ｔｓｈｅｒｎｏｖｓｋｉｊ）,高山寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ａｌｐｉｎａ Ｔｏｋｕｎａｇｅ,津氏寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ｔｓｕｔｓｕｉ Ｔｏｋｕｎａｇａ,罕见寡角摇蚊Ａ Ｄｉａｍ ｅｓａ ｇｒ． ｉｎｓｉｇｎｉｐｅｓ ＫｉｅｆｆｅｒＮｏ．Ａ,泽尼寡角摇蚊Ｄｉａｍ ｅｓａ ＺｅｒｎｙｉＥｄｗ ａｒｄｓ ５ 种为中国新记录种     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

雀科9种鸟类11个线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究

利用PCR方法对雀科9种鸟类11个线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇,即IQM(tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet),WANCY(tRNATrp-tlRNAAla-tRNAsn-tRNACyB-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN))进行扩增和序列测定,这些tRNA基因序列中可变核苷酸位点占15%,其中59%出现在环区,且存在插入核苷酸;茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变,G-u配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要.利用11个线粒体tRNA基因全序列,以鹌鹑为外群构建了雀科9种鸟类的系统发育树,结果表明:黄雀与其它物种关系较远;鹀亚科中灰头鹀与雀亚科关系最近,而小鹀与三道眉草鹀比较特化,这与根据二级结构特征得出的结论相吻合.利用茎区序列构建的NJ树在鹀亚科物种的分类地位上存在分歧,可能是由于核苷酸数目较少,信息量小,在解决近缘物种间的分类地位时受到限制.结合线粒体tRNA基因二级结构特征比较和系统发育分析,初步认为线粒体tRNA基因二级结构特征对于推断雀科属间的分类地位具有较高的置信度.     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

从线粒体16S rDNA部分序列探讨厚蟹属的系统学位置

测定了天津厚蟹线粒体16S rDNA部分序列。基于天津厚蟹和方蟹科另外13种蟹类线粒体16S rDNA部分序列构建的NJ树，表明前者和弓蟹亚科7个属形成单系群，自引导值达到94％, 支持将厚蟹属从相手蟹亚科移至弓蟹亚科。     

线粒体基因和核基因在蝶类分子系统学中的研究进展

综述16S rDNA、Cyt b、COⅠ、COⅡ、ND 5等线粒体基因和OPS1、Period、T p i、M p i、EF-1a、W ing less等核基因在蝶类分子系统学中的应用,认为通过系统学的研究,可以明确蝴蝶各分类阶元之间的进化关系,确立一些有争议物种的分类地位以及进行相关物种的系统地理探讨。运用线粒体基因序列与核基因序列相结合来研究生物的系统发育是分子系统学领域的一种必然发展趋势,它可以为我们解决蝶类分类问题提供分子上的证据。     

结合雌性交配囊的尖鞘叩甲亚科(叩甲科)比较研究

叩甲科是鞘翅目最大的科之一,其幼虫"金针虫"常作为重要的地下害虫,给农业生产带来重大损失.而尖鞘叩甲亚科Oxynopterinae是其中量小、个大、体美的一个类群.该类群的研究历史,特别是分类历史,存在族级阶元不明晰、种间变异不明显等问题,其中梳角叩甲属Pectocera Hope,1842过去长期放在该亚科内,近年来不少学者提出将其移出并放入异角叩甲亚科Pityobiinae里,但也一直没确切的证据.在叩甲的分类历史里,人们主要依靠形态特征和雄性外生殖器特征来鉴定,忽视了对雌性生殖系统,特别是交配囊结构对于划分属级及以上分类阶元的重要作用.本研究通过解剖尖鞘叩甲亚科各属(尖鞘叩甲属除外)雌性生殖器官,发现和比较了各属交配囊结构的差异,同时结合形态学特征,明确尖鞘叩甲各亚科各属间亲缘关系.结果表明梳角叩甲属Pectocera Hope与尖鞘叩甲亚科其它属形态和交配囊差异较大,亲缘关系较远.     

金缕梅亚科ITS序列分析及其系统发育初探

对金缕梅亚科部分植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５８Ｓ）序列进行分析,并构建分子系统树．结果表明：金缕梅亚科是单系类群;金缕梅族为多系类群,木属是本研究中金缕梅亚科内分化最早的一支,而金缕梅属与弗特吉族关系密切;蚊母树族、狭义的弗特吉族均不形成单系分支,支持蚊母树族与弗特吉族合并;秀柱花属是牛鼻栓属的姐妹群,支持将牛鼻栓属并入秀柱花族     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以鮀亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮀和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮀亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鮀属(Xenophysogobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).     

