用PCR扩增和克隆鸡贫血病毒衣壳蛋白VP2基因

接种鸡贫血病毒（ＣＡＶ）Ｃｕｘ－１毒株于ＭＤＣＣ－ＲＰ１细胞中,并用经狄高辛标记的ＣＡＶ衣壳蛋白ＶＰ１基因克隆ＤＮＡ作为探针在斑点杂交中检测和比较了各代细胞中ＣＡＶ ＤＮＡ水平。通过聚合酶链式反应（ＰＣＲ）,从ＣＡＶ ＤＮＡ水平较高的ＭＤＣＣ－ＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中扩增出ＣＡＶ衣壳蛋白ＶＰ２基因片段约６５０ｂｐ的编码序列,将该ＰＣＲ扩增的产物于ＥｃｏＲＩ和ＫｐｎＩ位点克隆到ｐＵＣ１９质粒载体中,     

淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白1.3kb基因真核载体的构建及初步免疫

从LCDV1．3kb／pGEX-4T1质粒酶切获得LCDV1．3kb基因片段,构建重组真核表达质粒LCDV1．3kb/pcDNA3．1（＋）;并将其免疫BALB／c小鼠,用ELISA法检测免疫小鼠血清中抗LCDV抗体和IFN-γ。结果发现免疫小鼠可产生特异性抗LCDV抗体,平均效价为1：40,最高效价达1：320,但小鼠血清IFN-γ平均含量在30pg／mL左右,与阴性对照组无明显差异。结果表明,所构建的重组表达质粒LCDV1．3kb/pcDNA3．1（＋）免疫小鼠后可成功诱导其特异性体液免疫应答,但细胞免疫应答不明显,可能与所选载体、免疫动物种类及免疫方法有关,其具体原因有待于进一步探索。此研究为LCDV基因工程疫苗的研制提供了实验资料。     

淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白基因片段在真核细胞中的初步表达

将淋巴囊肿病病毒（Lymphocystis disease virus,LCDV）主要衣壳蛋白（Majoy capsid protein,MCP）0.6kb基因片段克隆入真核表达载体pEGFP-N2,得到阳性重组质粒pEGFP-N2-LCDV0.6,用脂质体法将其转染入真核细胞CHO,并进行瞬时表达,荧光显微镜观察及特异性RT-PCR检测结果表明：已成功将目的片断LCDV MCP 0.6kb转染到CHO细胞,并得到了初步表达。此研究为LCDV基因工程疫苗的研制提供了实验资料。     

近十年中国新城疫病毒F蛋白氨基酸变异分析

为了研究近十年来中国发现的新城疫毒株的致病性,我们选取2000—2011年间在中国发现的主要为Ⅰ、Ⅱ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ5种基因型的NDV,对其F蛋白氨基酸变异情况进行了分析．结果表明：中国的新城疫病毒的不同基因型的F蛋白氨基酸均出现了不同的变异,不同基因型相同的位点也发生了变异,这些变异造成新城疫病毒的爆发流行．因此,本文为研究NDVF蛋白与其致病性的关系提供了理论依据．     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒（NDV）ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

百合无症病毒衣壳蛋白基因克隆和蛋白分析

根据已报道的LSV CP基因序列合成两条寡聚核苷酸引物,模板为感染LSV的百合叶片的总RNA,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出大小为876bp的LSV CP基因,经测序后,对该基因编码区全长序列及相应的氨基酸序列用生物信息学软件系统进行序列分析及结构功能预测.结果表明:该基因由876个核苷酸组成,编码291个氨基酸;与GeneBank公布的其他LSV分离物的基因序列同源性为93.4%～99.0%,氨基酸同源性为84.8%～99.5%;它含有一个卷曲螺旋结构和多个磷酸化位点,平均疏水值为-0.432;含有Carlaviruses完整的衣壳蛋白保守结构域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主.     

淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白1.3 kb基因片段的原核表达

取淋巴囊肿病病毒感染牙鲆组织,蛋白酶K裂解,PCR法成功获得了淋巴囊肿病病毒主要衣壳蛋白1.3 kb基因片段.构建其原核表达载体,IPTG诱导表达.结果表明,该融合蛋白分子量约70 kD,可与抗LCDV多克隆血清特异反应.为LCDV基因工程疫苗的研制奠定了实验基础.     

