人类乳腺癌异常甲基化基因分析

运用Illumina HumanMethylation27BeadChip数据,利用sam函数中Delta值与FDR值的关系,选取最佳Delta值,识别人类乳腺肿瘤组织和正常乳腺组织中显著差异甲基化基因.分析这些差异甲基化基因在人类各条染色体的分布,进一步通过这些差异甲基化基因对肿瘤样本和正常样本进行双向非监督聚类分析.接着,利用limma包计算乳腺肿瘤组织样本和正常乳腺组织样本中差异表达基因,对既发生差异甲基化又同时发生差异表达的基因,进行GO生物分子功能富集分析.结果发现低甲基化的基因皆与蛋白质及核苷酸结合功能相关,高甲基化基因则主要富集到与运输载体活性相关的分子功能上.这些研究结果,有助于我们从基因功能角度进一步理解乳腺癌发生的原因,对乳腺癌的预后和临床诊断起到帮助作用.     

对代表性差异分析方法的改进

对常用的代表性差异分析(RDA)方法进行了改进.利用模式系统进行的实验结果表明:改进后的RDA方法不仅保留了原有的优点,而且大大降低了实验成本,简化了实验操作,只需1周即可完成原本需要3周的实验操作,增强了该技术的实用性.     

肝细胞癌中异常甲基化差异表达基因的生物信息学分析

肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...     

原核DNA甲基化的表观调控作用的研究进展

自从2009年第三代DNA测序技术平台商业化以来,测序、绘制原核DNA甲基化组飞速发展,10余年来已完成甲基化组测序的细菌超过4 000种,极大推动了原核表观遗传学的研究.越来越多的研究表明,DNA甲基化修饰不仅仅局限于宿主的防御功能,而且广泛参与各种细胞过程及基因的表达调控,在染色体的复制起始、细胞周期、致病性、抗生素抗性等方面起到了重要的作用.在简要回顾原核DNA甲基转移酶及其甲基化修饰的相关研究的基础上,着重对近期原核甲基化修饰的调控作用的研究进展进行综述,以期推动原核甲基化修饰表观遗传的研究.     

筛选差异表达基因的方法进展

植入前胚胎差异表达基因的筛选是分离、鉴定发育相关基因的关键 ,是克隆动物发育分子机理研究的基础 .哺乳动物植入前胚胎和克隆胚胎材料的获得十分不易 ,使得筛选差异表达基因的方法在该领域的应用均受到较大的限制 .以DDRT -PCR为基础的单胚mRNA差异表达技术的建立 ,为克隆植入前胚胎发育相关基因及哺乳动物克隆胚胎发育分子机理研究提供有力的工具 ,本文将在多年研究基础上对该技术及目前筛选差异表达基因的方法进行综述 .     

甲状腺癌的高频超声诊断

目的 探讨高频超声对甲状腺癌的诊断价值.方法 对经病理证实的28例甲状腺癌的超声图像特征进行回顾性分析.结果 甲状腺癌多数具有边界不规则、不清晰,单发的实性低回声结节,内部微粒状钙化及血流高速高阻等特征性表现.结论 高频超声诊断甲状腺癌敏感性高,其声像图较具特征.     

甲状腺癌的高频超声诊断

目的探讨高频超声对甲状腺癌的诊断价值。方法对经病理证实的28例甲状腺癌的超声图像特征进行回顾性分析。结果甲状腺癌多数具有边界不规则、不清晰，单发的实性低回声结节，内部微粒状钙化及血流高速高阻等特征性表现。结论高频超声诊断甲状腺癌敏感性高，其声像图较具特征。     

甲状腺癌的高频超声诊断

目的探讨高频超声对甲状腺癌的诊断价值。方法对经病理证实的28例甲状腺癌的超声图像特征进行回顾性分析。结果甲状腺癌多数具有边界不规则、不清晰,单发的实性低回声结节,内部微粒状钙化及血流高速高阻等特征性表现。结论高频超声诊断甲状腺癌敏感性高,其声像图较具特征。     

胺甲基化聚丙烯酰胺的合成和表征

以甲醛、二甲胺、聚丙烯酰胺为原料进行Mannich反应,采取预制备羟甲基胺中间体法：将甲醛和二甲胺在体系外预先反应,生成羟甲基胺中间体,聚丙烯酰胺作为亲核试剂与羟甲基胺反应生成胺甲基化聚丙烯酰胺。与传统聚丙烯酰胺与甲醛预先反应相比,该方法没有生成易导致交联的羟甲基聚丙烯酰胺中间体,降低交联反应的发生,提高胺甲基化聚丙烯酰胺离子度。使用该方法可以得到离子度高达82%的胺甲基化聚丙烯酰胺;聚丙烯酰胺固含量高达20%时,产品离子度也能达到60%。     

水稻基因组DNA总甲基化水平测定方法

对高效液相色谱法测定DNA总甲基化水平的关键因素进行研究,即基因组DNA的提取及纯化和高效液相色谱条件的选择。结果表明:CTAB法Ⅰ提取和纯化效果优于CTAB法Ⅱ;较优高效液相色谱条件为:采用Diamonsil C18(2)(250 mm×4.6 mm,5μm)的色谱柱,以甲醇-10 mmol/L磷酸二氢钾(10-90,v/v)为流动相构成,流动相pH为4.7,流速为0.5 mL/min,柱温为30℃,紫外检测器波长为285 nm时,是分离胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶的较优条件。以试验优化的DNA提取方法和HPLC色谱条件,基因组DNA水解液的胞嘧啶(C)和5-甲基胞嘧啶(5 mC)可得到较好的分离效果。     

