癌症相关基因选择性剪接进化数据库的构建

选择性剪接是真核生物基因调控的基本调节机制之一,与各种类型的生理和病理活动相关.癌症相关基因的不正常剪接可能与多种癌症的发生发展有关.作为选择性剪接进化的主体,选择性剪接外显子展示了其在不同物种中多样的进化功能.本文系统整理了2 989个癌症相关基因的各项功能,通过比较基因组学的分析方法总结了癌症相关基因的选择性剪接外显子的功能和进化关系,建立了癌症相关基因选择性剪接进化数据库(ASeeDB数据库).ASeeDB包含癌症相关基因外显子区域的进化保守性、结构域预测、Ka/Ks值、以及基因、转录本、外显子区域3个层次的表达量统计等信息,结合这些信息用户可以方便的检索有研究意义的基因或者外显子.外显子区域蛋白质结构域的预测可以帮助了解其可能的功能,而外显子是否存在选择性剪接又可以推及包含该外显子的转录本是否具有相似的功能以及推测剪接是否会对蛋白质功能发生影响.数据库提供的物种间的序列比对可以帮助用户发现没有注释的外显子区域或者是保留的失去功能的外显子.相比于基因层面的Ka/Ks,数据库提供的外显子层面的Ka/Ks对于发现适应性进化事件具有更高的敏感性,可以更加方便地预示基因中未知功能的区域.     

Mn2+驱动的不同长度DNA片段PCR随机突变研究

针对倾向错误的PCR技术中不同目的、不同长度基因的诱变种类一直缺乏准确参考的问题，以酵母spt15基因为研究对象，在标准的PCR反应体系中加入不同Mn2+摩尔浓度（0.125，0.250 和0.500 mmol·L-1）进行倾向错误的PCR，扩增spt15不同长度（分别约为200, 500和700 bp）的DNA片段，研究其突变频率，突变碱基数目及突变类型，以分析不同种类的突变所需的最佳条件.研究结果表明：长片段DNA的PCR突变率对Mn2+摩尔浓度更敏感；模板的长度对DNA PCR突变碱基个数也有较为明显的影响，低Mn2+摩尔浓度有利于单突变；Mn2+驱动的突变有明显的倾向性，其中A→G和T→C的突变居多.     

新疆肉用绵羊抑制素βA基因多态性与产羔数关联分析

肉用绵羊的产羔数量低是制约新疆绵羊产业发展的一个重要因素.因此,对绵羊产羔数的分子标记研究也就具有了非常重要的现实指导意义.本研究选择了新疆本地品种哈萨克肉用羊、引进品种萨福克肉用羊和德中杂交肉用羊为实验对象,以抑制素βA基因为产羔数性状的候选基因设计了5对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态技术(PCR-SSCP)检测该基因多态性,并分析其与产羔数的关联.结果表明:3种绵羊外显子5'调控区引物0-2扩增区域存在多态性位点,有3种基因型,分别定义为:AA、AB和BB.测序发现,基因型AA在外显子1的一43 bp和-44 bp处存在C→A和G→A的连续碱基突变,-38 bp处存在C→A的单个碱基突变,一25 bp处存在C→G的单个碱基突变.显著性分析显示,哈萨克羊基因型AA比基因型AB和BB产羔数分别多0.20个(P＜0.05)和0.26个(P＜0.05),德中杂交基因型AA比基因型AB和BB产羔数多0.25个(P＜0.05)和0.34个(P＜0.05),而萨福克羊3种基因型产羔数差异无统计学意义(P＞0.05).结论:绵羊抑制素βA是影响新疆哈萨克羊和德中杂交肉用羊产羔数的重要基因,可作为标记辅助选择的候选基因.     

