肿瘤标志物研究进展

 随着精准医疗的发展,肿瘤标志物越来越得到关注。综述了近期肿瘤标志物的突破性进展：肿瘤标志物研究内容逐步扩展,涉及基于肿瘤基因组和染色体变异、液体活检、表观遗传学和代谢组学等多方面的肿瘤标志物;肿瘤标志物相关检测技术飞速发展,包括液体活检、高通量基因测序、单细胞精准检测及其他新型技术等;并且随着这些新型高科技的不断发展,实现了从单一检测到多因素联合检测的突破;在临床实践中,肿瘤标志物检测已在肿瘤早期筛查和诊断、指导肿瘤治疗并预测疗效、预测肿瘤复发转移和预后方面发挥重要作用,对于提高肿瘤诊治质量、充分实现精准医学具有重要意义。     

基于AdaBoost的基因组缺失变异综合检测策略

针对基因组缺失变异检测中测序序列分裂比对方法所存在的假发现率较高的问题,提出了一种基于检测理论和AdaBoost的综合检测策略.首先,对配对末端测序序列进行初次映射和二次分裂比对,得到1 bp解析度的候选缺失变异集合,并使得该集合中包含尽可能多的候选变异;然后,依据配对末端测序序列映射分析、测序序列分裂比对和测序序列映射深度分析3类检测方法的基本原理,在2次比对结果中提取与缺失变异相关的序列特征;最后,以具有高泛化性能的AdaBoost神经网络集成模型为判别模型,筛除候选集中的伪阳性结果,从而得到最终结果集.实验结果表明,相对于传统的测序序列分裂比对方法,所提策略能够在几乎不损失检测敏感度的前提下更加有效地降低假发现率.     

微流控法DNA片段化研究进展

DNA分子的片段化技术对于下一代基因测序技术和疾病检测技术意义重大，本文回顾了现有的DNA片段化方法，着重介绍了基于微流控芯片技术的流体动力学剪切法DNA片段化技术，总结了影响微流控芯片中DNA片段化过程的因素，并且展望未来微流控技术在DNA片段化和生物芯片领域的应用     

外显子组测序技术述评

外显子组测序主要包括3个步骤:目标序列的富集、DNA测序、生物信息学分析。笔者介绍了外显子组测序技术及其在遗传研究中的应用,分析了该技术的优势和不足,并对其应用前景进行了展望。与转录组和全基因组测序技术相比,外显子组测序在编码基因获取方面具有高效、准确、低成本的特点; 与全基因组关联分析技术(Genome-wide association analysis, GWAS)相比,能有效检测基因组中编码基因的稀有变异,但还不能检测到基因组水平上较大的结构性变异以及内含子区域的信息。目前,外显子组测序技术在人类单基因控制的遗传疾病和多基因控制的复杂疾病的分子机理研究中,能准确找到孟德尔遗传疾病致病基因; 在动植物上能成功检测到目标编码区的核苷酸变化。随着模式木本植物全基因组测序的完成,利用该技术可以加快对木本植物性别、林木抗逆性及生长等重要性状基因的定位,应用前景广阔。     

适配体技术及其在肿瘤标志物检测中的应用

随着一种新型指数富集的配基系统进化技术（systematic evaluati on of ligands by exponential enrichment,SELEX）不断的发展和完善,适配子技术已成功用于药物筛选、临床诊断、疾病治疗和基础医学研究等方面,特别在临床肿瘤标志物方面的应用,已经发挥了巨大的作用。阐述了目前适配体技术及其在肿瘤标志物检测中的应用的研究进展。     

肿瘤标志物的最新研究技术及其临床检测方法

肿瘤标志物已被广泛应用于肿瘤的临床诊断、分期、监测疗效和预后等方面.通过对肿瘤标志物的研究技术和临床检测方法进行详细介绍,可提高分子诊断及应用临床联合检测技术,能帮助肿瘤患者早期确诊和有效治疗.     

卵巢癌肿瘤标记物及早期诊断的研究进展

卵巢癌是严重威胁女性生命健康的恶性肿瘤之一,在女性生殖系统肿瘤中,其致死率居首位,卵巢癌患者早期症状不明显,确诊时常属晚期,而早期发现仍然是降低肿瘤病死率的最有效方法,对于临床上卵巢癌患者的诊断有着极大的考验。近年来,与卵巢癌相关的肿瘤标记物不断被发现,标志物之间进行联合检测,其检测的敏感度及特异度显著提高,一些诊断技术不断完善为卵巢癌的早期发现提供了帮助。文章侧重介绍与糖蛋白有关的卵巢癌生物标记物、miRNA在卵巢癌早期筛查中的应用,为临床卵巢癌早期诊断提供帮助。     

preMiDTM:血浆突变检测技术新平台

随着分子生物学技术的发展,癌症分子特征方面的研究得以不断深入。本文旨在探讨肿瘤相关基因突变的研究发展对癌症早期发现的重要意义,介绍原创preMiDTM血浆循环突变检测技术平台及其临床应用前景。     

