基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义

本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测 GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究 GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)探索 GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路。结果表明,肾透明细胞癌组织中 GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌 GALNT...     

TCP11基因在宫颈癌中表达的意义

目的 探讨TCP11基因在宫颈癌组织和细胞中的表达水平以及与HPV感染、患者临床特征和预后之间的关系。方法 运用UALCAN数据库及GEPIA数据库分析TCP11基因在宫颈癌中的表达及其与宫颈癌患者年龄和肿瘤分级的关系;运用The Human Protein Atlas(HPA)数据库、UALCAN数据库及Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析TCP11基因的表达与宫颈癌患者生存率的关系;运用UALCAN数据库分析在宫颈癌中TCP11基因启动子甲基化状态。运用组织芯片分析TCP11基因在正常宫颈及宫颈癌组织中表达水平。利用第二代杂交捕获技术(HC-2)检测所收集样本HPV感染情况。体外培养HaCaT细胞(一种永生化的上皮细胞)及宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞,利用Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌细胞中TCP11蛋白和mRNA表达水平。结果 运用HPA、UALCAN、GEPIA数据库分析发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达,且与宫颈癌患者生存率显著相关(P<0.05);TC...     

恶性胸膜间皮瘤中间皮素表达的临床病理相关性及其预后意义

通过探讨间皮素(MSLN)与恶性胸膜间皮瘤临床病理之间的相关性及其预后意义.采用R 3.6.3对美国公共癌症基因数据库(TCGA)进行数据挖掘和分析,利用Oncomine数据库对非癌组织与癌组织中MSLN的表达量进行比较分析,采用基因表达谱动态分析(GEPIA)构建Kaplan-Meier生存模型探究MSLN表达量对恶...     

头颈部鳞状细胞癌差异表达基因分析

头颈部鳞状细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一,病死率很高。本文从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载头颈鳞癌的基因表达数据和临床数据,筛选HPV阳性和HPV阴性的头颈鳞癌组织之间与患者生存相关的差异表达基因,然后参考COSMIC和TSGene2.0数据库中的原癌基因和抑癌基因信息,挑选出可能使HPV阳性头颈鳞癌患者的预后优于HPV阴性头颈鳞癌患者的预后的基因。根据生存分析找到MAP4K1、IKZF3、MZB1、TSPAN32、CCND1、CDK6和WT1与HPV相关的头颈鳞癌的预后相关,为头颈鳞癌的临床诊断和治疗提供潜在的靶点。     

Nm23-H1 基因在膀胱移形细胞癌中的表达及意义

膀胱移行细胞癌石蜡包埋标本62例，正常对照标本9例，采用免疫组化SP法研究nm23-H1基因表达与膀胱癌分级、分期、复发及转移的关系。结果表明：nm23-H1基因在62例膀胱癌中的阳性表达率为66．1％，阳性表达率随膀胱移行细胞癌分级、分期的增高而增高，而随复发及转移的增多而降低。因此推论，nm23-H1基因在膀胱移行细胞癌形成过程中起促进作用，而在复发和转移过程中起抑制作用。可作为评价膀胱癌恶性度、肿瘤进展的指标。     

p53蛋白与肝细胞癌临床病理特征及预后的关系

目的 探讨p53蛋白表达与肝细胞癌的临床病理特征及预后的关系,为术后综合治疗及判断预后提供依据。方法 采用免疫组织化学方法检测88例肝细胞癌组织中p53蛋白的表达,比较阳性患者和阴性患者的临床病理因素和术后累积复发率、术后累积生存率的差异。结果 p53蛋白表达阳性组1、2、3累积生存率分别为75．0％、54.4%、24．2％,阴性组相应的分别为84．3％、77．8％、56．1％。与阴性组相比,p53蛋白阳性组有较高的术前AFP浓度（P=0．005）、有较大的肿瘤最大直径（P=0．042）、肿瘤包膜不完整或无包膜者多见（P=0．023）。结论 p53蛋白是评价肝细胞癌恶性程度及预后的一个有价值的生物学指标。     

癌基因AVIL在肝癌中的表达及其预后分析

为探究Advillin(AVIL)基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及其与患者临床特征、预后的关系,回顾性收集76例肝细胞癌患者的癌及配对癌旁组织,利用免疫组化法对AVIL蛋白表达水平进行检测;采用χ~2检验分析AVIL表达差异与患者临床特征的关系,运用Kaplan-Meier进行生存分析,并通过Cox单因素及多因素探索影响患者生存预后的相关因素。结果表明:AVIL在肝细胞癌组织中高表达(P0.01),其表达水平与BCLC分期及Edmondson分级有关(P0.05);AVIL高表达患者的生存时间显著低于低表达患者(P0.05);Cox单因素法提示AVIL表达水平、BCLC分期、肿瘤大小、有无癌栓、有无多灶性、甲胎蛋白(AFP)表达水平、谷草转氨酶(AST)表达水平、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)表达水平、有无肝外转移与肝细胞癌患者预后相关(P0.05);然而Cox多因素法提示AVIL表达水平并不是预测肝细胞癌患者预后的一个独立因素(P0.05)。综上可知,AVIL基因在HCC中高表达并与BCLC分期及Edmondson分级有关,其高表达提示肿瘤恶性程度高、预后不良,但AVIL不作为影响肝癌预后的独立因素,研究结果为寻找肝细胞癌诊断及判断预后的分子标志物提供了新的方向。     