新城疫病毒HB92株NP基因序列测定和分析

对NDV HB92株NP基因进行了序列测定和分析．结果显示，NDV HB92株NP基因全长1744个核苷酸，开放阅读框共1470个核苷酸，编码489个氨基酸；与其他10株NDV NP基因核苷酸同源性为88．3％～99．1％，氨基酸同源性为91．0％～98．9％；但HB92株与其亲本株QV4的核苷酸和氨基酸同源性只有90．3％和95．0％，不如与弱毒和中毒株的高；系统进化分析表明，HB92株与弱毒和中毒株的进化关系更近．以上结果表明，HB92株NP基因在序列上已远离无毒株而趋于向弱毒和中毒株进化．     

新城疫病毒中国标准强毒F48E8株融合蛋白的结构

对新城疫病毒（ＮＤＶ）中国标准强毒Ｆ４８Ｅ８株融合蛋白的结构进行了分析。该融合蛋白的前体Ｆ０由５５３个氨基酸组成，在第１１６和１１７位氨基酸处被酶切成Ｆ１和Ｆ２亚单位。酶切激活部位序列为ＲＲＱＲＲ↓Ｆ，第１１７位氨基酸为Ｆ，具有ＮＤＶ强毒的特征，Ｆ０上有３个疏水区，其功能分别代表信号肽区、融合诱导区和跨膜结构区。Ｆ０的可糖基化部位有６个，并比较了Ｆ４８Ｅ８株和国外强毒株的氨基酸同源性，与Ｍｉｙａｄ     

鸡传染性法氏囊病病毒VP5基因的克隆及其序列分析

从病变鸡法氏囊组织中分离纯化IBDV,提取其基因组RNA.以IBDVRNA为模板,进行反转录反应合成cDNA第1链.采用PCR技术扩增VP5基因.将PCR产物经酶切后与pcDNA3.1(+)载体连接,经转化、筛选得到重组质粒pIBDV-VP5.对VP5基因进行了测序并对其序列进行了分析.     

我国新城疫病毒疫苗通过重组影响病毒进化

许多商业新城疫活疫苗被广泛用来阻止我国新城疫病毒的感染.然而,疫苗在我国新城疫病毒群进化过程中所起的作用鲜为人知.为了确定在我国广泛应用的新城疫疫苗是否对该病毒进化进程产生影响,在本研究中,我们对在我国流行的新城疫病毒进行了系统发生和重组分析,获得了一系列NDV株间同源重组的证据.一些重组株的部分遗传物质被发现可能来自疫苗株,这些结果证实疫苗可能通过同源重组影响我国新城疫病毒的进程.由于疫苗与流行株之间的重组可能导致出现疫苗接种失败的后果,因此,在临床上应当尽可能避免疫苗与野生株之间的重组.故在NDV防治过程中,应该采用合适的免疫程序避免这种重组的发生.     

中国部分地区新城疫病毒的分子流行病学研究

选取1994年以来从中国部分地区分离的8株新城疫病毒（NDV）野外毒株,用反转录聚合酶链式反应（RT－PCR）技术扩增其F基因重要的功能区片段,同时进行克隆和序列测定,构建NOV的遗传进化树,分析其遗传关系。结果表明：所分离的毒株在分裂位点的氨基酸顺序均相当于NOV的强毒株。通过遗传进化树分析表明8株分离株中有7株为基因Ⅶ型新城疫病毒所引起的新城疫在国内呈流行趋势。     

致弱Ⅰ型MDV pp38基因同源物的克隆和序列分析

将致弱Ⅰ型马立克氏病病毒(MDV)感染的细胞基因组DNA的EcoRⅠ酶切产物建于Puc18质粒载体文库中,以digoxingenin标记的含有强毒GA株MDV pp38基因克隆片段作为探针,进行原位杂交反应,初步筛选出阳性重组质粒,进一步用EcoRⅠ酶切分析筛选到含pp38基因同源物的重组Puc18质粒. 序列分析表明该pp38基因同源物与pp38基因有极高的同源性,仅有1个碱基突变并导致1个氨基酸的替换.     

大熊猫核糖体蛋白RPL5基因的克隆、表达与比较分析

为了解大熊猫(Ailurophilic melanosome)核糖体蛋白亚基RPL5基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPL5基因的异同,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中和DNA中分别对核糖体蛋白亚基RPL5基因的表达序列和其结构基因进行了克隆、测序;采用ORF finder软件对表达序列的开放阅读框(ORF)进行了查找和氨基酸序列的推定;采用Gen scan对结构基因进行了分析;采用DNAMAN Version 6对基因序列和氨基酸序列进行了同源性比较;采用ExPASy软件进行蛋白质功能位点和生化特性进行了预测分析;对大熊猫核糖体蛋白亚基RPL5基因进行了超表达实验.结果表明:大熊猫RPL5结构基因长为8 633bp,具有8个外显子和7个内含子;mRNA长为918bp,ORF为894bp,编码295个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为34 402.6,等电点为9.73,含有1个依赖于AMP和GMP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,8个十四(烷)酰化位点.分析表明,大熊猫RPL5基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物包括人(Homo sapiens)、牛(Bos Taurus)、猪(Sus scrofula)、小家鼠(Mus altocumulus)和褐家鼠(Rat-hauser nonstrategic)具有很高的相似性,大熊猫RPL5核苷酸序列与这些物种的相似性分别为94.52%、92.51%、91.95%、91.05%和89.15%,而氨基酸序列相似性分别为99.33%、98.65%、98.65%、98.32%和98.65%.超表达实验结果显示:大熊猫RPL5基因能在大肠杆菌BL21中有效表达,且在2h时达到表达高峰.运用分子生物学原理与相应的技术手段,成功地扩增出大熊猫RPL5基因的表达序列,并对其编码的蛋白进行了初步分析,丰富和完善了哺乳动物RPL5基因资料库,同时也为深入研究大熊猫RPL5基因的功能提供了相关基础数据.     

