拟穴青蟹β-肌动蛋白基因的克隆与分析

β-肌动蛋白广泛存在于真核生物中,在维持细胞结构、细胞运动和细胞分裂等生理活动中发挥着重要作用.运用RACE技术克隆了拟穴青蟹(Scylla paramamosain)β-肌动蛋白基因,并用RT-PCR方法检测该基因在成体各组织中的表达情况.拟穴青蟹β-肌动蛋白cDNA全长1 337 bp,5′端非编码区为67 bp,3′端非编码区为139 bp,开放阅读框1 131 bp编码376个氨基酸.拟穴青蟹β-肌动蛋白与其他节肢动物β-肌动蛋白氨基酸序列的相似性高达98％～99％.系统进化树显示拟穴青蟹β-肌动蛋白基因的分子进化地位与其生物学分类地位一致.半定量RT-PCR分析结果表明,β-肌动蛋白基因在拟穴青蟹视神经节、脑神经节、胸神经节、性腺、鳃、心、胃、肌肉、肝胰腺共9个组织器官中的表达基本一致,具有良好的稳定性.     

拟穴青蟹抗菌肽CrusSp基因克隆表达及抑菌活性分析

从拟穴青蟹血淋巴细胞提取总RNA,经RT-PCR扩增编码CrusSp成熟肽的cDNA序列,克隆至pET-32a(+)表达载体中,转化至王coli OrigamiTM(DE3)中表达CrusSp蛋白,通过Ni2+亲和层析柱纯化获得CrusSp蛋白,表达出的CrusSp蛋白相对分子量约10.27 ku,等电点为8.54,滤纸片扩散法结果显示CrusSp蛋白抑制绿色木霉.     

拟穴青蟹ANT2基因的克隆与低温胁迫表达分析

腺苷酸转移酶(ANT)是线粒体中最丰富的蛋白质之一,其主要作用是介导ADP/ATP在细胞质和线粒体基质之间的运输.为探讨该基因在拟穴青蟹(Scylla paramamosain)低温适应中的作用,采用反转录PCR(RT-PCR)、cDNA末端快速扩增技术(RACE)等技术,从拟穴青蟹中获得了ANT2的cDNA全长序列,并运用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测了ANT2在不同组织和不同温度下的表达谱.该序列全长1 348bp,开放阅读框(ORF)为930bp,编码309个氨基酸残基.同源分析显示,该蛋白具有3个保守的线粒体跨膜功能结构域,形成能量分子传导转运通道,催化细胞质中ADP和线粒体内ATP的跨膜交换.qPCR结果表明ANT2基因在拟穴青蟹多个组织中均有表达,且表达量不同,表明ANT2基因具有组织表达特异性.第1期仔蟹在10,15,20,25℃不同温度条件下,在1,3,12,24,36h,10和15℃组表达量显著低于20和25℃组(p0.05);且在1,3,6,12,24h,10℃组的表达量显著低于15℃组表达量(p0.05).15℃组在48h内,ANT2呈现高低起伏的表达模式.拟穴青蟹第1期仔蟹ANT2基因表达变化,提示该基因与能量代谢功能相关,可能参与拟穴青蟹低温胁迫应答.     

拟穴青蟹CrusSp的克隆表达纯化及抑菌活性测定

从拟穴青蟹血淋巴细胞提取总RNA,经RT-PCR扩增编码CrusSp成熟肽的cDNA序列,将其克隆至pMD18-T载体进行扩增,然后克隆至pET-32a(+)表达载体中,转化至E.coli OrigamiTM(DE3)中表达CrusSp蛋白,通过Ni2+亲和层析柱纯化获得CrusSp蛋白,表达出的CrusSp蛋白分子量约10.27 kDa,等电点为8.54,采用滤纸片扩散法检测该蛋白的抑菌活性.滤纸片扩散法显示CrusSp蛋白对绿色木霉具有抑制活性.     

