基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

以生活在同一生境,但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象,通过16S rRNA基因扩增子测序,分析和比较其肠道菌群.共识别出5378个操作分类单位(OTUs),主要隶属 Firmicutes(40.55％),Proteobacteria(34.60％)和 Bacteroidetes...     

16S rRNA基因测序技术分析胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群特征

提取胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析其胃黏膜菌群特征.所有样品胃黏膜菌群在门分类水平上,其结构主要由变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门等组成;在属分类水平上,则由螺杆菌属、Gilliamella属、链球菌属和Snodgrassella属等优势菌属组成;其中YHP14、YHP15和...     

石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定

针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%～10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源.     

16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的应用

分子生态学技术的发展大大促进了人们对环境中微生物群落的研究，也为研究油藏微生物群落和微生物采油技术提供了一个新的工具，尤其16S rRNA基因技术应用于油藏微生物生态研究．该技术克服了基于细胞水平研究方法的不足，能更准确、更客观地揭示油藏微生物的多样性、群落动态变化、种群结构及进化等方面的信息．文章简要综述了16S rRNA基因技术发展历程及在环境微生物生态学中的应用，详细概述了16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的地位和作用以及用于油藏微生物生态研究的16S rRNA基因技术，讨论了16S rRNA基因技术目前在油藏微生物生态研究中存在的问题，通过实例论证了该技术的现场应用效果，重点介绍了胜利油田利用T-RFLP、DGGE等分子生态学技术在河口采油厂罗801区块空气辅助微生物驱和单12区块内源微生物驱研究中的应用，阐明了分子生态学技术在微生物提高原油采收率研究中的重要的意义．     

基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBaye...     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序

通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系.     

“传统”垃圾填埋场渗滤液中古细菌16S rRNA基因的RFLP分析

"传统"垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的多样性通过不依赖于培养的分析而获得.将渗滤液中古细菌的16S rRNA基因片断(16S rDNA)选择性地扩增出来并用于构建16S rDNA克隆文库.文库内古细菌16S rDNA的遗传变异性通过RFLP分析(限制性内切酶Hha Ⅰ和Hae Ⅲ)而得到.80个随机选出的古细菌rDNA克隆子被划分为29个不同的RFLP型(组),其中最大的5个型共占所有被分析克隆子的53%左右,而其余24个型的丰度均处于相对较低的水平,其中16个型更仅含有1个克隆子.有关结果表明,对克隆16S rDNA片断的RFLP分析是评估复杂厌氧系统中微生物群落多样性的有力工具.     

博来霉素和内毒素诱导两种品系小鼠肺纤维化模型的比较研究

目的 通过比较博来霉素和内毒素诱导ICR、C57BL/6两个品系小鼠的肺纤维化程度,从而建立合适的小鼠肺纤维化模型。方法 分别将ICR、C57BL/6两个品系小鼠随机分为对照组、博来霉素组、内毒素组。博来霉素组向气管注射博来霉素(5 mg/kg体质量),内毒素组尾静脉注射内毒素(40 EU/kg体质量),对照组气管注射等量生理盐水。两个品系的对照组、博来霉素组、内毒素组分别于造模后第7、14、28天各处死8只,观察小鼠一般情况,测量小鼠肺系数;采用HE染色观察肺组织病理学变化; ELISA法检测肺组织中羟脯氨酸的含量。结果 与对照组相比,两个品系的博来霉素组和内毒素组的肺系数、肺组织羟脯氨酸含量均不同程度增加,有显著性差异(P0. 05)。结论 C57BL/6小鼠对博来霉素和内毒素更敏感。博来霉素、内毒素均能够制备小鼠急性肺损伤肺纤维化模型。     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

16S rRNA基因的PCR-DGGE技术分析茶尺蠖幼虫肠道细菌种群结构及多样性

利用16S rRNA的PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术分析研究了茶尺蠖肠道内细菌的种类与多样性.通过对16S rRNA序列分析,从茶尺蠖野外种群肠适中鉴定了11种细菌,这些细菌分属于沃尔巴克氏菌（Wolbachia）、肠杆菌属（Enterobacter）、沙雷氏菌属（Serratia）、梭菌属（Clostridium）、肠球菌属（Enterococcus）、暂定类群EO1;其中以肠杆菌、沃尔巴克氏菌、沙雷氏菌属最为常见.另外,也鉴定了一种茶树叶绿体上的16SrRNA基因.茶尺蠖幼虫体内的共生菌多样性分析结果,将会为害虫综合治理提供一条全新的探索途径.     

菌群感应AHLs分子对小鼠肠道菌群多样性影响的分析

目的 探讨菌群感应信号分子N-酰基高丝氨酸内酯(N-acyl homoserine lactones,AHLs)对小鼠肠道微生物菌群构成的影响,为感染状态下肠道微生态的紊乱补充理论依据。方法 3-oxo-C10-HSL分子经腹腔注射小鼠后,于24 h分别在小鼠十二指肠及空回肠部位用拭子涂抹法取样,并通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台对样品16S rDNA测序,并进行微生物菌群分类构成及多样性分析。结果 在实验小鼠肠道内共检出22个细菌门,109个细菌属;对照组和3-oxo-C10-HSL处理组小鼠肠道不同部位菌群均以厚壁菌门(>50%)和变形菌门(>20%)为主,但两组在属水平菌群构成有明显差异,对照组优势菌属依次为葡萄球菌、埃希氏-志贺菌、乳球菌、假单胞菌、肠球菌,3-oxo-C10-HSL处理组优势菌属主要为肠球菌、埃希氏-志贺菌、葡萄球菌;多样性和丰度分析提示3-oxo-C10-HSL处理组肠道菌群多样性均有提高,大肠埃希菌属等主要优势菌丰度显著上升,而且空回肠部位的菌落丰度最高。结论 AHLs对小鼠肠道菌群构成影响较小,而对菌群内部某些特定类群结构变化影响较明显。     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

