基于SLAF-seq技术的舒玛栎群体遗传多样性与遗传结构分析

【目的】对美国引进的不同种源舒玛栎群体进行遗传多样性与遗传结构分析,揭示其遗传分化特点及单株间遗传关系,为舒玛栎种质资源的保护与品种选育提供理论依据。【方法】以舒玛栎6个种源30个单株以及外类群纳塔栎5个单株为材料,基于SLAF-seq技术进行简化基因组测序,开发一批SNP标记并选择其中多态性的SNP标记进行基因分型。利用GenAlex、Arlequin、MEGA、Admixture和Cluster等软件进行遗传多样性参数估算、F统计量及分子分差分析、进化树构建、遗传结构与PCA主成分分析。【结果】35个栎树个体SLAF测序平均深度11×,碱基质量(Q₃₀)平均为93%,GC含量平均为38.9%。共获得4 256 436个SLAF标签,开发多态性SNP标记8 459 025个,SNP完整度平均为79.29%,杂合率平均为14.15%。舒玛栎6个种源平均有效等位基因数为1.31个,多态性位点比例平均为49.21%;观测杂合度(H_o)与期望杂合度(H_e)变化范围分别为0.13~0.16和0.17~0.21;多态信息含量(PIC)、香农指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)和群体内的近交系数(F_IS)平均值分别为0.15、0.34、0.09和0.19。不同种源间Nei’s遗传距离和遗传分化系数(F_ST)变化范围为0.08~0.18和0.15~0.39。分子方差分析表明舒玛栎遗传变异主要来自个体间。遗传结构分析显示30个舒玛栎个体来源于3个原始的祖先。【结论】舒玛栎群体遗传多样性水平较高,群体间遗传分化程度较大,在品种选育中应注重群体内个体优树的选择。     

野生天竺桂叶挥发油的抗氧化活性研究

采用水蒸气蒸馏法提取野生天竺桂叶挥发油,并以总还原力、ABTS自由基和亚硝酸钠的清除作用为指标评价野生天竺桂叶挥发油的抗氧化活性。研究结果表明:20%野生天竺桂叶挥发油具有较强的抗氧化活性,样品量与各项指标均呈量效关系;挥发油的总还原力、ABTS自由基和亚硝酸钠清除作用的IC50分别为79.99、6.21和132.07μL,对ABTS自由基和亚硝酸钠的清除作用优于1 mg/mL的维生素C和BHT。     

基于SLAF-seq玉米高密度遗传连锁图谱构建与株型性状QTL定位

株型直接决定生物产量、种植密度与籽粒产量,利用玉米高密度遗传连锁图谱解析株型相关性状的遗传机制,对选育理想株型玉米新品种具有重要意义.本研究利用SLAF-seq技术,依据玉米黄早四参考基因组信息,对昌7-2与PHB1M及其138个F2:3家系高通量测序,开发高密度SNP的遗传图谱,并进行株型相关性状QTL定位.研究结果...     

基于康养背景下的陕西省天竺山国家森林公园旅游发展策略研究

随着中国社会经济与精神文明的迅速发展,与之相伴地产生了生态环境污染、城市生活紧张和心理焦虑等问题。物质生活水平的持续提高,使得人们更加追求“健康自然”的生活方式。消费人群对于旅游的热情持续高涨,对旅游质量的要求不断变高,康养旅游越来越受到人们的青睐。本研究基于康养背景下对陕西旅游业发展的现状进行分析,以天竺山国家森林公园为例,运用SWOT分析法分析天竺山景区现状,并针对目前存在的问题提出运用管理机制革新、旅游特色品牌运营推广和建立专业人才制度等策略,以促进景区康养旅游健康发展。     

达斡尔族卷舌遗传的群体分析

调查了１８３个达斡尔族家庭的卷舌和非卷舌系谱，３９３位达族人的卷舌和非卷舌频率，利用Ｓｎｙｄｅｒ比率进行了群体分析。验证了该民族人群的卷舌和非舌遗传是常染色体一对等位基因所决定，卷舌基因对非卷舌基因为完全显性。     

香桂花芽分化的初步研究

根据香桂花芽分化的形态变化,将分化阶段划分为5个时期:营养生长期,生殖生长锥形成期,花被原基形成期,雄蕊原基形成期,雌蕊原基形成期,历时约4个月.香桂的花芽分化在腋芽上进行.在重庆南山气候条件下,其花芽分化在2月上旬开始,4月底基本完成.     