基于高通量测序技术下的心脑血管疾病患病风险评估模型研究

心脑血管疾病是一种严重威胁人类健康的常见疾病,且在中等发达国家的患病率正处于逐年上升的趋势,针对无症状个体患者进行全面可靠的风险评估是预防该疾病的关键.基于高通量测序平台,以高通量测序数据为基础,通过使用多元线性回归模型来预测与心脑血管疾病高度相关的基因和SNP位点的odds ratio(OR)值信息,以此构建心脑血管风险评估模型.将这一模型预测所得到的风险评估结果与临床诊断结果进行比较,两者具有高度的一致性.     

我市成功研制出国内首个世界水平微生物芯片

由”长江学者特聘教授”、南开大学王磊博士任首席科学家的国家“863”专项——“重要病原微生物检测生物芯片”课题组经过2年的潜心科研攻关，近期取得重大成果，“重要致病菌检测芯片”第一代样品研制成功。该生物芯片是基因检测芯片的一种，在感染性疾病、遗传性疾病和肿瘤等疾病的临床诊断方面具有独特的优势。与传统检测方法相比，     

SPATA12基因在多种肿瘤中的组织芯片表达谱分析

为了检测生精相关基因SPATA12在多种肿瘤组织中的表达及其与临床病理特征的关系,采用数字虚拟Northern方法分析SPATA12在41种正常组织及其相应肿瘤组织中的表达丰度;利用组织芯片技术结合原位杂交的方法,对96例多器官肿瘤组织芯片和208例肺肿瘤组织芯片样本中SPATA12基因的表达情况进行检测.虚拟Northern结果显示,SPATA12主要表达于正常睾丸组织以及少部分肺癌组织中.组织芯片原位杂交结果显示,SPATA12在多种肿瘤组织中表达频率不一,主要在皮肤恶性黑色素瘤、前列腺癌及前列腺慢性炎症组织、胃癌、结肠癌、甲状腺乳头状癌等肿瘤组织中高表达;在肺肿瘤组织中,SPATA12主要表达于非小细胞肺癌,其中在腺癌、鳞癌、类癌和大细胞癌组织的阳性表达率分别为16.13%,29.17%,30%和100%.SPATA12的阳性表达率与肺癌不同病理类型相关(P<0.01),而与年龄、性别以及临床分级无关(P>0.05).SPATA12基因具有肿瘤-睾丸抗原的组织表达谱特点,其阳性表达与肺肿瘤组织的不同病理类型存在明显的相关性,对肺肿瘤的分子分型有一定的参考价值.     

液体活检在乳腺癌中的研究进展

液体活检是指通过无创手段提取病人体液(血液、尿液、唾液、乳汁等),并分析肿瘤组织衍生的生物标记物,如循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA及外泌体.与传统的影像学及病理学诊断相比,液体活检具有无创性、可重复性及时效性等优势.近几年来,随着检测技术的革新发展,液体活检已被许多临床试验证实是一种有效的新颖活检技术.本研究将从生物学特性、检测技术及临床应用方面阐述液体活检在乳腺癌中的研究进展.     

人工神经网络技术在胰腺癌诊断中的应用

建立6种血清肿瘤标志物人工神经网络(ANN)诊断模型,以验证其在鉴别胰腺疾病的应用价值.采用病例对照研究,用酶联免疫吸附法分别测定42例胰腺癌患者、50例胰腺炎患者及50例消化道良性疾病对照组血清的癌胚抗原(CEA)、甲胎蛋白(AFP)、癌抗原199(CA199)、癌抗原50(CA50)、癌抗原125(CA125)、癌抗原242(CA242)共6种肿瘤相关标志物指标.利用人工神经网络技术结合6种肿瘤标志物构建胰腺癌诊断模型。并将此模型应用于胰腺癌的诊断.该模型可以同时判别消化道良性疾病、胰腺炎与胰腺癌.建立基于人工神经网络的胰腺癌诊断模型,可为临床胰腺癌诊断提供有价值的参考资料,有助于提高胰腺癌的早期诊治水平.     

幽门螺杆菌与上消化道疾病关系的临床研究

目的研究幽门螺杆菌与上消化道疾病的关系及致病机理.方法进行临床病例分析及相关病理、毒理实验.结果研究表明,幽门螺杆菌与慢性胃炎、消化性溃疡、消化道肿瘤等消化道疾病有密切的关系.结论功能性基因组可能填补我们对幽门螺杆菌感染发病机制理解的许多空白,加速新疗法的产生.     