结核分枝杆菌临床分离株链霉素耐药性的检测及耐药基因突变位点分析

为检测结核分枝杆菌链霉素(streptomycin,SM)耐药性,分析耐药基因突变,探讨DNA测序分析技术在结核分枝杆菌链霉素耐药性检测中的应用价值。采用方法:1、用传统的比例法药敏试验对49株结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药性检测。2、用DNA测序分析技术对49株结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药相关基因Rpsl和rrs的突变位点分析,筛查耐药相关突变位点。3、探讨DNA测序分析技术对结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药性检测的效率。结果:1、传统比例法药敏试验结果显示,49株实验菌株中16株为链霉素耐药株,33株为链霉素敏感株。2、Rpsl基因DNA测序。结果显示:Rpsl基因只存在一个突变位点,为第43位密码子AAG的突变,突变形式为AAG→AGG,氨基酸由赖氨酸(Lys)变为精氨酸(Arg)。rrs基因DNA测序结果发现:rrs基因共存在5个突变位点,分别为第513位碱基A突变为G、第523位碱基A缺失、第598位碱基A突变为G、第599位碱基A缺失、第612位碱基A缺失,其中第513位碱基突变只存在于链霉素耐药株中,其余4个突变位点在耐药株和敏感株中均存在。即初步认为Rpsl基因第43位密码子的突变及rrs基因第513位碱基的突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性有关。3、分析Rpsl基因和rrs基因突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性之间的关系,结果显示:16株链霉素耐药株中13株存在Rpsl基因第43位密码子的突变,1株存在rrs基因第513位碱基的突变。以传统的比例法药敏结果为参照,以DNA测序分析Rpsl基因或rrs基因发现Ppsl基因发生第43位密码子或rrs基因第513位碱基突变为判断菌株耐药的标准,DNA测序分析技术对结核分枝杆菌链霉素耐药性检测的敏感性为87.5%,特异性为96.97%。由此可知,初步认为Rpsl基因第43位密码子的突变及rrs基因第513位碱基的突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性有关。用DNA测序分析结核分枝杆菌Rpsl基因和rrs基因链霉素耐药相关突变,判断结核杆菌链霉素耐药性具有较好的灵敏度和特异性,耗时短,在链霉素耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。     

白蛋白/球蛋白与类风湿性关节炎患者的DAS28和ESR的相关性

目的:筛选和量化类风湿性关节炎(RA)炎症性疾病的活动度指标,探讨RA患者白蛋白/球蛋白(A/G)与疾病活动评分(DAS28-ESR),红细胞沉降率(ESR)和C-反应蛋白(CRP)质量浓度之间的相关性.方法:纳入61例RA患者,DAS28-ESR为疾病活动的标准参考指标,评分5.1为高度活跃组(n=22),3.2DAS28≤5.1为中度活动组(n=20),DAS28≤3.2为病情活动组(n=19).根据疾病活动性比较ESR、CRP、血清白蛋白、血清球蛋白质量浓度和A/G水平;分析A/G与DAS28和ESR的相关性.再通过DAS28将RA患者分为无活动和活跃(中度至非常活跃)患者以检查A/G作为炎症活动指标(≥1.2)的敏感性和特异性.结果:ESR、CRP和血清球蛋白在非常活跃期患者中高于非活动期和中度活动期患者(P0.000 1),而血清白蛋白和A/G显著降低(P0.000 1).DAS28与ESR(r=0.83,95%CI=0.73～0.89,P0.000 1),CRP(r=0.58,95%CI=0.39～0.73,P0.000 1)和血清球蛋白(r=0.63,95%CI=0.45～0.76,P0.000 1)质量浓度呈正相关性,与白蛋白(r=0.63,95%CI=-0.76～-0.45,P0.000 1)和A/G(r=-0.71,95%CI=-0.81～-0.55,P0.000 1)呈负相关性.A/G与ESR呈负相关(r=-0.74,95%CI=-0.82～-0.61,P0.000 1)和CRP(r=-0.49,95%CI=-0.65～-0.28,P0.000 1).ESR的敏感性高达92.8%,而特异性相对较低,为52.6%.CRP和A/G碰巧具有相同的敏感性59.5%和特异性89.4%.结论:非常活跃期的RA患者血清白蛋白质量浓度较低、球蛋白质量浓度较高,A/G与DAS28,ESR和CRP质量浓度呈负相关.     