盐酸氟桂嗪的结构分析

本文主要介绍了用ＫＹＫＹ－ＱＰ１０００Ａ色质联用仪对新型药物盐酸氟桂嗪嗪的质谱法分析鉴定，经比利时标准标准样品分析对照，红外光谱分析，元素分析测定以及质谱解析，得到了其分子结构相同的结果。     

盐酸氟桂嗪的结构分析

本文主要介绍了用ＫＹＫＹ－ＱＰ１０００Ａ色质联用仪对新型药物盐酸氟桂嗪的质谱法分析鉴定，经比利时标准样品分析对照，红外光谱分析，元素分析测定以及质谱解析，得到其分子结构相同的结果。     

基于细胞色素b序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体细胞色素b序列进行测定和分析,45个样本经重排比较后获得1 064 bp的同源序列.共检测到161个变异位点,占分析位点数的15.13%.同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为14.38%、13.47%、13.38%、10.24%、9.49%.核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F_0、F_6、F_7、F_8、F_9代分别为0.065 47、0.049 05、0.048 81、0.036 19、0.033 81.本研究结果表明,新吉富罗非鱼仍保持了一定程度的遗传变异水平,新吉富罗非鱼逐步趋于纯化.     

不同光照条件对少花桂幼苗香桂油含量的影响

研究了生长在不同光照条件下的少花桂（Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍｐａｕｃｉｆｌｏｒｕｍ）幼苗在叶鲜质量及重要次生代谢物质———香桂油含量和纯度方面的差异．结果表明：叶鲜质量以１层遮荫生境为最高,其次是自然光照、２层遮荫、３层遮荫;叶片香桂油含量以１层遮荫和２层遮荫光照条件下生长的少花桂幼苗为多,其次是自然光照和３层遮荫;香桂油中黄樟油素纯度以２层遮荫最高,达９６３７％．适当遮荫有利于提高少花桂幼苗香桂油含量和黄樟油素纯度．     

基于SNP分子标记的华东地区松材线虫种群遗传分化研究

【目的】华东地区的苏浙皖鲁是中国松材线虫病发生最早的4个省区,华东地区也是松材线虫最适生长区,研究该区域松材线虫种群的遗传分化情况,可为建立我国松材线虫病的疫源追溯体系提供重要的基础信息。【方法】收集华东地区安徽(AH)、福建(FJ)、江苏(JS)、江西(JX)、山东(SD)和浙江(ZJ)6个省份的60个县级行政区松材线虫病疫木样本,经过分离纯化获得虫株,提取虫株DNA并进行高通量全基因组重测序,运用生物信息学软件分析各区域松材线虫虫株的SNP位点数量和种类,依此遗传标记采用聚类分析方法比较各区域不同虫株间的遗传分化情况,后采用Treemix分析群体间的基因渗入路线。【结果】共分离收集到华东地区松材线虫虫株67个,对所有虫株进行全基因组测序。经序列比对分析,67个虫株中共有SNP基因型12种,其中A→G、C→G、C→T、G→A、G→C、T→C这6种基因型出现的频率明显高于其他6种基因型。从67个虫株中共获得6 531 684个SNP位点,不同虫株间的SNP位点数量存在差异。不同地理区域松材线虫的SNP总数、纯合子数量、缺失SNP数量以及特有SNP数量在省际均未表现显著差异,与入侵时间也无特别显著的相关性。主成分分析结果表明,67个虫株可以分为3个类群,各类群与地理来源存在着一定的相关性。大多数虫株属于类群1,它包括了所有的浙江虫株和江西虫株,以及其他4个省份的大多数虫株;类群2涉及江苏、安徽、山东和福建的14个虫株;类群3仅涉及安徽、福建和山东的7个虫株。通过Treemix检测得到2条基因迁移路线,分别为类群2的江苏(2-JS)向类群1的安徽(1-AH)迁移、类群3的山东(3-SD)向类群2的安徽(2-AH)迁移。【结论】华东地区松材线虫虫株存在较为丰富的SNP位点,不同虫株间SNP特征存在较大差异,SNP多样性变化与入侵时间没有呈现明显规律性。总体上华东地区松材线虫虫株可以分为3个类群,不同类群与地理区域间呈现一定的相关性,在1-AH和2-AH所在区域可能存在被其他区域的其他类群虫株再次入侵的情况。     

基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导.[方法]采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用GenAlEx 6.5进行遗传距离与地理距离的相关性Mantel检验,软件Arlequin用于...     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.     