牙鲆、石鲽和川鲽的线粒体16S rRNA基因片段的序列比较研究

以相应引物对牙鲆（Paralichthys olivaceus)和石鲽（K.areius bicoloratus)的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,均得到了590bp的碱基序列,并将其与GenBank中牙鲆线粒体全序列相应片段和川鲽（Platichthys flesus)相应片段进行比较,结果表明,川鲽和石鲽序列差异很小（核苷酸差异数为7,同源性为98．8％）;而牙鲆与川鲽和石鲽的序列差异明显（核苷酸差异数为90－93,同源性约为84％）,且大多数核苷酸变异位点集中在序列中部大约200bp的区域。     

mSdr9c7基因在C57BL/6J小鼠不同组织中表达水平的研究

为探讨mSdr9c7基因在C57BL/6J雄性成年小鼠各组织中的表达情况,进一步研究mSdr9c7基因的功能,本文筛选适于实时荧光定量PCR法检测mSdr9c7基因表达水平的引物(正向引物序列为F:GGCCTGGACGTCAAGTTTCT,反向引物序列为R:TTCTAGAGGCCCCAGCAGAT),以5只18周龄C5...     

温脾降糖方对2型糖尿病炎症因子及肠道菌群的影响

目的 探讨温脾降糖方对2型糖尿病炎症因子及肠道菌群的影响.方法 选取80例2型糖尿病脾虚湿热证患者,将其随机分为对照组和观察组.对照组给予阿卡波糖治疗,观察组在此基础上加用温脾降糖方.比较两组治疗前后临床疗效、生化指标、炎症因子水平、肠道菌群及中医症状积分的变化.结果 治疗后两组患者FPG、2hPG、HbAlc、TC、LDL-C、IL-6、TNF-α、肠杆菌水平均显著下降(P<0.05),IL-10、双歧杆菌、乳杆菌、拟杆菌水平均显著上升(P<0.05),且观察组优于对照组(P<0.05).结论 温脾降糖方联合阿卡波糖可以降低血糖、血脂及炎症水平,调节肠道菌群,改善临床症状.     

大壁虎线粒体12S rRNA基因片段的两种单倍型

通过测定大壁虎５个个体的线粒体１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列,发现大壁虎明显地分为两种单倍型。结合染色体组型上的微小差异,这样的种内差异是否可能达到亚种级水平,还有待于进一步研究。     

不同处理方式对4个来源C57BL/6J小鼠血糖变化的影响

分别以普通饲料+STZ,普通饲料+柠檬酸对照,高脂饲料+STZ和高脂饲料+柠檬酸对照4种方式处理购自北京、南京和上海共4个生产单位的雄性C57BL/6J(B6)小鼠.分别于注射(STZ或柠檬酸对照)前和注射后3周连续测定非空腹血糖浓度.结果显示虽然高脂饲料联合注射STZ的方法可以较好模拟2型糖尿病血糖变化,但是B6小鼠的遗传背景(来源)也是影响模型成败的关键因素之一.     

补肾清肝疏脾法对2型糖尿病SD大鼠模型肠道菌群改善及MAPK信号通路的影响

目的 本研究拟评估补肾清肝疏脾法对2型糖尿病SD大鼠模型的治疗作用及其对MAPK信号通路的影响.方法 选用2型糖尿病SD大鼠模型,分为模型对照组(对照组,n=8)和补肾清肝疏脾法组(实验组,n=8).实验组大鼠采用蒸馏水制备的中药方剂,对照组和正常饲养组(空白组,n=8)使用无菌水,连续灌胃6个月,然后采集样品,进行肠...     

广东地区HPV16型L1基因的序列分析及其毕赤酵母表达载体的构建

目的: 分析广东地区人乳头瘤病毒(HPV)16型L1基因结构特点;构建广东分离株HPV16 L1毕赤酵母分泌型表达载体.方法:采用PCR技术从广东地区宫颈癌组织中扩增HPV16 L1基因,克隆入毕赤酵母表达载体pPICZαC,测序并对HPV16 L1基因进行序列分析.结果:成功扩增了广东地区HPV16 L1基因,并构建了其毕赤酵母表达载体pPICZαC-HPV16 L1.广东分离株HPV16 L1基因序列与德国标准株相比有16处不同,同源性为98.99%,其编码的氨基酸序列有8处发生改变;与中国标准株比较有9处不同,同源性为99.18%,其编码的氨基酸序列有4处发生变化;发现在HPV16 L1基因序列中nt5 649、nt5 652、nt5 654、nt5 657、nt5 692、nt5 693,6个位点存在突变.结论:广东地区HPV16 L1基因序列与德国标准株、中国标准株相比较均存在差异;成功构建广东地区HPV16 L1真核表达载体.