基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建

基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的，包括比对它们的遗传序列或蛋白序列。而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息，比如绘制更为可靠的系统发生图谱，或更精确地阐明内含子的进化。为此，本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构。通过该方法，可构建相关物种的Exon/Intron数据库（EID），其主要内容包括内含子的相位，Exon或Intron的数量、大小，剪接位点的模式以及选择性剪接（Alternative splicing, AS）的相关信息。     

颗粒物成分与马氏珠母贝的食物选择效率及耗氧率的关系

为揭示马氏珠母贝的食物选择效率和耗氧率与海水颗粒物成分之间的关系,采用自然海区常流水法分析了海水颗粒物组成和马氏珠母贝的生理能量学特征,结果表明,对于养殖于自然海区中的马氏珠母贝:(1)滤水率FR与海水颗粒物成分无显著相关性(P0.05);(2)选择效率SE与海水颗粒有机物浓度POM及海水颗粒物中的饵料质量f呈极显著正相关(r=0.500,P=0.000;r=0.505,P=0.000);(3)单位体重耗氧率OCR与POM及f呈极显著正相关(r=0.268,P=0.000;r=0.319,P=0.000).因此,在本实验条件下,当饵料质量升高时,马氏珠母贝的选择效率及耗氧率会相应提高.     

基于注意网络测验探讨网络成瘾对大学生注意的影响

采用Young的网络成瘾量表将32名被试分组,采用ANT测验,设计4(提示类型:空间提示、双边提示、中间提示、无提示)×3(靶子状态:一致、不一致、单个)×2(网络成瘾程度:轻度、中度)的混合实验,从注意网络的警觉、定向和执行控制3个方面来检测不同网络成瘾级别大学生的注意网络功能的差异。结果显示:轻度组和中度组被试的平均反应时分别为(573.14 ms,643.46 ms),正确率分别为(98.3%,94.8%);在轻度网瘾组中,提示类型和靶子状态对反应时的主效应显著,F提示类型(3,30)=22.452,P=0.000,F靶子状态(2,30)=10.603,P=0.000;提示类型和靶子状态对错误率的主效应也显著,F提示类型(3,30)=10.257,P=0.000,F靶子状态(2,30)=47.100,P=0.000,中度组靶子状态对反应时的主效应显著,F(2,30)=35.992,P=0.000;提示类型和靶子状态对错误率的主效应均显著,F提示类型(3,30)=13.522,P=0.000,F靶子状态(2,30)=16.097,P=0.000;网络成瘾级别和注意的警觉网络呈现负性相关(r=-0.643,P=0.000);与执行控制网络呈现正性相关(r=0.536,P=0.041);同定向功能无显著相关(r=0.322,P=0.072)。结论:网络成瘾被试的注意网络中警觉功能和执行控制功能存在异常,定向功能则相对比较稳定。     

FASAY技术在肝癌p53基因功能突变检测中的应用

酵母中分离的等位基因功能分析技术(functional analysis of separated alleles in yeast,FASAY)是一种检测基因结构与功能关系的有效方法.利用FASAY技术结合DNA测序对28例临床原发性肝细胞癌手术样本中的p53基因结构突变与P53蛋白的功能进行了检测.结果发现在这些肝癌组织样本中,FASAY检测的阳性结果为15例,p53基因突变率为53.6%.cDNA测序的结果表明15例FASAY阳性样本均发生了p53基因突变,而13例FASAY阴性样本中未检测到基因突变.在15例p53基因突变肝癌样本中,有8例249位密码子突变,其中包括一例首次报道的249Thr双点突变(GC746.GC747→CG746.TA747),其余均为249Ser突变.研究结果表明,FASAY是一种灵敏的检测HCC中的p53基因结构与功能突变的技术,它可推广应用于肝癌临床样本的研究.     

不同基因组中同义密码子重复序列的分析与比较

以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酵母、线虫和拟南芥基因组中所有ORF序列为样本,对编码序列中同义密码子重复序列和对应氨基酸重复序列的有关性质进行了分析.结果显示同义密码子重复序列中密码子的使用与全部编码序列的密码子使用有明显的差别,部分密码子的使用随着重复长度的增加,偏置增大.相同密码子2联体在同义密码子4和5联体中的位置明显偏好两端.同时给出了各密码子的联体能力,讨论了联体能力的大小与密码子碱基构成的关系.对于氨基酸重复序列,氨基酸重复片段数的对数随重复长度分布呈对数下降.重复序列中氨基酸的含量与全序列氨基酸的含量有显著差别,有些氨基酸随着重复长度的增加其含量偏置增大.亲水、小体积和非极性氨基酸容易形成长的联体,疏水、极性和大体积氨基酸形成的最大联体长度较短.最后,对6种模式生物进行了比较,讨论了上述结果与生物进化的关系.     