化繁为简,多元一体

<正>体外诊断是指在人体之外,通过对人体样本进行检测而获取临床诊断信息,进而判断疾病或机体功能的产品和服务。上海裕隆生物科技有限公司董事长穆海东提出了"世界在变,创新不变"的创新理念,将现代医学诊断技术微型化、集成化、自动化、信息化,从而自主研发了系列蛋白芯片、基因芯片、荧光定量PCR、酶免、金标检测试剂盒和配套自动化反应检测仪器,用于肝炎、肿瘤、心血管疾病等重大疾病的诊断,而这些产品的诞生也标志着上海     

涎腺肿瘤中Ki67的表达及意义

目的检测K i67在涎腺良、恶性肿瘤组织中的表达,研究其与涎腺肿瘤发生发展的临床病理意义。方法采用SP免疫组化染色方法检测38例涎腺肿瘤中Ki67表达情况,采用SPSS软件统计分析。结果在正常涎腺组织中Ki67蛋白呈阴性表达,在涎腺多形性腺瘤与涎腺恶性肿瘤中表达率分别为33.3%和75%,差别具有统计学意义。结论Ki67蛋白的表达与涎腺肿瘤的发生、发展相关,其检测可辅助诊断涎腺肿瘤的良恶性。     

基于三代长读长测序数据的基因组组装算法分析

目的 指出当前已有的基于三代测序数据的基因组组装方法的缺陷，并提出改进措施，以提高组装的准确率与运行效率。方法 深入分析当前基于三代长读长测序技术的基因组组装方法，包括基于“校正后组装”策略的FALCON,Canu和MECAT组装方法，基于“组装后校正”策略的Flye和Wtdbg2组装方法，指出不同策略的优缺点。结果与结论综合2种组装策略的优势，提出了可以融合2种组装策略优势的新的基因组组装方案，解决了当前基于三代测序数据的基因组组装中的难点。     

ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:通过检测ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌组织中的表达,结合数个临床病理因素,探讨ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌治疗中的临床意义.方法:手术取得80对肝癌和癌旁组织及20例正常肝脏组织,采用定量Real-time PCR(qPCR)及免疫组织化学技术检测各组织中ULK1和Beclin1的表达情况,联合临床病理因素进行统计分析.结果:ULK1和Beclin1在肝癌中蛋白表达及mRNA的表达,均低于在癌旁组织以及正常肝组织中的表达(P0.05),而癌旁组织与正常肝组织中ULK1和Beclin1的表达的差异无统计学意义(P0.05).ULK1和Beclin1在肝癌组织中的表达可能呈正相关关系(r=0.26,P=0.02).ULK1在肝癌中与性别、年龄、乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、术前肝功能分级、甲胎蛋白(AFP)、嗜酒、肿瘤部位及分级无关,与肿瘤大小相关.Beclin1在肝癌中与性别、年龄、HBSAg、术前肝功能分级、嗜酒、肿瘤的部位及分级无关,但与肿瘤的大小及AFP表达相关.结论:ULK1和Beclin1可能通过影响自噬,进而肝癌的发生发展相关联.     

肝癌患者血液基因组中SFRP1、SFRP2基因甲基化分析

利用MSP技术检测肝癌患者和健康人血液基因组中SFRP1及SFRP2的甲基化情况,分析肿瘤相关基因SFRP1、SFRP2基因甲基化与肝癌的相关性。实验结果表明,SFRP2基因甲基化与肝癌相关,SFRP1基因甲基化与肝癌无相关性。     

各类型食管癌组织中CDK16的表达及意义

采用组织芯片技术结合免疫组织化学技术检测各类型食管癌(鳞状细胞癌、腺癌、小细胞癌)以及食管胃交界癌、胃癌中细胞周期素依赖性激酶16(cyclin dependent kinase 16,CDK16)的表达情况.使用数学统计分析软件研究CDK16蛋白的表达与食管鳞癌临床病理特征之间的关系.结果显示,CDK16在不同类型食管癌中的表达存在差异.CDK16在食管鳞癌中呈强阳性表达,且表达强度与肿瘤的分化程度负相关.CDK16在食管鳞癌细胞中表达部位的变化与肿瘤的恶性程度密切相关.CDK16的表达与食管鳞癌患者的性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤最大径及肿瘤的病理形态均没有显著相关性(P0.05),而与肿瘤的病理分级、淋巴结转移及TNM临床分期有显著相关性(P0.05).以上结果表明,CDK16在食管癌中的表达具有组织学特异性.CDK16在食管鳞癌的发病过程中发挥着重要的作用,而检测CDK16的表达有助于食管鳞癌的临床诊断.