肝细胞癌中异常甲基化差异表达基因的生物信息学分析

肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

基于TCGA数据库分析UHRF1基因在恶性胸膜间皮瘤中的表达及预后意义

利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1（UHRF1）在恶性胸膜间皮瘤（MPM）中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 mRNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量与临床病理参数的相关性;构建Kaplan-Meier模型和单因素多因素COX回归模型分析UHRF1基因在MPM中的预后;利用TIMER2.0数据库分析UHRF1基因与免疫细胞浸润的关系; GSEA分析UHRF1基因发挥功能的主要富集通路。选取8例MPM组织及4例非MPM胸膜组织,通过RT-qPCR的方法验证UHRF1在MPM与非MPM胸膜组织的表达情况。数据库分析结果表明,与正常肺组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中高表达; UHRF1高表达患者提示MPM患者预后不良;UHRF1基因表达量与CD4⁺辅助型T细胞2、CD4⁺效应记忆性T细胞、巨噬细胞等多种免疫细胞浸润水平具有显著的相关性（P ＜ 0.01）,且显著影响MPM患者的预后。功能富集分析显示,UHRF1主要在DNA复制、蛋白酶体、同源重组等通路中起作用。在收集到的病例样本中,与非MPM胸膜组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中的表达显著增高（P ＜ 0.001）。UHRF1在MPM组织中高表达,可能通过调节DNA甲基化和免疫细胞浸润来影响MPM患者预后,有望成为MPM治疗和预后评估的潜在靶点。     

数据挖掘中衍生过程的研究

在对基于统计数据仓库的海量历史数据进行数据挖掘和知识发现过程中,产生出一大类带有时态特征的衍生信息,可以归结定义为衍生过程.本文介绍了在万峰统计数据仓库中进行数据挖掘和知识发现过程中的衍生现象,定义了衍生过程的数学模型,并对统计数据挖掘中衍生过程模型的建立提出了相关规则.     

基于数据仓库和数据挖掘的高校决策支持系统的探索

在论述的数据仓库、数据挖掘和决策支持系统的基本概念及其关键技术和系统设计方法的基础上，提出了基于数据仓库和数据挖掘的决策支持系统的解决方案．在新方案中将数据库、模型库、方法库有机结合在一起，使系统的高度集成，DSS真正实现从模型驱动到数据驱动的转变．根据当前高校的实际需求，将其在高校管理应用中进行探索，然后重点分析了系统设计在人事管理中典型应用，通过该系统为高校决策提供了科学的依据，指导发展。     

基于数据挖掘分析含青蒿方剂的配伍规律及应用特点

目的 基于数据挖掘技术探讨青蒿配伍规律及应用特点,为临床使用中药青蒿提供参考依据。方法 以国家人口与健康科学数据共享平台收录的含青蒿中药方剂为数据来源建立青蒿方剂数据库,利用MicrosoftOffice Excel 2021、IBM SPSS Modeler 18.0、IBM SPSS Statistics 23.0等软件对纳入方剂进行分析,使用Cytoscape3.7.2软件构建网络可视图。结果 最终纳入含青蒿的中药方剂50首,主治疾病为发热。涉及的189味中药累计使用564次,性多寒、温,味辛、苦,归肝经、肺经为主,功效分类上以清热药、补虚药、解表药最为常见。高频中药关联规则分析显示,药对组合中青蒿-柴胡,青蒿-黄芩的支持度较高;三味药组中青蒿-黄芩-柴胡的支持度最高。治疗发热时,青蒿常与柴胡、黄芩、金银花等中药配伍,高频中药关联规则45项,聚类分析得到5类治疗发热的基本药物组合。结论 本研究分析总结了含青蒿中药方剂的主治病证、配伍规律及应用特点,为临床科学规范使用青蒿提供了参考。     

基于数据挖掘的财富指数提取

基于国家统计局的调查数据,通过数据挖掘技术对判断人们财富状况的关键因素进行了分析,提取了若干我们称之为财富指数的指标,得到了比较符合实际的结果.     

数据挖掘中频繁项集挖掘算法的改进

Apriori算法是关联规则挖掘中的经典算法,一直是数据挖掘领域的研究热点。传统的Apriori算法由于产生过多的无用的候选项集以及需要多次扫描数据库导致在一定程度上限制了算法的效率。本文针对这一问题,提出一种新的RF－Apriori算法。该算法首先对数据进行二元处理;然后利用项集的反单调性减少候选项集的产生,从而提高算法效率。实验结果表明,RF －Apriori算法效率明显优于Apriori算法。     

CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2(CCNB2)在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的 m RNA的表达;通过c Bioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明：CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从c Bioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB...