SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析

根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和3种不同蛋白质序列，应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树；并对SARS冠状病毒的11个推测蛋白质(ORF)做BLAST分析。结果表明，SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒——牛冠状病毒分支构成姊妹群。其单系群性质得到强有力的统计学支持。这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件，该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠。SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支，因此致病机制可能有很大不同。3个基因的系统树分支格局的一致性表明：SARS冠状病毒这3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组，但全部11个ORF的BLAST分析却认为其基因组上一些小的区段可能与其他病毒存在重组。     

水稻蛋白质相互作用网络的预测与分析

通过同源映射的方法,利用6个模式物种的蛋白质相互作用数据预测水稻的蛋白质相互作用网络.预测到水稻中有4483个蛋白质参与了24942个蛋白质相互作用.通过GO注释,结构域相互作用,基因共表达等3个证据评估预测网络的质量,并对网络进行了拓扑属性分析.结果表明水稻的蛋白质相互作用网络符合scale-free属性.通过对网络中功能模块的分析,可以预测蛋白质的功能和亚细胞定位信息.     

重组SARS冠状病毒S蛋白的原核表达研究

目的克隆表达SARS冠状病毒的主要结构蛋白(S蛋白)。方法合成SARS冠状病毒S蛋白特异性基因片断并克隆入pET32a原核表达载体,转化BL21菌,经IPTG诱导高效表达得到重组S蛋白,并通过W estern印迹对重组蛋白质进行鉴定。结果重组蛋白质经镍柱亲和层析得到了部分纯化,免疫动物后得到SARS病毒的多克隆抗体。结论经E lisa检测,表达的重组S蛋白基本具备检测病人血清中抗SARS病毒IgG和IgM的能力,可进一步用于S蛋白功能研究与SARS诊断试剂盒的研制。     

蛋白质功能预测的蚁群优化算法

预测蛋白质功能是后基因组时代最具挑战性的问题之一,在大规模数据下采用高性能的功能预测算法能够节省大量的实验时间和成本.利用基于蛋白质相互作用网络的全局优化模型,提出了蛋白质功能预测的蚁群优化算法,算法在考虑全局模型的同时还利用了网络的先验信息,提高了搜索效率,仿真结果表明,蚁群优化算法能够有效对蛋白质功能进行预测,并且对蛋白质相互作用网络中的假阳性、假阴性数据具有较高的容错能力.     

酵母蛋白质的序列相似性分析

介绍了蛋白质序列相似性分析的进展，并以对酵母蛋白质所做的工作为例，详细说明了蛋白质序列相似性分析的过程和有关算法，阐明了将蛋白质的结构分析和功能预测结合起来对序列相似性分析的意义，还针对蛋白质结构分析和功能预测的方法，提出了一些目前存在的问题，作为以后研究工作的出发点。     

基于二阶马尔可夫随机场的蛋白质功能预测

蛋白质功能预测是后基因组时代研究的热点问题,基于蛋白质交互网络的蛋白质功能预测方法受到越来越多研究者的关注。本文提出了蛋白质功能预测的二阶马尔可夫随机场模型,并利用伪似然估计方法对模型参数进行估计,在平均预测准确率的意义下,较一阶马尔可夫随机场模型取得了更好的预测效果。     

SARS冠状病毒基因组复制酶起始结合位点的预测

严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS)传染性强,死亡率高,给全世界约30个国家造成了巨大损失．其病原体为SARS冠状病毒(Severe acute Respiratory Syndrome Associated Coronavirus,SARS—CoV),是冠状病毒(Coronavirus)的新变异种．作者以“最大信息量”理论和方法为基础,使用结合位点搜寻软件等生物信息学方法,对冠状病毒基因组的3’非翻译区(Untranslated Regions,UTRs)进行分析,预测出了2株SARS—CoV(来自北京的SARSBJ01和浙江的SARSZJ01)以及其他38株冠状病毒株的复制酶起始结合位点(Replicase initial binding sites,RIBS)．在该预测结果中,不难发现,这些RIBS的序列与前人的研究成果有很大的相似之处,与公认的冠状病毒的顺式作用元件极为相似的基序也存在其中,而且其预测的二级结构与鼠肝炎病毒MHV基因组的某些蛋白结合位点类似．因此,预测的RIBS在病毒的复制中可能起重要作用．     

基于图聚类的蛋白质功能预测方法

利用蛋白质序列的循环关系,采用循环匹配算法对数据进行预处理,得到相关联蛋白质数据集,再利用该数据集构造蛋白质的网络图,在此基础上采用图聚类算法,对待预测的蛋白质相关的各个蛋白聚类,并进行子群分割,对各个子群采用z值进一步计算并得出作为预测结果的蛋白质功能.经实验,该方法与其它最新方法相比较,预测结果的最终衡量指标F1-measure具有明显的提升.     

SARS冠状病毒N蛋白的表达及二级结构预测分析

通过RT-PCR获得SARS冠状病毒N蛋白基因，分别克隆到原核表达载体pET21a，pET32a和pGEX-4T-1中，将3种重组质粒pET2la-N，pET32a-N和pGEX-4T-1-N分别转化大肠杆菌BL21(DE3)，经IPTG诱导，细菌中分别表达出约46kD的重组N蛋白、约60kD的6xHis-N融合蛋白和约70kD的GST-N融合蛋白，表达量分别达总蛋白的45％、40％和30％．进一步的分析表明：6xHis-N融合蛋白在大肠杆菌中为可溶性表达，该可溶性组分占细菌裂解液的70％左右，且能被6xHis抗体所识别．用蛋白分析软件对N蛋白进行了序列分析和二级结构预测．SARS冠状病毒N蛋白在大肠杆菌中的高效可溶性表达，有助于进一步结晶后进行X射线晶体衍射分析其结构与功能．     

SARS冠状病毒基因芯片的制作与初步临床样本验证

为了实现对非典(SARS)冠状病毒感染患者的早期诊断,构建了一套以基因芯片为基础的SARS冠状病毒基因分析检测系统。首先从患者痰、血样本中快速分离出SARS冠状病毒的RNA,然后通过巢式RT-PCR对分离的RNA进行扩增获得特定的DNA片段,最后让固定在基因芯片上的DNA探针与扩增产物进行杂交以检验扩增产物的序列匹配性,达到最终确认SARS冠状病毒感染患者的目的。对首期两例患者痰样本和两例全血样本的分析结果表明,这4例患者样本中均存在SARS冠状病毒。     

SARS冠状病毒核衣壳蛋白cDNA的克隆和原核表达载体的构建

目的克隆SARS冠状病毒核衣壳(N)蛋白.方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET30a表达载体.结果实现了SARS冠状病毒N蛋白基因的克隆.结论可以对重组成功的pET30a-N进行进一步的应用.     

北京SARS疫情分析

摘要：根据北京市SAPS病情的相关数据，依据日增病例数=病例基数 病例增加数-病例减少数，运用多项式插值理论、控制理论及MATLAB知识，得到一个北京市日增病例分段模型，能很好的拟合北京市SAILS疫情变化。     

SARS-CoVS基因表达及纯化

严重急性呼吸道综合症是由一种新的冠状病毒SARS-CoY引起的．作者通过PCR扩增得到了S蛋白的6个编码片段，并利用表达载体pET28a( )在E．coli BL21中进行了原核表达．通过亲和层析纯化了包含大部分ACE2结合区域的S蛋白片段(S4)．ELISA分析结果表明S4与SARS病人恢复期血清具有良好的反应能力．     

SARS病毒的S1蛋白基因的克隆、表达及其ELISA检测方法的建立

为了建立方便、敏感和特异的SARS病毒血清学诊断方法,利用PCR扩增,克隆了SARS冠状病毒S蛋白基因中从第68～918位碱基的基因序列(S1蛋白).并通过pGEX-4T1表达系统在大肠杆菌BL21中高效表达了SARS病毒S1蛋白,用超声波破碎菌体及用不同浓度的尿素洗涤包涵体,纯化了S1蛋白,纯度可达75%以上.以在E.coli高效表达的S1蛋白为抗原,以辣根过氧化物酶(HRP)标记的羊抗人IgG为二抗,建立了检测SARS抗体的间接ELISA方法.经检测,筛选出最佳反应条件为5μg/孔.用纯化的E.coli表达的抗原包被酶标板,用5 g/L的小牛血清进行封闭,以正常E.coli裂解上清液稀释待检血清.实验表明,应用表达的蛋白作为诊断SARS抗原具有特异性高、抗原易纯化和成本低等特点.     

