RAPD法研究穗花杉遗传多样性的反应条件优化

以改进CTAB法抽提的中国特有濒危植物穗花杉嫩叶总DNA为模板,进行随机扩增多态性DNA(RAPD)最佳条件优化,结果表明:RAPD分析最佳反应体系为10×Buffer缓冲液2μL,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U,PCR反应体积为20μL.最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃1min、37℃1min、72℃2min,40个循环;72℃10min,1个循环.     

干用辣椒RAPD—PCR反应体系正交优化的研究

以干用辣椒幼苗为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的Taq酶、Mg^2＋,dNTPs、引物、模板DNA浓度、退火温度等影响因素,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有解体Taq酶1．5U、Mg^2＋2．5mmol／L,dNTPs0．6mmol／L、引物0．8μmol／L、模板DNA60ng．扩增程序为：94℃预变性4min;94℃变性1min,37℃退火1min,72％延伸1．5min,40个循环;最后72℃副延伸5min．     

海南普通野生稻ISSR-PCR反应体系的优化

通过不同浓度的Mg2+、模板DNA、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度和循环次数的单因素试验,筛选海南普通野生稻最佳ISSR-PCR反应体系为:15μl反应体系中含2.0 mmol/L MgCl2,50 ng模板DNA,200μmol/L dNTPs,1.20 U Taq酶,1.5μmol/L ISSR引物,50 mmol/L KCl 10 mmol/L Tris-HCl(pH8.3).反应程序:94℃预变性5 min;94℃,1 min,52℃,1 min,72℃,2 min,35个循环;72℃延伸10min,4℃保存.     

山药基因组DNA的提取和RAPD反应条件的优化

研究了山药基因组DNA的提取方法;对Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度和Taq酶用量进行了优化,建立了最佳的RAPD反应体系:在25μL反应体系中Mg2+浓度为2.0 mmol.L-1,dNTPs浓度为0.25 mmol.L-1,引物浓度为20 pmol.L-1,Taq酶1.5 U,模板DNA为200 ng.扩增程序为:95℃预变性7 min;94℃变性30 s,36℃退火45 s,72℃延伸2 min,共35个循环;72℃终延伸10 min.     

中国特有极度濒危植物猪血木RAPD反应体系的探索

采用改进的CTAB法提取中国特有极度濒危植物猪血木(Euryodendron excelsum H.T.Chang)嫩叶总DNA,进行RAPD分析。分别研究了模板DNA、引物、dNTPs、Mg2 和Taq DNA聚合酶用量对RAPD PCR扩增反应结果的影响。筛选并建立了适合于猪血木RAPD扩增的反应体系:总体积25μL,其中10×PCR缓冲液(500 mmol/L KCl,100 mmol/L Tris-HCl,1.0%Triton X-100,20 mmol/L MgCl2)2.0μL,引物(1.5μmol/L)0.2μL,dNTPs(10 mmol/L)0.3μL,模板2μL(15 ng),Taq酶0.4μL(0.5 U),水20.1μL。     

高粱胞质雄性不育及保持系的RAPD技术优化

以高梁细胞质雄性不育系和保持系A1T623A/B,A2V2A/B为材料，考察了Mg^2 ，Taq酶，dNTP，引物，模板等的用量、循环参数及不同的PCR仪对随机扩增多态性DNA（RAPD）反应的影响。结果发现：在25μL体系中，MgCl22．0mmol/L，Taq酶0．75U（1U＝1μmol/min），dNTP0．15mmol／L，引物16．5ng，模板30ng，明0．001％，KCl50mmol。L，Tris10mmol/L（pH8．3）为最佳反应混合物组合。对PeltierThermalCycler200而言，94℃预变性5min，94℃预变性5in，94℃变性1min，35℃退火1min，72℃延伸2min，最后72℃保温5min，共计40个循环为最佳扩增条件；对PerkinElmerCetusDNAtThermalCycler-480而言,采用94℃预变性3min后，前3个循环，94℃变性1min，35℃退火1min，72℃延伸2min，后37个循环，94℃变性30s，36℃退火45s，72℃延伸45s，72℃延伸1min，最后72℃保温5min的循环程序可获得理想扩增。并阐述了优化RAPD实验体系的设计原则。     

狗脊蕨(Woodwardia japonica(L.F.)Sm)基因组DNA提取与随机扩增多态性DNA(RAPD)的优化

以狗脊蕨新鲜叶片为材料,使用改良的CTAB法提取其基因组DNA,通过单因子实验优化了各反应物的浓度,即在25μL总反应体系,Mg2 (2.5 mmol/L),dNTPs(200 mmol/L),DNA(15 ng),Taq酶(1.5 U),引物(0.15μmmol/L),扩增程序为:94℃预变性1 min,然后94℃变性1 min,39℃退火1min,72℃延伸2 min,40个循环,最后72℃延伸10 min,4℃保存.狗脊RAPD条件优化为分析狗脊蕨的遗传多样性打下稳定的基础.     