大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的cDNA克隆及序列分析

根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S12亚基基因(rpS12)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中成功克隆了核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列,对其进行了克隆、测序及分析.结果表明:大熊猫核糖体蛋白S12亚基基因的表达序列全长为422bp,开放阅读框(ORF)为399bp,编码132个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为1.45×104,PI为6.81,含有1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个N-豆蔻酰化位点和一个核糖体蛋白S12 signature位点.该基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物有很高的相似性.     

欧文氏菌AEBL002菌株八氢番茄红素脱氢酶基因保守序列的克隆与同源性分析

从农田土训中分离筛选到一株产胡萝卜素菌AEBL002,提取基因组DNA,根据报告的八氢番茄红素脱氢酶基因设计PCR引物,对AEL002基因组DNA进行RCR扩增,扩增产物为一条大小约为800bp的DNA片段,在Genbank中对其进行同源性检索,发现该片段与Erwinia uredovora八氢番茄红素脱氢酶基因在732个碱基中有96．038％的一致性。     

大熊猫核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的cDNA克隆及序列分析

为了解大熊猫核糖体蛋白亚基rps26基因的结构特点及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基基因rps26的异同,以大熊猫的肌肉组织为材料,根据已报道的部分哺乳动物核糖体蛋白S26亚基基因(rps26)的相关信息设计引物,运用RT-PCR技术,成功地克隆了核糖体蛋白亚基基因rps26的表达序列,并对其进行了测序及初步分析.结果表明:大熊猫rps26亚基基因的表达序列长为413 bp,开放阅读框(ORF)为348 bp,编码115个氨基酸的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为13.025 2×103,等电点为11.61.拓扑预测显示该蛋白含有3个功能位点:1个N-糖基化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ蛄姿峄?位点和1个核糖体蛋白S26e signature位点.进一步分析发现,大熊猫rps26基因与已报道的人、西藏黄牛、野猪、褐家鼠和小家鼠5个哺乳动物物种的表达序列其编码的氨基酸序列具有很高的相似性:编码序列同源性分别为90.23%、91.67%、92.82%、87.36%和86.78%;氨基酸序列同源性均为99.86%.     

扬子鳄DMRT1基因DM保守区的克隆及序列分析

DMRT1基因是DMRT基因家族的一个重要成员,在动物性别决定过程中发挥重要作用.本文参照人DMRT1基因DM保守区及有关文献,设计了一对简并引物,扩增了扬子鳄的DMRT1基因,并对扩增产物进行了亚克隆与测序.结果在雌雄扬子鳄个体中各获得一个预期的基因片段,长度为140bp,序列无性别差异性,命名为扬子鳄AsDMRT1基因.序列同源性分析表明,扬子鳄DMRT1基因DM盒区核苷酸序列与人和鼠相应基因的同源性分别为87%、86%;编码的氨基酸序列与人和鼠相应基因编码序列的同源性分别为95%、97%.充分显示了DMRT1基因在进化上的高度保守性.     

MDVⅠ型疫苗株pp38基因同源物在家蚕细胞中的表达

用ＰＣＲ技术,从马立克氏病病毒ＣＶＩ９８８／Ｃ株感染的鸡胚成纤维细胞基因组ＤＮＡ中扩增出含起始密码子的ｐｐ３８基因同源物编码序列,在Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ中,ｐｐ３８基因探针能识别为该ＰＣＲ扩增片段。将该扩增片段克隆进ｐＵＣ１８质粒载体,并进行了全序列分析,进一步将该基因克隆入转移载体ｐＢａｓｃＰＡＫ８中,得到重组转移载体质粒,经酶切分析和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ确证了插入方向和正确性,以重组转移载体与经ＣｕｎⅠ酶切线性化的亲本病毒ＤＮＡ通过脂质体法共转染家蚕细胞,通过白斑结合点杂交,筛选出纯化的重组病毒,用间接荧光抗体试验检查重组病毒感染的家蚕细胞,可见感染细菌的胞浆及胞膜出现强荧光反应。