基于荧光SSR标记的紫薇遗传多样性分析

【目的】以收集的239份紫薇属(Lagerstroemia)种质和1份黄薇属(Heimia)种质为材料,开展种质种间特征分析和紫薇种内资源的遗传多样性分析,为进一步优化紫薇种质资源收集保存及合理利用提供科学依据。【方法】基于16对荧光引物鉴定样品基因型,利用GeneMarker软件进行基因型数据的读取;对239份紫薇属种质和1份黄薇属种质进行特征位点分析;并利用Popgene、Cervus、NTSYS和GenAlEx软件对227份紫薇种质进行遗传多样性参数估算、聚类分析和主成分分析。【结果】紫薇(L.indica)种内的特征位点信息最为丰富,其中15个引物所体现出的特征位点信息中,紫薇都有其独特的位点区别于其他6个种,而在福建紫薇(L.limii)、川黔紫薇(L.excelsa)和尾叶紫薇(L.caudata)中也有部分特异的特征位点是紫薇中没有的;16对紫薇SSR荧光引物共检测出143个等位基因,平均每个位点有8.938个等位基因,平均有效等位基因数(N_e)为3.600,Shannon’s信息指数(I)均值为1.459,观测杂合度(H_o)均...     

基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

利用SNP标记对85份紫薇种质资源进行聚类分析,探究其遗传多样性,为紫薇品种选育和品种鉴定提供理论支持。     

大仓鼠种群生境片断化的遗传效应研究

利用原仓鼠微卫星引物扩增曲阜吴村、平邑柏林和卞桥三个地理种群的大仓鼠基因组DNA,并对长约550bp的特异片段回收测序,利用DAMBE、DNASP4．10及MEGA3．0软件分析所得序列．结果表明,在三个地理种群内及种群间均检测到不同数目的SNPs存在,种群内多态信息含量表现为柏林〉吴村〉卞桥．种群间则以曲阜吴村和平邑卞桥间含量最高．在被检测序列496bp中共检测到6个信息位点,其中4个转换、2个颠换;以平邑柏林和卞桥间含量最低,仅检测到2个信息位点且均为转换．三个地理种群的遗传分化系数（Gst）平均约为0．18,产生的基因流Nm为1．03-1．18,该结果揭示由于生境片断化导致的不同地理种群之间基因流的降低,将会对种群间的遗传分化产生重要的作用．     

强直性脊柱炎患者中IL-23 R基因rs7517847多态性分析

目的研究IL-23R基因rs7517847位点的单核苷酸多态性与强直性脊柱炎易感性的关系.方法采用PCRRFLP方法对100例强直性脊柱炎患者进行IL-23R基因多态性检测,并与35例健康者对照分析.结果 rs7517847位点各基因型频率和等位基因频率在AS组与对照组之间的分布差异均具有统计学意义(P0.05);并在假设遗传方式下,rs7517847位点的纯合突变GG基因型与(TG+TT)基因型比较,其频率分布差异在AS组与对照组之间也具有统计学意义(P0.05).结论 IL-23R基因rs7517847位点的多态性与吉林地区人群AS易感性有关;携带G等位基因且为GG基因型的个体患AS的危险性增大,这可能是患AS的易感因素之一.     

CD14基因多态性与强直性脊柱炎的关联性研究

目的探讨CD14基因rs2569190位点的单核苷酸多态性与强直性脊柱炎易感性的关系.方法采用PCRRFLP方法对240例AS患者进行CD14基因多态性检测,并与140名健康对照者进行对比.结果 rs2569190位点基因型频率两组间差异具有统计学意义(χ~2=6.778,υ=2,P0.05);强直性脊柱炎组携带突变体A基因的频率高于对照组,差异具有统计学意义(χ~2=3.876,υ=1,P0.05).结论 CD14基因rs2569190位点单核苷酸多态性与强直性脊柱炎易感性存在关联,携带CD14突变体A基因者患AS风险较大.