DNA序列二维图表示和有关分析

在DNA序列研究中,对长DNA序列进行有效表示,可以为DNA序列的分类、分析和比较等研究提供创新性的方法. Nandy,Leong和Mogenthaler,Randic等已经给出了DNA序列的二维或三维图表示. 这些图表示给出了DNA序列的可视化特征. 文中给出了一个改进的DNA序列的图表示:在2维指数坐标系内用4个特定的向量分别表示DNA序列中的4个碱基,从而使DNA序列可以用有向路表示. 给出了一个例子说明该方法的有效性,可以证明该种改进的DNA序列图表示方法具有较低的退化度甚至没有退化.     

一种新的DNA序列的3D图形表示

基于DNA序列的混沌游戏表示，给出了一种新的3D图形表示来表征DNA序列。为了便于序列间的比较，将DNA序列的3D图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征。     

一种DNA序列的2D图形表示

本文介绍了DNA序列的一种非退化的2D图形表示,基于图论距离方法将该图形表示转化成了相应的矩阵表示并讨论了它们的数字特征,以便人们对DNA序列作进一步的比较分析。     

DNA序列高维空间数字编码运算法则的进一步结果

研究了DNA序列高维空间数字编码的更一般的运算法则:充分利用陈惟昌等人提出的DNA序列高维空间的表观维数Nv,数值维数Nx以及差异维数Nd,讨论了当Nd=0,1,2,2n或2n+1(n=0,1,2,…)时,具体刻画了DNA序列的首段碱基及其数值取值范围;推导出DNA序列多点突变(单核苷酸多态性SNP)的运算法则;利用DNA序列的定值部Xi和定位部Qi及其计算公式,从新的角度导出DNA重复序列的编码法则和运算法则.     

DNA序列的一种几何分类法

基于DNA序列上A，G，C，T等4种碱基的含量能反映序列的一些结构特征的假设，通过将4种碱基出现的相对频率视为向量分量，而将一条DNA序列抽象成R4空间的一个向量，然后按类似欧氏距离定义了A类、B类序列集的中心和半径，将问题转化为讨论任一向量与球域的相对位置关系，从而得到了一种几何分类方法.     

基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩新方法

将DNA序列分成64个碱基一组的短序列。根据每个小段落不同的碱基排列特点,通过对每段中重复频率最高的三碱基组合片段采用特定码书编码,提出了基于统计分析与分段码书的DNA序列压缩方法,以达到对DNA数据压缩的目的。实验表明,本算法在大部分常用基准测试序列中达到了比较好的压缩性能。     

分析6000组人类DNA序列的碱基分布

分析了 6 0 0 0组人类DNA序列的碱基分布 ,根据DNA碱基的立方体和它的内接正四面体的对称性结构和三维塞尔宾斯基铺垫的一级结构补形的共同点 ,提出了人类DNA序列的碱基分布为边长是 6 4的正八面体 ,并且和Zhangetal.以前提出的半径为 1 4的球分布作了详细的比较 ,证明了本文的结论具有一定的合理性     

真菌中DNA重复序列诱导点突变的研究进展

1987年,由Selker等在粗糙脉孢菌中首次发现重复序列诱导点突变(repeat-induced point mutation,RIP).在重复序列诱导点突变过程中,搜寻前减数分裂组织单倍体核中DNA的重复序列,然后发生众多的碱基C到T的突变,产生富碱基T+A片段,从而使重复序列中的G-C碱基对发生转换突变成为A-T碱基对.此外,发生RIP的序列多集中在着丝粒区域,主要是转座子甲基化后的遗迹.移动转座子是真核生物基因组进化的主要驱动力.对于真菌,重复序列诱导点突变(RIP)在减数分裂过程中通过突变多拷贝DNA,能最大限度地减少转座子的影响,因此对RIP的研究在一定程度上能有助于了解基因组进化的真谛.综述了重复序列诱导点突变的产生机制,以及真菌中重复序列诱导点突变的研究进展.     

基于SVM分类机的一种DNA序列判别方法

针对DNA序列类别的分属问题,提出采用支持向量机（Support Vector Machine,SVM）的方法进行分类。根据SVM分类器的要求建立特征属性空间,首先由每个DNA中4个碱基的含量得到4个特征属性,然后在此空间中扩充DNA序列长度的属性,最后根据SVM分类器对已知的DNA分类样本做训练得到分类超平面。利用此超平面检测所要分类的DNA序列,实验结果表明这种方法具有很好的分类精度。     

DNA序列碱基组合的频率矩阵及其应用

基于碱基组合在DNA序列中出现的频率,构造11个物种的β-globin基因第一个外显子的编码序列的频率矩阵.借助矩阵2-范数对11个物种进行相似性比较,并结合柱状图对物种之间的相似性进行分析.研究结果表明:所构造的DNA序列频率矩阵不仅能够反映出DNA序列中碱基及碱基组合的含量分布,而且能够显示出序列碱基突变的情况.