拟穴青蟹HSP70基因的克隆与组织表达

热休克蛋白70(HSP70)是一种重要的功能蛋白.利用RACE和基因克隆等分子生物学技术,获得拟穴青蟹(Scylla paramamosain)HSP70全长cDNA序列,全长共2 189 bp,包括110 bp的5′UTR(untranslated regions)、126 bp的3′UTR和一个1 953 bp的开放阅读框(ORF).ORF可编码650个氨基酸残基,总分子质量约为71.2 ku,pI为5.38.同源蛋白的比较结果显示,拟穴青蟹HSP70序列与其他一些物种具有很高相似性,推测HSP70基因具有很高的遗传保守性,而基于HSP70氨基酸序列比对而绘制的系统树基本能够反映出各物种间的进化关系.以RT-PCR法检测雌性拟穴青蟹一些组织中的HSP70表达,结果显示各待测组织中均能扩增得到HSP70,说明HSP70在拟穴青蟹为组成型表达.其中,HSP70在卵巢中表达量最高,其次为脑神经节,推测这与HSP70作为分子伴侣的功能相关.     

拟穴青蟹新型过敏原磷酸丙糖异构酶的鉴定分析

利用硫酸铵盐析和柱层析对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)进行处理,纯化得到28 ku的新型过敏原蛋白,经质谱鉴定为磷酸丙糖异构酶（triosephosphate isomerase,TIM）,与中华绒螯（Eriocheir sinensis）TIM序列相似度达到93%。该过敏原蛋白能够与甲壳类过敏患者血清和兔抗克氏原螯虾多克隆抗体发生特异性反应,等电点为5.8。对热处理稳定,加热温度高于50 ℃时发生聚合,且多聚体仍具有免疫结合活性,pH＞9.0时,对TIM免疫结合活性略有影响。在模拟胃肠液消化过程中,TIM耐受胰蛋白酶消化但不耐受胃蛋白酶消化,模拟胃液消化后的小分子片段仍保留有IgG结合活性。综合血清学及性质分析,该磷酸丙糖异构酶是拟穴青蟹的一种新型过敏原。     

斜带石斑鱼ERP44基因的克隆与表达分析

为进一步了解内质网蛋白44基因(ERP44)在石斑鱼免疫反应中的作用,本研究根据实验室石斑鱼转录组数据中ERP44的表达序列标签(EST)设计引物,克隆了斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)Ec-ERP44基因的开放阅读框序列(ORF),利用生物信息学手段分析Ec-ERP44基因及其编码蛋白的序列结构和特征,并通过实时荧光定量PCR检测该基因的组织分布特征,以及脂多糖(Lipopolysaccharide, LPS)、聚肌胞苷酸(Polyinosinic-polycytidylic acid, Poly I:C)刺激后该基因在石斑鱼脾脏中的表达变化。研究结果表明,Ec-ERP44基因ORF全长1 233 bp,编码410个氨基酸;该蛋白具有蛋白质二硫键异构酶(PDI)家族保守的硫氧还蛋白结构域。同时,Ec-ERP44基因在健康石斑鱼体内的多种组织均有表达,其中在脑组织中的表达量最高;在LPS与Poly I:C刺激后,石斑鱼脾脏中Ec-ERP44基因的表达显著上调。本研究结果表明,Ec-ERP44基因参与了石斑鱼抗病原感染的免疫反应。     

毛竹硅转运基因PhLsi1的ORF克隆及生物信息学分析

以水稻硅的内转运蛋白基因Lsi1的cDNA序列为信息探针,对毛竹的核酸数据库进行同源性搜索,获得全长为797bp的毛竹硅内转运蛋白基因的cDNA序列(Genbank登陆号:FP095571).与水稻Lsi1的cDNA序列相比,毛竹中该基因cDNA序列第721位处发生终止突变,导致毛竹Lsi1丢失了86个氨基酸残基.采用RTPCR方法对其进行克隆,序列分析表明,PhLsi1基因在编码时确实存在提前终止现象,共编码212个氨基酸,与水稻、玉米和大麦中已克隆的硅内转运蛋白(silicon influx transporter,含有6个跨膜螺旋区和2个NIP保守基序)的序列相似性分别高达99.3%,91.9%,91.9%,但只具有5个跨膜螺旋区和1个NIP保守基序.     

