首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 15 毫秒
1.
文章利用网络药理学研究连翘脂素潜在减肥靶标及作用机制。首先通过PharmMapper筛选连翘脂素相关靶标,GnenCards筛选肥胖相关靶标,绘制venn图,共筛选到219个连翘脂素减肥相关靶标。其次通过String平台和Cytoscape 3.6.0构建靶标间相互作用网络图、进行可视化分析并筛选核心靶标,包括ALB、AKT1、MAPK1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8、ESR1,其它靶标还包括JAK2、CDC42、NQO2、DHFR等。然后利用DAVID6.8进行GO功能富集分析和KEGG通路分析,GO功能富集涉及811个条目,KEGG通路分析得到111条信号通路,主要包括癌症通路、胰岛素信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、黏附斑等。最后利用分子模拟技术对连翘脂素减肥相关靶标进行验证,证明连翘脂素与ALB、AKT1、EGFR、HRAS、CASP3、SRC、IGF-1、MAPK8等都有较好的结合活性(结合能小于-5 kcal/mol)。研究通过对成分-靶标-疾病网络分析,从多靶标、多通路阐释了连翘脂素潜在减肥作用机制,为后续深入研究提供了理论依...  相似文献   

2.
基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。  相似文献   

3.
基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。  相似文献   

4.
本研究旨在探索治疗新型冠状病毒感染的有效成分及潜在作用机制。通过查阅文献,寻找蒙医治疗粘疫病、中医治疗疫病的常用药材,并借助TCMSP、Batman等数据库检索所选药材的化学成分,选取OB≥30%,DL≥0.18的化学成分,再与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接计算,选择出结合能小于洛匹那韦的化学成分。通过Swiss Target Prediction,检索出所选化学成分的作用靶点。通过TTD、Drugbank、DisGeNET,筛选出新型冠状病毒感染不同感染阶段的疾病靶点。使用Cytoscape3.7.2软件构建“成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过GO富集分析和KEGG通路分析,探究有效成分治疗新型冠状病毒感染的作用机制。分子对接和网络药理学结果显示,四氢小檗碱、半甘草异黄酮等成分与ACE2有较好的结合能力,并可通过多靶点、多通路发挥抗新冠病毒作用。黄连、甘草等14味药材可能对治疗新型冠状病毒感染有效。  相似文献   

5.
通过建立“组分-靶点-生物学通路”,探寻知柏地黄汤主要活性成分治疗膀胱癌的物质基础.建立知柏地黄汤组分库,借助TCMSP数据库获得中药作用靶点.基于GeneCards数据库检索与膀胱癌相关靶点并与中药靶点映射得到关键靶点,通过STRING平台构建关键靶点互作网络.采用Cytoscape 3.7.2软件识别Hub靶点,借助DAVID 6.8数据库探寻组分抗膀胱癌的关键通路并对关键靶点进行GO富集分析,采用Schr?dinger进行Hub靶点与知柏地黄汤组分的分子对接验证.获得包括VEGFA,FOS,MYC,CASP3,CCND1,HIF1A在内的Hub靶点9个,映射GO结果759条,集中在生物过程.映射KEGG通路56条,如PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路等.分子对接筛选出毛蕊花糖苷、梓醇、知母皂苷BII等先导化合物.知柏地黄汤治疗膀胱癌的潜在机制可能与参与抗炎、调节糖脂代谢及氧化应激等过程有关,为阐明知柏地黄汤对膀胱癌的作用机制提供了科学依据.  相似文献   