基于线粒体蛋白编码基因探讨飞虱科Delphacidae13属系统发育关系

飞虱科昆虫隶属于半翅目蜡蝉总科,是世界上最重要的农业害虫之一.昆虫的线粒体基因是昆虫分子与进化研究中常用且有效的分子标记.本研究基于线粒体蛋白编码基因探讨了飞虱科13属18种的系统发育关系,分别采用距离法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树得到的结论是一致的,即在飞虱科13属中,Ugyops属较为原始,处于系统树的基...     

线粒体DNA d—loop序列变异与鳅Tuo亚科鱼类系统发育

对鳅Tuo亚科（Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定。以Dan亚科斑马鱼为外类群，对鳅Tuo及鲤科（Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析。结果显示，鳅Tuo鱼类是一个单系类群，与Ju和细鲁鲫有较近的亲缘关系。从系统发育的角度看，鳅Tuo亚科应归属于Ju亚科(Gobioniae)。研究结果支持鳅Tuo亚科分为异镖鳅Tuo属（Xenophysogobio)和鳅Tuo属（Gobiobtia)。     

盲蝽科(半翅目异翅亚目)部分昆虫酯酶同工酶比较研究

运用酯酶同工酶电泳技术获得盲蝽亚科Mirinae、合垫盲蝽亚科Orthotylinae、叶盲蝽亚科Phylinae和齿爪盲蝽亚科Deraeocorinae 4个亚科12个属的23种盲蝽的酯酶同工酶(EST)酶谱．将所获得的酶谱数据(酶带和相对迁移率Rf)转化为二态特征数据，建立矩阵，用系统发育分析软件包WinClada 1．00．04对数据矩阵进行分析运算，分别获得各个亚科内和亚科间的系统发育树．分析结果表明：①酯酶同工酶酶谱特征在不同属级单元之间以及同属的不同种类之间都存在着明显的差异；②不同属种之间酯酶同工酶特征的相似程度与外部形态特征之间的相似程度不一致，以外部形态为主要依据的传统分类的一些属不是真正的单系群；③酯酶同工酶酶谱特征所反映出的盲蝽科4个亚科间的相互关系与Sehuh 1974年所做的盲蝽科内系统发育部分一致，但合垫盲蝽亚科与叶盲蝽亚科之间不是直接的姐妹群关系．4个亚科的关系为(((盲蝽亚科Mirinae，齿爪盲蝽亚科Deraeocorinae)叶盲蝽亚科Phylinae)合垫盲蝽亚科Orthotylinae)；④盲蝽亚科内存在着明显的异质性，需要进一步分类修订．     

利用ITS(nrDNA)和matK(cpDNA)探讨姜族植物的系统发育

姜族是姜科中最大的族,包括25个属,与舞花姜族共同组成姜亚科.本研究应用ITS,matK片段,通过最大简约法(Maximum Parsimony)、Bayesian推断(Bayesian Inference)、最大似然法(Maximum Likelihood)对获得的序列进行联合矩阵分析,构建基因树,对姜族与舞花姜族之间的关系及族内类群间的亲缘关系进行探讨.系统树的拓扑结构显示:①姜亚科为单系类群.②Distichochlamys与Scaphochlamys、象牙参属与距药姜属、直唇姜属与喙花姜属是姐妹类群.③姜花属、象牙参属、山奈属、姜属是单系类群.④姜黄属与Paracautleya,Smitha-tris,Hitchenia形成并系类群.⑤凹唇姜属与拟姜黄属成并系类群.ITS和matK片段对姜族内部深分支系统关系的解决力尚有不足,建议今后寻找新的分子标记进行更为深入的研究.     

蚜蝇科昆虫比较线粒体基因组分析

通过检索GenBank数据库(截止2018年9月)和查阅文献资料,对已知的6种蚜蝇线粒体基因组全序列进行了分析,其基本结构特点是:1)全序列在碱基组成中表现出很强的AT偏向性; 2)未出现基因重排现象; 3) tRNA基因的二级结构为典型的三叶草结构; 4)大多数线粒体蛋白编码基因的起始密码子都是ATN。同时基于8条线粒体基因组全序列(含3个外群)构建蚜蝇科系统发育关系,结果支持蚜蝇科的单系性。