甲状腺癌组织端粒酶激活与p16基因失活的关系

目的探讨甲状腺癌细胞增殖、分化与端粒酶激活及抑癌基因p16失活（缺失突变）之间可能存在的关系。方法应用TRAP、多重PCR、免疫组化法检测42例甲状腺癌与16例癌旁组织端粒酶活性、P16基因外显子2缺失、P16蛋白表达。结果甲状腺癌组端粒酶活性90．48％,高于癌旁组织（P〈0．01）;甲状腺癌p16基因外显子2纯合缺失率28．57％,相应癌旁组未检出（P〈0．01）;甲状腺癌P16蛋白表达缺失率40．48％,高于癌旁组（P〈0．05）;甲状腺癌P16蛋白表达缺失率高于p16基因外显子2缺失率。结论端粒酶激活与p16基因失活以及P16蛋白表达下调可能是甲状腺癌变过程中的重要分子事件,甲状腺癌中p16基因失活可能是端粒酶激活的一种途径。     

MS-RDA的改进及在白背飞虱的应用研究*

甲基化敏感性代表性差异分析方法（MS-RDA）适用于特异、低丰度基因组DNA甲基化的筛查与鉴定，已大量应用于哺乳动物的疾病发生和植物发育机理方面的研究，但昆虫中尚未发现该方法的应用。从DNA提取、酶切、扩增子制备、消减杂交等方面对该方法进行了改进，并在水稻重要害虫白背飞虱上得到成功应用，获得了4条与雌、雄性别相关联的特异性甲基化差异条带，其中有3条序列已被GenBank收录，登陆号分别为JX847621、JX624161、JX472453，经BLAST比对，有3条未发现同源性序列，属于功能未知的新基因；同时还获得了2条与长短翅型相关联的特异性甲基化差异条带，也已被 GenBank 收录，登陆号分别为 JX514031、JX472454，同源性分析发现与多种动物的18S核糖体和28S核糖体RNA基因序列高度相似，因此有关核糖体基因的甲基化可能对白背飞虱的翅型分化起到一定的调控作用。     

血小板分布宽度和血清白蛋白水平鉴别甲状腺肿瘤性质的临床进展

为观察和分析血小板分布宽度(PDW)、平均血小板体积(MPV)和血清白蛋白(Alb)水平对甲状腺癌与甲状腺良性结节的鉴别价值,选择2018年12月至2020年9月在安徽省阜阳市人民医院确诊的237例甲状腺癌患者作为研究组,并抽取在该院就诊的237例良性甲状腺结节患者作为对照组.观察2组患者PDW、MPV和Alb水平及预...     

彩色多普勒超声诊断甲状腺肿瘤386例分析

甲状腺肿瘤的超声图像特征与病理组织之间存在事实上的相关性．笔者回顾性分析超声拟诊的386例甲状腺肿瘤患者的超声诊断资料，经与手术病理对照，从肿瘤的部位、大小、声像图特征进行分析，评价超声显像对甲状腺良恶性肿瘤的诊断价值．     

Simulation of ChIP-Seq based on extra-sonication of IPed DNA fragments

The combination of chromatin immunoprecipitation with sequencing (ChIP-Seq) is an effective method for obtaining an in vivo genome-wide profile of the interaction of a protein with DNA. With the dramatic development of high-throughput short sequencing technologies, several new algorithms have been developed to process ChIP-Seq. However, the reported analytical tools for ChIP-Seq based on size selection of immunoprecipitated (IPed) DNA fragments are mainly adopted on the Solexa system. As a sequencer with the highest throughput, few studies of ChIP-Seq based on SOLiD system have been reported. The main difference of the SOLiD and Solexa systems exists in the length of DNA fragments during preparing sequencing libraries. The SOLiD system has relatively short DNA fragments if it processes a further sonication of IPed DNA fragments in order to meet the length requirement of DNA frag-ments for emulsion-PCR (ePCR). This work aims to investigate the influences of DNA fragment length on data analysis from ChIP-Seq. Previous studies show that typical bimodal peaks can be observed in Solexa ChIP-Seq data, but based on the analysis of the real SOLiD ChIP-Seq data in this study, we found that there were no double peaks with apparent reads shift in a local enriched region and the local reads distribution of peaks were tested by normal distribution. Using real and simulated ChIP-Seq data, three main ChIP-Seq algorithms (CisGenome, SISSRs and MACS) have been investigated. We found that algorithms developed for processing ChIP-Seq data generated from Solexa library protocol, cannot efficiently capture the feature of the ChIP-Seq data from SOLiD library. Misuse of those analytical tools would be a possible reason for failure of ChIP-Seq on the SOLiD system. Therefore, a new ChIP-Seq analytical strategy for an extra-sonication of IPed DNA fragments needs to be developed.     

Theory agrees with experimental thermal denaturation of short DNA restriction fragments

Experimental melting transitions of several natural DNAs of known nucleotide sequences have recently been obtained. The differential melting curves of these DNAs-phi X174 DNA, fd DNA and SV40 DNA-all show distinctive sets of peaks or fine structure. Theoretical melting curves calculated from the sequences and a few a priori parameters have not accurately predicted the experimental transitions. Although calculated fine structure resembled experimental curves in some cases, the characteristic features of a DNA's differential melting curve could not generally be produced. Azbel and Gabbarro-Arpa et al. have recently obtained good agreement between calculated and experimental curves using a different theoretical approach-only ground-state configurations of DNA were considered for temperatures inside the transition region. Their results suggest that the basic model of DNA melting, common to all theoretical approaches, is accurate. We have used here an exact theoretical approach to calculated melting curves of four DNA restriction fragments of 95-301 base pairs containing the lactose promoter region (Fig. 1). Theoretical curves agree very well with the experimental transitions published by Hardies et al. and obtained in this laboratory.