6.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...  相似文献   

7.
基于网络药理学方法,运用多种数据库构建“药物-核心成分-潜在靶点-关键通路”网络,系统研究藤茶总黄酮部位(AGTF)抗高尿酸血症认知障碍的主要核心成分、潜在作用靶点及可能的作用机制,以期为药食资源藤茶的进一步保健开发提供理论基础和科学参考.网络分析结果显示,共有效筛选出AGTF有效成分10个,作用靶点191个,高尿酸血症认知功能障碍相关靶点5 035个,药物成分作用靶点与疾病靶点共有靶点124个;构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得AKT1、VEGFA、AR、APP、GSK3B、PPARG、ICAM1、MMP2、MAPK14、MMP9、EGFR、PTGS2、SRC、HIF1A、KDR、ESR1等关键靶点,其中ATK1、VEGFA、APP、SRC、MMP2、HIF1A在与高尿酸认知障碍密切相关的脑、肾脏、胃肠道中分布表达量较高;GO富集分析结果主要涉及蛋白质代谢过程、MAP激酶活性的正调控、信号转导、ATP结合、MAPK级联的正调控等生物过程,KEGG通路富集结果以PI3K-Akt、HIF-1、MAPK、炎症相关通路等信号通路为主.上述结果表明,AGTF可能是通过其核心成分二氢杨梅素、...  相似文献   

8.
基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...  相似文献   

9.
利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。  相似文献   

10.
研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。  相似文献   

11.
目的:利用反向对接法探索独脚金内酯GR24在NF-KB信号通路抗炎作用的潜在药物作用靶点.方法:通过获取62个NF-κB信号通路的蛋白晶体学结构,构建NF-κB信号通路蛋白靶点结构数据库;使用分子对接软件AutoDock Vina,将GR24与结构数据库中的靶点进行反向分子对接模拟实验;根据对接分数和对接构象相互作用,筛选出潜在的药物靶点.结果:反向筛选得到3个与GR24具有高亲和性的靶蛋白PARP1、CK2和AKT;在对接构象的相互作用的比较中,PARP1优于CK2和AKT;与现有PARP1抑制剂相比,GR24有一定的相似性.结论:独脚金内酯GR24对PARP1、CK2和AKT靶蛋白具有竞争抑制的活性,该研究结果为独脚金内酯抗炎机制的研究提供重要的参考依据.  相似文献   

12.
知母-黄柏配伍是临床上常用的“相须”配伍药对,具有抗炎作用,但其机制研究不足。本研究采用网络药理学方法研究知母-黄柏药对的抗炎机制。结果表明,知母-黄柏药对有182个潜在抗炎靶点;知母、黄柏、炎症三者共有靶点受调控分大于等于2倍中位数的靶点有29个,如PTGS2、PTGS1、RXRA、ADRB2、AR、CHRM1、ADRA1B、CHRM3、F10、NOS3等,这些靶点都与炎症的生物过程密切相关。抗炎靶点GO(gene ontology)分析涉及RNA聚合酶II启动子转录的调控、细胞增殖调节、细胞凋亡的调节、一氧化氮生物合成调节等;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、FOXO信号通路、VEGF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗等。研究提示知母-黄柏“相须”配伍的分子机制是通过共同调控信号通路发挥抗炎作用, 为其临床使用提供了科学依据。  相似文献   

13.
通过网络药理学方法筛选催乳丸调治缺乳的主要活性成分和潜在靶点蛋白,构建有效成分-蛋白相互作用网络,采用计算机模拟方法开展分子对接验证,探讨催乳丸调治缺乳的潜在分子机制。经筛选,催乳丸中主要包括槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、叶酸、β-谷甾醇等12个活性成分;药物与疾病靶点的交集包括STAT3、MAPK1、JAK2、EGFR、ESR1、STAT5A等16个关键蛋白靶点;经过富集分析和筛选,发现与催乳丸活性成分作用的靶点蛋白富集在催乳素信号通路、雌激素信号通路、AMPK信号通路、cAMP信号通路等多种生物学过程。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与关键靶点STAT3、MAPK1、ESR1、EGFR的结合能力较强,其通过调控转录因子、激酶、雌激素受体蛋白和表皮生长因子受体蛋白,影响乳腺上皮细胞生长,发挥调治缺乳作用。研究结果初步揭示了催乳丸治疗缺乳的多组分、多靶点、多途径机制,为缺乳症状的治疗研究提供了参考。  相似文献   