关于农业区划地图集中的统一协调问题

图集的统一协调,对图集质量有很大影响。本文是作者在编制北京市农业区划地图集的实践基础上,根据地图信息传输论的观点,对农业区划地图集的统一协调的内容及方法进行了探讨。试图总结编制这类图集的统一协调模式,以供读者编图时参考。     

民间法正义观的转型

研究了国家法的抽象正义观与民间法的情理正义观,认为西方国家法的抽象正义观与东方民间法的情理正义观存在实质的不同,原因在于思维方式、超验与经验传统、政治结构的差别。在现代法治理念下,传统民间法所代表的正义观将向混合正义观转型,西方法治所代表的国家法抽象正义观是其骨架。     

关于一维非自治时滞系统点态退化一例

给出了一维非自治时滞系统点态退化的一个例子,拓宽了该领域的研究。     

十二烷基苯硝化选择性的测定

利用对位异构体的对称性由核磁共振氢谱测定了工业十二烷基苯在硝硫混酸中的硝化选择性，发现一硝化产物中对位异构体的比例为７５％￣８０％。以月桂酸和苯为原料，经氯化、酰化和还原合成了正十二烷基苯。在同样条件下研究了正十二烷基苯的硝化，由核磁共振氢谱和气相色谱分析，发现一硝化产物中对位异构体的比例仅为６０％。根据空间位阻效应，对结果进行了讨论，并与甲苯，乙苯，异丙苯等短链烷基苯的硝化结果进行了比较。     

YBCO掺杂效应研究

介绍了YBCO掺杂的基础知识,总结了YBCO各个位置采用典型元素掺杂而导致的超导电性和结构的变化,阐述了掺杂对YBCO的重要影响,并简介了当前YBCO掺杂效应研究中的几个热点问题.     

A_5的一类12阶子群的构造

由于有限群的Lagrange定理的逆不成立,因此,n较大时要确定n次交代群An的所有子群或对An阶数的每一个正因数,确定是否存在这个阶数的子群是较困难的问题.文章通过对5-循环置换各次方幂的计算及其研究,构造出了A5的5个12阶子集,并证明了每一个子集都是A5的12阶子群,最后对A5的部分阶的子群做了总结.     

“真空的真空”的存在性问题

许多科学家包括诺贝尔奖获得者李政道教授都预言,真空是未来物理学的一个重要研究对象.十七世纪的伽利略时代人们曾讨论过"真空"是否存在的问题.当时的学术界分成两派,一派以帕斯卡为代表,认为真空存在,另一派以笛卡尔为代表,认为真空不存在,最后实验证明"真空存在派"正确.现代研究表明,真空并非一无所有,这样就产生了一个新的问题"排除了真空物质后的空间",即"真空的真空"是否存在.本文探讨了与"真真空"有关的问题,提出了一些观测实验方法,这些方法可以帮助我们最终解答"真真空"的存在性问题.     

高频机组基础振动检测分析

为了找出诱发高频机组基础不良振动的原因，从基础计算模型方面对基础激励与响应进行了分析，以两个高频机组基础为动测实例，经模态分析得出钢筋混凝土构架式基础竖向1阶振动与电机产生共振；应用功率谱法对动力机组及基础平台进行动测，得出平台异常响应频率66Hz为水泵工作频率，调整机器的工作频率可避开不良振源影响，达到明显的减振效果。由此而知，动力机器基础出现不良振动时，不可盲目改变结构的动力特性，应在机器不同工况比如：停机、起机及正常转速下，对机器及基础进行动测并对振动信号进行比较分析，以制定出行之有效的减振方法。     

圈幂补图的树宽

基于“前沿分支”的观点研究了圈幂补图的树宽，首先确定了它的树宽下界，又给出了达到此下界的标号，从而得到了它的树宽表达式。