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)IL-10基因的克隆及表达分析

白细胞介素10(IL-10)是一种作用广泛的抗炎细胞因子,主要功能是限制和最终终止炎症反应.用RACE(rapid amplification of cDNA ends)-PCR方法扩增出鲢白细胞介素10(IL-10)的cDNA,其全长为1248nt,包含5'非编码区156nt,3'非编码区552nt,开放阅读框540nt.鲢IL-10的开放阅读框编码179个氨基酸,其中包含构成两对二硫键的4个保守半胱氨酸.RT-PCR结果显示鲢IL-10mRNA主要在脾脏、鳃、头肾和肌肉中表达.将鲢IL-10完整开放阅读框克隆到原核融合表达载体pET-32a-c(+)上,转入大肠杆菌Rosetta-gami(DE3)内进行表达,经SDS-PAGE电泳后显示重组融合蛋白在分子量约39 ku处有明显表达带,与预期分子量大小一致,且主要以不可溶的包涵体形式存在.变性条件下利用His·Bind树脂成功纯化了融合蛋白,将其免疫家兔,获得兔多克隆抗鲢IL-10抗体,Western blot检测到兔多克隆抗鲢IL-10抗体可有效地与重组蛋白结合.这些结果为进一步研究IL-10的功能奠定了基础.     

异色瓢虫的HSP90基因的克隆与特性分析

采用同源克隆和锚定PCR技术,从异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)中克隆到热休克蛋白HSP90基因的cDNA全序列(Genbank number:FJ501962)。cDNA全长2 480 bp,包含3′非编码区域(UTR)为200 bp和5′UTR为126 bp,开放阅读框(ORF)长2 154 bp,编码717个氨基酸。预测的相对分子质量为82 230,理论等电点为4.96,无糖基化位点、跨膜结构和信号肽。在N端具有HSP90基因保守的ATPase结构,含有HSP90家族的C末端的保守序列EEVD。与赤拟谷盗Tribolium castaneum相比较,同源性高达90%,系统发育分析也表明两者的亲缘关系最近。HaaHSP90基因的克隆和比较分析为进一步深入研究异色瓢虫的抗逆机理及其进化具有重要意义。     

人类磷酸泛酰巯基乙胺结合蛋白新基因的分离和鉴定

在对AD293和HEK293进行差减杂交以探索两者在吸附和凋亡特性上的差异时,从AD293的高表达文库中分离得到一段新的cDNA片段.从人类胎脑文库克隆得到该基因,全长2 745 bp,编码的蛋白含518个氨基酸,被预测为磷酸泛酰巯基乙胺结合蛋白.该基因在染色体上定位于2p22.3,包含8个外显子.该cDNA编码的蛋白序列含有一个凋亡抑制蛋白5结构域,外皮蛋白重复片段和铜结合辛肽重复片段.RT-PCR分析显示该基因在人类正常组织和癌组织中广泛表达,但在癌组织中表达量相对较低,提示其可能对细胞凋亡有抑制作用.该基因在进化过程中高度保守.     

Structure and nucleic-acid binding of the Drosophila Argonaute 2 PAZ domain

RNA interference is a conserved mechanism that regulates gene expression in response to the presence of double-stranded (ds)RNAs. The RNase III-like enzyme Dicer first cleaves dsRNA into 21-23-nucleotide small interfering RNAs (siRNAs). In the effector step, the multimeric RNA-induced silencing complex (RISC) identifies messenger RNAs homologous to the siRNAs and promotes their degradation. The Argonaute 2 protein (Ago2) is a critical component of RISC. Both Argonaute and Dicer family proteins contain a common PAZ domain whose function is unknown. Here we present the three-dimensional nuclear magnetic resonance structure of the Drosophila melanogaster Ago2 PAZ domain. This domain adopts a nucleic-acid-binding fold that is stabilized by conserved hydrophobic residues. The nucleic-acid-binding patch is located in a cleft between the surface of a central beta-barrel and a conserved module comprising strands beta3, beta4 and helix alpha3. Because critical structural residues and the binding surface are conserved, we suggest that PAZ domains in all members of the Argonaute and Dicer families adopt a similar fold with nucleic-acid binding function, and that this plays an important part in gene silencing.     

佛手GRAS基因的克隆及表达分析

利用抑制消减杂交法从芸香科柑橘属不耐寒植物佛手中分离得到了一个表达序列标签(EST)片段,结合RACE技术克隆获得该基因的1 669 bp序列,编码区长1 236 bp,编码413个氨基酸.通过Blastn同源序列比对分析,结果显示该基因与拟南芥已知的GRAS基因同源性较高;与GenBank数据库比对分析,表明该基因具有GRAS特有的保守结构域.因此,命名该基因为:CmsGRAS(GenBank登录号:JF440647).用荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)的方法研究了该基因在低温胁迫处理下的表达特性,结果显示该基因在低温胁迫后的表达量有明显的变化.     