14.
利用网络药理学和分子对接技术研究五味子甲素、五味子乙素的抗癌机制.利用TCMSP、Swiss TargetPrediction及CTD数据库收集五味子甲素、五味子乙素的潜在靶点;应用GeneCards、OpenTargets数据库获取癌症相关靶点;将五味子甲素、五味子乙素靶点与癌症靶点输入Venny2.1.0,取二者交集作为五味子甲素、五味子乙素抗癌相关靶点.通过STRING平台及Cytoscape3.6.1软件构建蛋白互作网络,选取五味子甲素、五味子乙素抗癌关键靶点;利用OmicShare平台和DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)生物过程富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路分析;应用AutoDuck Vina对关键靶点进行分子对接验证.结果显示,五味子甲素、五味子乙素通过调控EGFR、EGF、CCND1、PIK3CA、MAPK1、MAPK3、SRC、ESR1等癌症靶点和PI3K-Akt、MAPK、Rap1、ErbB、FoxO等信号通路,细胞生长、迁移、血管生成等生物过程起到抗癌作用.本研究揭示了五味子甲素、五味子乙素多靶点、多途径的抗癌机制,为进一步研发新的抗癌药物提供了思路.  相似文献   

15.
为了研究药对丹参-当归作用于阿尔茨海默病的可能机制,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出丹参、当归的活性成分,寻找其相关的潜在靶点;并通过预测平台人工检索候选化合物的潜在靶点是否与阿尔茨海默病相关;将靶点信息通过DAVID数据库、KEGG数据库进行靶点和通路分析;构建化合物-靶点作用网络,靶点-通路网络图,化合物-靶点-通路图.结果表明:药对丹参-当归中具有潜在作用阿尔茨海默病活性的成分有β-谷甾醇,豆甾醇,丹参酮Ⅱ、丹参新酮、隐丹参酮、二氢丹参酮,其可能通过抗炎、抗氧化、免疫系统、细胞周期、钙信号通路、神经受体-配体相互作用等机制对阿尔茨海默病起作用.  相似文献   

16.
本研究采用网络药理学方法分析厚朴-杏仁配伍治疗哮喘的潜在作用机制。通过BATMAN-TCM数据库检索厚朴、杏仁的中药化学成分及靶标信息,PALM-IST数据库搜索疾病靶标信息,string数据库构建靶标的蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape v3.5.1对药物靶标相互作用进行可视化分析,DAVID数据库和Cytoscape v3.5.1的ClueGO+CluePedia插件对药物关键靶标进行GO生物功能富集分析和KEGG信号通路富集分析。共检索到厚朴-杏仁化合物51个,靶标435个,哮喘疾病相关靶标415个,进而分析得到药物治疗疾病关键靶标14个,包括肿瘤坏死因子、过氧化氢酶、白介素13、β2肾上腺素能受体等;GO基因功能分析主要涉及应激反应调控、先天性免疫反应调控、防御反应、急性炎症反应、刺激反应、凝血止血调节、自我内稳定、活性氧代谢过程等生物过程;KEGG分析主要参与NF-κB、IL-17、FcεRI、Toll受体及FoxO等信号通路。厚朴-杏仁能通过多个靶点、多种途径、多条通路对哮喘的气道慢性炎症、气道重塑和气道高反应起潜在治疗作用。  相似文献   