爱玉ISSR反应体系的建立与优化

通过单因子试验和正交设计,对影响爱玉ISSR-PCR扩增效果的因素,如模板DNA用量、Taq酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、延伸时间和循环次数等指标进行优化.实验确立了可用于爱玉ISSR-PCR分析最适宜的反应体系：20 μL反应体积中含1 ng模板DNA、1.0 U Taq酶、0.4 μmol/L引物和0.18 mmol/L dNTPs;PCR扩增程序为94 ℃预变性4 min;94 ℃变性45 s,53 ℃退火45 s,72 ℃延伸2.5 min,共35个循环;72 ℃延伸7min,4 ℃保存.应用该体系对14份爱玉种质进行扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

椭圆食粉螨ISSR-PCR反应体系正交优化试验设计

以椭圆食粉螨基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,建立椭圆食粉螨的ISSR最佳反应体系.优化得到的反应体系为:Mg2 浓度1.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、dNTPs浓度0.2 μmol/L、引物浓度0.3 μmol/L、模版DNA量40 ng.反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,48℃、50℃、52 ℃(不同引物退火温度各异)复性1 min,72 ℃延伸1.5 min,35个循环;72 ℃延伸5 min;4 ℃保存.通过梯度退火试验,确定不同引物的最适退火温度.     

应用RAPD技术构建绞股蓝DNA指纹图谱

以不同类型绞股蓝(Gynostemma Pentaphyllum,(Thunb)Makino)DNA为模板,进行RAPD反应条件的优化及RAPD结果分析.最终筛选的RAPD反应条件为:20μL PCR反应体系中包括了10×buffer2.0μL,Mg2 2.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,引物0.5 mmol/L,Taq酶1U,模板DNA 50 ng.反应程序为94℃3 min→(94℃30 s→38℃40 s→72℃1 min)45个循环→72℃10min→4℃保持,并从66条随机引物中筛选出5条带型丰富、适合于绞股蓝分析的随机引物.以这5条随机引物对不同类型绞股蓝进行RAPD扩增,识别其特征性多态位点,建立分子标记检索表.     

用正交设计优化甜菜RAPD反应体系

采用正交设计对甜菜的RAPD反应体系进行优化．应用L25（5^6）正交表,研究了Taq、Mg^2＋、随机引物、dNTPs和DNA模板5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响,并进行量化分析,试验结果表明用这种方法建立的甜菜RAPD-PCR优化反应体系为：25μL反应体系中含1×Buffer、1．0mmol／L Mg^2＋、1U TaqDNA聚合酶、0．25mmol／L dNTPs、0．4μmol／L随机引物及25ng DNA模板．     

濒危植物刺桫椤RAPD反应体系的优化

以高盐SDS法提取濒危植物刺桫椤(Alsophila spinulosa)嫩叶总DNA，进行RAPD分析，分别研究了模板DNA、引物、dNTP、Mg^2 和Taq DNA聚合酶用量以及反应体积对反应结果的影响．筛选并建立了适合于利桫椤RAPD扩增的反应体系：反应体积10μL，内含2ng/μL模板DNA，2．0mmo1/L MgCl2,0．3μmo1／L引物，300μmo1／L dNTP，0．5u Taq DNA聚合酶．     

铁皮石斛野生居群研究(Ⅳ):RAPD反应体系的构建与优化

为获得铁皮石斛RAPD的最佳反应体系,本文对影响RAPD反应的模板含量、Mg2+浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度、扩增程序及退火温度等多种因子进行了构建与优化.通过各因子的组合研究,我们得到铁皮石斛RAPD反应最适扩增体系是:25μLPCR反应体积,10×Buffer 2.5μL,2.5 mmol/L MgC l2,dNTP 2.5μL(各2.5mmol/L),模板DNA为30 ng,Taq聚合酶1.5 U,随机引物12 pmol,ddH2O 14.2μL.最佳扩增程序:94℃预变性3m in,94℃变性50 s,38℃复性1 m in,72℃延伸2 m in,循环40次;最后72℃延伸5 m in.4℃保存.     