cDNA cloning and expression of earthworm fibrinolytic enzyme component A

Earthworm fibrinolytic enzyme component A(EFEa),a protein with dual fibrinolytic activity ,is one of the major therapeutically important earthworm fibrinoltic enzyme components .The cDNA fragment encoded the mature protein was cloned from earthworm (Eisenia fetida )by the RT-PCR technique,The deduced amino acid sequence of the EFE component A show high homology with some members of serine proteases trypsin family,and the amino acid residues constituting the active sites are conserved in the EFEa as compared with the other proteins of the trypsin family ,The cDNA fragment was subcloned into the expression vector pQE31 and pMAL-c2X of E.coli.The resulting expression plasmids,pQE-efea and pMAL-efea ,were used to transform the E.coli strain M15.Recombinant protein bands corresponding with calcuated molecular witht were induced .The induced His6-EFEa fusion protein with pQE-efea was accumulated into inclusion body ,while the induced MBP-EFEa fusion protein with pMAL-efea was soluble and showed fibrinoloytic activities.     

人B淋巴细胞刺激因子的真核表达以及表达条件的筛选

采用基因克隆、重组等方法，将人B淋巴细胞刺激因子（hsBLyS）基因从人胎盘cDNA文库中克隆出来，测序鉴定后得组构建成真核表达载体pcDNA3．1( )hsBLyS，然后用磷酸钙法和脂质体法分别转染真核宿主细胞COS－7，并在其中表达48h、36h、72h、96h；表达细胞经超声处理后离心，上清进行SDS－PAGE鉴定，结果表明：对于hsBLyS来说，磷酸钙法比脂质体法转染效果好，而且对于磷酸钙法，表达量是72h达到最高。     

甘蓝磷酯酶D HKD2功能区基因片段的克隆与反义表达载体的构建

以甘蓝(Brassiaca oleracea)为材料，取幼叶分离mRNA，反转录合成cDNA，以cDNA第一链为模板，通过PCR扩增，获得甘蓝磷酯酶D(Phosphorate　Lipid　Dehydrolase，PLD)HKD2功能区的基因片段．对其进行Blast分析，结果表明，分离的目的片段核苷酸序列与Genbank中报道的甘蓝PLD基因相比同源率为99．7％，只有2个碱基发生改变．将得到的PLD基因片段插入植物表达载体pAT940，构建了PLD基因反义表达载体pATC—rPLD，为下一步进行抗逆转基因作物选育打下基础．     

文昌鱼eIF5A基因的克隆和进化学分析

对文昌鱼神经胚cDNA文库进行测序和系统分析，首次从青岛文昌鱼(Brachiostoma belcheri tsingtauense)中成功得到1个eIFSA基因的cDNA序列，分析其推导的氨基酸序列揭示该基因产物具有eIF-5A家族蛋白质共有的保守区．对其二级结构进行预测，序列同源性分析表明eIF-5A家族基因在所有的真核生物中都高度保守．进化生物学的分析显示文昌鱼的eIF5A基因与脊椎动物的同源性较高，     

甘薯类胡萝卜素合成酶基因pds全长cDNA的克隆

根据双子叶植物类胡萝卜素合成结构基因氨基酸保守区域设计简并引物,扩增出甘薯编码类胡萝卜素合成关键酶PDS的基因(pds)cDNA中间片断。通过5'-RACE和3'-RACE技术进行cDNA末端的快速扩增,成功地克隆了pds的全长cDNA。序列分析表明,pds基因的全长cDNA序列长度为2128 bp,编码572个氨基酸,与其他植物的序列高度同源。     

嗜热真菌Thermomyces langinosus编码丝/苏氨酸蛋白激酶部分cDNA的克隆及序列分析

根据几种丝状真菌保守的氨基酸序列,设计了一组简并性的引物,从嗜热真菌Thermomyceslanginosus中提取总RNA,利用RT-PCR的方法,我们得到了一个1243bp的cDNA的片段。片段回收纯化后连接到pGEM-Teasy载体上,PCR扩增重组质粒证实这个长约1200bp片段已经插到载体上。序列分析发现和裂殖酵母的蛋白激酶dis1非常相似,比较两者3'氨基酸序列发现同源性达28%以上。其推断的氨基酸序列上包含有6个丝/苏氨酸蛋白激酶的保守亚区。这些都表明它编码的基因可能是一个新的丝/苏氨酸蛋白激酶。