17.
目的:探讨青蒿素治疗胰岛素抵抗(IR)和2型糖尿病(T2D)的潜在分子机制。方法:运用Swiss Target Prediction平台数据库、Pubchem数据库、UniProt数据库筛选出青蒿素的药物作用靶点基因,然后用GenCards、STRING、DAVID数据库和Cytoscape3.7.1软件对青蒿素进行网络药理学分析,然后将青蒿素与核心靶点用AutoDock4.5.6和AutoDock vina进行分子对接验证。结果:青蒿素-IR和青蒿素-T2D的共同靶点分别为2207个和3245个。青蒿素-IR共同靶点的PPI网络共包含节点46个、边140条。青蒿素-T2D共同靶点的PPI网络共包含节点47个、边143条。青蒿素-IR共同靶点共富集到GO功能条目185条,KEGG信号通路120条(P<0.05)。青蒿素-T2D共同靶点富集到GO功能条目178条,KEGG信号通路127条(P<0.05)。青蒿素治疗胰岛素抵抗可能是通过EGFR、HSP90AA1等核心靶点基因,作用于MAPK信号通路、癌症途径等多条关键信号通路来实现的;青蒿素治疗2型糖尿病可能是通过EGFR、C...  相似文献   

18.
基于网络药理学探究艾叶黄酮治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制.通过TCMSP数据库和STP数据库并结合文献筛选艾叶活性黄酮成分及其相应靶点,通过GeneCards、DRUGBANK、OMIM、TTD数据库预测RA相关靶点,得到艾叶黄酮治疗RA的交集靶点;采用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;并导入STRING数据库进行蛋白相互作用(PPI)分析,筛选出关键靶点;使用Cytoscape3.7.2软件构建“成分-靶点-通路”网络,分析并筛选出核心活性成分.筛选获得38个艾叶活性黄酮成分,主要作用于129个RA相关靶点;主要通过药物反应、凋亡过程的负调控和炎症应答等生物过程,涉及包括肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等15条相关的信号通路,关键靶点有TNF、JUN、RELA、AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、MAPK14;核心成分为槲皮素、芹菜素、山柰酚、木犀草素、柚皮素、异鼠李素、异泽兰黄素.表明艾叶黄酮通过多成分、多靶点、多通路协同治疗RA,为其进一步实验研究和临床应用提供依据.  相似文献   

19.
本文首先利用中药系统药理学数据库分析平台TCMSP构建连翘成分-疾病靶点网络及靶蛋白互作网络,采用R语言包进行生物功能(GO)和通路(KEGG)富集分析,再根据网络药理学结果,结合文献资料,采用SYBYL 2.1.1进行分子对接,分析连翘活性成分与胆汁酸调节通路关键靶点的相互作用。网络药理学筛选得到活性成分17个,核心靶点8个,主要涉及胆汁酸代谢转运、核受体反馈调控、胆红素转化、炎症氧化损伤的细胞应答等,分子对接显示这些连翘活性成分与核受体有较好结合,木脂素类可能是连翘抗胆汁淤积的主要活性成分群。连翘显示出通过多成分、多靶点、多途径方式作用于胆汁淤积关键靶标的潜力,通过核受体调控胆汁酸代谢、抗炎抗氧化损伤等可能是其抗胆汁淤积的主要机制,这为连翘治疗肝胆疾病的研究和开发提供了依据和参考。  相似文献   

20.
运用网络药理学方法分析续断-桑寄生药对改善多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点和通路。通过中药系统药理学数据库与分析平台,获取续断、桑寄生的主要活性成分及潜在靶点,并利用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;依托Disgenet、OMIM数据库获得多囊卵巢综合征疾病靶点并进行合并,借助Venn在线工具获得药物和疾病的共同靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行京都基因和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析及基因本体(GO)富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;用分子对接技术验证靶点间结合的可靠性。结果表明,从续断-桑寄生药对中筛选得到174个靶点,其中交集于多囊卵巢综合征的80个共有靶点主要涉及癌症通路、丙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等多条信号通路。续断-桑寄生药对通过槲皮素、β-谷甾醇等活性物质形成多靶点、多通路调控网络,调节激素代谢,降低炎症细胞因子水平,从而达到系统改善多囊卵巢综合征的目的。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号