真藓科(Bryaceae)植物RAPD反应体系的建立

真藓科植物的分子系统学研究是藓类植物研究中的新热点,RAPD是分子系统学研究中被广泛采用的一项重要技术.为了开展真藓科植物的分子系统学研究,通过单因素实验结合正交实验建立了适于该科植物的RAPD最佳反应体系:dNTP为0.2 mmol/L,随机引物0.4μmol/L,Taq DNA聚合酶1.25 U,Mg2 为2 mmol/L,模板DNA为50 ng,扩增体系为25μL.确定扩增程序:95℃预变性7min;94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸2 min,40个循环;72℃终延伸7 min.并利用该体系从200条随机引物中筛选出了31条高度多态性的引物.     

佛手RAPD扩增系统的建立

试验了模板DNA、引物、镁离子和Taq酶的浓度对佛手RAPD分析结果的影响,从而建立了适合佛手RAPD扩增的系统.具体条件为:25μL反应体系中模板DNA 100 ng(4 ng/μL),MgCl2 3.0～5.0 mmol/L,dNTP 200μmol/L,10-mer Primet 0.2 μmol/L及1 U Taq Polyrnerase.扩增程序为:93℃120 s;之后,93℃60 s,35℃60 s,72℃120 s,进行42个扩增循环;最后72℃延伸600s.     

短花针茅SSR-PCR反应体系的建立及引物筛选

以采集于我国内蒙古高原、黄土高原和新疆等地的6个短花针茅野生种群为材料,采用正交实验的方法对模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶和引物浓度进行5因素4水平的正交优化设计,依据同源物种紫花针茅的19对SSR引物筛选适用于短花针茅的SSR引物.结果表明:(1)短花针茅最佳SSR-PCR反应体系为(25μL):100ng模板DNA 1μL、2.0mmol/L的Mg2+2.5μL、100μmol/L dNTPs 2μL、2.0U Taq DNA聚合酶0.5μL、0.2μLmol/L上下游引物各1μL,其余用ddH2O补足.(2)建立了重复性和稳定性较好的SSR-PCR扩增程序:94℃预变性3min;94℃变性30s,退火温度与每个引物相对应,退火30s,72℃延伸30s,共30个循环;最后72℃延伸10min;4℃保存,扩增结束.(3)筛选出7对多态性较好的短花针茅SSR引物,同属植物基因组SSR引物的通用率为36.84%.本研究对于进一步探讨短花针茅种群遗传多样性提供参考价值.     

黄连基因组DNA提取与RAPD-PCR体系的正交优化研究

采用改进的SDS方法提取黄连基因组DNA,利用正交设计研究方法建立黄连RAPD分析的PCR反应体系,成功地进行了RAPD扩增,筛选出黄连RAPD的最佳方案为:25μL反应体系中包括dNTPs0.12mmol.L-1,引物0.2μmol.μL-1,模板DNA 40ng,Taq酶1U,Mg2+2mmol.L-1,10×buffer缓冲液2.5μL,其余部分用无菌超纯水补平.PCR扩增循环为95℃3m in,38℃1m in,72℃2m in 1次循环;94℃1m in,38℃1m in,72℃2m in,45次循环,最后72℃延伸10m in.     

柚ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以柚类种质资源为材料,对影响其ISSR-PCR反应结果的模板浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度、循环次数进行了探讨.结果表明,25μL的反应体系为：20-80ng的DNA,0.2mMdNTPs,2.0mM MgCl2,1μM引物,1.5UTaq酶.PCR扩增程序为：94℃预变性4min,94℃变性40sec,48-58℃（视引物而定）1min,72℃延伸2min,35个循环,72℃延伸7min.     

两种荒漠小灌木RAPD反应条件优化与引物筛选

分析了模板DNA、引物、Taq酶、dNTP、Mg2+浓度对红砂和长叶红砂RAPD扩增的影响,筛选并建立了适合红砂和长叶红砂的RAPD扩增反应体系:反应体积25μL,内含20 ng模板DNA,0.16μmol/L引物,0.5 U Taq DNA聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.1 mmol/L dNTP,2μL10×buffer.用60个引物进行扩增,筛选出扩增效果好的18个引物,为进一步研究红砂和长叶红砂的遗传多样性奠定了基础.     

均匀设计优化黑木相思ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响黑木相思ISSR-PCR体系的引物、Mg2 、dNTP、Taq DNA聚合酶和模板DNA浓度等进行5因素5水平和5因素3水平两轮优化,建立了适合于黑木相思ISSR-PCR的体系:在20μL反应体系中,含引物0.30μmol.L-1,Mg2 3.00 mmol.L-1,dNTP 0.15 mmol.L-1,Taq DNA聚合酶0.75U,模板DNA 2.00 ng.μL-1.在此基础上对扩增程序中的循环次数、退火温度、退火时间进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性5 min;接着进行33个循环:94℃变性35 s,52~61.5℃退火52 s,72℃延伸90 s;循环结束后,72℃延伸10 min.同时筛选得到10个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.