从疫病态势看社会的可持续发展

一、严峻的态势2003年春,一场“急性重度呼吸道综合症(SARS)”在世界范围内蔓延开来,对许多国家形成了严重的冲击,同时也引发了一系列深入的思考。有史以来,疫病就是如影随形般地伴随着人类社会存在和发展的。20世纪中叶以后,由于医学技术的飞速发展,尤其是抗生素的发现,使一大批长期对人类的生存构成严重威胁的传染病仿佛完全成为了历史,然而到20世纪末,越来越多的事实证明这完全是一种错觉。不仅是诸如鼠疫、肺结核、疟疾、霍乱、黄热病这些业已扫灭的疾病又死灰复燃,而且还不断出现了诸如马堡出血热、登革热、埃博拉出血热、艾滋病,一…     

SARS对制度文化与政治伦理的影响

本阐述了SARS对现实存在的制度化与政治伦理的影响，并提出了用三个代表重要思想培育新型的社会主义制度化与政治伦理，从而推动我国政治体制改革和社会发展的具体举措。     

SARS传播规律函数的ELMAN神经网络逼近方法

提出了用ELMAN神经网络逼近传染病传播规律函数的方法,给出了影响传染病传播的影响因素简单近似的量化途径。用北京市和山西省的统计数据来验证该方法,验证结果表明,训练后的ELMAN神经网络能较准确的逼近传染病的传播规律函数,该方法对传染病的预测和控制有一定意义。     

从应对SARS反思政府职能

现代社会理论认为，社会的结构应当由三部分组成：市场、政府和公民。由于历史发展的原因，我国社会结构的各部分的职能在转型时发生着重大的变化。市场经济体制已经建立，并逐步走向完善，社会中介组织和非政府组织体系也逐步形成，而以提供公共产品和公共服务为主要职能的政府在转型时期已经明显落后于社会发展的要求。SARS是对我国政府能力的一大考验，从SARS中思考政府职能的转换，对加快社会结构的转换具有现实的意义。     

基于生物信息学与分子结构的SARS冠状病毒主蛋白酶(SARS CoV Mpro)多肽类抑制剂研究

用冠状病毒基因解析软件系统ZCURVE_CoY2．0，从SARS冠状病毒（TOR2，NC_004718）的RNA基因序列出发，搜索出含有SARS冠状病毒主蛋白酶（SARS CoV M^pro）真实剪切位点的11个八肽，运用分子叠合和分子对接的方法，对11个八肽进行了分析，证明这11个八肽有相似的活性，而且11个八肽中，op4的活性最高．分析认为，op4有望成为抗SARS药物的理想前体．     

Bioinformatical study on the proteomics and evolution of SARS-CoV

A novel coronavirus has been identified as the causative agent of the severe acute respiratory syndrome (SARS). For all the SARS-CoV associated proteins derivated from the SARS-CoV genome, the physiochemical properties such as the molecular weight, isoelectric point and extinction coefficient of each protein were calculated. The transmembrane segments and subeellular localization (SubLoeation) prediction and conserved protein motifs search against database were employed to analyze the function of SARS-CoV proteins. Also, the homology protein sequence alignment and evolutionary distance matrix calculation between SARS-CoV associated proteins and the corresponding proteins of other coronaviruses were employed to identify the classification and phylogenetic relationship between SARS-CoV and other coronaviruses. The results showed that SARS-CoV is a novel coronavirus which is different from any of the three previously known groups of coronviruses, but it is closer to BoCoV and MHV than to other coronaviruses. This study is in aid of experimental determination of SARS-CoV proteomics and the development of antiviral vaccine.